가.청구인은 ‘부동산 임대업’을 영위하는 사업자로서, 2011년 제2기 부가가치세 확정신고시 매출과세표준을 1억2,877만원으로 하고, 코오롱글로텍주식회사(이하 “코오롱글로텍”이라 한다)으로부터 코오롱글로텍이 청구인으로부터 임차한 청구인 소유의 대구광역시 수성구 지산동 1050 외 2필지의 토지 1,258.80㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 신축한 건물 999.73㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 24억1,707만원에 매입한 것으로 하여 교부받은 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)상의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 환급받을 세액을 233,064,682원으로 신고하였다.

나. 처분청은 2012.3.12.부터 2012.3.16.까지 부가가치세 환급 현지확인을 실시하고, 청구인이 신고한 쟁점건물의 매입가액이 동종건물의 면적, 규모, 재질 등 제반사항을 감안할 때, 시가보다 현저하게 과다평가되었다고 보고, 한국감정원 및 중앙감정평가법인 등 2개 감정평가기관의 감정가액의 평균액에 취득세를 더한 금액(10억879만원)을 시가로 보아 시가와 대가의 차액에 해당하는 14억828만원 관련 매입세액을 공제부인하여 2012.3.22. 청구인에게 환급 청구세액 중 66,440,151원만 환급하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

아래와 같은 이유로 이 건 처분은 부당하다.

(1) 청구인은 2010.9.9. 쟁점토지를 코오롱글로텍에게 2010.10.1.부터 2020.9.30.까지 10년간, 보증금 3억원, 월임대료 1,300만원에 임대하기로 하는 내용의 임대차계약을 체결하면서, 코오롱글로텍이 쟁점토지에 쟁점건물(자동차 판매시설 및 부대시설용도의 건물임)을 신축하여 준공시 청구인에게 소유권 이전등기를 하기로 약정한 바에 따라, 코오롱글로텍은 쟁점건물을 신축함과 동시에 청구인의 명의로 소유권 보존등기를 하였고, 청구인은 코오롱글로텍이 쟁점건물을 신축하면서 지급한 공사비용을 매입가액으로 하여 쟁점건물을 취득하면서 동 매입가액을 선수임대료로 계상하였다. 따라서 쟁점세금계산서상의 매입가액은 코오롱글로텍이 쟁점건물을 신축하는데 소요된 비용으로 청구인에게 대가로 받을 수 있는 최소한의 시가라고 할 수 있다.

(2) 처분청은 「부가가치세법」 제13조 제1항 제3호에 의거 재화의 공급에 대하여 임차인인 코오롱글로텍이 임대인 쟁점토지에 건물을 신축하여 임대인인 청구인에게 그 대가를 금전으로 받지 아니하고 공급(소유권 이전 등기)한 경우에 해당한다고 하여 신축건물에 대한 과세표준을 재계산하였으나, 「부가가치세법」 제13조 제1항 제2호 에서 재화의 공급에 대한 과세표준을 금전 외의 대가는 자기가 공급한 재화의 시가라고 규정하고 있고, 「같은 법 시행령」 제48조 제1항에서 부가가치세 과세표준의 계산에 있어 거래상대자로부터 받은 모든 금전적 가치를 포함한다고 규정하고 있으므로 코오롱글로텍과 청구인 사이의 임대차계약에 따라 코오롱글로텍의 부담으로 신축한 쟁점건물의 신축비용은 청구인이 선수임대료로 미리 받은 것으로 보아야 하고, 국세청 질의회신(법인46012-2595, 1999.07.08)과 심사결정서(심사부가2005-0624, 2006.05.11.)의 내용을 보면 “건물 신축비의 자금 원천을 임차인의 부담으로 임대인의 토지 지상에 건축물을 신축하여 임차인이 일정기간 사용하도록 하고 그 건축물의 준공과 동시에 소유권을 임대인이 취득한 경우 임대인은 임대료를 미리 받은 것”으로 해석 또는 판단하고 있으므로 이는 곧 달리 해석해 보면 비록 임차인의 자금으로 쟁점건물을 신축하였다 하여 임차인이 임대인에게 쟁점건물을 공급하면서 대가를 받지 않는 것이 아니고 지급되어야 할 선급임차료로 그 대가를 받은 것으로 볼 수 있으므로 처분청의 처분내용과 같이 대가를 받지 않거나 부당히 낮게 받았다고 할 수 없다.

