1. 청구법인의 ’93·’94사업연도 OOOO단지조성공사 관련 설계용역의 도급금액 986,000,000원을 작업진행률에 의하여 안분한 금액을 각 사업연도의 수입금액으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구는 기각한다.

가. 청구법인은 OOO 수원시 팔달구 OO동 OOOOOO에서 설계용역을 영위하는 법인으로서, ’94사업연도 법인세 신고시 OOOO단지조성사업 설계용역(이하 “쟁점설계용역”이라 한다) 수입금액을 223,600,000원으로 하여 익금에 산입하고 청구외 OO측량공사에 지급한 외주비 21,000,000원(이하 “쟁점외주비”라 한다)을 손금에 산입하여 신고하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대한 법인세를 조사·결정함에 있어, 청구법인이 ’94사업연도의 수입금액으로 신고한 쟁점설계용역 수입금액 223,600,000원은 쟁점설계용역이 ’93사업연도에 제공된 것이라 하여 ’93사업연도의 법인소득금액 계산시 동 금액을 익금에 산입하면서, 쟁점외주비는 그 증빙이 허위라 하여 청구법인의 ’94사업연도 법인소득금액 계산시 손금에 불산입하는 등으로 청구법인의 ’93사업연도 및 ’94사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정하여 ’97.11.16 청구법인에게 ’93사업연도 법인세 102,675,860원을 고지하고 ’94사업연도 법인세 797,440원을 환급하는 통지를 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 ’97.12.17 심사청구를 거쳐 ’98. 4.17 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 쟁점설계용역은 청구법인이 OOOO단지조성사업의 설계용역을 담당하기로 하고 ’92.10.1 사업주인 사단법인 OOOO협회 OOO지부 OOOO시범단지 조성위원회 위원장 OOO 및 동 사업의 시공예정자인 OO건설(주) 대표이사 OOO과 한 합의에 따라 제공한 설계용역이다.

위 합의서는 OOOO단지조성사업이 관계당국에 의하여 승인이 된 후 정식계약서를 작성하기 전에 잠정적으로 합의한 것으로서 청구법인은 법인소득금액 신고시 쟁점설계용역 관련 수입금액을 기성부분에 대한 검사나 납품절차 없이 청구법인의 독자적인 계산하에 합의서에 의한 전체 용역비 986,000,000원에서 ’92사업연도의 기성분 수입금액 364,000,000원과 ’93사업연도의 기성분 수입금액 222,000,000원 및 ’94사업연도의 기성분 수입금액 223,600,000원으로 계상하여 신고한 것인 바, 처분청에서 위 수입금액과 관련한 각 사업연도 비용은 쟁점외주비를 제외하고는 전부 인정하면서 청구법인이 신고한 ’94사업연도 쟁점설계용역 관련 수입금액만 아무런 법적근거도 없이 ’93사업연도의 수입금액으로 익금가산한 것은 ’94사업연도의 쟁점설계용역관련 비용은 인정하고 관련수입은 인정하지 않게 되는 것으로 법인소득금액 계산시 손익의 귀속시기를 정하는 대원칙인 수익비용대응의 원칙을 위배하는 모순이 있고, 처분청이 근거로 든 ’93년 5월의 실시설계도는 사업주와 시공예정자간의 정식공사계약서 작성용으로 만든 것일 뿐 완성된 것이 아닌데도 청구법인이 ’93년 5월의 실시설계도 작성 이후 설계용역을 전혀 수행하지 않았다고 보아 ’93사업연도의 수입금액으로 본 것은 자의적인 판단에 따라 내린 처분으로서 부당하다.

당초 예정대로라면 ’93사업연도 내에 실시설계를 완성하여야 하였으나 당국에서 과대한 산림의 훼손과 과다한 절토와 성토를 반대하는 등 행정적, 기술적인 문제와 사업주 측의 가용부지의 확장욕망이 겹쳐 ’93사업연도 내에 실시설계를 완성하지 못하였을 뿐 아니라 ’94사업연도에는 과도한 산림훼손과 절토로 말미암아 홍수피해 대책을 위한 수리계산과 재해방지 대책 강구의 설계 및 가용부지면적을 위한 조사 등의 작업과 2차, 3차에 걸친 기본계획의 수정 및 이에 따른 개발계획서의 재작성 등의 작업을 하였으며 이러한 과정은 ’95년 1월에 안성군 당국과 협의한 협의서와 안성군 당국의 과다한 규제에 대한 국민고충위원회에의 제소 및 동 위원회의 의결서에서 확인된다.

