가. 청구인은 2005.1.24. 피부세정제 및 한약재를 이용한 탈모방지 및 발모조성물을 함유한 샴푸특허권(이하 “쟁점특허권”이라 한다)을 취득하여 OOOOO 주식회사에 쟁점특허권을 대여하고 2005년 ～ 2007년 중 특허권 사용료로 57억 5,015만원(2005년 5억 4,855만원,2006년 17억 6,185만원, 2007년 34억 3,975만원이고, 이하 “쟁점대여소득”이라 한다)을 지급받고 소득금액을 추계로 산정하여 2005년 ～ 2007년귀속 종합소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 청구인에 대한 세무조사결과,쟁점대여소득에 대한청구인의 추계신고를 부인하고 실지조사방법으로 소득금액을 경정하여 2009.3.18. 청구인에게 2005년 귀속 종합소득세 196,390,780원, 2006년 귀속 종합소득세 403,728,840원 및 2007년 귀속 종합소득세 542,325,000원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.6.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 1999년 이전부터 탈모방지를 위한 제품개발에 착수하여 시행착오를 거듭한 끝에 한방성분으로 두피노폐물을 제거하고모발을 굵고 건강하게 만드는데 효과적인 샴푸제품에 대한 기술개발에성공하여 1999년 12월 OOOO OO라는 제품을 출시하였고, 2001.6.18. 탈모방지 및 발모 조성물을 함유하는 샴푸의 특허출원을 하여 2005.1.24. 쟁점특허권(OO OOOOOOOOO)을 등록하였고, 2005.1.3. OOOOO 주식회사와 쟁점특허권에 대하여 특허권 개발 및 사용료 계약을 체결한 후 2005년 ～ 2007년 중 쟁점대여소득을 지급받았다.

「소득세법」제21조 제1항 제7호의 규정에 산업재산권(특허권)의 양도소득과 대여소득에 대하여 기타소득으로 규정되어 있는 바, 특허권의 양도와 대여의 차이점은 양도의경우 소유권이 양수자에게 이전되는데 반해 대여는 소유권이 대여자에게있는 것인데 그럼에도 위의 규정에서 특허권의 양도와 대여에 따른 소득에 대하여 기타소득으로 동일하게 포함하고 있는 것은 소유권의 여부가 무관하다는 법취지로 이해되나, 심판결정례에 의하면, 특허권을 일정기간 동안 사용하도록 하고 경상기술료 형식으로 계속적·반복적으로 대가를 지급받는 경우에는 사업소득으로 보고, 특허권을 일정기간(특허권 존속기간) 동안 양도하고 그 양도대가를 분할하여 수령하는경우는 일시재산소득으로 구분하여 결정(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)하고 있다.

2006.12.31. 이전에는 특허권에 대하여만 일시재산소득으로 규정되어 있었으나, 「소득세법」제21조가 개정되어특허권의 대여소득이 특허권의 양도소득과 동일하게 기타소득으로 구분되어 포함되었는 바, 이는 특허권의 특성상 대여하거나 양도하는 기간에는 임차인 및 양수자의 독점사용권이 인정되고 있으며 대금도 매년 매출액의 일정률을 지급받는 등 실질적인 면이 동일하고, 단지 특허권 양도의 경우에는 특허등록원부에 명의자 변경이 되어있다는 것만이 구별되는데 따른 것으로서, 이와 같이 실질적으로 동일한 소득에 대하여 이 건과 같이 다른 의무가 부과되는 것으로 해석하는 것은 불공평한 법해석이라고 사료된다.

만일 청구인이 쟁점대여소득에 대하여 기타소득으로 인정받기 위하여 특허원부에 명의이전만 한다면, 현재의 쟁점특허권 대여와 동일하게 특허권 존속기간(계약기간 보다 장기간) 동안 매년 매출액의 일정률로 금전적인 수입의 혜택을 누릴 수 있을 뿐만 아니라, 증빙자료 비치의무도 없고 필요경비 발생의 확인 유무도 없이 최소한 필요경비 80%를 인정받을 수 있는 것이고, 특허권 양도와 동일한 계약사항에 대하여 형식적인 소유권의 이전이 되지 않았다는 이유로 특허권 대여소득이 기타소득으로 분류될 수 없다면, 기타소득의 범위에 특허권 양도에 따른 소득만을 규정하고 특허권 대여에 따른 소득은 규정되지 아니하였어야 할 것이다.