(3) 또한, 「부가가치세법 시행령」 제50조 제1항 제1호의 시가 기준에 대한 정의 및 조세심판원의 심판결정내용(조심 2011중3426, 2011.11.30., 조심 2008서1036, 2008.10.30., 국심 2007서4651, 2007.12.31. 등)을 보더라도 코오롱글로텍이 쟁점건물에 대해 소요된 신축비용은 청구인의 선수임대료로 볼 수 있으므로 쟁점건물의 신축비용 2,417,071,330원을 매입가액으로 하여 교부받은 쟁점세금계산서상의 매입가액은 정당한 시가에 해당한다.

(4) 처분청은 2011년도 건물신축공사 내역을 표본 확인 비교하여 공사금액이 현저히 과다하게 책정한 것으로 판단하고 있으나, 시공사인 코오롱건설은 18억2,600만원에 도급을 받아 이 중 15억1,012만원은 전문건설업자에게 하도급을 주었으며, 보험료 등 부대비용으로 3,530만원을 지출하였고, 2억8,057만원(공사원가대비 15%)은 관리비 및 이윤으로 하여 본 공사를 수행하였으며, 코오롱글로텍은 이외에도 인테리어공사비 등으로 5억1,702만원을 지출하였고, 수성구청에 취득세로 7,404만원을 납부하여 총 공사비가 24억1,707만원에 이르게 되었다.

(5) 또한, 처분청은 취득세를 제외한 표준공사비 9억3,474만원보다 초과한 부분은 특수관계인인 코오롱건설이 관련되어 있기 때문에 코오롱글로텍이 지출한 총공사비 중 취득세를 제외한 23억4,302만원 중 14억827만원은 시가로 보기 어렵다는 의견이나, 본 공사의 원가 구성 중 특수관계자 거래와 관계없이 지출된 비용은 코오롱건설이 하도급으로 지급한 15억1,012만원과 기타부대비용 3,530만원(하자보수충당금 포함) 및 코오롱글로텍이 직접 지출한 인터리어공사비 등 5억1,702만원 등 20억6,245만원으로 표준공사비 보다 훨씬 많은 11억2,771만원을 초과하여 지출하였다. 이것만 보더라도 코오롱글로텍이 시공사인 코오롱건설과 특수관계자에 해당하기 때문에 공사비를 과다하게 책정하였다는 것은 이치에 맞지 않는다.

(6) 아울러, 「국세기본법」 제14조 제2항에서도 ‘과세표준의 계산은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다’라고 규정하고 있으므로 청구인과 코오롱글로텍간에 작성된 임대차계약에 따라 코오롱글로텍이 쟁검건물을 신축하여 청구인에게 소유권 이전해주고, 코오롱글로텍은 그 대가로 쟁점토지·건물을 일정기간 사용하기로 약정한 것은 실질 내용에 해당 하는 것으로 쟁점건물의 신축비용을 과세표준으로 하여 발행된 세금계산서가 잘못이 없다 하겠으며, 처분청이 재산정한 과세표준을 보더라도 대구광역시 수성구청에 신고 납부된 취득세 7,404만원을 그대로 인정한 것은 쟁점건물에 대한 실제 집행된 신축공사비를 인정하고 있는 것인바 처분청의 처분내용은 부당하다.

나. 처분청 의견

아래와 같은 이유로 이 건 처분은 정당하다.

