2. 나머지 청구는 기각한다.

청구법인은 77.1.1이전에 취득한 별지 표2의 토지명세서와 같은 OO지구토지, OO지구토지 및 기타지구토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 서울특별시에 공공사업용지로 양도하고 92～94사업년도의 법인세를 신고하면서 쟁점토지에 대한 보상금을 수령한 각사업년도에 토지보상금수령액을 양도가액으로 하고 82년에 임의 평가하여 계상한 장부가액을 취득가액으로 하여 고정자산처분이익 및 양도차익을 계산하여 각사업년도소득 및 특별부가세 과세표준과 세액을 신고하였다.

처분청은 쟁점토지의 양도가액은 분명하나 취득가액이 분명하지 않은 경우에 해당한다고 하여 77.1.1현재의 기준시가에 의한 환산가액으로 취득가액을 계산하면서 쟁점토지에 대한 양도·취득당시의 개별공시지가와 토지등급이 정해져 있지 아니하였으므로 인근 유사토지의 개별공시지가와 당해 토지소재지 동의 최하위 토지등급을 적용하여 환산한 가액을 쟁점토지의 취득가액으로하여 97.5.7 청구법인에게 92～94사업년도 법인세(특별부가세)를 별지 표1과 같이 결정고지하였다가 97.6.25 제기한 이의신청과 97.9.4 제기한 심사청구 결정에 따라 감액경정 결정하였다.

청구법인은 이에 불복하여 98.1.19 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

(1) 별지기재 OO지구토지 및 기타지구토지(이하 “OO 및 기타지구토지”라 한다)의 취득가액에 대하여

OO 및 기타지구토지는 청구법인이 수십년전에 취득한 구거·하천등으로서 서울시에 공공용지로 수용되어 양도가액은 확인되나 취득가액은 불분명하므로 법인세법 제59조의 2 제4항 및 같은법시행령 제124조의 5 제2항의 규정에 의하여 환산하도록 되어 있고 이 규정을 적용하기 위하여는 90년 개별공시지가, 양도당시 개별공시지가, 77.1.1 토지등급과 90.1.1 토지등급이 있어야 하나 이중 한가지도 없는 토지인 바, 개별공시지가가 없는 토지의 개별공시지가는 법인세법 제59조의 2 제1항 제1호 단서와 같은법시행령 제124조의 5 제4항의 규정에 의하여 평가하도록 되어 있으므로 90년 및 양도당시의 개별공시지가는 위 규정에 의하여 평가한다고 하더라도 90년 및 77년의 토지등급이 없어 OO 및 기타지구토지의 취득가액의 환산은 불가능한 것이다.

또한, 토지등급에 관한 규정이 소득세법 및 법인세법에 규정된 바 없고, 다만 구소득세법시행규칙 제82조 제2항에 토지등급이 없는 경우에 취득일 또는 양도일 현재의 그 토지와 지O·품위 및 정황이 유사한 토지의 등급을 적용한다라고 규정되어 있었으나 90.9월 삭제되었고 93.1.9 대법원 전원합의부에서 이 규정이 위법이라고 판결(대법원 92누6983)한 바 있어, 이 규정을 적용할 수도 없으므로 처분청의 과세방법은 법에 규정되지 아니한 방법이고 따라서 이 건 처분은 조세법률주의에 위배되는 부당한 처분이다.

(2) OO지구토지의 양도시기에 대하여

법인세법시행령 제124조의 2 및 구 소득세법시행령 제53조에 의하면 부동산의 취득 및 양도시기는 잔금청산일 이전에 소유권이전등기가 있는 경우에는 소유권이전등기일인 바 OO지구토지는 1988년에 이미 토지구획정리사업이 완료공고되어 서울특별시에 의해 토지등기부 및 토지대장이 폐쇄정리되었으므로 이 때를 양도시기로 보아야 함에도 보상금 수령일을 양도시기로 보아 과세함은 부당하다.

(3) 과소신고 및 미납부가산세 부과에 대하여

쟁점토지의 개별공시지가 및 토지등급이 정해지지 아니하여 청구법인은 쟁점토지의 취득가액을 계산할 수가 없어서 92.6.1 처분청에 쟁점토지의 취득가액 환산이 불가함을 보고하였으나 처분청이 이를 결정한 바 없어 장부가액에 의하여 법인세 등을 신고하였으므로 이는 청구법인에게 귀책사유가 없다고 하여야 할 것이다. 가산세는 세법에 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위한 것으로서 납세자의 귀책사유가 없는 경우에는 가산세 적용을 배제하여야 할 것이므로 이 건 처분청의 가산세 부과는 부당하다.