또한, 위와 같은 해석에 의하는 경우라도 청구인은 쟁점특허권을한번 대여하고 그 대가를 기간별로 분할하여 나누어 받은 것이므로 쟁점대여소득은 계속적·반복적으로 발생한 소득이 아닌 일시적으로발생한 소득이라 할 수 있으므로 쟁점대여소득에 대하여 일시재산소득및 기타소득으로 인정하여 이 건 처분을 경정하여야 한다.

(2) 설혹, 쟁점대여소득에 대하여 사업소득으로 보는 경우라 하더라도 청구인의 경우 특허권의 임대에 관련된 필요경비 등은 1999년 OOOOO 설립시부터 꾸준히 유·무형의 비용이 많이 투입되었는데 다양한 연구개발 활동에 대한 정확한 대응원가의 파악이 어렵고 필요경비를 객관적으로 측정하는데 어려움이 있어 장부기장을 하지 아니하였던 것이나, 쟁점대여소득을 누락함이 없이 총수입금액으로 하고 소득금액을기준경비율로 적용하면서단순경비율에 의한소득금액에 배율적용한금액을 비교하여 적은 금액을추계소득금액으로 신고하여 기타소득에 의한 소득금액에 비하여 훨씬 많은 소득금액으로 신고를 하면서 무기장에 따른 불이익인 무기장가산세도 성실하게 납부하였으므로 당초 신고내용대로 소득금액을 추계결정하여야 한다.

처분청은 청구인이 1999년 ～ 2001년 중 개인사업장인 OOOOO을 간이과세자로 운영할 당시 실제지출경비보다 많은 금액을 비용으로 인정받았으므로 쟁점특허권 출원 전의 개발비는 사실상 계상된 것으로 추정된다는 의견이나, 당시 청구인에게 적용된 표준소득률은 매출액에 대응되어 인정되는 일상적 필요경비를 감안하여 산출된 것이고, 미래 불투명한 쟁점특허권의 임대소득과 대응되어 산출된 필요경비까지 포함되지 아니한 것이 분명하므로 처분청이 쟁점특허권에 대한 임대소득의 실액을 밝힐 수 없음을 스스로 입증하는 것이라 할수 있으며, 그와 같은 추정에 의하여 부과처분한 것은 「국세기본법」제16조에 정하고 있는 근거과세원칙에도 위배되는 바, 장부를 비치·기장할 수 없는 사정으로 부득이하게 추계로 신고한 내용을 부인하고 필요경비를 0원으로 하여 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점대여소득에 대하여 사업소득으로 보아 2005.7.1. 산업재산권 임대업으로 사업자등록하였고, 2005년 ～ 2007년 중 쟁점특허권에 대한 임대소득을 계속적·반복적으로 지급받은 사실이 확인되는 바, 이와 같이 쟁점대여소득은 청구인이 사업자의 지위에서 계속적·반복적으로 지급받은 사업소득에 해당된다고 할 수 있으므로 기타소득에 해당된다는 청구인의 주장은 이유없다.

(2) 「소득세법」상 종합소득금액이 있는 자는 원칙적으로 장부 등에 의한 실지신고가 원칙이고, 과세표준을 계산함에 있어 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 한하여 예외적으로 소득금액을 추계결정하도록 규정되어 있고 납세자 스스로 추계방법에 의한 소득금액 결정을 원하고 있다는 사유만으로 추계조사 요건이 갖추어진 것으로 볼 수 없으며, 장부를 비치·기장한 바 없다 하더라도 다른 증빙서류를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 과세표준과 세액은 실지조사방법에 의하여 결정하여야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

