가. 청구인은 2003.7.21. OOO를, 2003.12.22. 같은 동 OOO를, 2003.12.26. 같은 동 OOO을 취득하여,

2011.4.5. 그 중 같은 동 OOO를 제외한 나머지 토지를 같은 동 OOO로 합병하였다가, 2011.4.14. 합병된 토지를 같은 동 OOO OOO 및 OOO로 분할하고,

2012.2.10. 및 2012.2.16. 주식회사 OOO 등에게 쟁점토지를 OOO원에 양도한 후 취득가액OOO을 실지거래가액으로 하고 8년 자경농민에 대한 감면을 적용하여 OOO에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.

나. OOO(이하 “감사청”이라 한다)은 OOO에 대한 특정감사(양도소득세 조기경정 부당 업무처리) 결과, 쟁점토지는 취득 당시의 실지거래가액이 확인되지 아니하고 8년 자경농민에 대한 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아, 처분청에 쟁점토지의 취득가액을 환산가액으로 하고 감면을 부인하도록 처분지시를 하였으며,

처분청은 이에 따라 2018.3.7. 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

다. 청구인은 쟁점토지의 취득가액을 환산가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분에 불복하여 2018.5.16. 이의신청을 거쳐 2018.11.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2003.7.21. 종전①토지를 OOO원에, 2003.12.22. 종전②토지를 OOO원에, 2003.12.26. 종전③토지를 OOO원에 취득하고, 2011.4.5. 같은 동 OOO으로 합병하였다가 2011.4.14. 쟁점①토지, 쟁점②토지 및 쟁점③토지로 분할하여 2012.2.10. 및 2012.2.16. 양도한 후, 양도소득세 신고 시 종전토지의 각 지번들이 합병 및 재분할을 거쳐 쟁점토지로 각 분할됨에 따라 종전토지의 각 취득가액을 기준시가로 안분하여 쟁점토지의 취득가액을 산정하여 양도소득세를 신고하였다.

(2) 쟁점토지에 대한 취득가액의 기초가 된 종전토지의 취득가액이 실지거래가액에 해당한다는 것은 2012.2.16. 동고양세무서에 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서의 첨부서류로 제출된 자료 등에서 아래와 같이 확인된다.

(가) 종전①토지의 경우, OOO와 OOO원에 매매계약을 체결한 사실이 매매계약서(작성일자 미상)에 나타나고, 2003.7.3. 계약금 및 중도금OOO이, 2003.7.21. 잔금OOO이 청구인의 배우자( OOO) 명의 계좌와 청구인 명의 계좌에서 자기앞수표로 출금되어 지급된 내용이 영수증, 자기앞수표 및 예금거래실적에 의하여 확인되므로 종전①토지의 실지취득가액은 OOO원이다.

처분청은 종전①토지에 대한 매매계약서가 거래상 작성되는 필수기재사항인 매매계약일, 잔금일이 누락되어 신뢰할 수 없다는 의견이나, 양도소득의 필요경비 계산을 규정한 ｢소득세법｣ 제97조 제1항 제1호에서 ‘취득가액’이라고만 규정하고 있을 뿐 확인절차에 대한 구체적이고 명시적인 규정이 없고 계약서상 매매대금이 자기앞수표 등 증빙으로 확인되고 있으므로 비록 계약서에 매매계약일 및 잔금지급일이 누락되었다 하더라도 당사자간에 무효를 주장한 사실이 없는 한 해당 계약서는 증빙자료로 인정된다 할 것이다.

(나) 종전②토지의 경우, 청구인의 빈번한 거주지 이전 등 보관 부주의로 비록 당초 부동산매매계약서는 제시하지 못하고 등기권리증에 첨부된 관인계약서(관행적으로 매매가액을 공시지가와 유사한 가격으로 작성)만을 제출하였으나, 2003.12.2. 및 2003.12.17. 매매가액 OOO원의 10%인 계약금 OOO원과 잔금 OOO원이 청구인 명의 OOO 계좌에서 인출되었고 전소유자 OOO의 인감이 날인된 영수증에서 잔금이 지급된 내역이 확인되므로 종전②토지의 실지취득가액은 OOO원이다.

(다) 종전③토지의 경우에도 비록 당초 부동산매계약서는 제시하지 못하나, 매매가액 OOO원의 10%인 계약금 OOO원이 청구인 명의 OOO 계좌에서 2003.12.2. 자기앞수표로 인출되었고, 전소유자 OOO의 인감이 날인된 영수증에서 잔금 OOO원이 지급된 것이 확인되므로 종전③토지의 실지취득가액은 OOO원으로 인정되어야 한다.

(3) 처분청은 청구인이 마치 불복과정에서야 비로소 실지거래가액과 관련된 증빙들을 제출한 것으로 보고 있으나, 청구인은 2012.2.16. OOO에 양도소득세 신고 시 ‘양도소득세과세표준 신고 및 납부계산서’와 그 증빙으로 영수증 등을 제출OOO하였고, 취득가액 종류를 “실가”라고 명확하게 기재하였다.

