가. 청구법인은 1977.7.9. 설립되어 2001.1.9.까지 서울특별시 OOO 등을 영위하는 법인으로 대법원 판결(대법원 2013.3.14. 선고 2011두228 판결)을 근거로 취소된 OOO원(이하 “쟁점분담금”이라 한다)에 대하여 아래 <표1>과 같이 손금불산입액으로 하여 수정신고를 하였다.

나.OOO은청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 쟁점분담금을 법원의 판결이 확정된 날에 속하는 2013사업연도의 익금에 산입하여야 한다는 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2015.6.5. 청구법인에게 2013사업연도 법인세OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.7.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점분담금은 2002사업연도의 소득금액 계산시 아파트의 건설원가에 산입하여 법인세를 신고하였고, 2002～2013사업연도의 손금에 산입된 금액이 판결에 의해 관계 법령의 규정에 위반되는 것으로 취소되어 소급적으로 소멸되었으므로 2002～2013사업연도분의 건설원가에 산입하였던 금액을 부인하여야 하지만, 청구법인은 2002～2011사업연도의 법인세를 수정신고하면서 2011사업연도분의 손금불산입액OOO를 납부하였고, 2013사업연도분(손금불산입액 OOO원)에 대하여는 2013사업연도분 법인세 정기 신고시 익금에 산입한 사실이 소득금액조정합계표 등에 의하여 확인되므로 2002～2009사업연도분에 해당하는 손금불산입액은 국세부과제척기간(5년)이 경과되었으므로 손금부인처분을 할 수 없고, 청구법인이 경기도 OOO에 예치하였던 기반시설부담금 상당액의 당좌수표는 기반시설부담금의 지급채무 자체가 대법원 판시와 같이 그 발생 원인이 위법하여 원천적으로 소멸된 것이어서 채무면제익에도 해당되지 않는다.

따라서, 경기도 OOO이 부과처분한 쟁점분담금이 2013.3.14.대법원 판결에 의하여 취소되었다고 하여 처분청이 쟁점분담금 전액을 2013사업연도의 익금에 산입하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

「법인세법」에는 쟁점분담금과 성격이 같은 공과금의 손익 귀속시기에 대한 별도 규정이 없으므로 「법인세법」제40조 제1항에 따른 일반원칙인 ‘권리·의무확정주의’에 따라 그 익금이 확정된 날이 속하는 사업연도의 익금으로 인식해야 할 것인데 권리·의무확정주의는 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 발생한 때를 익금산입시기로 보는 것이므로, 이와 같은 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위하여는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었는지 여부를 기준으로 판단함이 상당하다 할 것인데, 채권의 존부 및 범위에 관한 다툼이 있어 소송으로 진행된 경우에 그와 같은 분쟁의 경위 및 사안의 성질 등에 비추어 명백히 부당하다고 할 수 없는 경우라면 소득이 발생할 권리가 확정되었다고 할 수 없고, 판결이 확정된 때에 그 권리가 확정된다고 보아야 한다는 것이 법원의 확립된 입장(대법원 1997.4.8. 선고 96두2200 판결, 대법원 1993.6.22. 선고 91누8180 판결 등 참조)임을 고려하면 청구법인의 추가분담금에 대한 반환청구권이 부과처분 취소 확정판결 후에 발생하게 된 것은 분명한바, 취소 판결 이전에 쟁점분담금에 대한 반환청구권의 실현가능성에 대한 논의가 아예 불가능하고 취소 판결 이후에 비로소 그 실현 가능성에 있어서 완전하게 성숙·확정되어 익금으로 확정되었다고 볼 수 있으므로 쟁점분담금을 법원의 취소판결이 확정된 날이 속하는 사업연도의 익금으로 보는 것이 타당하다.

따라서, 쟁점분담금을 2013사업연도의 익금산입하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점분담금을 법원의 확정판결일이 속하는 사업연도의 익금산입 대상으로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

<2002년 관련 법령>

(1) 법인세법

제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

제66조(결정 및 경정) ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

②납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

(2) 법인세법 시행령

제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도) ①법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도로 한다.