나. 국세청장 의견

(1) 소득세법기본통칙 2-7-14…23에서 “양도 및 취득당시 설정된 토지등급이 없는 때에 적용할 토지등급은 1. 재산세과세대장상에 기재된 토지등급, 2. 당해토지의 품위와 정황이 유사한 인근토지의 등급가격을 참작하여 시장·군수가 결정한 가액, 3. 당해토지와 바로 인접된 토지중 품위·정황이 유사한 토지의 등급, 4. 품위·정황이 유사한 토지가 없는 때에는 당해 토지소재지 동(리)의 최하등급의 순서에 의한다”라고 하고 있는 바, 처분청이 토지등급없는 토지에 대하여 당해 토지소재지 동의 최하등급가액을 적용하여 취득가액을 환산한 것은 달리 잘못이 없다고 보여짐은 물론 90.9.1이전 취득한 토지의 경우는 전시 기본통칙에서 정한 등급가액을 기준으로 취득당시의 기준시가를 환산하는 방법외에는 취득당시의 기준시가를 환산할 수 없는 점에서 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(2) 청구법인이 제시한 OO지구토지에 대한 금전청산명세서에 의하면 89년도중 86필지분 청산금 2,901백만원, 90년도중 49필지분 1,715백만원, 91년도중 48필지분 1,591백만원, 92년도중 50필지 1,104백만원, 93년도중 20필지 1,120백만원, 94년도중 3필지 451백만원 합계 256필지 8,794백만원을 수령한 사실을 알 수 있고, 청구법인도 위 연도별로 청산금 수령분에 대한 필지의 고정자산양도차익을 결산에 반영하였음은 물론 양도차익을 계산하여 특별부가세를 신고한 사실이 청구법인이 제시한 재무제표 및 처분청의 과세관계기록에 의하여 확인되고 있는 이 건, 환지처분으로 환지된 면적이 환지계획상의 권리면적보다 적게되어 그 부족분에 대하여 사업시행자가 토지소유주에게 교부한 환지청산금은 토지의 유상양도에 해당하는 것이며 이때의 양도시기는 그 환지청산금의 잔금청산일이 되는 것(국세청예규 재일 46014-4348 93.12.7 ; 재일 46014-54, 94.1.5)인 바, OO지구토지는 88.12.22 구획정리가 완료되고 불환지확정 및 보상가액이 확정된 것을 서울시가 지번별로 연차적으로 지급하였으므로 보상가액이 확정된 날을 수용일로 보아 그 날을 양도시기로 하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(3) 처분청의 과세관계기록에 의하면 청구법인이 쟁점토지에 대한 취득가액을 82년 서울시내 5개 농지개량조합 합병시 작성된 가액으로 하여 양도차익을 계산하여 특별부가세의 과세표준을 신고한데 대하여 처분청은 쟁점토지가 77.1.1이전에 취득한 토지로서 양도가액은 분명하나 취득가액은 분명하지 아니하고 개별공시지가가 없는 토지라 하여 쟁점토지와 인근유사토지의 개별공시지가를 기준으로 하여 세무서공정과세협의회의 자문을 받아 환산한 가액을 취득가액으로 하여 양도차익을 계산하여 과세하였음을 알 수 있고, 또한 청구법인이 양도가액에서 공제하여 신고한 쟁점토지에 대한 취득가액은 77.1.1이전 취득당시의 실제취득가액이 아닌 82년 서울시내 5개 농지개량조합 합병시 작성된 가액으로서 취득가액이 분명치 아니함에는 청구법인과 처분청사이에 다툼이 없는 이 건의 경우에 82년 서울시내 5개 농지개량조합 합병시 작성된 가액은 77.1.1 이전에 취득한 쟁점토지의 실제취득가액이 아니어서 취득가액으로 공제할 수 없을 뿐만 아니라 90.5.1 개정된 전시 소득세법시행령 제115조 제1항 제1호에서 토지에 대한 기준시가는 “개별공시지가로 하되, 개별공시지가가 없는 토지에 있어서는 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 재무부령이 정하는 방법”으로 개정되었음에도 쟁점토지와 인근의 유사토지에 대한 개별공시지가를 참작하여 취득가액을 환산하는 노력없이 91사업년도 이전에 청구법인이 82년 서울시내 5개 농지개량조합 합병시 작성된 가액을 취득가액으로 양도차익을 계산한 방법과 동일하게 양도차익을 계산하여 92～94사업년도 특별부가세의 과세표준을 신고하였고, 청구법인은 92.6.1. 처분청의 92.4.3자 “89～90년 양도한 토지에 대한 취득가액 내역요구”에 답하여 “동 토지에 대하여 의제취득일(77.1.1)및 양도당시의 등급에 의하여 취득가액을 산정하려 하였으나 구획정리사업으로 인한 수용등으로 상당기간 전에 폐쇄되어 확인이 불가하다”는 사유를 처분청에 통보하였다하여 92～94사업년도에 양도한 개별공시지가가 없는 쟁점토지의 취득가액산정에 귀책사유가 없다고 주장하나, 쟁점토지는 92～94사업년도 양도분으로 위 개정규정에 의하여 각각 취득가액을 환산하여 양도차익을 계산하는 것인 점에서 92～94사업년도 쟁점토지의 취득가액 산정에 관하여 청구법인에게 귀책사유가 없다고는 볼 수 없으므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 청구주장1에 대하여 본다.