또한, 처분청은 청구인의 신고에 대한 결정이 위법한 조기경정이 라는 의견이나, 양도소득세 신고 시 조기경정을 요구할 수 없는 상황에서 청구인에게 조기경정이 위법하다는 것을 언급하는 것은 처분청의 잘못을 청구인에게 전가하려는 변명에 불과하고, 조기경정이 위법하다면 국세청 내부적으로 조기경정을 못하도록 규정하면 될 사항을 마치 청구인이 처분청과 결탁하여 불법적으로 양도소득세 조기경정을 유도한 것처럼 조장하고 있다.

처분청은 쟁점토지의 취득가격에 대한 실지거래가액 확인도 하지 아니한 채 쟁점토지의 취득가액과 관련된 증빙에 대한 금융조회가 불가능하고, 거래상대방이 거래내용을 확인해 주지 않는다는 사유로 실지거래가액을 부인하고 환산취득가액으로 결정하는 것은 근거과세원칙에 어긋나는 부당한 처분이다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지 취득 당시의 종전토지는 계약서가 없거나, 금융 지출된 부분에 대한 소명 내역이 불분명하여 실지거래가액이 확인되지 아니한 경우에 해당한다.

(가) 종전①토지의 경우, 제출된 매매계약서상에 매매가액이 OOO원으로 기재되어 있으나, 해당 계약서는 거래상 작성되는 필수기재사항인 ‘매매계약일’, ‘잔금일’이 누락되어 있어 그 진위 여부가 의심스럽다.

(나) 종전②토지의 경우, 매매계약서상에 매매대금이 OOO원으로, 2003.12.18. 일시불로 지불한다고 기재되어 있어, 이 또한 청구인이 주장하는 매매대금OOO과 달라 인정하기 어렵다.

(다) 종전③토지의 경우에도, 매매계약서상에 매매대금이 OOO원으로, 2003.12.26. 일시불로 지불한다고 기재되어 있어, 청구인이 주장하는 매매금액OOO이 달라 인정하기 어렵다.

(라) 청구인이 제출한 쟁점토지에 대한 매매계약서와 관련된 금융자료상의 지급내역은 아래와 같은바,

청구인이 종전토지의 매매대금 상당부분을 전소유자에게 수표 지급한 것으로 주장함에 따라 수표발행기관에 수표발행분에 대한 수표 배서사항을 자료 요청하였으나, 발행기관인 OOO은 수사나 세무조사 등 공적 용도 외에는 개인에게는 자료 제공이 힘들다하여 해당 금액이 전소유자에게 지급되었는지에 대한 금융 사실을 확인할 수가 없어 영수증상의 금액이 실제 지급되었는지 여부를 확인할 수가 없다.

더욱이, 종전②･③토지는 아래와 같이 매매계약서상의 금액 등이 청구인이 주장하는 실지거래가액보다 더 작은데도 영수증 외에는 실지거래가액과의 차이를 입증할만한 객관적인 금융 자료 등이 없다.

(2) 이 건은 국세청 전산시스템에 쟁점토지 양도에 대한 신고서가 접수된 사실이 없는 상태에서 2012.2.15. 과세자료를 생성하여 2012.2.20. 양도소득세 조기경정의 방식으로 부적정하게 처리된 건으로, 청구인은 쟁점토지 보유기간 동안 실제 자경하지도 않았음에도 농지 감면을 받고 취득가액이 과다하게 적용되었는바, 매매계약서나 대금지급 증빙 등 취득가액을 확인할 수 있는 객관적인 증빙이 확인되지 아니함에 따라 환산가액을 취득가액으로 하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지에 대한 취득가액을 환산가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 쟁점토지(종전토지) 취득, 합병, 분할 및 양도경위와 그 토지현황은 다음과 같다.

(가) 청구인은 2003.7.21.～2003.12.26. OOO 등으로부터 아래와 같이 종전토지OOO를 취득하였다.

(나) 청구인은 2011.4.5. 종전토지 중 2003.12.22. 취득한 OOO를 제외한 모든 토지를 OOO으로 합병하였고, 2011.4.14. 합병된 토지를 쟁점①토지, 쟁점②토지 및 쟁점③토지로 분할하였다.

(다) 청구인은 2012.2.10. 및 2012.2.16. 쟁점토지를 양도한 후 8년 자경농지감면OOO을 적용하고 취득가액을 실지거래가액 등으로 하여 아래와 같이 양도소득세를 신고하였는바, 양도 당시 쟁점토지의 공시지가는 OOO 종전②토지의 일부였던 OOO이었던 것으로 확인된다.

