2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2003. 10. 18.부터 BB시 CC면 DD리 843-2 소재 'EEE주유소'라는 상호로 주유소를 운영하는 자인바, 주식회사 FF에너지(이하 'FF에너지'라 한다)로부터 2006년 제2기 부가가치세 과세기간에 공급가액 합계 604,254,547원인 매입세금계산서 3장을, 2007년 제1기 부가가치세 과세기간에 공급가액 72,581,818원인 매입세금계산서 1장(이하 위 세금계산서를 총칭하여 '이 사건 세금계산서'라 한다)을 각 교부받아 위 세금계산서상의 매입세액을 공제하여 피고에게 부가가치세를 신고하였다.

나. 한편 중부지방국세청장은 2009. 7.경 FF에너지에 대하여 세무조사를 하여 FF에너지를 실물거래 없이 허위의 세금계산서를 발행한 자료상으로 확정한 후 피고에게 과세자료를 통보하였다.

다. 이에 피고는 2009. 12. 1. 원고에 대하여 이 사건 세금계산서의 매입세액을 불공 제하여 2006년 제271 부가가치세 90,837,500원, 2007년 제1기 부가가치세 13,420,220원 을 부과하는 처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 을 제1호증의 1, 2, 을 제4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 기존에 유류거래를 해오던 주식회사 GG에너지의 이사들로부터 주식회사 GG에너지가 FF에너지로 변경되었으므로 바뀐 계좌로 송금할 것을 요구받았던 점, FF에너지와 거래를 하면서 FF에너지의 법인 계좌로 직접 유류대금을 송금하였고, 실제 입고상황을 확인하였으며 출하전표에 직접 서명, 날인한 후, 업무노트에 기록하여 관리하였던 점 등의 사정에 비추어 원고가 이 사건 유류거래 과정에서 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하였다고 할 것인바, 비록 FF에너지가 위장사업자라고 하더라도 원고로서는 그 사실을 알지 못한데 과실이 없으므로, 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) FF에너지는 2004. 3. 9. 설립되어 인천 JJ 소재 HHHH터미널 주식회사 JJ사업소로부터 유류보관탱크(1,000kℓ)를 2004. 9.경부터 임차하여 사용하였으나 2006. 7. 3. 대표이사를 최\uf85e\uf85eKK로 변경한 이후 유류를 입출고 한 사실이 전혀 없었다.

(2) FF에너지에 대한 세무조사결과 FF에너지는 2006년 제2기 ~ 2007년 제1기 부가가치세 과세기간에 10여개의 은행에 차명계좌를 개설하고, 매출처로부터 거래대금이 입금되면 즉시 현금으로 인출하거나 가공매입처인 주식회사 LLL에너지 등에 송금하고, 도트프린터를 이용하여 유류 출하전표를 위조하는 등 위 부가가치세 과세기간 동안 총 매출액 71,340,000,000원 대비 가공매출액이 71,032,000,000원으로 99.5%가 정상거래가 아닌 것으로 확인되어 자료상으로 사법기관에 고발되었다.

(3) FF에너지의 부장으로 재직한 천MM은 2008. 7. 25. NNN지방검찰청 PP지청에서 "FF에너지는 실제 주유소와 무자료 유류중간도매상을 연결한 부분 자료상으로 FF에너지의 실질적 대표인 김QQ인 무자료 유류중간도매상으로부터 유류매입처인 주유소명, 수량, 단가 등 정보를 받아 자신에게 알려주었고, 자신은 거래처로부터 FF에너지의 예금계좌로 거래대금이 입금된 사실을 확인한 후, 동 입금액을 각 정유 회사로부터 매입자료를 수취할 LLL에너지 예금계좌로 재입금하여 다시 LLL에너지의 차명계좌로 이체하였으며, 이후 대표이사인 최\uf85e\uf85eKK가 금융기관에 가서 차명계좌에 입금된 자금을 현금으로 인출하여 김QQ에게 전달한 후, 수송차량을 수배하여 무자료 유류중간도매상이 알려준 정유회사로부터의 유류매수자의 코드번호를 이용하여 출하 받고자 하는 정유사의 출하대로 가서 해당물량을 적재하여 실제매입자(주유소)에게 수송하는 방법을 사용하였다"는 취지로 진술하였다.