(1) 쟁점

실지양도가액만이 확인되는 경우에 취득 및 양도당시의 토지등급이 없는 토지의 취득가액의 환산을 토지소재지 같은 동의 등급이 가장 낮은 토지의 등급을 적용하여 계산한 처분의 당부를 가리는데 있다.

(2) 관련법령

구법인세법(1994.12.22 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제59조의 2 제1항 및 제3항에서 특별부가세의 과세표준이 되는 양도차익은 양도가액에서 취득가액등을 공제한 금액으로 하며 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 하도록 규정하고, 같은법시행령 제124조의 2 제8항에서 기준시가는 소득세법시행령 제115조에 규정하는 기준시가에 의한다고 규정하고 같은조 제9항 제1호에서는 법 제59조의 2 제3항을 적용함에 있어서 취득가액이 분명하지 아니한 경우에 취득가액은 “양도가액 × 취득당시의 기준시가 / 양도당시의 기준시가”의 산식에 의하여 환산한 가액으로 하도록 규정하고 있다.

구소득세법시행령(1994.12.31 대통령령 제14467호로 개정되기 전의 것) 제115조 제1항 제1호에서 국세청장이 지정하는 지역에 있어서 배율방법에 의하여 평가한 경우를 제외한 토지의 기준시가는 시장·군수·구청장이 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별필지에 대한 지가(이하 “개별공시지가”라 한다)로 하고, 다만 개별공시지가가 없는 토지에 있어서는 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 재무부령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액으로 하도록 규정하고 부칙 제3항에서 90.9.1이전에 취득한 토지의 취득당시 기준시가는 “1990년 1월 1일을 기준으로 한 개별공시지가 × 취득당시의 과세시가표준액 / 1990년 1월 1일을 기준으로 한 개별공시지가고시일 현재의 과세시가표준액”의 산식에 의하여 환산한 가액으로 하도록 규정하고 있다.

(3) 사실관계 및 판단

청구법인이 77.1.1 이전에 취득한 OO 및 기타지구 토지는 서울특별시에 공공용지로 수용된 토지로서 취득·양도당시 및 90.1.1 현재의 토지등급이 설정되지 아니한 토지이며 이에 대하여는 다툼이 없다.

처분청은 OO 및 기타지구토지의 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액은 분명하나 취득가액이 분명하지 아니한 경우에 해당된다고 하여 전시 관련법령에 의하여 취득 및 양도당시의 기준시가에 의하여 환산한 가액으로 취득가액을 결정하면서 OO 및 기타지구토지의 토지등급이 설정되어있지 아니하므로 당해 토지소재지 동의 최하등급가액을 적용하여 취득가액을 환산하여 계산하였으며, 청구법인은 처분청의 과세방법은 법에 규정되지 아니한 방법에 의한 것으로 조세법률주의에 위배되는 부당한 처분이라고 주장하고 있어 이에 대해 본다.