본 설계용역은 여러 가지 작업이 복합적으로 이루어 져 완성되는 기술적인 작품인데도 전문기술자도 아닌 세무공무원이 어떠한 근거도 없이 청구법인이 수입금액을 임의로 계상하였다고 하면서 수입금액의 귀속시기를 자의적으로 판단하여 이러한 처분을 내렸으나, 청구법인은 임의로 수입금액을 계상한 것이 아니라 나름대로 합리적인 방법에 의하여 계상하였고 이러한 점은 이 건 시공예정사인 (주)OO건설의 대표이사의 확인서나 이 건 작업에 종사했던 기술자들의 진술서에 의하여 확인되므로 작업일지 등을 보아 청구법인이 계상하여 신고한 쟁점설계용역의 수입금액을 인정하여야 한다.

설령, 청구법인이 신고한 내용대로 쟁점설계용역의 수입금액이 ’94사업연도 귀속 수입금액이 아니라면 법인세법 제17조 제8항과 같은법시행령 제37조 제1항 및 같은법시행규칙 제15조에 의거한 작업진행률에 따라 계산된 금액을 ’93·’94사업연도의 수입금액으로 보아야 한다.

(2) 처분청은 청구외 OO측량공사가 사업자등록을 한 바 없다하여 쟁점외주비를 손금부인 하였으나, 상대방 협력업체(OO측량공사)가 세무서에 사업자등록을 하였는지 여부는 실무자들이 잘 따지지 않고 지불처리하는 수가 있어 OO측량공사가 사업자등록을 하기전에 지불된 것일 뿐 실제 외주에 따른 지불이 틀림없으므로 쟁점외주비를 손비로 인정해 주어야 한다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구법인은 ’94사업연도 출장여비 등은 손금으로 인정하고 쟁점설계용역의 수입금액은 ’93사업연도의 수입금액으로 조사결정한 것은 부당하다고 주장하나,

첫째, 처분청의 과세적부심사에서 ’94사업연도 출장여비 등을 손금인정한 것은 ’94사업연도중 실시설계와 관련없는 행정문제조정등 특수문제 등의 파악을 위한 비용으로 인정한 것이고 쟁점설계용역의 수입금액과 관련된 설계용역원가로 인정한 것이 아님을 알 수 있다.

둘째, 관련법령에 의하면 장기기술용역계약을 체결한 경우의 각 사업연도의 손익은 그 기술용역을 완료한 정도를 기준으로 하는 것임을 알 수 있고, 청구법인은 선급금 등을 받은 적이 없다고 주장하고 있으나 ’93.5.20자로 5억원의 약속어음을 수취하고 장부상 받을 어음으로 계상하였음을 알 수 있다.

셋째, 청구법인은 실시설계도를 ’93년 5월 부분완성 이후 더 이상 작업을 계속한 사실이 없고, 구분계상한 근거없이 청구법인 임의로 계상하고 쟁점설계용역 원가인 쟁점외주비등을 허위계상 하였음이 확인됨에도 청구서상에는 ’94사업연도에 설계작업을 하였다고 주장만 할 뿐 이 건 심리일 현재까지 작업내역을 제시하지 못하고 있어 쟁점설계용역의 수입금액을 실시설계가 부분완성된 ’93사업연도의 수입금액으로 본 처분은 정당하다.

넷째, 청구법인이 ’92사업연도와 ’93사업연도 수입금액으로 장부상 364백만원과 222백만원을 각각 수입금액으로 계상한 것은 당시 그렇게 작업이 진행되었다는 근거하에 계상하는 등 그 행위의 성실성 추정원칙에 따라 정당한 수입금액으로 보아야 할 것이다. 만일 그렇지 않다면 총공사비에 대한 장부계상 숫자의 진실성에 대하여도 문제가 있는 것이며 받을 어음으로 받은 작업대금과 수입금액과의 관련여부에 대한 해명없이 단순히 작업진행률에 의하여 산출된 숫자와의 차이만을 근거로 하는 주장은 억지주장에 지나지 않는다.