①쟁점특허권의 임대소득을 사업소득이 아닌 기타소득으로 보아 필요경비 80%를 인정할 수 있는지 여부

② 쟁점특허권의 임대수입금액에 대한 소득금액을 추계결정할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제19조 【사업소득】① 사업소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

11. 부동산업(부동산임대소득에 해당하는 사업 및 제12호의 규정에 의한 부동산매매업을 제외한다. 이하 같다), 임대업 및 사업서비스업에서 발생하는 소득

제20조의2【일시재산소득】(2003.12.30. 법률 제7006호로 개정된 것) ① 일시재산소득은 당해연도에 발생한 광업권ㆍ어업권ㆍ산업재산권ㆍ산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령이 정하는 점포임차권을 포함한다), 토사석의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득으로 한다.

② 일시재산소득금액은 당해연도의 총수입금액에서 이에 소요된 필요경비를 공제한 금액으로 한다.

③ 일시재산소득의 범위는 대통령령으로 정한다.

제21조【기타소득】(2006.12.30, 법률 제8144호로 개정된 것) ①기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ부동산임대소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

7. 광업권ㆍ어업권ㆍ산업재산권 및 산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령이 정하는 점포임차권을 포함한다)，토사석의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품

② 기타소득금액은 당해연도의 총수입금액에서 이에 소요된 필요경비를 공제한 금액으로 한다.

제27조【필요경비의 계산】① 부동산임대소득금액ㆍ사업소득금액ㆍ일시재산소득금액ㆍ기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 당해연도전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 당해연도에 확정된 것에 대하여는 당해연도 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것에 한하여 당해연도의 필요경비로 본다.

③ 필요경비의 계산에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제80조 【결정과 경정】② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조 내지 제72조 또는 제74조의 규정에 의한 과세표준확정신고를 한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

제81조 【가산세】⑩ 사업자(대통령령이 정하는 소규모사업자를 제외한다)가 제160조 및 제161조의 규정에 의한 장부를 비치ㆍ기장하지 아니하였거나 비치ㆍ기장한 장부에 의한 소득금액이 기장하여야 할 금액에 미달한 때에는 종합소득금액 또는 산림소득금액에 대하여그 기장하지 아니한 당해 소득금액 또는 기장하여야 할 금액에 미달한당해 소득금액이 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 20에 상당하는 금액을 결정세액에 가산한다.

제160조 【장부의 비치ㆍ기장】① 사업자는 소득금액을 계산할 수 있도록 증빙서류 등을 비치하고 그 사업에 관한 모든 거래사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 의하여 장부에 기록ㆍ관리하여야 한다.

(2) 소득세법 시행령 제87조 【기타소득 등의 필요경비계산】(2003.12.30, 대통령령 제18173호로 개정된 것) 다음 각호의 1에 해당하는 기타소득 또는 일시재산소득에 대하여는 거주자가 받은 금액의 100분의 80에 상당하는 금액을 필요경비로 한다.

4. 법 제20조의 2 제1항의 일시재산소득 및 법 제21조 제1항 제7호의 기타소득으로서 필요경비가 확인되지 아니하는 것

제143조 【추계결정 및 경정】① 법 제80조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

③ 법 제80조 제3항 단서의 규정에 의하여 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 방법에 의한다. 다만, 제1호의 2의 규정은 단순경비율 적용대상자에 한하여 적용한다.

1. 수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 그 소득금액(이하이 조에서 “기준소득금액”이라 한다)으로 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다. 다만, 기준소득금액이 제1호의2의 규정에 의한 소득금액에 국세청장이 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액 이상인 경우에는 그 배율을 곱하여 계산한 금액을 소득금액으로 결정할 수 있다.

가. 매입경비(사업용 고정자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용고정자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액

나. 종업원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액

다. 수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액

1의2. 수입금액에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법

④ 제3항 단서에서 “단순경비율 적용대상자” 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 사업자를 말한다.