90.9.1 이전에 취득한 토지등급이 없는 토지의 취득당시의 기준시가 산정방법에 대하여 보면, 전시 구소득세법시행령 부칙 제3항에 90.9.1 이전에 취득한 토지의 취득당시 기준시가는 “1990년 1월 1일을 기준으로 한 개별공시지가 × 취득당시의 과세시가표준액 / 1990년 1월 1일을 기준으로 한 개별공시지가고시일 현재의 과세시가표준액”의 산식에 의하여 환산한 가액으로 하도록 규정하고 있으며, 과세시가표준액을 규정하고 있는 지방세법 제111조 제1항 제1호에는 개별공시지가가 없는 토지에 대한 시가표준액은 시장·군수가 같은법 제10조의 규정에 의하여 건설교통부장관이 정하는 바에 의하여 그 지방자치단체의 장이 결정고시한 과세표준액 적용비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다고 하고 있어 이 건의 OO 및 기타지구토지는 90.9.1 이전에 취득한 토지로서 취득당시의 토지등급이 없는 경우이므로 취득당시 기준시가의 산정은 전시 소득세법시행령 부칙 제3항의 산정방식에 의해 평가하여야 할 것이고 또한 취득당시의 과세시가 표준액은 위 지방세법 제111조에 의한 시장·군수가 산정한 취득당시의 시가표준액에 의하여야 할 것이나 처분청이 OO 및 기타지구토지에 대하여 당해 토지소재지 동의 최하등급가액을 적용하여 취득가액을 환산하여 양도차익을 계산하였는 바, 이는 법령에 규정되어 있지 않고 하위법규인 시행규칙에도 위임하여 정한바 없는 계산방법에 의한 것으로 위법하다 할 것(대법원 92누 6983, 93.1.9 ; 국심 93서 1532, 93.11.30 합동회의 참조)이므로 이 건 OO 및 기타지구토지의 취득당시의 과세시가표준액 및 1990.1.1을 기준으로 한 개별공시지가고시일 현재의 과세시가표준액은 전시 관련법령에 의한 당해 토지의 관할 시장(구청장)·군수가 결정한 가액을 재조사하여 그 가액으로 취득가액을 산정함이 타당하다고 판단된다.

나. 청구주장2에 대하여 본다.

(1) 쟁점

OO지구토지의 양도시기가 언제인지를 가리는데 있다.

(2) 관련법령

구법인세법(1994.12.22 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제59조의 2 제4항 및 같은법시행령 제124조의 2 제13항에 토지등의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 소득세법시행령 제53조의 규정을 준용하도록 규정하고 구소득세법시행령(1994.12.31 대통령령 제14467호로 개정되기 전의 것) 제53조 제1항에 취득시기 및 양도시기는 원칙적으로 당해자산의 대금을 청산한 날로 하도록 하고 제2호에서 “대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일”로 하도록 규정하고 있다.

(3) 사실관계 및 판단

OO지구토지는 서울특별시가 82.2.18부터 택지개발사업을 시행한 OO택지개발사업지구내의 토지이며, 88.12.22 사업시행이 완료되어 환지처분을 하였으나 OO지구토지는 불환지토지로 확정되어 89.10.10 폐쇄등기가 되었음이 확인되고 청구법인은 서울특별시로부터 89년부터 94년도까지 각 필지별로 OO지구토지 청산금을 수령하고 토지청산금을 수령한 사업년도에 청산금 수령분에 대한 토지의 고정자산양도차익을 결산에 반영하고 양도차익을 계산하여 특별부가세를 법인세신고와 함께 신고한 사실이 있고 이에 대하여 처분청은 청구법인이 신고한대로 청산금을 수령한 때를 양도시기로 보아 특별부가세를 결정하였다.

청구법인은 전시 구 법인세법시행령 제124조의 2 및 소득세법시행령 제53조에 의해 부동산의 취득 및 양도시기는 잔금청산일 이전에 소유권이전등기를 한 경우에는 소유권이전등기일인 바, OO지구토지는 1988년에 이미 토지구획정리사업이 완료공고되어 서울특별시에 의해 토지등기부등본 및 토지대장이 폐쇄정리되었으므로 이때를 양도시기로 보아야 함에도 보상금 수령일을 양도시기로 보아 과세함은 부당하다고 주장하고 있으나, 전시 관련법령에 의하면 취득 및 양도시기는 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하고 예외적으로 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부등본에 기재된 등기접수일로 보도록 되어 있는 바, 구등기가 폐쇄되는 것이 반드시 소유권이전과 직결되는 것은 아니라 할 것이어서 이 건 OO지구토지의 폐쇄등기가 소유권이전등기라고 볼 수 없으므로 잔금청산일을 양도시기로 보아 과세한 당초처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

다. 청구주장3에 대하여 본다.

(1) 쟁점

과소신고 및 미납부가산세 부과의 적법여부를 가리는데 있다.

(2) 관련법령

법인세법 제59조의 5에서 제59조의 2의 규정에 의한 특별부가세의 과세표준에 대한 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관하여는 법인세에 관한 규정을 준용하고 이 경우에 제41조 제1항의 규정을 준용한다고 규정하고, 같은법 제41조 제1항에 “정부는 제38조의 규정에 의하여 각사업년도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 게기하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 제2호에 해당하는 경우에 산출세액이 없을 때에는 이를 적용하지 아니한다.”고 규정하면서 제2호에서 “제26조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준금액에 미달하게 신고한 경우에는 그 미달하는 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10에 상당하는 금액. 다만 미달하는 금액중 대통령령이 정하는 금액에 대하여는 100분의 20에 상당하는 금액”이라고 규정하고 있다가 93.12.31 단서조항이 삭제되었고, 제3호에서 “제30조 또는 제31조의 규정에 의하여 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 세액(미납부세액) 100원에 대하여 금융기관의 대출이자율과 납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 고지일까지의 기간을 참작하여 대통령령이 정하는 이자율을 정하여 계산한 금액. 다만 그 금액이 미납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 미납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액으로 한다.”고 규정하고 있다.

