가. 청구법인은 의료기기 제조, 도매업을 영위하는 비상장법인으로, OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2011.12.27.∼2012.2.6. 청구법인에 대하여 2008∼2010 사업연도 법인제세통합조사 및 주식변동조사를 실시하여, 청구법인과 상장법인인 OOO(주) 사이에 2007.6.26. 체결된 과학기자재 사업부문 양수·도계약과 관련하여 이를 반대하는 청구법인의 주주 조OOO·박OOO·안OOO·이OOO·정OOO 등 5명(이하 “쟁점주주들”이라 한다)이 청구법인에 대해「상법」상 절차에 따라 주식매수청구권을 행사함에 있어, OOO회계법인이「증권거래법」에 따라 위 사업부의 영업양수·도가액으로 평가한 가액 OOO천원을 청구법인의 발행주식총수 20,000주로 나눈 금액인 OOO원을 1주당 가액으로 하여(이하 “쟁점거래가액”이라 한다) 청구법인에 양도(조OOO 5,000주, 박OOO·안OOO·이OOO·정OOO 각 200주 합계 5,800주, 이하 “쟁점주식”이라 한다)한 사실을 확인하고,「상속세 및 증여세법」상 보충적 평가액인 1주당 OOO원보다 저가로 양도한 것으로 보아 위「상속세 및 증여세법」상 보충적 평가액과 청구법인의 주식 매입금액(쟁점주주들의 위 주식 양도가액)과의 차액 OOO원을 익금산입할 것을 처분청에 과세자료로 통보하였다.

나. 이에 처분청은 위 보충적 평가액과 매입금액과의 차액을 익금산입유보처분하여 2012.4.12. 청구법인에게 2007사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2012.7.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점거래가액은 상장법인인 OOO(주)와의 영업양·수도 거래를 위해「증권거래법」에 따라 회계법인 등 전문평가기관이 미래수익가치 등 경제적 실질가치를 반영하여 평가한 가액으로, 「상법」제374조의2에 의하면 주식매수청구권 행사에 있어 그 매수가액은 원칙적으로 주주와 회사 간의 협의에 의하여 결정하도록 하고 있고, 상장법인의 경우「증권거래법」상 산정된 가액을 주식매수청구권으로 제시할 수 있도록 정하고 있으며, 청구법인과 같은 비상장법인의 경우「상법」상 주식매수청구가액을 산정하는 규정이 없어 주주와 회사 간 협의로 그 가액이 결정되는 것이 관행이나, 본 건의 경우 청구법인과 상장법인 간의 주요재산 영업양·수도 계약에 있어「증권거래법」에 따라 평가된 영업양수·도가액을 기준으로 주식매수청구가액을 산정한 것으로서 쟁점거래가액은 주식의 경제적 실질이 반영된 시가에 해당하고, 만약 쟁점거래가액을 부인한다면 납세의무자는「증권거래법」과 세법의 평가규정상 차이로 인하여 현저히 불안한 과세위험에 처해지며 현재까지의 거래관행을 인정하지 못하게 되는 문제를 초래하게 된다.

(2) 국세청 예규OOO에의하면, 주권상장법인의 주주가 당해 법인과의 주식매수가격에 대한 협의가 이루어지지 아니하여 「증권거래법 시행령」제84조의9 제2항의 규정에 의해 산정된 매수가격으로 주식매수청구권을 행사한 경우에는 「법인세법」제52조의 부당행위계산부인규정을 적용하지 아니하도록 하고 있는바, 비상장법인(청구법인)이 상장법인과 거래함에 있어「증권거래법」에서 정한 방법을 적용할 수밖에 없고 동 평가액을 준용한 가액(영업양·수도가액을 발행주식총수로 나눈 가액)을 주식매수청구가액으로 결정한 것에 대해 이를 저가양도로 본다면 이는 조세형평의 원칙에도 어긋난다고 할 수 있으며, 주식매수청구에 응한 쟁점주주들은 제시된 쟁점매수가액에 대해「상법」상 반대할 권리를 가지고 있었음에도 불구하고 본 제시가액에 동의한 것으로, 이는 저가양도 목적이 있었다기보다는 실무상 관행 및 평가방법 등을 구체적으로 규정하고 있는 법령이「증권거래법」이 유일하였기 때문이다.