1. 당해 과세기간에 신규로 사업을 개시한 사업자

2. 직전 과세기간의 수입금액(결정 또는 경정에 의하여 증가된 수입금액을 포함한다)의 합계액이 다음 각목의 금액에 미달하는 사업자

다. 부동산임대업, 사업서비스업，교육서비스업, 보건 및 사회복지사업, 사회 및 개인서비스업，가사서비스업 : 3천600만원

(3) 부가가치세법 제2조 【납세의무자】 ① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 “사업자”라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세자료 등에 의한 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구인은 1999년 9월 OOOOO(개인사업자)을 설립하여1999년 12월 한약성분이 포함된 OOOO OO라는 제품을 개발·출시하였고, 2004년 1월 OOOOO 주식회사로 법인전환하였으며, 2001.6.18. 특허를 출원하여 2005.1.24. 쟁점특허(OO OOOOOOOOO)를 등록하였고, 2005.1.3 OOOOO 주식회사와 쟁점특허권의 개발 및 사용료 계약(당초 특허사용료를 판매공급가액의 7%로 하였다가 2006.6.23. 10%로 변경계약)을 체결한 후, 2005년 ～ 2007년 중 쟁점대여소득을 지급받았다.

한편, 청구인은 2005.7.1. 산업재산권 임대서비스업(OOOO OOOOOO)OO OOOOO(OOOOOOO OOOOOOOOOOOO)을 하고 OOOOO 주식회사로부터 지급받은 쟁점대여소득에 대하여 그 대응원가 및 필요경비를 객관적으로 측정하기 어렵다고 하여 장부를 기장하지 아니하고 소득금액을 추계산정하여 종합소득 과세표준을 신고하면서 2005년 귀속 소득금액은 단순경비율(26.4%)에 의하여 1억 4,481만원으로 산정하였고, 2006년 및 2007년 귀속 소득금액은 기준경비율(단순경비율에 배율을 곱한 금액)로 하여 각각 9억 3,025만원(소득률 52.8%) 및 22억 418만원(소득률 64.1%)으로산정하면서 장부를 기장하지 아니한 데 대한 불이익으로 무기장가산세2억 2,068만원(2006년 6,575만원, 2007년 1억 5,493만원)을 가산하여 2005년 ～ 2007년 귀속 종합소득 과세표준 및 세액을 신고하였다.

(나) 처분청은 쟁점대여소득과 관련하여 청구인이 비치·기장한 장부 및 증빙 등이 없다는 사실에 대하여는 다툼이 없으나, 청구인과 OOOOO 주식회사가 체결한 쟁점특허권에 대한 개발 및 사용료 계약서와 동 법인의 청구인에 대한 쟁점대여소득의 지급내역을 근거로 하여 다른 증빙에 의하여 과세표준 및 세액을 계산할 수 있는 경우에 해당된다 하여 청구인의 추계신고를 부인하고 실지조사방법에 의하여 청구인의 소득금액을 경정하면서 쟁점대여소득을 총수입금액 및 소득금액으로 하고 필요경비를 0원으로 하여 이 건 과세하였는 바, 쟁점대여소득에 대한 청구인의 신고내역 및 처분청의 경정내역은 아래 <표>와 같다.

OOOOOOOOO OOOOOOO OO OOOO OOOO OO O OOOO

(OO O OO, O)

(2) 쟁점①, 쟁점대여소득을 기타소득으로 볼 것인지에 대하여 본다.

(가) 「소득세법」 제21조 제1항 제7호에서 산업재산권에 대한 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품을 기타소득으로 규정하고 있고, 「부가가치세법」 제2조 제1항은 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 사업자는 부가가치세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있다.

(나) 청구인은 쟁점대여소득에 대하여 특허권을 대여하고 그 대가로 받은 것이므로 위의 규정에 의하여 기타소득에 해당된다는 주장이나, 위의 사실관계 등에 의하면,청구인은 산업재산권 임대서비스업으로 사업자등록을 하고서 쟁점특허권을 OOOOO 주식회사에 장기간 대여하는 계약을 체결한 후, 쟁점특허권과 관련된 매출액의 7% 및 10%에 상당하는 사용료를3년 이상 계속적·반복적으로 지급받은 것으로 나타나므로쟁점대여소득은 청구인이 사업자의 지위에서 지급받아 발생한 소득으로 「소득세법」제19조 제1항 제15호에서 규정한 사업소득에 해당한다 할 것(OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OO OO)이므로 위와 같은 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

(3) 쟁점②, 청구인의2005년, 2006년 및 2007년 귀속 소득금액을 추계결정할 수 있는지 여부에 대하여 본다.