(3) 사실관계 및 판단

처분청은 청구법인이 쟁점토지의 양도차익을 장부가액에 의하여 계산하여 특별부가세를 신고한데 대하여 쟁점토지의 양도가액은 분명하나 취득가액이 분명하지 아니한 경우에 해당된다고 하여 취득가액을 기준시가에 의하여 환산한 가액으로 결정하여 쟁점토지의 양도차익에 대한 특별부가세 과소신고가산세 및 미납부가산세를 적용하여 이 건 과세하였으며 청구법인은 이에 대하여 가산세는 납세자의 귀책사유가 없는 경우에는 적용을 배제하여야 할 것이므로 쟁점토지의 개별공시지가 및 토지등급이 정해지지 아니하여 청구법인은 쟁점토지의 취득가액을 계산할 수가 없어서 92.6.1 처분청에 쟁점토지의 취득가액 환산이 불가함을 보고하였으나 처분청이 이를 결정한 바 없어 장부가액에 의하여 법인세 등을 신고하였으므로 이는 청구법인에게 귀책사유가 없다고 하여야 할 것이므로 가산세 부과는 부당하다고 주장하고 있어 이에 대해 본다.

쟁점토지중 OO 및 기타지구토지는 개별공시지가와 토지등급이 모두 설정되어있지 아니한 토지이고 OO지구토지는 개별공시지가가 설정되어있지 아니한 토지로서 청구법인은 쟁점토지를 포함한 OO택지개발사업지구 등 택지개발사업지구내의 토지의 양도에 대하여 토지수용청산금을 수령한 각사업년도의 법인세 신고시에 토지 양도차익에 대한 특별부가세를 장부가액에 의하여 신고하였던 바, 처분청이 92.4.3 청구법인에게 89～90년 양도한 토지에 대한 취득가액 내역을 보정요구하여 청구법인은 92.4.15 처분청의 보정요구에 대하여 “귀서에 제출한 취득가액은 1982년도에 작성된 취득가액을 기재한 것이며, 현재 보유하고 있는 토지에 대해서 취득가액을 결정하기 위하여 관할구청에 조회한 바 본 조합 토지는 비과세 토지임으로 지가 산정을 하지 않았다는 회신이 있었다”는 해명서를 제출하였고, 92.6.1 “동 토지에 대하여 의제취득일(77.1.1)및 양도당시의 등급에 의하여 취득가액을 산정하려 하였으나 구획정리사업으로 인한 수용등으로 상당기간 전에 폐쇄되어 확인이 불가하며 당초 신고된 구획정리사업 보상가격은 폐쇄당시의 청산받은 금액이나 그 당시 개인등은 청산을 받았으나 당 조합은 비영리법인으로서 보상처의 여러 여건 등으로 인하여 뒤늦게 연차적으로 보상금을 지급받은 시점으로 신고하였다”는 해명내용을 다시 제출한 바 있으나 처분청에서 이에 대하여 아무런 조치가 없었고, 이후 청구법인은 쟁점토지의 보상금을 수령한 91～94년 각사업년도 법인세를 신고하면서 같은 방법으로 신고하였음이 관련 서류에 의하여 확인된다.

가산세는 세법상의 의무위반 또는 의무불이행에 대한 제재이기때문에 납세자에게 귀책사유가 없는 경우까지 획일적으로 제재를 가하는 것은 가산세의 규정취지에 비추어 타당하지 않다 할 것이므로 사회통념상 납세자에게 의무이행을 기대하기 어려운 경우에는 가산세를 부과할수 없다 할 것인 바(같은뜻 : 국심 96전 1595, 96.8.2 ; 국심 96서 2524, 97.7.24 합동회의), 위 사실을 모두어 보면 청구법인이 쟁점토지의 양도차익을 과소신고하고 이에 상당하는 세액을 미납부하게된 귀책사유가 청구법인에게 있다고 보기는 어렵다 할 것이므로 이 건 과소신고가산세 및 미납부가산세를 부과한 당초 처분은 부당하다고 판단된다.

라. 결론

이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의거 주문과 같이 결정한다.

표1. 특별부가세 과세내역

(단위 : 원)