(3) 국세기본법

제45조(수정신고) ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

제26조의2(국세부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.(단서 생략)

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

(4) 국세기본법 시행령

제25조의2(후발적 사유) 법 제45조의2 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 후에 발생한 때”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 때를 말한다.

2. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력이 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 당해 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 인하여 해제되거나 취소된 때

<2013년 관련 법령>

(1) 법인세법

제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제66조(결정 및 경정) ② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

(2) 법인세법 시행령

제69조(용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설·제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다.

1.중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우

2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우

(3) 국세기본법

제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[「국제조세조정에 관한 법률」제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급·공제받아 「법인세법」제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다.

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

제45조(수정신고) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자( 「소득세법」 제73조 제1항 제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2 제1항에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 심판청구서 및 처분청의 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 1999.9.11. 경기도 OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)의 신축사업을 시작하여 1999.9.27. 분양을 개시하였고 2002.6.29. 준공하였다.

(나) 청구법인은 쟁점아파트 신축사업과 관련하여 경기도 OOO으로부터 공공시설 설치비용 분담금 3차례(최초분담금, 제1차 추가분담금,제2차 추가분담금)에걸쳐OOO원(이하 “최초분담금”이라 한다)은 1999년 9월에 경기도 OOO과 청구법인을 포함한 OOO회원사간에 체결한 협약서에 따라 3차례에 걸쳐 현금으로 납부하였고, 2002.6.29. 경기도 OOO 관련 원인 자부담 공공시설 설치의 추가 소요사업비를 통보하면서 추가분담에 대한 협약서 체결을 이행하라는 추가분담에 대한 이행통보(도시58214-2387)를 하였는데 동개발사업에 참여한 청구법인을 포함한 OOO가 이에응하지 아니하자 청구법인에게 2002.8.29. 추가분담금 OOO원(이하 “제2차 추가분담금” 이라 한다) 합계OOO원(쟁점분담금)을 부과하자 청구법인은 2002.8.30. 당좌수표를 예치한 후 2002.9.26. 수원지방법원에 이행명령처분 취소의 소송을 제기하였고쟁점아파트가 준공된2002사업연도에 재고자산의 원가로 회계처리한 후 법인세 신고를 하였다.

(다) 경기도 OOO의 공공시설 설치비용 분담금의 부과 및 청구법인이 경기도 OOO을 상대로 제기한 이행명령처분 취소 소송을 진행한 내용은 다음과 같다.

① 경기도 OOO 개발사업 계획을 발표하였고, 이에 청구법인을 포함한 4개 업체(이하 OOO라 한다)가 기반시설분담금을 부담하는 조건(협약서 체결)으로 주택개발 사업승인을 받았다.

② 경기도 OOO은 1999년 9월경에 구「국토이용관리법」에 따라 기반시설분담금을 각 업체에 부과하였으며, 청구법인은 1999.9.10. 최초분담금을 부과받고, 3차례 걸쳐현금으로 납부하였다.

③ 청구법인은 1999년 10월경에 분양을 개시하였고, 2000년에 청구법인이 설치한 공공시설 설치비용 해당분 OOO원을 정산 받았으며, 이후 2000년 6월경에 경기도 OOO은 난개발에 따른 민원해소를 위해 공공시설을 대폭 확충하기로 하고, 분담금을 1㎡당 OOO으로 증액하는 결정을 하여 각 업체에 이행통보를 하였는데 청구법인을 포함한 개발업체가 추가분담금 산정에 대하여 반발하였고, 경기도 OOO도 당초 증액한 금액이 과다한 것으로 인정하여 1㎡당 OOO원으로 분담금을 변경하여 제1차 추가분담금을 포함한 금액으로 각 업체에 부과처분하였다.