(4) 원고가 보유하고 있는 출하전표를 각 정유회사에 조회한 결과 고객코드번호, 카드번호, 전표번호 등이 다르고, 해당차량의 유류출하 사실이 없거나, 유류출하 고객이 제3자인 것으로 확인되는 등 위조된 것으로 확인되었다.

[인정근거] 갑 제24호증, 을 제2, 4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 판단

(1) 부가가치세법상 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것인바, 앞서 본 바와 같이 2006년 제2기 - 2007년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 FF에너지는 유류보관탱크를 전혀 사용한 적이 없었던 점, FF에너지는 실물을 유통시킨 사실이 거의 없는 자료상으로서 과세당국에 의하여 고발되었고, 검찰 조사 당시 FF에너지의 부장인 천MM이 FF에너지가 자료상으로서 허위의 세금계산서를 교부하였다는 것을 인정하고 있는 점, 원고가 보유한 FF에너지 출하전표가 위조된 것으로 판명된 점 등을 종합하여 보면, 원고의 이 사건 유류 실제 매입처는 FF에너지가 아니라 다른 제3자로부터 매입된 것으로 봄이 상당하므로, 결국 이 사건 세금계산서는 공급자가 허위로 기재된 세금계산서에 해당한다 할 것이다.

(2) 나아가 원고가 이 사건 세금계산서의 명의 위장 사실을 알지 못하였고, 아울러 알지 못한 데에 과실이 없는지 여부에 대하여 살피건대 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고 알지 못하였음에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내 지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 입증하여야 한다고 할 것인바(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277판결 등 참조), 원고가 제출한 갑 제2 내지 23호증(각 가지번호 포함)의 각 기재만으로 이를 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

오히려 갑 제24호증 을 제2 내지 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 사정 즉, 원고는 2003. 10. 18.부터 석유류 판매업을 영위하여 왔으므로, 그동안의 경험을 통해 유류 공급의 정상적인 구조와 유통 경로, 업계의 일반적 거래 형태나 방식 및 유류업계에 널리 퍼진 자료상 거래의 실태와 위험성에 관하여 알고 있었을 것으로 보이는 점, 원고가 거래를 해오던 주식회사 GG에너지의 이사들로부터 사업자등록이 FF에너지로 변경되어 바뀐 계화로 송금을 요구할 때, 석유판매업 등록증을 제출받거나 계약서를 작성하는 등의 거래상대방에 대한 확인절차를 하지 않았던 것으로 보이는 점, 원고가 FF에너지의 법인계좌로 유류대금을 송금한 자료 및 세금계산서를 제출하는 것 외에는 FF에너지의 사업실체에 대하여 별다른 확인을 하지 않은 채 거래를 하였던 것으로 보이는 점, ZZZZZZ 주식회사가 발행하여 원고가 직접 서명, 날인한 출하전표에는 도착지가 원고 운영의 EEE주유소가 아닌 인천 남구로 기재되어 있어 원고로서는 FF에너지가 실제 공급자가 아닐지도 모른다고 의심할 만한 충분한 사정이 있었다고 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 이 사건 세금계산서를 교부받을 당시 자료상인 FF에너지의 명의위장 사실을 알지 못하였고 알지 못하였음에 과실이 없었다고 볼 수 없다.

(3) 따라서 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 또한 공급 받는 자인 원고가 선의・무과실이라는 점을 인정하기에 부족하므로, 이 사건 세금계산서 상당의 매입세액을 공제하지 않은 채 이루어진 피고의 이 사건 처분은 적법하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.