가. 처분청은 학교법인인 청구법인이 2009년부터 2013년까지의 재산세 과세기준일(6월 1일) 현재 소유하고 있는 OOO 외 33필지 합계 171,051㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다), 같은 시 OOO 외 17필지 합계 5,947㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다) 및 같은 시 OOO 외 6필지 합계 6,257㎡(이하 “쟁점③토지”라 하고, 쟁점①·②·③토지를 합하여 이하 “전체토지”라 한다)를 재산세 종합합산과세대상으로 구분하여 아래 [표1]과 같이 재산세 등을 부과고지하였다.

[표1] 재산세 등 부과내역

나. 청구법인은 이에 불복하여 2014.4.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 쟁점①토지가 대부분 자연림이라 하여 청구법인이 교육용도로 직접 사용하는 부동산이 아니라고 보아 재산세 종합합산과세대상으로 구분하였으나, 청구법인이 2002.6.26. 학교법인 OOO을 흡수합병하여 쟁점①토지를 승계취득한 후, 수목분포현황을 조사하고 약 OOO의 비용을 지출하여 울타리를 설치하여 실습장 A, B, C로 구획하였고, 청구법인 소속의 OOO의 주요 교과목인 도시설계론·토지이용계획·도시계획실습·조경설계·주경수목관리·조경계획특론 등을 수강하는 학생들의 실습장으로 사용하고 있으며, 도시설계론 등의 수업시 자연지형지물 변화를 최소화하여 환경을 보호하는 도시설계기법을 가르치고 있는데 도로와 인접한 구릉성 지형인 쟁점①토지는 그 기초현황도면 작성 등에 있어서 훌륭한 실습장소이고, 쟁점①토지는 생태계의 보고로 알려져 있는 비오톱과 다양한 수종의 수목들이 다양한 군락을 형성하고 있어 조경설계 등의 수업시 이러한 자연환경과 식생을 학생들이 직접 관찰·조사하도록 하고 이를 최대한 보존하는 친환경 조경설계를 하도록 하고 있을 뿐만 아니라 그 상당 면적을 교육을 목적으로 학생들과 함께 식물의 재배지로 조성하는 등 실습장으로 사용하고 있으며, 각 강좌별로 15주 수업 중 1주씩 쟁점①토지에서 실습수업이 이루어졌고, 대학에서 강의를 하는 1년의 28주 중 6～7주를 쟁점①토지를 실습장으로 사용하였음에도 불구하고, 청구법인이 쟁점①토지를 교육용도로 직접 사용하지 아니하는 것으로 보아 처분청이 재산세를 면제하지 아니하고 종합합산과세대상으로 구분하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.

(2) 「지방세법 시행령」 제102조 제5항 제13호에서 비영리사업자가 1995년 12월 31일 이전부터 소유하고 있는 토지는 재산세 분리과세대상으로 규정하고 있고, 전체토지는 당초 학교법인 OOO이 1995.12.31. 이전에 취득하여 소유하고 있던 토지를 2002.6.26. 청구법인이 학교법인 OOO을 흡수합병하여 승계취득한 것이며, 이는 형식적인 소유권의 취득에 해당하므로, 피합병법인인 학교법인 OOO의 전체토지 취득일을 청구법인의 전체토지 취득일로 보아 쟁점①토지는 만일 재산세가 면제(주위적 청구)되지 아니한다면 분리과세대상(예비적 청구)으로 구분하여야 하고, 쟁점②·③토지는 분리과세대상에 해당하므로 이 건 재산세 등의 부과처분을 경정하여야 한다.