④ 청구법인은 최초 분담금에 추가로 제1차 추가분담금을 포함하여 총 OOO원(이하 “1차 변경분담금”이라 한다)의 부과처분을 받고, 제1차 추가분담금에 대하여 당좌수표를 예치하였다. 이후 경기도 OOO은 각 업체에 제1차 추가분담금 산정시 제외되었던 공공시설 설치비용에 대한 추가분담금을 재산정하여 제2차 추가분 분담금 이행통보를 하였다.

⑤ 청구법인은 2002년 8월경에 수원지방법원에 1차 추가분담금 이행명령을 취소하는 소송을 제기하였고, 소 제기 이후 부과된 제2차 추가분담금에 대하여 2003년 1월경에 제2차 추가분담금을 포함하여 청구취지를 변경하였다.

⑥ 수원지방법원은 2003.7.16. 판결을 통해 경기도 OOO이 청구법인에게 부과한 제1차·제2차 추가분담금을 취소하라는 판결을 하였다.

⑦ 수원지방법원의 판결에 대하여 경기도 OOO의 항소로 진행된 서울고등법원 2007.4.19. 판결은 제1차 추가분담금은 유지, 제2차 추가분담금은 취소하는 결정을 하였으며, 청구법인 및 경기도 OOO은 모두 항소를 제기하였다.

⑧ 2008.11.27. 대법원의 상고심 판결(2007두10433)에서 파기 환송되자 청구법인은 최초 분담금을 포함하여 항소하였고, 경기도 OOO은 제2차 추가분담금에 대하여 항소를 제기하였다.

⑨ 2010.11.24. 서울고등법원 항소심 판결에서 모든 분담금을 취소하는 결정을 하였으며, 이에 경기도 OOO이 항소를 제기하였다.

⑩ 2013.3.14. 대법원은 최초 분담금은 각하, 제1차·제2차 추가분담금(쟁점분담금)은 다음과 같은 사유로 취소하는 결정을 하였다.

(라) 청구법인이 납부하는 분담금은 OOO, 의뢰인 청구법인)에 예치되고, 청구법인이 수원지방법원에 제기한 소장에 의하면 청구법인 등 4개 업체의 분담금은 OOO로 하여금 청구법인 등 4개의 업체가 각자의 사업지역에 속한 공공시설 등을 설치할 때마다 경기도 OOO의 승낙을 받아 그 기성고에 맞추어 그 분담금에서 공사비를 지급하게 하는 방법으로 집행한 것으로 되어 있어 분담금 예치계좌는 경기도 OOO가 공동으로 관리한 것으로 나타나고 동 예치금에서 발생한 이자는 예치금에 합산되었다가 공사비 집행시 지급한 것으로 동 계좌에 나타난다.

(마) 청구법인은 쟁점분담금을 당좌수표로 예치하고 3개월 단위로 지급기일을 연장하였는데, 경기도 OOO이 작성하여 2002년 8월에 청구법인에게 교부한 보관증에 의하면 “기반시설 추가분담금 담보로 보관 함”이라고 기재되어 있고, 이후 경기도 OOO이 지급기일 연장불가, 교환회부 및 지연이자 납부 통보를 함에 따라 법원에 집행정지 신청을 하여 대법원으로부터 “판결확정시까지 그 집행을 정지한다”는 판결(2012아38 집행정지 2012.4.4.)을 받아 3개월 단위로 지급기일을 연장한 것으로 확인된다.

