가. 청구인들은 2003.5.23. 사망한 남편이자 아버지인 OOO으로부터 공동으로 상속받아 취득한 OOO답 3,021㎡(OOO1984.12.5. OOO함께 각 2분의 1을 취득하였고, OOO지분을 포함하여 이하 “쟁점토지”라 한다)의 각 공유지분 4분의 1을 2010.9.3. OOO양도하고, 2010.11.30. 「조세특례제한법」제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 양도소득세 신고를 하였다.

나. 처분청은 청구인들에 대한 양도소득세 조사를 실시하여, 쟁점토지 중 1,504.09㎡는 꽃 도·소매업을 영위하는 자 등에게 임대하였다고 보아 청구인들의 지분비율에 해당하는 752.045㎡에 대하여는 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하면서 「조세특례제한법」제77조의 ‘공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면’을 적용하여, 2014.9.18. 2010년 귀속 양도소득세 청구인 OOO에게 OOO청구인 OOO에게 OOO각 경정·고지하였다.

다. 청구인들은 이에 불복하여 2014.12.8. 이의신청을 거쳐 2015.4.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

쟁점토지는 청구인들이 쟁점토지를 상속받기 전에 OOO분리·확정되어 사용수익하기로 약정하여 전체 3,021㎡의 절반인 1,510.5㎡를 OOO나머지 답 1,510.5㎡는 청구인들이 분리·확정하여 사용수익하고 있었고, 이는 다음의 증거서류를 통하여 확인할 수 있다.

(1) 쟁점토지의 위성사진에 의하면, OOO토지에는 비닐하우스, 콘테이너를 설치되어 있고, 청구인들의 토지는 아무런 시설물이 없이 농지로 사용한 것으로 나타난다.

(2) OOO간에 작성한 쟁점토지의 일부에 대한 임대차계약서(이하 “쟁점임대차계약서”라 한다)에는 OOO에게 비닐하우스 등을 꽃 재배 등의 시설로 임대한 것으로 확인된다.

(3) 쟁점토지가 수용될 당시인 2009.6.15. OOO작성한 지장물건 조사서에 의하면, OOO2동과 중고자전거 도매업소의 OOO비닐하우스 및 콘테이너박스 등이 설치되어 있다고기록되어 있고 이에 대한 지장물 보상금도 OOO에게 지급되었다.

(4) OOO작성한 쟁점토지의 농업손실보상금 지급조서에 의하면, 쟁점토지 중 농작물 경작토지는 1,516㎡로 경작자는 청구인들로 기재되어 있고, 농업손실보상합의서에는 청구인들과 OOO은청구인들이 쟁점토지를 경작한 사실을 확인하며, 농업손실보상금을 청구인들이 수령하는 것에 대하여 이의가 없다고 상호 합의하였다.

따라서, 쟁점토지는 청구인들과 OOO실질적으로 구분 소유하였고, 청구인들이 소유한 부분에 대하여 자경을 하였으므로 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구인들이 제출한 쟁점임대차계약서에는 OOO대리인 OOO계약한 것으로 나타나고 임대면적은 약 200여평으로 기재되어 있으나 정확한 임대면적을 확인할 수 없고 토지소유주 간의 구분소유권 약정이나 합의 내용 등은 확인할 수 없다.

쟁점토지에 대한 농업손실보상금을 처리한 OOO보상부에서 수집한 쟁점토지의 영농손실보상금 지급과 관련된문건을 보면, 2013.6.3. 청구인들이, 2013.8.23. OOO농업손실 보상금을 신청하였고, 농업손실보상금 지급에 있어 청구인들과 OOO간의 갈등은 계속되었으며, 2014.1.3. 영농손실보상합의서를 제출함에 따라 청구인들에 지급한다는 내용으로 나타나는 것으로 보아 당초부터 구분소유권 약정이 있었다는 청구인들의 주장은 받아들일 수 없다.

청구인들이 주장하는 바와 같이 쟁점토지가 구분 소유적 관계에 있다고 한다면, OOO쟁점공유토지 보상시 청구인들과 OOO토지가 구분되어 보상되었어야 할 것이나, OOO로부터 수보하여 확인한 보상가액 산정내역 및 보상내역에는 쟁점토지의 각 면적을 지분 비율로 안분하여 보상가액을 지급한 것으로 나타나 쟁점토지를 각자의 소유지분별로 구분·확정되어 있다고 볼 수 없다.

