가. 청구인은 OOO 취득한 OOO(이하 “양도토지”라 하고, 양도토지의 총 면적은 3,901㎡이다)를 OOO 양도한 뒤, OOO 양도토지 중 「국토의 계획 및 이용에 따른 법률」(이하 “국토계획법”이라 한다)에 따라 도시지역(제2종 일반주거지역)에 해당하는 부분인 2,438.63㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)가 「소득세법」 제104조의3 제1항 나목에 따른 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보고 장기보유특별공제를 배제하여 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고·납부하였다가,

OOO 쟁점토지가 사업용 토지에 해당한다고 주장하며 장기보유특별공제를 적용하여 계산한 양도소득세 OOO원과 당초 신고·납부한 세액 OOO원과의 차액 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 OOO 청구인에게 OOO원을 환급하였다가, 쟁점토지가 도시지역(제2종 일반주거지역)에 편입된 토지로서 「소득세법」 제104조의3 제1항에 따라 비사업용 토지에 해당함에도 착오로 인해 환급하였다는 이유로 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 OOO 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

양도토지는 농지로서 청구인이 OOO 이전부터 양도일 현재까지 농지소재지에 거주하면서 농작물을 자경하던 토지이다.

양도토지는 취득일OOO 이후인 OOO 도시지역으로 편입되었고, 편입 당시 양도토지는 주거지역(쟁점토지)과 생산녹지 일부, 그리고 도로기반시설지(도로계획지)로 도시계획이 되어 양도일 현재까지 그 상태가 계속 유지되었다.

양도토지에 대한 토지이용계획확인서를 보면, 주변의 수 백 필지의 농지들과 함께 도로기반시설이 계획되어 있고, 그 도로기반시설을 중심으로 제2종 일반주거지역이 계획되어 있으므로, 청구인이 단독으로 양도토지에 도로를 개설하고 건물 등을 건축하라는 것은 무리한 주문이며, 수십 명의 토지주가 공동개발하거나 공적 개발을 통해서만 가능하나, 양도토지는 양도일 현재까지 공동개발 또는 공적 개발이 언제 이루어질지 아무도 모르는 상태였다.

따라서, 청구인은 양도토지를 자신의 직업대로 오로지 농사에 사용할 수밖에 없었는바, 이처럼 개인이 단독으로 토지를 도시계획에 맞게 이용할 수 없는 상태임에도 비사업용 토지로 보아 중과하는 것은 부당하므로, 쟁점토지를 포함한 양도토지 전체가 「소득세법」 제104조의3 제2항, 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제4호 및 같은 법 시행규칙 제83조의5 제1항 제12호에 따른 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지에 해당하므로, 쟁점토지에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점토지는 시지역 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역 중 제2종 일반주거지역에편입된 토지로, 「소득세법」 제104조의3의 비사업용 토지에 해당하므로 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

청구인은 청구인 개인이 쟁점토지를 도시계획에 맞게 사용할 수 없는 상태라고 주장하고 있으나, 「소득세법」 제104조의3 제2항, 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제4호 및 같은 법 시행규칙 제83조의5 제1항 제12호에서 규정한 도시계획의 변경 등 정당한 사유(부득이한 사유)가 존재하지 않으므로 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지에 대한 국토계획법상 지역·지구 등 지정내역에 의하면, 쟁점토지는 국토계획법상 도시지역 중 제2종 일반주거지역으로 지정된 부분인 것으로 나타나고, 양도토지(3,901㎡) 중 쟁점토지(2,438.63㎡)를 제외한 부분(1,462.37㎡, 도로로 지정된 부분임)은 사용이 제한되는 토지로 보아 장기보유특별공제를 적용받은 것으로 나타난다.

(2) 양도토지에 대한 부동산매매계약서에 의하면, 청구인은 OOO 양도토지를 주식회사 OOO원에 양도한 것으로 나타난다.

(3) 양도토지(총면적 3,901㎡)에 대한 개별공시지가(2015년 1월)는 아래 <표>와 같다.

<표> 양도토지에 대한 개별공시지가(2015년 1월)

(4) 이상과 같은 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「소득세법」 제104조의3 제1항 제1호 나목에 의하면 대통령령으로 정하는 기간 동안 시지역 중 국토계획법에 따른 도시지역에 있는 농지는 비사업용 토지에 해당하는 것으로 규정하고 있는바, 쟁점토지는 OOO 도시지역(제2종 일반주거지역)으로 지정되어 비사업용 토지에 해당하는 점, 청구인이 주장하는 사정만으로는 같은 법제104조의3 제2항, 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제4호 및 같은 법 시행규칙 제83조의5 제1항 제12호에서 정하는 도시계획의 변경 등 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 소득세법

제95조[양도소득금액] ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(생략)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.(표 1, 2 등 이하 생략)

제104조의3[비사업용 토지의 범위] ① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논·밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

나. 특별시·광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치시(특별자치시에 있는 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치도(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및시지역( 「지방자치법」 제3조 제4항에 따른 도농 복합형태인 시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지.다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령

제168조의6[비사업용 토지의 기간기준] 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

제168조의7[토지지목의 판정] 법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다.

제168조의8[농지의 범위 등] ③법 제104조의3 제1항 제1호 가목 단서에서 "「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지의 경우를 말한다.