청구법인의 ’94사업연도 관련 작업진행률 계산시 소요된 총공사비는 장부상 111,183,160원으로써 가공으로 계상되어 있을 뿐 실제 소요된 공사비는 없으며 따라서 작업진행률은 0%이므로 해당 수입금액은 없다. 따라서 ’92사업연도와 ’93사업연도의 수입금액이 과다계상되었다는 주장과 장부상 가공계상된 총공사비를 적용한 작업진행률에 의하여 각 사업연도의 수입금액으로 하여야 한다는 청구법인의 주장은 이유 없다고 판단된다.

(2) 쟁점외주비는 OO측량공사가 사업자등록 없이 사업을 해오던 기간분 이라고 주장하나,

첫째, 청구법인이 제출한 간이세금계산서에 의하면 미등록사업기간에 해당됨에도 사업자등록번호가 기재되어 있는 것으로 보아 청구법인이 간이세금계산서를 임의작성 비치한 것으로 보이고, 이는 실제로 ’94사업연도에 해당되지 않는 쟁점설계용역수입금액을 장부상 수입금액으로 계상하고 이에 대한 용역원가를 구성하기 위한 가공원가에 해당하므로 각 사업연도 소득금액 계산상 이를 손금불산입한 처분은 정당하다 할 것이고,

둘째, 간이세금계산서 발행업체인 OO측량공사가 ’94.11.3 개업하였음에도 간이세금계산서 발행일자는 ’94.3.29 7백만원, ’94.5.10 8백만원, ’94.10.5 6백만원으로 개업이전 일자이고, 실제로 거래하였음을 확인할 수 있는 증빙이 없으므로 청구주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 청구법인이 ’94사업연도 귀속 수입금액으로 신고한 쟁점설계용역수입금액을 ’93사업연도 수입금액으로 보아야 하는지, 그러하지 아니한다면 각 사업연도 작업진행률에 따라 당해 사업연도 귀속 쟁점설계용역의 수입금액을 정하여야 하는지 여부

(2) 쟁점외주비가 청구법인의 ’94사업연도 법인소득금액 계산시 손금산입되어야 하는지 여부

나. 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.

(1) 관련법령

구법인세법(’94.12.22 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항에서 「내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. 다만, 지급이자의 경우에는 그 지급이자가 발생한 사업연도의 손금에 산입할 수 있다(’93.12.31 단서 신설)」고 규정하면서, 동조 제8항에서 「내국법인이 건설 또는 제조에 관한 장기도급계약(2사업연도 이상 계속되는 것을 말한다)을 체결한 경우에는 그 목적물의 건설 또는 제조에 착수한 날이 속하는 사업연도로부터 그 목적물의 건설 또는 제조를 완료하여 그것을 도급자에게 인도한 날이 속하는 사업연도까지의 각사업연도의 손익은 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 목적물의 건설 또는 제조를 완료한 정도를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 당해사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다」고 규정하고 있다.

같은법시행령 제37조 제1항에서 「법 제17조 제8항에 규정하는 건설 또는 제조를 완료한 정도의 기준은 도급금액(견적금액)에 작업진행율을 곱하여 계산한다. 이 경우에 작업진행율이 분명하지 아니한 때에는 도급자가 확인한 기성부분에 따라 손익을 계산한다」고 규정하면서, 동조 제2항에서 「법 제17조 제8항에 규정하는 2사업연도 이상 계속되는 것은 2사업연도 이상에 걸쳐 도급계약기간이 6월을 초과하는 경우를 말한다(’76.12.31개정)」고 규정하고 있다.

같은법시행규칙 제15조 제1항에서 「영 제37조에 규정하는 작업진행률의 계산은 다음 산식에 의한다.