(3) 쟁점주주들 중 조OOO를 제외한 4인의 주식보유비율은 각 1%에 불과하고(조OOO의 주식보유비율은 25%), 주식매수청구권 행사 이후 쟁점주주들의 잔존 주식도 없는바, 이들이 자신의 주식을 저가양도함으로써 회사에 이익을 분여할만한 동기를 찾아볼 수 없고, 쟁점 주식매수청구는「증권거래법」에 따라 평가한 가액을 존중하여 상호합의하에 결정된 가액이며,「법인세법」상 익금산입 규정은 개인이 유가증권을 특수관계에 있는 법인에게 무상에 가까운 저가로 양도하여 실질적인 상속·증여를 행하였음에도 불구하고 이를 회피하는 사례가 발생함에 따라 이를 방지하기 위하여 도입된 조항이나, 주식의 저가양도를 통하여 다른 주주에게 이득을 부여하거나 경영권을 이전할 수 있는 위치에 있지 아니하여 상속·증여의 의도도 전혀 없으므로, 익금산입규정의 입법취지와 관계없는 사례이다.

(4) 쟁점주주들 중 조OOO를 제외한 4인은 각 1% 보유주주들로서 구 「법인세법 시행령」제87조 제2항에 의하면 특수관계자에 해당하지 아니하는 소액주주를 1% 미달 보유자로 정의하고 있으므로 쟁점주주들은 법규정 그 자체로는 소액주주에 해당한다고 할 수는 없으나, 1% 기준은 회사의 경제적 이익이 주주에 미치는 영향이 매우 미미하다는 취지에서 정해진 기준으로서 1%를 보유한 자 역시 1%에 미달하는 자와 동일하게 사실상 회사의 경제적 이익에 영향을 받는 자라 볼 수 없으므로 실질상 특수관계자로 보기 어렵고, 관련 결정례(국심 2004부1599, 2004.12.22.)에서도 특수관계자인 주주의 주식매수청구권 행사로 인한 가액을 저가양도의 유인이 없음을 이유로 시가로 인정하였다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점주식에 대하여 2007.6.20. 작성된 OOO회계법인의 평가의견서상의 영업양·수도 평가액은 객관성과 공정성이 결여된 추정이익을 근거로 평가된 것이므로 시가로 인정할 수 없다.

「증권거래법」및「유가증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정」등에 의한 주식평가는 평가의 신뢰성·공정성·적정성을 확보하기 위하여 외부전문기관(유가증권분석전문기관)으로 하여금 평가기준일 현재의 순자산가액에 의한 자산가치와 추정재무제표에 의하여 산정된 수익가치에 의하여 평가하여야 하고, 수익가치의 산정은 향후 2사업연도의 추정재무제표를 기준으로 실현가능한 추정수익을 산정하도록 되어 있으므로, 주식평가시 미래 수익가치를 평가하기 위해서는 평가대상법인의 과거의 경영실적 및 경영정보, 영업환경, 동 업계의 산업전망 등 경제상황 하에서 예측가능성과 실현가능성을 검증하여 일반적으로 인정되는 정도의 범위 안에서 추정하여야 하는 것이나, 본 건에서 회계법인이 영업양·수도가액으로 평가한 내용을 2007년·2008년 2개 사업연도의 실제 매출액 및 영업이익과 비교하여 보면, 추정매출액의 경우 2007년도는 실제 매출액의 22%이고, 2008년은 23%이며, 추정이익의 경우도 2007년에는 실제 영업이익의 11.3%, 2008년은 17.8%로 특별한 사건이 없었음에도 외부평가기관에 따라 추정치에서 엄청난 차이가 난다는 것은 회계정보가 갖추어야 할 중립성과 신뢰성이 심각하게 훼손된 것으로 영업양·수도가액 평가의견서의 추정치를 신뢰할 수 없다.

영업양·수도가액 평가의견서의 평가의견을 보면, “당 법인이 수행한 평가업무는 양도회사(청구법인)의 경영자가 제공한 자료를 바탕으로 분석적 검토절차 및 담당자와의 면담을 통해 이루어졌으므로 감사 또는 일반적 검토절차에 비하여 그 범위가 제한되어 있습니다. 또한 당 법인은 양도회사의 경영자가 제공한 자료의 정확성에 대한 검증을 수행하지 못하였으므로 정밀실사를 수행하였을 경우 발견될 수 있는 차이점을 발견하지 못할 수 있으며, 이로 인하여 평가결과에 차이가 있을 수 있습니다. 따라서 당 법인은 본 평가의견서에 포함된 정보에 대하여 어떠한 의견도 표명하지 않습니다.”라고 명시하고 있고, 평가내용을 살펴보면, 추정이익을 산정함에 있어서 과거의 재무제표에 의한 매출액 및 이익과 상호 비교·검토하거나 동종업계의 성장률 등을 추정치와 비교·분석하는 등의 구체적인 사실을 발견할 수 없고, 청구법인이 제출한 기초자료와 담당자의 면담을 통해서만 매출액과 이익을 추정하였음이 확인되므로, 주식평가의 객관성과 공정성이 결여되었다고 할 것인바, 쟁점주식을 저가로 평가하여야 할 필요성을 인식하고 있던 청구법인이 적정한 데이터도 없이 임의로 추정손익계산서를 작성하여 회계법인에 제출하고, 회계법인은 그 내용에 대한 검증도 없이 평가서를 작성한 것으로 쟁점주식은 저가로 평가되었고 쟁점거래는 비정상적이었음이 확인된다.