(3) 「지방세기본법」 제20조 제3항에서 이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있고, 처분청은 청구법인이 전체토지를 취득한 이후부터 교육용도에 직접 사용하는 것으로 보아 계속하여 재산세 분리과세대상으로 구분하여 과세하여 오다가 그 과세대상의 구분을 종합합산과세대상으로 변경하여 2009년분부터 2012년분까지의 재산세 등을 소급하여 과세한 처분은 비과세 관행, 소급과세금지의 원칙, 신뢰보호의 원칙 등에 반하므로, 전체토지에 대한 2009년분부터 2012년분까지의 재산세는 이를 분리과세대상으로 구분하여 이 건 부과처분을 경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 학교법인이 교육용 기본재산에 편입된 부동산을 그 사업에 직접 사용한다고 함은 학교법인이 설치·경영하는 사립학교의 교지, 체육장 등과 같이 당해 부동산의 사용용도가 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 할 것이고, 자연림 상태의 임야를 학생들의 야외수업공간으로 간헐적으로 이용하여 왔다는 사정만으로는 토지를 교육사업에 직접 사용하는 것으로는 볼 수는 없다 할 것인바, 청구법인이 쟁점①토지에서 최근 5년 동안 46회 이상 현장실습을 하여 연도별 8～9회 교육용도로 사용 중이라는 청구주장은 제출된 수업계획서 등에 의하여 사실로 나타나나, 처분청에서 쟁점①토지의 현장에 출장(2013.5.8.～2013.8.25.)한 결과 교육을 위한 시설이 구비되어 있지 않고, 일부가 묘지로 사용되거나 폐쇄된 축사가 있었으며, 쓰러진 나무가 방치되는 등 관리가 되지 아니한 자연림 상태임이 확인되므로, 청구법인이 쟁점①토지를 교육사업에 직접 사용하는 것으로 보아 재산세 부과를 면제하기 어렵다.

(2) 「지방세법」 제6조 제1호에서 취득이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자 등에 의한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상, 무상을 불문한 일체의 취득이라고 규정하고 있으므로, 청구법인이 합병에 의하여 2002.6.26. 취득한 전체토지를 피합병법인이 1995.12.31. 이전에 취득하였다고 하여 청구법인이 1995.12.31. 이전부터 소유하고 있는 토지로 보아 재산세 분리과세대상으로 구분하여야 한다는 청구주장은 「지방세법」상 그 근거가 없으므로, 처분청이 전체토지를 재산세 종합합산과세대상으로 구분하여 과세한 이 건 처분은 적법하다.

(3) 조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙 또는 비과세 관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙이라 할 것인바, 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 할 것이나 전체토지에 대한 재산세 과세대상의 구분을 변경한 것은 개별적인 사안으로서 신뢰보호의 원칙을 적용할 대상에 해당하지 아니하므로, 전체토지에 대한 2009년분부터 2012년분까지의 재산세 부과처분이 신뢰보호의 원칙 등에 위배된다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 학교법인인 청구법인이 소유한 쟁점①토지를 교육 용도로직접 사용하므로 재산세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부

② 비영리법인인 청구법인에게 2002.6.26. 흡수합병된 피합병법인이 1995.12.31. 이전에 취득한 전체토지를 재산세 분리과세대상으로 구분하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 전체토지에 대하여 장기간 재산세를 부과하지 아니하거나 분리과세하다가 그 과세대상의 구분을 소급하여 종합합산과세대상으로변경하여 한 2009～2012년분 재산세 부과처분이 신뢰보호원칙 등에 위배된다는 청구주장의 당부

나.관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 확인된다.

(가) 처분청이 2013.8.28. 작성한 쟁점①토지(34필지, 총 171,051㎡)에 대한 현지출장보고서의 주요내용을 보면, 쟁점①토지에 교육을 위한 시설이 설치되어 있지 않고, 일부는 묘지로 사용되거나 폐쇄된 축사가 있었으며, 쓰러진 나무가 방치되는 등 전체적으로 관리가 되지 아니한 자연림 상태임이 확인되는바, 재산세 과세대상의 구분을 당초의 비과세 또는 분리과세대상에서 종합합산과세대상으로 변경한다고 기재되어 있고, 이를 필지별로 촬영한 여러장의 현장사진이 첨부되어 있다.

(나) 이에 대하여 청구법인이 제출한 항변자료를 보면, 쟁점①토지를 실습장 A, B, C로 구획하여 사용하여 왔고, 그 현황은 아래 1)～3)과 같다고 기재되어 있다.

