가. 청구법인은 1997년 3월에 장학사업을 위해 고 김OOO의 유언에 의해 설립된 공익법인으로서 재단운영 등을 위해 2003년 12월에 출연재산을 매각하였으나, 2005년 3월에 매각대금을 김OOO(김OOO의 아들이며 전 이사장)가 횡령하여 출국하였고, 관할 교육청은 서OOO(현 이사장)을 이사로 선임하여 매각된 출연재산에 대한 소유권이전등기 말소소송을 제기하였다.

나. OOO세무서장은 「상속세 및 증여세법 시행령」 제38조의 규정에 따라 청구법인을 사후관리하던 중 청구법인이 소송에서 최종 패소함에 따라 매각된 출연재산을 원상복구할 여지가 없다고 보고, 출연자 직계비속의 불법행위로 인하여 출연재산이 감소한 경우로 보아 사후관리의무를 위반한 공익법인에게 증여세를 부과하고, 김OOO의 토지매각대금 횡령분을 대표자 상여로 소득처분하며, 무신고한 청구법인의 부동산임대소득에 대하여 법인세 및 부가가치세를 부과할 것을 통지함에 따라, 처분청은 2012.9.10. 청구법인에게 부동산임대소득에 대한 부가가치세 2005년 제2기 OOO원, 2006년 제1기 OOO원, 2006년 제2기 OOO원을 결정‧고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.11.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 임대수입에 대한 산출근거가 명확하지 않으므로 이에 대한 과세처분은 부당하다.

(2) 신고 누락한 2005년 제2기 ～ 2006년 제2기 임대수입에 대한 부가가치세 부과처분은 부과할 수 있는 날로부터 부과제척기간 5년을 경과하였으므로 부적법하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 신고 누락한 2005사업연도 및 2006사업연도 임대수입금액은 장부 등이 없으므로 기준경비율을 적용하여 적정하게 추계결정하였다.

(2) 부동산임대수입에 대한 부가가치세 부과처분은 부가가치세 무신고자에 대한 부과제척기간 7년 이내의 적법한 처분이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 과세표준 및 세액 산출의 당부

② 부과제척기간을 경과한 부적법한 처분인지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 「부가가치세법」 제29조 제1항은 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 「법인세법」 제66조 제3항 및 같은 법 시행령 제104조 제2항은 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하되, 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에는 사업수입금액에서 사업수입금액에 「소득세법 시행령」 제145조의 규정에 의한 기준경비율을 곱하여 계산한 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정한다고 규정하고 있다.

(나) 부가가치세 결정결의서 등에 의하면, 처분청은 청구법인이 무신고한 OOO의 임대소득에 대하여 임대차내역을 확인하여 2005년 제2기 OOO원, 2006년 제1기 OOO원, 2006년 제2기 OOO원으로 추계결정한 것으로 나타나고, 청구법인은 임대소득에 대한 산출근거가 명확하지 않다고 주장하고 있다.

(다) 위 내용을 종합하면, 청구법인은 처분청의 임대소득의 산출근거가 불명확하다고 주장하나, 청구법인의 임대수입금액은 장부 등 증빙이 없으므로 임차인의 임대차내역에 의하여 확인된 금액에 기준경비율을 적용하여 추계결정하였으므로, 처분청의 과세표준 산정에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 「국세기본법」 제26조의2는 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다고 규정하고 있다.

(나) 부가가치세 결정결의서 등에 의하면, 처분청은 신고 누락한 2005사업연도 및 2006사업연도 부동산임대수입금액에 대하여 「국세기본법」 제26조의2의 규정에 의하여 무신고자에 대한 부과제척기간 7년을 적용하여 부가가치세를 부과한 것으로 나타나며, 청구법인은 임대수입금액에 대한 부가가치세 부과처분은 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과하였으므로 부적법하다고 주장하고 있다.

(다) 위 내용을 종합하면, 청구법인은 청구법인에 대한 부가가치세 부과처분이 부과제척기간을 경과하여 부적법하다고 주장하나, 2005년 및 2006년의 부동산임대수입금액의 무신고에 대한 부가가치세는 부과제척기간 7년을 적용하는 것이므로, 부과할 수 있는 날부터 7년 이내에 부과된 이 건 처분은 적법한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.