「법인세법」에서는 부당행위계산의 근거가 되는 시가란 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로 하고, 시가가 불분명한 경우 「상속세 및 증여세법」제63조에 의한 보충적 평가방법으로 평가한 가액을 시가로 하도록 규정하고 있는바, 주식거래에 대하여는「증권거래법」에 의한 형식상의 절차 및 요건뿐만 아니라 평가내용이 적정한지 등 제반사정을 종합적으로 고려하여 세법을 적용하는 것으로, 본 건과 같이 객관성과 공정성이 결여된 평가내용을 시가로 인정된다고 할 수 없으므로 쟁점거래가액을 시가라고 할 수 없고, 쟁점거래에 대하여 시가로 인정할만한 매매사례가액이 없는 등 시가가 불분명하므로「상속세 및 증여세법」상 보충적 평가방법으로 평가한 것은 정당하다.

(2) 쟁점거래는 특수관계자간 거래에 해당한다.

쟁점주주들은 OOO그룹 계열사인 OOO과학(주), 청구법인, OOO프런티어(주), (주)OOO기기의 전 대표자이거나 현재 대표자인 자들로서 「법인세법 시행령」제87조 제1항에 따라 청구법인과 특수관계에 해당하고, 조OOO는 (주)OOO기기·OOO과학(주)의 전 대표자이며, 박OOO은 OOO과학(주)의 전 대표자이고 현재는 (주)OOO기기의 대표자이며, 안OOO은 (주)OOO과학의 전 대표자이고 현재 OOO프런티어(주)의 대표자이며, 이OOO는 (주)OOO과학의 전 대표자이고, 정OOO는 (주)OOO과학의 현 대표자로 재직하고 있는바, 쟁점주주들 모두 청구법인 및 계역법인의 경영관리와 회사 총괄업무를 담당하는 대표직에 근무하였거나 근무하고 있어 회사의 경제적 이해관계에 영향을 받지 않는다고 볼 수 없으므로 본 건 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

주주들이 주식매수청구권을 행사하여 청구법인에주식 5,800주를 양도한 것이저가양도에 해당하는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) OOO회계법인이 작성한 영업양수·도가액 평가의견서(2007.6.26.)에 의하면, 영업양·수도가액의 적정성에 대한 평가의견으로서, 당 법인이 수행한 평가업무는 양도회사(청구법인)의 경영자가 제공한 자료를 바탕으로 분석적 검토 절차 및 담당자와의 면담을 통하여 이루어졌으므로 감사 또는 일반적인 검토절차에 비하여 그 범위가 상당히 제한되어 있고, 당 법인은 양도회사(청구법인)의 경영자가 제공한 자료의 정확성에 대한 검증을 수행하지 못하였으므로 정밀검사를 수행하였을 경우 발견될 수 있는 차이점을 발견하지 못할 수 있으며, 이로 인하여 평가결과에 차이가 있을 수도 있으므로 당 법인은 본 평가의견서에 포함된 정보에 대하여 어떠한 의견도 표명하지 아니하고,본 보고서는 OOO(주)가 청구법인의 영업을 양수함에 있어서 참고자료로 작성된 것이며, 기타 다른 목적으로 사용되어서는 아니된다고 되어 있으며, 평가결과 요약내용을 보면,양도회사(청구법인)의 영업양·수도가액에 대한 평가는 평가기준일 현재 양도회사가 제시한 재무제표와 향후 수익전망 자료를 기초로「유가증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정 시행세칙」을 준용하여 실시하였으며, 양·수도 대상의 영업의 자산가치와 수익가치를 각각 1과 1.5로 나누어 가중산술평균한 가액으로 평가하였다고 하면서 다음 <표1>이 제시되어 있다.

OOOOOOOOOO

(OO) OOOOO OO OO OOOO OOOOO OOOOO, OOOOO OOOO OOOOO

(OO) OOOOOOOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOO OOOOO OOO O OO OOOOO OOOOO

(2) 청구법인의 주식 등 변동상황명세서는 다음 <표2>와 같고, 청구법인은 그 외에 영업양수·도 정정신고서(2007년 7월)를 제출하였다.

