가. 청구인은 1984.12.20. OOO소재 연립주택 301호(대지 57.3㎡, 건물 72.36㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)을 취득하여 보유하던 중 2013.11.21. OOO(이하 “대체주택”이라 한다)를 청구인의 배우자 명의로 취득하였으며, 이후 OOO(이하 “재개발사업”이라 한다)이 시행되자 쟁점주택은 2017.7.25. 해당 재개발 사업시행자(이하 “재개발조합”이라 한다)에게 소유권이전등기되었고, 청구인은 쟁점주택 양도소득에 대해 2017년 귀속 양도소득세 OOO신고․납부하였다.

나. 이후 청구인은 재개발조합을 상대로 현금청산금 지급을 구하는 토지보상위원회의 재결절차를 진행하였으므로 1세대 1주택 비과세 특례 적용 대상이라는 취지로 2019.2.25. 처분청에 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 해당 재결절차가 법령에서 규정하는 소송절차에 해당하지 아니한다는 사유로 2019.4.18. 이를 거부하는 통지를 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.6.27. 이의신청을 거쳐 2019.11.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「소득세법」 제89조 제1항 제4호 나목 및 같은 법 시행령 제155조 제18항 제4호에 따라 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도하는 경우 양도소득세가 비과세되는 것이고, 주택재개발사업의 시행으로 현금으로 청산을 받아야 하는 토지등소유자가 사업시행자를 상대로 제기한 현금청산금 지급을 구하는 소송절차가 진행 중인 경우는 해당 조합원입주권을 해당 1주택을 취득한 날로부터 3년 이내에 양도하지 못하는 경우에도 비과세되는 것인바, 이는 불가항력적인 사유로 조합원입주권의 양도가 지연되는 경우 세법상 불이익을 받지 않도록 배려하려는 것으로 청구인은 재개발사업 인가고시일(2013.4.4.) 이후 대체주택을 취득(2013.11.21.)하고 그로부터 3년 이내인 2016.6.21. 재개발조합에 토지수용위원회의 재결을 신청할 것을 청구하였으나, 재건축사업의 사업인가고시일부터 3년 11월이 지난 시점에야 관리처분계획인가가 고시(2017.3.2.)되고 재개발조합을 상대로 청산금 지급을 구하는 재결절차가 진행되는 등의 사유로 쟁점주택의 양도가 부득이 지연되었으므로 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하여야 함에도 청구인의 경정청구를 거부한 이 처분은 부당하다.

(2) 청구인은 재개발조합을 상대로 청산금 지급을 구하는 소송을 직접 제기할 수 없고 「도시 및 주거환경정비법」에 따라 재개발조합에게 토지수용위원회의 재결을 신청할 것을 청구할 수 있을 뿐 해당 재결을 신청할 수 있는 권리는 재개발조합에게 있으며 청산금 지급과 관련된 소송을 하려면 재결전치주의에 따라 토지수용위원회의 재결을 반드시 거쳐야 한다. 또한 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제86조 제1항에 따라 토지보상위원회의 재결이 확정된 때에는 「민사소송법」상의 확정판결이 있는 것으로 보는 것이므로 해당 재결절차는 현금청산금 지급을 구하는 소송절차에 포함되는 것으로 보는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

청구인과 같이 소송절차가 아닌 토지수용위원회의 재결절차를 진행 중인 경우는 1세대 1주택 비과세 특례의 적용대상이 아니고, 청구인은 「소득세법 시행규칙」 제72조 제3항 제3호에 따른 “법원에 현금청산금 지급소송을 제기한 경우에는 소제기일을 확인할 수 있는 서류 등 해당 사실을 입증하는 서류”를 제출하지 아니하였으므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 현금청산금 지급 소송절차를 진행한 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 확인된다.

(가) 서울특별시 은평구 고시(제2013-26호 및 제2017-22호)에 의하면, 재개발사업의 사업시행자는 재개발조합으로, 사업시행인가일은 2013.4.4.로, 관리처분계획인가일은 2017.3.2.로 나타난다.

(나) 대체주택의 등기부등본을 보면, 대체주택은 2013.10.16. 매매를 원인으로 2013.11.21. 청구인의 배우자에게 소유권이전등기되었다.

(다) 쟁점주택의 등기부등본을 보면, 쟁점주택은 2017.7.14. 토지수용을 원인으로 2017.7.25. 재개발조합에 소유권이전등기되었다.