1) 실습장 A

2) 실습장 B

3) 실습장 C

(다) 청구법인이 쟁점①토지를 실습장으로 사용하였다는 증빙자료로 제출한 개설학과, 강의실, 강의시간, 담당교수, 교과목 개요, 실습내용 등이 구체적으로 기재된 수업계획서 등을 보면 쟁점①토지에서 도시공학과 및 건축도시대학원의 실습수업이 이루어진 시기가 아래 [표2]와 같다.

[표2] 쟁점①토지를 실습장으로 사용한 현황

(라) 청구법인이 제출한 ooo 울타리 설치공사 등과 관련된 기안문서 및 지출결의서 및 세금계산서 등에 의하면, 2003.11.20. ooo 2005.3.29. ooo, 2009.7.24. ooo 상당의 울타리 설치공사 용역을 공급받고 그 대금을 지출한 것으로 나타나고, 2010.9.2. 태풍의 영향으로 ooo 실습장내 수목이 전도되어 이를 복구하는 공사비(중기 임차료, 인건비 등)로 ooo을 지출한 것으로 되어 있다.

(마) 청구법인이 전체토지를 1995.12.31. 이전에 취득한 피합병법인을 2002.6.26. 흡수합병하여 전체토지를 승계취득한 사실과 처분청이 2013.8.28. 쟁점①·②토지를 현장확인한 후 재산세 과세대상의 구분을 종합합산과세대상으로 변경하기 이전에 2012년까지 청구법인에게 전체토지에 대한 재산세를 비과세 또는 분리과세대상으로 구분하여 온 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 별다른 다툼이 없다.

(2) 이상의 관련 법령 및 사실관계 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점①토지를 직접 교육용도로 사용하는 여러 학과과정을 운영하고 있고, 그 일부를 조경 등의 교과목 수업을 목적으로 학생들과 함께 식물의 재배지로 조성하였으며, 나머지 부분은 비오톱 등의 자연식생이 잘 형성되어 있어 그 자체를 학생들이 조사·관찰하여 왔고, 대학의 수업일수를 감안할 때 이를 교육에 사용한 빈도도 낮지 아니하므로 쟁점①토지에 대한 재산세 부과를 면제하여야 한다고 주장하나, 비영리사업자인 학교법인이 당해 부동산을 그 사업에 직접 사용한다는 의미는 학교법인이 소유하는 부동산이 「사립학교법」규정에 따라 관할 교육청에 학교법인의 교육용 기본재산으로 등재되어야 함은 물론, 실제 사용 용도도 학교법인이 설치 경영하는 사립학교의 교지ㆍ교사ㆍ체육장ㆍ실습 또는 연구시설, 그리고 기타 교육에 직접 사용되는 시설ㆍ설비 및 교재ㆍ교구 등과 같이 당해 부동산의 사용용도가 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 할 것(대법원 1994.10.28. 선고 94누224 판결, 같은 뜻임)인바, 처분청이 쟁점①토지를 현장확인한 결과 교육을 위한 시설이 설치되어 있지 않고, 일부는 묘지로 사용되거나 폐쇄된 축사가 있었으며, 쓰러진 나무가 방치되어 있는 등 그 대부분이 관리가 되지 아니한 자연림 상태의 임야로 나타난 점, 이를 청구법인이 실습교육에 사용한 빈도도 간헐적인 정도에 불과하다고 보이는 점 등에 비추어 쟁점①토지가 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용된다고 인정하기 어려우므로, 쟁점①토지에 대한 재산세 등을 면제하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다.

(나) 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 청구법인에게 2002.6.26. 흡수합병된 학교법인인 OOO(피합병법인)이 1995.12.31. 이전에 취득한 전체토지를 흡수합병을 통하여 승계취득하였으므로 이를 비영리사업자가 1995.12.31. 이전부터 소유하고 있는 토지로 보아 「지방세법 시행령」 제102조 제5항 제13호에 따라 재산세 분리과세대상으로 구분하여야 한다고 주장하나, 「지방세법」 제6조 제1호에서 취득이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자 등에 의한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상, 무상을 불문한 일체의 취득이라고 규정하고 있는바, 청구법인이 합병에 의하여 2002.6.26. 취득한 전체토지를 법인격이 다른 피합병법인이 1995.12.31. 이전에 취득하였다고 하여 청구법인이 1995.12.31. 이전부터 소유하고 있는 토지로 보기는 어려우므로, 전체토지에 대한 재산세를 분리과세하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다(조심 2011지859, 2012.3.20. 같은 뜻임) 할 것이다.