OOOOOOOOOO OO O OOOOOOO

(3) 위 사실관계 및 별첨 관련법령을 종합하여 살피건대, 쟁점주주들은 OOO그룹 계열사인 청구법인, OOO과학(주), OOO프런티어(주), (주)OOO기기의 전 대표자이거나 현재 대표자인 자들이고, 쟁점주식 양도 당시 각 청구법인의 주식을 100분의 1 이상 소유하여 「법인세법 시행령」제87조 제1항에 따라 청구법인과 특수관계에 해당하는 점, OOO회계법인은 영업양·수도 평가의견서에서, “청구법인이 제출한 기초자료와 담당자의 면담을 통하여 평가가 이루어졌으므로 감사 또는 일반적 검토절차에 대하여 그 범위가 제한되어 있고, 따라서 회계법인도 평가의견서에 포함된 정보에 대해 의견표명을 하지 않는다”고 밝히고 있는 점, 쟁점거래가액은 청구법인의 과학기자재 사업부문 양·수도가액을 총발행주식수로 나눈 것으로 청구법인의 주식가치를 정확히 반영한 것으로 보기 어려운 점 등을 고려할 때, 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

[별첨] 관련법령

(1) 법인세법제15조【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

② 다음 각 호의 금액은 이를 익금으로 본다.

1. 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자인 개인으로부터 유가증권을 동조 제2항의 규정에 의한 시가에 미달하는 가액으로 매입하는 경우 시가와 당해 매입가액의 차액에 상당하는 금액

제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

(2) 법인세법 시행령제87조【특수관계자의 범위】① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각 호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.

1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자( 「상법」 제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족

2. 주주 등(소액주주 등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족

3. 법인의 임원·사용인 또는 주주 등의 사용인(주주 등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인 외의 자로서 법인 또는 주주 등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족

② 제1항 제2호에서 “소액주주 등”이라 함은 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1에 미달하는 주식 또는 출자지분을 소유한 주주 또는 출자자를 말한다. 다만, 당해 법인의 지배주주 등과 특수관계에 있는 자는 소액주주 등으로 보지 아니한다.

③ 제2항에서 “지배주주 등”이라 함은 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주와 출자자(국가 및 지방자치단체를 제외한다)로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 당해 법인의 주주 또는 출자자 중 가장 많은 경우의 당해 주주 또는 출자자를 말한다.

제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자 간의 거래(특수관계자 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. (단서 생략)

제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인 및 코스닥상장법인이 발행한 주식을「한국증권선물거래소법」에 따른 한국증권선물거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국증권선물거래소 최종시세가액)에 의한다.

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」제63조 제2항 제1호 및 동법 시행령 제57조 제1항·제2항의 규정을 준용함에 있어서 “직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다)”은 이를 각각 “직전 6월”로 본다.

⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. (단서 생략)

(3) 상속세 및 증여세법 제63조【유가증권 등의 평가】① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가

다. 나목 외의 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 당해 법인의 자산 및 수익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다.

(4) 상속세 및 증여세법 시행령 제54조【비상장주식의 평가】① 법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정에 의한 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 “비상장주식”이라 한다)은 다음의 산식에 의하여 평가한 가액(이하 “순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액에 의한다. 다만, 부동산과다보유법인( 「소득세법 시행령」제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다.

1주당 가액 ＝ 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액 ÷ 금융기관이 보증한 3년만기 회사채의 유통수익률을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율(이하 “순손익가치환원율”이라 한다)

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다.

1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 “순자산가치”라 한다)

제55조【순자산가액의 계산방법】① 제54조 제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 한다. (이하 생략)

(5) 상법 제374조【영업양도, 양수, 임대 등】① 회사가 다음의 행위를 함에는 제434조에 정하는 결의가 있어야 한다.

1. 영업의 전부 또는 중요한 일부의 양도

제374조의2【반대주주의 주식매수청구권】① 제374조의 규정에 의한 결의사항에 반대하는 주주는 주주총회 전에 회사에 대하여 서면으로 그 결의에 반대하는 의사를 통지한 경우에는 그 총회의 결의일부터 20일내에 주식의 종류와 수를 기재한 서면으로 회사에 대하여 자기가 소유하고 있는 주식의 매수를 청구할 수 있다.

② 회사는 제1항의 청구를 받은 날부터 2월 이내에 그 주식을 매수하여야 한다.

③ 제2항의 규정에 의한 주식의 매수가액은 주주와 회사 간의 협의에 의하여 결정한다.

④ 제1항의 청구를 받은 날부터 30일 이내에 제3항의 규정에 의한 협의가 이루어지지 아니한 경우에는 회사 또는 주식의 매수를 청구한 주주는 법원에 대하여 매수가액의 결정을 청구할 수 있다.

⑤ 법원이 제4항의 규정에 의하여 주식의 매수가액을 결정하는 경우에는 회사의 재산상태 그 밖의 사정을 참작하여 공정한 가액으로 이를 산정하여야 한다.