(라) 청구인이 2016.6.21. 재개발조합에 발송한 ‘조속수용재결신청 청구’ 문서를 보면, 청구인은 재개발사업 구역내의 현금청산자로 쟁점주택의 대지분에 대한 정당 보상을 위해 재개발조합으로 하여금 토지수용위원회에 재결신청을 할 것을 청구하였다.

(마) 서울특별시 지방토지수용위원회위원장이 2017.5.31. 청구인에게 발송한 재결서 정본 송부 공문(토지관리과-10990, 재결일 : 2017.5.26.)에 의하면, 재개발조합은 쟁점주택의 토지를 수용하고 물건을 이전하게 하며, 손실보상금은 OOO수용의 개시일은 2017.7.14.이다.

(바) 중앙토지수용위원회 위원장이 2018.2.26. 청구인에게 발송한 이의재결서 정본 송부 공문(사무국-6157, 재결일 : 2018.2.22.)에 의하면, 손실보상금이 증액되고 나머지 이의신청은 기각되었다.

(사) 처분청이 2019.4.18. 청구인에게 발송한 경정청구 처리결과 통지 공문(재산법인납세과-16355)에 의하면, 처분청은 청구인이 현금으로 청산을 받아야 하는 토지등소유자가 사업시행자를 상대로 제기한 현금청산금 지급을 구하는 소송절차가 진행 중인 경우에 해당하지 아니한다는 사유로 2019.2.25. 접수된 청구인의 경정청구를 거부하였다.

(2) 「소득세법」 제89조 제1항 제4호 나목은 “조합원입주권을 1개 보유한 1세대가 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다) 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니한다”고 규정하고 있고, 해당 위임을 받은 같은 법 시행령 제155조 제18항 제4호는 “법 제89조 제1항 제4호 나목에서 대통령령으로 정하는 사유란 다른 주택을 취득한 날부터 3년이 되는 날 현재 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 시행으로 같은 법 제47조에 따라 현금으로 청산을 받아야 하는 토지등소유자가 사업시행자를 상대로 제기한 현금청산금 지급을 구하는 소송절차가 진행 중인 경우를 말한다”고 규정하고 있다.

이러한 1세대 1주택 비과세 특례는 2012.2.28. 「소득세법 시행규칙」 개정시 도입되었는데, 1주택에 대한 재건축(개발)사업 시행의 지연으로 부득이하게 신규주택 취득일로부터 3년내 양도가 이루어지지 아니한 경우에도 일시적 2주택자로 보아 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하려는 것이 그 취지로 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결 등).

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 재개발조합을 상대로 청산금 지급을 구하는 재결절차가 진행되는 등의 사유로 쟁점주택의 양도가 부득이 지연되었으므로 1세대 1주택 비과세 특례가 적용되어야 한다고 주장하나, 법령에서 토지등 소유자가 사업시행자를 상대로 제기한 재결절차는 비과세 특례 대상으로 규정하고 있지 아니하므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다 하겠다.

따라서 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령 등

(1) 소득세법

제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가일 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.

나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 "조합원입주권"이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(2) 소득세법 시행령

제155조(1세대 1주택의 특례) ⑱ 법 제89조 제1항 제4호 나목에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다른 주택을 취득한 날부터 3년이 되는 날 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 해당 각 호의 매각 등의 방법으로 양도하는 경우를 말한다.

4. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 시행으로 같은 법 제47조에 따라 현금으로 청산을 받아야 하는 토지등소유자가 사업시행자를 상대로 제기한 현금청산금 지급을 구하는 소송절차가 진행 중인 경우 또는 소송절차는 종료되었으나 해당 청산금을 지급받지 못한 경우

(3) 소득세법 시행규칙

제72조(1세대 1주택의 특례) ③ 영 제155조 제18항을 적용받으려는 자는 다음 각 호의 어느 하나의 서류를 제출하여야 한다.

1. 매각의뢰를 신청한 경우에는 부동산매각의뢰신청서접수증

2. 법원에 경매를 신청한 경우에는 그 사실을 입증하는 서류

3. 법원에 현금청산금 지급소송을 제기한 경우에는 소제기일을 확인할 수 있는 서류 등 해당 사실을 입증하는 서류

(4) 도시 및 주거환경정비법(2012.2.1. 법률 제11293호로 일부개정된 것)

제38조(토지 등의 수용 또는 사용) 사업시행자는 정비구역안에서 정비사업(주택재건축사업의 경우에는 제8조 제4항 제1호의 규정에 해당하는 사업으로 한정한다)을 시행하기 위하여 필요한 경우에는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제3조의 규정에 의한 토지ㆍ물건 또는 그 밖의 권리를 취득하거나 사용할 수 있다. 다만, 가로주택정비사업의 경우에는 그러하지 아니하다.