(1) 청구인은코오롱글로텍이 쟁점건물을 신축하면서 소요된 신축비용 해당액 2,417,071,330원을 매입가액으로 하여 교부받은 쟁점세금계산서상의 매입가액이 정당한 시가에 해당된다고 주장하나, 동 가액은 특수관계자인 코오롱글로텍과 코오롱건설 간에 시공한 가격으로 청구인에게 세금계산서를 교부한 쟁점건물의 건축공사비가 건전한 사회 통념 및 상거래 관행에 비추어 비현실적인 가격이고, 쟁점건물은 시가가 불분명한 경우에 해당하여, 처분청이 공신력 있는 감정평가기관에 의뢰하여 평가한 금액을 과세표준으로 하여 부가가치세를 경정한 것은 정당하다.

(2) 부동산의 물권변동은 등기를 함으로써 이루어지는바, 코오롱글로텍이 자기의 비용으로 쟁점건물을 신축하고 청구인 명의로 소유권이전등기를 해주면서 코오롱글로텍은 그 대금을 금전으로 수수한 바가 없고, 청구인과 코오롱글로텍간의 부동산 임대차 계약서 제8조(건축공사 및 소유권) (2)호에 의하면, ‘건물에 대한 건축공사비용 및 소유권등기비용은 “을”(코오롱글로텍)이 부담하고, 건물의 소유권은 “갑”(청구인)의 명의로 소유권 보존등기를 한다(단, 목적물에 대한 임대차계약이 만료되거나 종료시 “갑”은 건축물 소유권을 포기 한다)’라고 정하고 있어 코오롱글로텍과 청구인 간에는 임대차관계만 존재할 뿐이다.

(3) 또한,처분청에서 관내 2011년도 건물신축공사 내역을 표본 확인하여 비교(시공사와 특수관계자가 아닌 자)한바, 일반적으로 근린생활시설 건축물 신축공사비는 면적과 공사기간에 따라 공사비용이 다소간 차이가 날 뿐인데, 쟁점건물은 표본업체 평균 신축건물 공사비용에 비하면 3.6배나 높다. 따라서 청구인의 시가 주장은 신빙성이 없다. 이는 공사도급자인 코오롱글로텍과 특수관계자인 코오롱건설이 쟁점건물을 시공하면서 의도적으로 공사비를 부풀린데서 비롯되는데 이들이 공사비를 부풀린 이유는 코오롱글로텍은 전국적으로 여러 곳에 자동차전시판매장 용도로 토지를 임차하여 신축하거나 직영 전시판매장을 운영하고 있으며, 코오롱글로텍과 특수관계자들 간에 내부 사정 즉, 건물가격을 현저히 높게 책정하여 특수관계자인 코오롱건설의 재무구조 개선을 꾀하거나, 코오롱건설의 시공능력 평가 제고에 이용하기 위한 경우 및 임대인과의 관계에서 향후 10년간 계약기간 중 건물소유주가 계약 위반시 높게 책정한 건물가액 상당액으로 전세권을 설정함으로써 담보력을 확보하려는 의도 등 다목적 의도로 추정된다.

(4) 한편, 코오롱글로텍이 건물신축 후 소유권보존등기를 위해 납부한 취득세를 처분청이 건물원가에 가산하였다고 해서 처분청이 쟁점건물 신축가액을 적정한 것으로 인정한 것이 아니며, 해당 수성구청에서도 취득세 신고서 접수시 건물의 경우 지방자치단체가 정한 건축비 하한 이상, 토지의 경우 공시지가 이상으로 기재하여 신고하면 수리하고 있을 뿐이므로, 청구인이 수성구청에 취득세 신고한 건물신축금액이나 토지 등 매매금액이 실제 취득금액이나 매매금액으로 인정될 수는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인이 쟁점건물을 시가보다 고가로 매입한 것으로 보아시가와 대가의 차액에 해당하는 매입액 관련 매입세액을 불공제한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 코오롱글로텍 사이에 2010.9.9. 체결된 임대차계약서의 주요내용을 보면, 임대차물건은 쟁점토지로 되어 있으며, 계약의 목적은 “갑”(청구인)은 위 임대차 목적물을 “을”(코오롱글로텍)이 자동차판매 시설 및 부대시설 용도로 건물을 신축하여 사용할 수 있도록 임대하고, 임대차기간은 2010.10.1.부터 2020.9.30.까지 10년으로 되어 있으며, 임대료는 임대보증금 3억원과 월임대료 1,300만원으로 약정하고 4년차 130만원, 7년차 150만원, 10년차 160만원을 인상하여 지급하며, 건물에 대한 건축공사비용 및 소유권등기비용은 을이 부담하고, 건물의 소유권은 갑의 명의로 소유권 보존등기를 하나, 단 목적물에 대한 임대차계약이 만료되거나 종료시 갑은 건축물 소유권을 포기한다고 하여 임대차계약 만료시 을은 기존 건물을 철거 멸실 완료 후, 나대지 상태로 갑에게 명도한다는 내용을 더욱 공고히 하도록 기재되어 있으며, 월임대료 계약내용은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 월임대료 계약 명세