(가) 2003.12.30, 대통령령 제18173호로 개정된「소득세법 시행령」제87조 제4호는 법 제20조의2 제1항의 일시재산소득(산업재산권 양도소득 등) 및 법 제21조 제1항 제7호의 기타소득으로서 필요경비가 확인되지 아니하는 경우는 받은 금액의 100분의 80에 상당하는 금액을필요경비로 한다고 규정하고 있고, 제143조 제1항 제1호에서 과세표준을계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한부분이미비 또는 허위인 경우에는 소득금액을 추계결정할 수 있다고규정하고있다.

(나) 살피건대, 일반적으로 소득금액은 총수입금액에서 그에 대응하는 필요경비를 차감하여 산출하는 것이고, 수입금액이 발생하면 특별한 경우가 아닌 한 그에 대응한 필요경비가 있을 것으로 추정되고또한 수입금액에 상응하는 필요경비를 인정하여 주는 것이 실질과세의원칙에 부합된다고 할 것인 바,

위의 규정에서 산업재산권(특허권 등)의 양도 또는 대여소득을 기타소득으로 분류하여 과세함에 있어 특허권의 취득과 관련된 비용산출이 어려운 점을 감안하여 최소한 총수입금액의 80%에 상당하는 금액을 필요경비로 인정하고 있는 점과 청구인이 위와 같은 이유로 쟁점대여소득과 관련하여 장부 및 증빙 등을 비치·기장하지 못함에 따라 기타소득에 의한 소득금액(소득률 20%)의 2～3배에이르는 소득금액을 추계로 산정하여 신고하면서 산출세액의 20%에 상당하는 무기장가산세를 자진신고·납부하여 납세의무를 성실히 이행한 점 등을종합하여 볼 때, 쟁점대여소득을 총수입금액으로 하여과세표준을계산함에 있어서 필요한 장부 및 증빙서류가 없거나 중요한부분이미비 또는 허위인 것으로 보여지므로 소득금액의 추계결정사유에 해당된다는 청구인의 주장은 타당해 보인다.

반면, 처분청은 쟁점대여소득에 대한 총수입금액을 알 수 있는 특허권 사용료 계약서 및 관련 법인의 사용료 지급내역 외에는 쟁점대여소득과 관련한 필요경비 등에 대한 장부 및 증빙 등을 조사하여제시하지 못하고 있고, 장부를 비치·기장한 바 없다 하더라도 다른 증빙서류를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 과세표준과 세액을실지조사방법에 의하여 결정하여야 한다고 하면서도 “다른 증빙서류”가무엇인지를 제시하지 못하고 있으며, 단지 청구인이 쟁점대여소득에 대한 필요경비 관련 장부 및 증빙 등을 제시하지 못한다고 하여 필요경비를 0원으로 하고 신고된 총수입금액을 전액 소득금액으로 경정하여 과세한 이 건 처분은 합리성과 타당성이 결여되고 과세형평에도 어긋난 처분이라고 하겠다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOO OO OO)O

(다) 그렇다면, 청구인이 당초에 종합소득 과세표준을 신고함에 있어서 장부를 비치·기장하지 아니한 것을 전제로 하여 「소득세법」 제81조(가산세) 제10항의 규정에 의하여 무기장가산세를 가산한 이 건의 경우, 쟁점대여소득과 관련한 청구인의 종합소득 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부 및 증빙이 없는 경우에 해당된다고 할 것이므로 청구인의 2005년 ～ 2007년 귀속 산업재산권 임대업에 대한소득금액을 「소득세법 시행령」제143조 제3항의 규정에 따라 추계조사결정하여 그 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과, 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의거 주문과 같이 결정한다.