제40조(공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률의 준용) ① 정비구역안에서 정비사업의 시행을 위한 토지 또는 건축물의 소유권과 그 밖의 권리에 대한 수용 또는 사용에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」을 준용한다. 다만, 정비사업의 시행에 따른 손실보상의 기준 및 절차에 관하여는 대통령령으로 따로 정할 수 있다.

제47조(분양신청을 하지 아니한 자 등에 대한 조치) ① 사업시행자는 분양신청을 하지 아니한 자, 분양신청기간 종료 이전에 분양신청을 철회한 자 또는 제48조에 따라 인가된 관리처분계획에 따라 분양대상에서 제외된 자에 대해서는 관리처분계획 인가를 받은 날의 다음 날로부터 90일 이내에 대통령령으로 정하는 절차에 따라 토지·건축물 또는 그 밖의 권리에 대하여 현금으로 청산하여야 한다.

(5) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률

제16조(협의) 사업시행자는 토지등에 대한 보상에 관하여 토지소유자 및 관계인과 성실하게 협의하여야 하며, 협의의 절차 및 방법 등 협의에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제26조(협의 등 절차의 준용) ① 제20조에 따른 사업인정을 받은 사업시행자는 토지조서 및 물건조서의 작성, 보상계획의 공고·통지 및 열람, 보상액의 산정과 토지소유자 및 관계인과의 협의 절차를 거쳐야 한다. 이 경우 제14조부터 제16조까지 및 제68조를 준용한다.

제28조(재결의 신청) ① 제26조에 따른 협의가 성립되지 아니하거나 협의를 할 수 없을 때(제26조 제2항 단서에 따른 협의 요구가 없을 때를 포함한다)에는 사업시행자는 사업인정고시가 된 날부터 1년 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 토지수용위원회에 재결을 신청할 수 있다.

제30조(재결 신청의 청구) ① 사업인정고시가 된 후 협의가 성립되지 아니하였을 때에는 토지소유자와 관계인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 서면으로 사업시행자에게 재결을 신청할 것을 청구할 수 있다.

제34조(재결) ① 토지수용위원회의 재결은 서면으로 한다.

② 제1항에 따른 재결서에는 주문 및 그 이유와 재결일을 적고, 위원장 및 회의에 참석한 위원이 기명날인한 후 그 정본(正本)을 사업시행자, 토지소유자 및 관계인에게 송달하여야 한다.

제83조(이의의 신청) ① 중앙토지수용위원회의 제34조에 따른 재결에 이의가 있는 자는 중앙토지수용위원회에 이의를 신청할 수 있다.

제84조(이의신청에 대한 재결) ① 중앙토지수용위원회는 제83조에 따른 이의신청을 받은 경우 제34조에 따른 재결이 위법하거나 부당하다고 인정할 때에는 그 재결의 전부 또는 일부를 취소하거나 보상액을 변경할 수 있다.

② 제1항에 따라 보상금이 늘어난 경우 사업시행자는 재결의 취소 또는 변경의 재결서 정본을 받은 날부터 30일 이내에 보상금을 받을 자에게 그 늘어난 보상금을 지급하여야 한다. 다만, 제40조 제2항 제1호·제2호 또는 제4호에 해당할 때에는 그 금액을 공탁할 수 있다.

제85조(행정소송의 제기) ① 사업시행자, 토지소유자 또는 관계인은 제34조에 따른 재결에 불복할 때에는 재결서를 받은 날부터 60일 이내에, 이의신청을 거쳤을 때에는 이의신청에 대한 재결서를 받은 날부터 30일 이내에 각각 행정소송을 제기할 수 있다. 이 경우 사업시행자는 행정소송을 제기하기 전에 제84조에 따라 늘어난 보상금을 공탁하여야 하며, 보상금을 받을 자는 공탁된 보상금을 소송이 종결될 때까지 수령할 수 없다.

제86조(이의신청에 대한 재결의 효력) ① 제85조 제1항에 따른 기간 이내에 소송이 제기되지 아니하거나 그 밖의 사유로 이의신청에 대한 재결이 확정된 때에는 「민사소송법」상의 확정판결이 있은 것으로 보며, 재결서 정본은 집행력 있는 판결의 정본과 동일한 효력을 가진다.

② 사업시행자, 토지소유자 또는 관계인은 이의신청에 대한 재결이 확정되었을 때에는 관할 토지수용위원회에 대통령령으로 정하는 바에 따라 재결확정증명서의 발급을 청구할 수 있다.