(2) 청구인의 2011년 제2기 부가가치세 신고내용은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 2011년 제2기 부가가치세 신고명세

(가) 선수임대료 과세표준은 45,178천원{=2,417,071천원÷107개월(총임대기간)×2개월(준공일 이후)}으로 계산되었으며, 간주임대료에 대한 과세표준은 5,595천원{=보증금 3억원×3.7%×184일(2기분 일수)÷365일}으로 계산되었다.

(나) 청구인은 코오롱글로텍으로부터 발급받은 매입세금계산서상 건축비용을 임대기간인 107개월 중 2011년 제2기 해당 선수임대료 2개월분을 계상하여 2011.11.24. 22,589,455원, 2011.12.24. 22,589,455원을 공급가액으로 하여 코오롱글로텍을 공급받는자로 월별 매출세금계산서를 발행하여 합계액 45,178,910원을 과세표준에 포함하여 신고한 내용이 나타난다.

(3) 처분청은 청구인의 부가가치세 환급신청에 대하여 현장확인하여 경정결정한 내용은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 부가가치세 경정결정 명세

(가) 처분청은 건물가액이 현저히 과다하다 하여 건물시가로 2곳의 평균 감정가액에 취득세를 더한 금액기준으로 재계산하여 건물시가 상당액을 1,008,791,330원으로 경정하고,

(나) 청구인이 세금계산서를 발행하여 매출액으로 신고한 선수임대료 45,178,910원을 처분청에서 재계산한 건물시가 상당액 1,008,791,330원을 기준으로 다시 계산한 18,855,912원[=1,008,791천원(재계산한 건물신축비용)÷107개월(임대기간)×2개월]을 처분청에서 인정하는 선수임대료라 하여 청구인이 신고한 선수임대료 매출액을 26,322,998원 차감하여 경정결정한 내용이 나타난다.

(4) 쟁점건물에 대한 신축공사비 투입내역은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 신축공사비 지급명세

(5) 처분청이 현장확인시 2010년 한국감정원 발간 건물신축단가표에 의하여 쟁점건물 가액을 검토한 내용은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 건물신축단가표로 산출한 공사금액과 신고금액 비교 명세

(6) 처분청이 쟁점건물을 감정평가 의뢰하여 비교·평가한 내용은 아래 <표6>과 같다.

<표6> 쟁점건물 감정가액 비교 명세

(7) 처분청은 2011년도 대구광역시 건물신축공사 중 시공사와 특수관계 없는 자에 대한 아래 <표7>과 같이 표본 확인하여 비교한바, 쟁점건물 공사금액이 표본업체 대비 ㎡당 평균 공사비가 3.6배 높은 가격으로 현저히 과다 책정되어 쟁점건물 신축비용을 시가로 보기에 부적정하다고 보았다.