(다) 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 2009년분부터 2012년분까지의 재산세 등을 부과한 이 건 처분이 비과세 관행, 소급과세금지의 원칙, 신뢰보호의 원칙 등에 위배된다고 주장하나, 비과세 관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만, 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 할 것(대법원 2003.9.5. 선고 2001두7855 판결, 같은 뜻임)인바, 처분청이 전체토지에 대하여 종합합산과세대상으로 구분하여 재산세를 과세할 수 있음을 알면서도 과세하지 아니하겠다는 공적인 견해를 표시한 것으로 볼 수 있는 사정이 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 부과처분이 비과세 관행, 소급과세금지의 원칙, 신뢰보호의 원칙 등에 위배된다는 청구주장도 받아들이기 어렵다 할 것이다.

따라서, 처분청이 재산세 등을 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여주문과 같이 결정한다.

(1) 지방세법

106조(과세대상의 구분)① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1.종합합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

가. 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호 가목 및 나목에 따른토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

가. 공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지

나. 차고용 토지, 보세창고용 토지, 시험·연구·검사용 토지, 물류단지시설용 토지 등 공지 상태(空地狀態)나 해당 토지의 이용에 필요한 시설 등을 설치하여 업무 또는 경제활동에 활용되는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

3. 분리과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

가. 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령으로 정하는 토지

나. 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중 소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야

다. 제13조 제5항에 따른 골프장(같은 항 각 호 외의 부분 후단은 적용하지 아니한다)용 토지와 같은 항에 따른 고급오락장용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지

라. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제2조제1호에 따른 공장의 부속토지로서 개발제한구역의 지정이 있기 이전에 그 부지취득이 완료된 곳으로서 대통령령으로 정하는 토지

마. 가목에서 라목까지의 토지와 유사한 토지 중 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 것으로서 대통령령으로 정하는 토지

제111조(세율)① 재산세는 제110조의 과세표준에 다음 각 호의 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

1. 토지

가. 종합합산과세대상

나. 별도합산과세대상

다. 분리과세대상

1) 전·답·과수원·목장용지 및 임야 : 과세표준의 1천분의 0.7

2) 골프장 및 고급오락장용 토지 : 과세표준의 1천분의 40

3) 그 밖의 토지 : 과세표준의 1천분의 2

(2) 지방세법 시행령

제102조(분리과세대상 토지의 범위)⑤ 법 제106조 제1항 제3호 마목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다. 다만, 제1호에 따른 토지 중 취득일부터 5년이 지난 토지로서 용지조성사업 또는 건축을 착공하지 아니한 토지는 제외하며, 제4호 및 제8호부터 제10호까지의 토지는 같은 호에 따른 시설 및 설비공사를 진행 중인 토지를 포함한다.

13. 제22조에 따른 비영리사업자가 1995년 12월 31일 이전부터 소유하고 있는 토지

⑥ 제1항 제2호 라목·바목 및 제2항 제4호·제6호에 따른 농지와 임야는 1990년 5월 31일 이전부터 소유(1990년 6월 1일 이후에 해당 농지 또는 임야를 상속받아 소유하는 경우와 법인 합병으로 인하여 취득하여 소유하는 경우를 포함한다)하는 것으로 한정하고, 제1항 제3호에 따른 목장용지 중 도시지역의 목장용지 및 제2항 제5호 각 목에서 규정하는 임야는 1989년 12월 31일 이전부터 소유(1990년 1월 1일 이후에 해당 목장용지 및 임야를 상속받아 소유하는 경우와 법인합병으로 인하여 취득하여 소유하는 경우를 포함한다)하는 것으로 한정한다.

(3) 지방세특례제한법

제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제)②학교 등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대하여는 재산세( 「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 면제하지 아니한다.

(4) 지방세기본법

제20조(해석의 기준 등) ① 이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다.