작업진행률 =」

를 규정하고,

동조 제2항에서 「전항의 산식에서 “총공사예정비”라 함은 도급금액에 정부가 정하는 표준소득률을 곱한 금액을 도급금액에서 공제한 금액을 말하고, “총공사비”라 함은 당해공사의 공사원가를 말한다(’93.2.27 개정)」고 규정하면서, 동조 제3항에서 「영 제37조에서 “작업진행률이 분명하지 아니한 때”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법인의 비치·기장된 장부가 없거나 비치·기장된 장부의 내용이 불비하여 실지소요된 총공사비를 확인할 수 없는 경우

2. 공사계약 이후에 천재·지변·물가 기타 객관적 여건의 변동으로 인하여 작업진행율에 의한 계산이 불합리하다고 인정되는 경우

(2) 판 단

(가) 이 건 관련 합의서(’92.10.1 합의)상 청구법인이 제공한 쟁점설계용역 내용과 예정기간 및 보수내용을 살펴보면, ① 제반 기초조사용역(’92.10.10～’92.12.10) : 250,000,000원 ② 개발계획 및 기본설계용역(’92.12.10～’93.3.10) : 180,000,000원 ③ 실시설계용역(’93.3.10～’93.9.10) : 556,000,000원으로서 총도급금액은 986,000,000원으로, 도급계약기간이 2사업연도 이상에 걸쳐 6월을 초과하므로 구 법인세법시행령 제37조 제2항에서 규정된 장기도급계약에 해당된다.

한편, 합의서상 보수지불방법은 매월말일 이전에 그 달의 기성고 사정에 따라 지급하기로 하고, 과업이 끝나는 부분에 대하여는 지체없이 이를 완불키로 하며, 선급금은 일반 관례에 따라 체감상환키로 하며, 설계용역자에 대한 선급금은 제반 기초조사 및 개발계획서 작성비, 기본설계비, 실시설계비까지의 합계인 986,000,000원의 약 50%인 5억원으로 하고 본 합의시행착수와 동시에 지급하여야 한다고 기재되어 있다.

(나) 청구법인의 각 사업연도별 쟁점설계용역의 수입금액 및 관련비용 신고현황은 아래 도표와 같으며, 도표상 청구법인이 신고한 설계용역 수입금액은 계속적인 설계용역의 제공이 있을 것을 전제로하여 청구법인의 독자적인 계산하에 각 사업연도 설계용역수입금액을 계상하여 신고한 것으로 확인되며, 도급자로부터 기성고 확인을 받은 것은 없는 것으로 확인된다.

[단위 : 원]

(다) 청구법인의 각 사업연도별 쟁점설계용역에 대한 수입금액 및 관련비용 신고와 처분청이 결정한 각 사업연도별 수입금액과 관련비용 현황은 아래 도표와 같으며, 청구법인의 신고내용과 처분청의 결정내용을 비교하면, 처분청은 청구법인이 ’93년 5월의 부분실시설계도 작성 후 ’94사업연도에는 설계용역을 전혀 한 바 없다고 보아 청구법인이 ’94사업연도 귀속 수입금액으로 신고한 쟁점설계용역 수입금액 223,600,000원을 청구법인의 ’93사업연도 귀속 설계용역수입금액으로 보면서, 청구법인이 ’94사업연도 귀속 외주비로 신고한 쟁점외주비를 부인한 것 외에는 청구법인의 장부에 근거한 신고내용을 인정하고 있음이 확인된다. 특히 청구법인의 ’94사업연도 쟁점설계용역 관련비용은 청구법인의 과세적부심사 청구에 의하여 쟁점외주비 외에는 청구법인의 신고내용대로 인정하였음이 확인된다.

[단위 : 원]

(라) 청구법인의 쟁점설계용역과 관련한 ’94사업연도의 사업내용을 청구법인의 제출한 관련서류에 비추어 검토하면 다음과 같다.