1. 「농지법」 제6조 제2항 제2호·제3호·제9호·제10호 가목 또는 다목에 해당하는 농지

2. 「농지법」 제6조 제2항 제4호에 따라 상속에 의하여 취득한 농지로서 그 상속개시일부터 3년이 경과하지 아니한 토지

3. 「농지법」 제6조 제2항 제5호에 따라 이농 당시 소유하고 있던 농지로서 그 이농일부터 3년이 경과하지 아니한 토지

4. 「농지법」 제6조 제2항 제7호에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 자가 소유한 농지 또는 같은 법 제6조 제2항 제8호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지

5. 「농지법」 제6조 제2항 제10호 라목부터 바목까지에 따라 취득한 농지로서 당해 사업목적으로 사용되는 토지

6. 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

7. 소유자(제154조 제6항의 규정에 따른 가족 중 소유자와 동거하면서 함께 영농에 종사한 자를 포함한다)가 질병, 고령, 징집, 취학, 선거에 의한 공직취임 그 밖에 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유로 인하여 자경할 수 없는 경우로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 토지

가. 당해 사유 발생일부터 소급하여 5년 이상 계속하여 재촌하면서 자경한 농지로서 당해 사유 발생 이후에도 소유자가 재촌하고 있을 것. 이 경우 당해 사유 발생당시 소유자와 동거하던 제154조 제6항의 규정에 따른 가족이 농지 소재지에 재촌하고 있는 경우에는 그 소유자가 재촌하고 있는 것으로 본다.

나. 「농지법」 제23조에 따라 농지를 임대하거나 사용대할 것

8. 「지방세특례제한법」 제22조·제41조·제50조 및 제89조에 따른 사회복지법인등, 학교등, 종교·제사 단체 및 정당이 그 사업에 직접 사용하는 농지

9. 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」 제3조에 따른 한국농어촌공사가 같은 법 제24조의4 제1항에 따라 8년 이상 수탁(개인에게서 수탁한 농지에 한한다)하여 임대하거나 사용대(使用貸)한 농지

9의2. 「주한미군기지 이전에 따른 평택시 등의 지원 등에 관한 특별법」에 따라 수용된 농지를 대체하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령」 제119조 제1항 제2호 단서에 따라 취득한 농지로서 해당 농지로부터 직선거리 80킬로미터 이내에 있는 지역에 주민등록이 되어 있고 재촌하는 자가 자경을 하는 농지

10. 「농지법」 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 기획재정부령이 정하는 농지

④ 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 녹지지역 및 개발제한구역을 말한다.

⑤ 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 단서에서 "소유자가 농지소재지에 거주하여 자기가 경작하던 농지"라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다.

1. 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 본문의 규정에 따른 도시지역에 편입된 날부터 소급하여 1년 이상 재촌하면서 자경하던 농지

2. 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지

⑥법 제104조의3 제1항 제1호 나목 단서에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 2년을 말한다.

제168조의14[부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등] ① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지 : 보호구역으로 지정된 기간

3. 제1호 및 제2호에 해당되는 토지로서 상속받은 토지 : 상속개시일부터 제1호 및 제2호에 따라 계산한 기간

4.그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 : 기획재정부령으로 정하는 기간

(3) 소득세법 시행규칙

제83조의5[부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등] ① 영 제168조의14 제1항 제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가·허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)·면허 등을 신청한 자가 「건축법」 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지 : 건축허가가 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가·허가·면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지 : 착공이 제한된 기간

3. 사업장(임시 작업장을 제외한다)의 진입도로로서 「사도법」에 따른 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로 : 사도 또는 도로로 이용되는 기간

4. 「건축법」에 따라 건축허가를 받을 당시에 공공공지(公共空地)로 제공한 토지 : 당해 건축물의 착공일부터 공공공지로의 제공이 끝나는 날까지의 기간

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

6. 저당권의 실행 그 밖에 채권을 변제받기 위하여 취득한 토지 및 청산절차에 따라 잔여재산의 분배로 인하여 취득한 토지 : 취득일부터 2년

7.당해 토지를 취득한 후 소유권에 관한 소송이 계속(係屬) 중인 토지 : 법원에 소송이 계속되거나 법원에 의하여 사용이 금지된 기간

8. 「도시개발법」에 따른 도시개발구역 안의 토지로서 환지방식에 따라 시행되는 도시개발사업이 구획단위로 사실상 완료되어 건축이 가능한 토지 : 건축이 가능한 날부터 2년

9. 건축물이 멸실·철거되거나 무너진 토지 : 당해 건축물이 멸실·철거되거나 무너진 날부터 2년

10. 거주자가 2년 이상 사업에 사용한 토지로서 사업의 일부 또는 전부를 휴업·폐업 또는 이전함에 따라 사업에 직접 사용하지 아니하게 된 토지 : 휴업·폐업 또는 이전일부터 2년

11. 천재지변 그 밖에 이에 준하는 사유의 발생일부터 소급하여 2년 이상 계속하여 재촌(영 제168조의8 제2항의 규정에 따른 재촌을 말한다)하면서 자경(영 제168조의8 제2항의 규정에 따른 자경을 말한다. 이하 이 호에서 같다)한 자가 소유하는 농지로서 농지의 형질이 변경되어 황지(荒地)가 됨으로써 자경하지 못하는 토지 : 당해 사유의 발생일부터 2년

12. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제11호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지 : 당해 사유가 발생한 기간