또한, OOO쟁점토지에 대한 양도소득세 예정신고시 임대면적 495.87㎡(농지가 아닌 면적) 중 OOO지분 2분의 1인 247.935㎡를 제외하고 자경농지에 대한 양도소득세 감면 신청한 점 등으로 볼 때 구분 소유적 공유관계라는 청구인들의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

임대된 쟁점토지의 일부 면적은 공유지분자가 본인 지분을 임대한 것이고, 나머지 면적은 청구인들이 자경하였다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세 과세대상[비과세·감면 및 소액부징수(少額不徵收) 대상을 포함한다]이 되는 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 단서생략.

(2) 조세특례제한법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시( 「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도·농복합형태의 시의 읍·면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

2. 환지처분이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지지정일부터 3년이 지난 농지

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 단서 생략.

⑬ 법 제69조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

(3) 조세특례제한법 시행규칙 제27조(농지의 범위 등) ① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 쟁점토지의 소유권이전 내역은 아래 <표1>과 같다.

(나) 쟁점토지 중 1,504.09㎡는 타인에게 임대하고 있고, 나머지 1,516.91㎡는 실제 경작하였다.

(다) 쟁점토지 중 타인에게 임대하고 있는 면적 1,504.09㎡를 소유지분별로 안분계산하여 「조세특례제한법」 제69조의 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 배제한다.

(라) 쟁점토지 소재지의 사업자등록 현황은 아래 <표2>와 같다.

(2) 청구인들은 쟁점토지를 OOO구분하여 소유하면서 쟁점토지를 자경하였다고 주장하며, 쟁점임대차계약서, 쟁점토지 소재지 관할통장의 경작사실확인서(2013년), 청구인들과 OOO간의 농업손실보상합의서(2013년) 및 농업손실보상금 지급자료 등을 제시하고 있는바, 그 주요내용은 다음과 같다.

(가) 쟁점임대차계약서의 주요내용은 아래 <표3>과 같다.

(나) 쟁점토지 소재지의 관할통장의 경작사실확인서(2013년)에는 ‘청구인들과 OOO2003.2.17. 이후부터 쟁점토지를 실제 경작하고 있다’고 되어 있다.

(다) 청구인들과 OOO간의 농업손실보상합의서(2013년) 및 농업손실보상비 지급자료에는 ‘쟁점토지는 청구인 OOO실제 경작한 사실을 확인하며 농업손실보상금은 OOO수령하는 것에 대하여 이의없이 상호합의한다’고 되어 있고, 농업손실보상금 OOO만원은 청구인 OOO수령한 것으로 나타난다.

(3) 처분청이 제시한 쟁점토지 농업손실보상금 지급에 대한 OOO내부 검토자료에는 “청구인들과 OOO 모두 농업손실보상금을 신청하였고, 서로 실제 경작을 주장하면서 농업손실 보상을 요구했다. 제출된 서류 및 당시 지구내 거주자들에게 확인한 결과 관할 통장의 경작사실 확인이 없는 OOO실제 경작자가 아닐 것으로 판단하여 청구인들과 실제 경작 여부 등에 대한 합의를 건의하였고, OOO청구인 OOO경작한 사실을 확인해 줘 농업손실보상금을 지급하였다. 청구인 OOO는 청구인 OOO함께 농사를 지었다고 주장하나 모자(母子) 관계임을 감안하여 청구인들을 설득하였다”라는 취지가 나타난다.

(4) 이상의 사실관계와 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점특약계약서에는 쟁점토지의 일부를 청구인들이 아닌 OOO임대한 것으로 나타나는 점, 쟁점토지를 수용한 OOO쟁점토지의 실제 경작자가 아닐 것으로 파악한 것으로 나타나고, OOO청구인 OOO쟁점토지를 실제 경작하였다는 합의서를 작성하여 OOO제출한 점 등에 비추어 쟁점토지의 농지부분은 청구인들이 자경하였다고 볼 수 있으나, 쟁점토지를 청구인들과 OOO공유하고 있어 쟁점토지의 일부를 임차하여 사업을 영위하였던 OOO등에 대하여 실제 임대인이 누구인지 등에 대한 재조사를 하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.