<표7> 2011년도 대구광역시 건물신축공사 표본 확인 상세내역

(8) 청구인은 처분청 답변에 대한 항변으로, 처분청의 자료제출 요청시 업무혼선으로 인해 즉시 관련 자료를 제출하지는 못하였으나 이후 관련 자료를 제출하였으며, 코오롱글로텍이 교부한 쟁점세금계산서는 정당하며 만약, 코오롱글로텍이 세무조사를 받는 경우 신축비용 보다 적게 세금계산서를 발행하였다면 처분청은 신고내용 그대로 용인하지 않았을 것이며, 시공사인 코오롱건설이 추구한 관리비 및 이윤 또한 아래에서와 같이 정당하므로 시가가 불분명하여 감정평가기관의 평가금액을 과세표준으로 경정결정한 처분청의 내용은 부당하며, 코오롱건설이 관리비 및 이윤으로 추구한 15%(280,570천원)는 처분청이 표본 확인한 전기공사비에서 보더라도 20%를 가정한 것으로 보아 범주안에 있으므로 적정하다고 보며, 아래 <표8>과 같이 실제 코오롱글로텍에서 발주하여 코오롱건설이 시공한 타 공사의 경우에도 15% 내외의 관리비 및 이윤으로 계약하여 시공하고 있고 다른 발주처에서 발주한 준공 공사를 보더라도 15% 이상의 관리비 및 이윤을 추구하고 있는 건축공사를 보더라도 공사비가 과다 계상되었다는 것은 부당하며, 만약 코오롱건설이 타 공사와 달리 15%의 관리비 및 이윤을 추구하지 못한 경우 특수관계자로서 오히려 부당행위계산의 부인 대상에 해당하게 된다는 취지의 항변을 하고 있다.

<표8> 코오롱건설의 BMW매장 및 기타 건축공사 이익률 비교표

(9) 이상의 내용을 종합하여 살피건대,

(가) 「부가가치세법」 제13조 제1항 제2호에서 납세자가 재화 또는 용역을 공급하고, 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가를 과세표준으로 보도록 하고 있고, 같은 법 시행령 제50조 제1항 제3호에서 시가가 불분명한 경우에는 「소득세법 시행령」 제98조 제3항 및 제4항 또는 「법인세법 시행령」 제89조 제2항의 규정에 의한 가격을 시가로 보도록 규정하고 있다.

(나) 이 건의 경우, 청구인은 쟁점건물의 매입대가를 금전으로 지급하지 아니하고, 쟁점토지의 임대용역의 대가인 선수임대료와 상계하였는바, 이와 같은 경우에는 「부가가치세법 시행령」 제49조의2의 취지상 청구인이 쟁점건물의 공급대가를 금전으로 받은 경우에 해당된다고 보기 어렵다고 판단된다. 따라서, 쟁점건물은 매입당시의 시가를 과세표준으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

(다) 이와 같은 관점에서 이 건 청구인이 신고한 매입가액이 시가에 해당하는지 여부를 살펴보면, 처분청에서 관내 2011년도 건물신축공사 내역을 표본 확인하여 비교(시공사와 특수관계자가 아닌 자)한바, 일반적으로 근린생활시설 건축물 신축공사비는 면적과 공사기간에 따라 공사비용이 다소간 차이가 날 뿐인데, 쟁점건물은 표본업체 평균 신축건물 공사비용에 비하면 3.6배나 높다고 조사된 점, 공사도급자인 코오롱글로텍과 특수관계자인 코오롱건설이 시공한 쟁점건물 공사금액은 현저하게 과다 책정한 것으로 나타나므로 쟁점건물 신축에 소요된 비용 상당액을 시가로 보기에 부적정한 것으로 조사된 점, 청구인이 청구인이 신고한 매입가액이 적정한 거래가격임을 입증할 신빙성있는 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 점을 감안하면, 청구인이 당초 신고한 매입가액은 쟁점건물의 거래당시 시가를 적정하게 반영한 가액이라고 인정하기는 어려운 것으로 판단된다.

따라서, 처분청이 「소득세법 시행령」 제98조 제3항 및 「법인세법 시행령」 제89조 제2항 제1호의 규정에 의하여 2이상의 감정평가기관이 감정한 감정가액의 평균액에 취득세 등을 가산한 금액을 쟁점건물의 취득당시 시가로 보아 청구인에게 이 건 환급세액을 재계산한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2012. 10. 24.

주심조세심판관 한 명 진

배석조세심판관 남 궁 훈

박 정 우

안 택 순