(바) 2013.5.13. 청구법인은 대법원의 판결(대법원 2013.3.14. 선고 2011두228)을 근거로 취소된 기반시설분담금에 대하여 아래 <표2>와 같이 2002～2011사업연도의 법인세를 수정신고하면서 2011사업연도분 법인세를 OOO원에 대하여는 2013사업연도분 법인세 신고시 익금에 산입한 사실이 소득금액조정합계표 등에 의하여 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 쟁점아파트 신축사업과 관련하여 경기도 OOO으로부터 공공시설 설치비용의 분담금을 3차례(최초분담금, 1차 추가분담금,2차 추가분담금)에걸쳐 부과 받았는데 이 공공시설 설치분담금은 OOO에 납부하도록 되어 있고, 경기도 OOO 명의의 예금계좌에 의뢰인을 청구법인으로 명시하고 있어분담금 예치계좌는 경기도 OOO가 공동으로 관리한 것으로 나타나며, 위 분담금은 OOO로 하여금 청구법인 등 4개의 업체가 각자의 사업지역에 속한 공공시설 등을 설치할 때마다 경기도 OOO의 승낙을 받아 그 기성고에 맞추어 그 분담금에서 공사비를 지급하게 하는 방법으로 집행한 것으로 되어 있어 일종의 기부채납의무에 대한 이행보증금의 성격으로 예치한 것으로 보이는 점, 청구법인이 최초분담금을 1999년 9월에 경기도OOO 회원사 간에 체결한 협약서에 따라 현금으로 납부한 이후 경기도 OOO는2000년 6월경에 난개발에 따른 민원해소를 위해 공공시설을 대폭 확충하기로 하고, 공공시설 설치 분담금을 증액하는 결정을 하여 쟁점분담금의 이행통보를 한 후 2002년 8월말경에 추가분담금을 예치하라는 부과통보를 함에 따라 청구법인은 당좌수표를 견질용으로 경기도 OOO에 예치하고, 2002년 9월경에 수원지방법원에 제1차 추가분담금의 이행명령을 취소하는 소송을 제기하였는데 대법원은 2013.3.14. 최초 분담금에 대한 청구는 각하, 쟁점분담금은 취소하는 판결을 하였고, 동 판결문에는 분담금 반환에 관한 내용이 없어 이를 추가분담금의 반환청구소송이라고 보기 어려우며, 당해 판결문에도 이행명령 취소의 판결로 기재되어 있는 점, 청구법인이 이행명령처분 취소 소송을 제기하여 부과처분 취소판결에 따라 경기도 OOO에 예치한 당좌수표를 되돌려 받았는바, 만약 납부한 금액이 경기도 OOO의 특별회계에 납입되었다가 환급되었다면 환급가산금도 지급받았어야 할 것이나 청구법인이 당좌수표만 회수한 것은 예치한 담보물을 회수한 것으로 보이고, 쟁점분담금을 예치시 2002년 8월에 경기도 OOO이 교부한 보관증에도 “기반시설 추가분담금 담보로 보관한다”고 기재되어 있는 점, 부과처분 취소 판결로 당초 채무는 소급하여 소멸되었고, 청구법인이 납부한 분담금을 환급받은 것이 아니므로 2013사업연도에 익금산입 대상인 자산의 증가가 있었다고 보기 어려운 점, 쟁점분담금 자체가 대법원의 판시와 같이 그 발생 원인이 위법하여 원천적으로 소멸된 것이어서 당초 적법한 채무의 존재를 전제로 하는 채무면제익과도 관련이 없는 점,청구법인은 쟁점분담금을 2002사업연도의 소득금액 계산시 아파트의 건설원가에 산입하여 법인세를 신고하였고, 대법원의 판결에 의해 쟁점분담금이 취소되자 2002～2005사업연도, 2007사업연도, 2009사업연도, 2011사업연도 및 2013사업연도의 법인세를 수정신고하고, 2011사업연도 법인세OOO를 납부하였으며, 2013사업연도의 경우 법인세 신고시 당해사업연도 해당분에 대해 익금에 산입한 사실이 소득금액조정합계표 등에 의하여 확인되는 점 등에 비추어 청구법인이 2002～2005사업연도, 2007사업연도, 2009사업연도 및 2011사업연도에 걸쳐 건설원가로 손금산입한 쟁점분담금은 각 해당 사업연도에 손금불산입하여야 할 것으로 판단된다.

따라서, 처분청이 쟁점분담금을 법원의 판결이 확정된 날이 속하는 2013사업연도의 익금산입 대상으로 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.