청구법인은 ’93년 5월 부분실시설계 이후 실시설계는 그 이상 진행되지 못하고 안성군 당국의 지나친 규제보완지시(’93.12.6～’94.4.11간의 신고 및 보완지시 후 반려)를 받은 후 ’94년 5월 국민고충처리위원회에 OOOO단지조성사업의 고충을 진정하여 청구법인의 고충이 수용의결(’94.5.24)된 후 건설부 및 안성군 등과 계속적인 협의를 거쳐 ’95년 1월에 안성군 당국과 최종협의를 하였는 바, 그 과정에서 ’94.5.25～’94.12.31간 개발가능지역분포도와 급경사지 30도 이상 지역분포도 및 성토고와 절토고분포도, 노곡저수지 개발분포도 표시 및 작성, 성토와 절토에 따른 피해방지계획도면 작성, 총사업대상지역과 개발촉진지역의 토지이용현황 계획도면 작성, 시공구별 현황면적집계에 따른 계획도면 등을 작성하였음이 확인된다.

(마) 위의 사실관계에서 살펴본 바와 같이 청구법인의 OOOO단지조성공사 설계용역계약은 장기도급계약에 해당되고 청구법인은 장부를 비치·기장하고 있으며, 처분청은 위 장부를 근거로 실지조사를 하였음이 인정되므로 전술한 구 법인세법시행규칙 제15조 제3항에서 규정하고 있는 작업진행률이 분명하지 아니한 때에 해당하지 아니한다.

사실이 이와 같다면 전술한 관련법령에 의거, 청구법인이 건설 또는 제조에 관한 장기도급계약을 체결한 경우에 각 사업연도의 익급에 산입할 금액은 도급금액에 작업진행률을 곱하여 계산한 금액으로 하는 것이며, 이 경우 각 사업연도별로 작업진행률에 의하여 계산한 수입금액과 회사계산 수입금액과의 차액을 익금산입 또는 익금불산입 하여야 한다(국세청 법인46012-1068, ’94.4.13 같은 뜻임)

청구법인의 쟁점설계용역에 관한 도급금액은 986,000,000원임에 다툼이 없고 장부에 의거 각 사업연도 작업진행률을 산출할 수 있는 이상 근거법령인 전술한 관련법령에 의거 청구법인의 ’93·’94사업연도 쟁점설계용역 수입금액을 결정하여 청구법인의 각 사업연도 수입금액을 결정하여야 하는데도 처분청은 청구법인이 신고한 ’94사업연도 귀속 쟁점설계용역 수입금액을 자의적인 판단에 의하여 ’93사업연도의 수입금액으로 본 처분은 위법한 처분이라 하겠다.

다만, 처분청은 청구법인의 ’93·’94사업연도 동안의 설계용역 관련 작업진행률을 계산할 때에 전술한 구 법인세법시행규칙 제15조 제1항에서 규정하고 있는 당해 사업연도중 소요된 총공사비를 재조사하여 확정한 후 작업진행률을 구하고, 이렇게 구한 작업진행률을 도급금액에 곱하여 나온 금액을 청구법인의 ’93·’94사업연도 쟁점설계용역수입금액으로 하여 청구법인의 각 사업연도의 수입금액을 결정하여야 할 것이다.

다. 쟁점(2)에 대하여 살펴본다.

(1) 관련법령

구법인세법(’94.12.22 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제9조 제1항에서 「내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다」고 규정하면서, 동조 제3항에서 「제1항에서 “손금”이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다」고 규정하고 있다.

(2) 판 단

(가) 청구법인은 쟁점외주비의 증빙으로 공급자인 OO측량공사(개업일 ’94.11.3, 사업자등록번호 OOOOOOOOOOOO)가 발행한 ’94.3.29 작성 7,000,000원과 ’94.5.10 작성 8,000,000원 및 ’94.10.5 작성 6,000,000 합계 21,000,000원의 설계외주비 관련 간이세금계산서를 제출하고 있다.

(나) 그러나 위 간이세금계산서는 OO측량공사가 개업하기 전에 작성되었는데도 위 사업자등록번호가 기재되어 있어 정당한 간이세금계산서로 보기 어려울 뿐만 아니라, 청구외 OO측량공사가 청구법인에게 제공한 설계내용을 제시하지 아니하고 있는 점으로 보아 청구주장은 신빙성이 없다고 판단된다.

라. 결 론

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.