(라) 쟁점토지의 지적도(2016년 현재) 등에 의하면, 쟁점②토지･쟁점③토지(주유소 부지)는 도로변에 접해 있고, 쟁점①토지(나대지 상태)는 쟁점②토지･쟁점③토지의 후면에 접해 있는 것으로 나타난다.

(2) 처분청은 2018.3.7. 쟁점토지의 취득가액을 환산가액으로 하고 8년 자경농민에 대한 감면을 부인하여 양도소득세 OOO원을 과세하였고, 2018.8.21. 기준시가 조정으로 환산취득가액을 OOO원으로 재계산함에 따라 양도소득세 OOO원을 직권감액하였다.

(3) 쟁점토지(종전토지)의 취득가액과 관련하여, 청구인이 주장하는 가액과 처분청이 과세한 가액 비교는 아래와 같다.

(4) 청구인이 쟁점토지의 취득가액은 실지거래가액을 적용하여야 한다며 제출한 양도소득세 신고 당시 제출한 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서, 영수증, 수표 및 예금실적증명서 등에 의하여 확인된 내용은 다음과 같다.

(가) 종전토지의 매매계약서상에 기재된 주요내용은 아래와 같다.

(나) 전소유자들이 청구인에게 발급한 영수증에 의하면, 종전①토지의 경우, OOO가 2003.7.3. 및 2003.7.21. 각 OOO원 및 OOO원을, 종전②토지의 경우, OOO가 2003.12.7. OOO원(내역에 토지 잔금조라고 기재)을, 종전③토지의 경우, OOO가 2003.12.17. OOO원을 수령한 것으로 나타난다.

(다) OOO이 발행한 자기앞수표 및 청구인 및 배우자 명의 계좌의 예금거래실적증명서 등에 의하면, 종전①토지의 경우, 2003.7.3. 및 2003.7.21. 각일에 OOO원 및 OOO원이 대체지급(자기앞수표)되었고, 종전②토지의 경우, 2003.12.2. OOO원이 대체지급(자기앞수표)되었으며, 종전③토지의 경우, 2003.12.2. 및 2003.12.17. 각 일에 OOO원 및 OOO원이 대체지급(자기앞수표)된 것으로 확인된다.

(라) 위 내용들을 반영한 취득가격 입증요약표는 아래와 같다.

(5) 한편, 처분청이 종전토지의 전 소유자에게 유선상 쟁점토지에 대한 매매대금을 확인한 결과 종전①토지는 전소유자 사망으로, 쟁점②･③토지는 연락두절로 확인이 불가한 것으로 나타나고, 수표의 지급내역 등을 확인한 결과, OOO은 보관기간(5년)이 지나 수사 및 국세청의 조사와 관련된 것 외에는 발행인을 포함하여 누구에게도 확인하여 줄 수 없다고 회신한 것으로 나타난다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

처분청은 쟁점토지의 실지취득가액이 불분명하므로 환산가액을 취득가액으로 하여야 한다는 의견이나, 쟁점토지의 양도소득세 신고 당시의 신고서상의 취득가액과 제출된 수표사본 및 영수증 등의 금액이 일치하고 그 수표 발행 및 영수증 발급일자가 계약일 및 잔금지급일자에 일치하거나 근접한 점, 예금거래실적증명서에서 종전①･③토지의 경우, 거래금액 전부가 수표 발행 또는 영수증 발급된 날에 인출된 내역이 나타나고, 종전②토지의 경우, 2003.12.2. 인출된 내역만 나타나지만 그 인출금액OOO이 청구인이 주장하는 취득금액OOO의 10%에 해당하여 종전②토지의 계약금임을 알 수 있는 점 등에 비추어 볼 때 양도소득세 신고 시 신고한 취득가액이 쟁점토지의 실지거래가액이라는 청구주장에 신빙성이 있어 보이므로 당초 양도소득세 신고서상의 제출된 증빙에 대한 구체적인 검토없이 예금거래실적증명서 또는 영수증 등에 의해 확인된 금액을 부인하기는 어렵다 할 것이다.

따라서 처분청이 청구인의 쟁점토지 양도 당시 OOO에게 제출한 쟁점토지의 취득가액을 확인할 수 있는 자료 등을 재조사하여 그 결과 심판청구 시 제출된 영수증, 수표 및 예금거래실적증명서가 당초 제출한 자료와 불일치하거나 달리 청구인 제시자료와 배치되는 자료가 없는 한, 위 제출된 영수증, 수표 및 예금거래실적증명서에서 확인된 취득가액을 반영하여 이 건 과세처분의 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

(1) 소득세법

제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑤ 제94조 제1항 제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 "신고의무자"라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 신고의무자의 실지거래가액 소명(疏明) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 ｢부동산등기법｣ 제68조에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 "등기부 기재가액"이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령

제163조【양도자산의 필요경비】⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.

제176조의2【추계결정 및 경정】① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, ｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣ 제2조 제4호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식등이나 법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액