2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 의약품 도매엽 등을 목적으로 설립된 법인으로서 2003 회계연도의 법인세 신고를 마쳤다.

나. 그런데 원고는 동아제약 주식회사 안양지점으로부터 2003년 1기에 공급가액 195,900,000원 및 부가가치세액 19,590,000원, 2003년 271에 공급가액 82,200,000원 및 부가가치세액 8,220,000원(합계 305,910,000원을 '이 사건 매입금액'이라 한다) 상당의 가공매입세금계산서를 실물거래 없이 교부받아, 피고에게 위 각 기간의 부가가치세를 신고할 때 매출세액에서 위 각 세액을 매입세액으로 공제하여 신고하였다.

다・ 피고는 2007. 12. 7. 원고에게, ① 원고의 2003 사업연도 소득금액을 계산함에 있어 이 사건 매입금액을 손금불산입함과 동시에 위 각 부가가치세액을 손금산입하여 2003 사업연도 귀속 법인세 119,141.730원(가산세 포함)을 추가로 부과ㆍ고지하는 한편, ② 이 사건 매입금액이 사외유출되어 그 귀속불분명하다는 이유로 법인세법(2003. 12. 30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것) 제67조 및 같은 법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18174호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제1호 단서에 의하여 이 사건 매입금액을 원고의 대표이사 김☆☆에 대한 상여로 소득처분하여 2003 사업연도 소득금액변동 통지(소득자 김☆☆, 소득금액 305,910,000원)를 하였다(이하 위 법인세 결정ㆍ고지 및 소득금액변동통지를 합하여 '이 사건 각 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사설, 갑 제5호증의 1, 을 제1호증의 1,2, 을 제2, 3호증, 을 제6호증의 1, 2의 각 기재, 변론 천체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 원고의 주장

원고가 이 사건 매입금액 상당의 가공매입세금계산서를 수취하여 허위로 부가가치세 신고를 한 것은 사실이나, 2003 사업연도 손익계산서, 세무조정계산서 등에는 이 사건 매입금액을 비용으로 계상하지 아니하였으므로, 당초부터 이를 손금불산입하여 2003 사업연도 귀속 법인세 신고를 하였다・ 그럼에도 이 사건 매입금액 상당을 재차 손금불산입함으로써 행하여진 피고의 이 사건 각 처분은 위법하다

나. 관계법령 별지와 같다.

다. 판단

(1) 법인세부과처분취소소송 등에 있어서 과세근거가 되는 수입 및 필요경비의 입증 책임도 과세관청에 있다 할 것이나, 과세관청이 납세의무자의 장부 기타 증빙서류에 의해 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하면서 납세의무자가 신고한 어느 비용의 용도 와 그 지급의 상대방이 허위임을 상당한 정도로 입증한 경우, 구체적인 경비항목의 입증 난이라든가 당사자의 형평 등을 고려하여 납세의무자에게 그 입증의 필요를 돌리는 것이 공평의 관념에 부합된다 할 것이다(대법원 1988. 5. 24. 선고 86누121 판결, 대법원 1999. 1. 15. 선고 97누15463 판결 등 참조).

(2) 그런데 법인세 신고시 상품의 매입금액 등 필요경비는 손금으로 산입하는 것이 원칙인데, 원고가 이 사건 매입금액을 부가가치세 신고시 매입세금계산서에 포함시킨 점, 갑 제l호증의 기재에 의하면 원고의 2003 사업연도 손익계산서에는 당기상품총매입액이 19,087,499,754원으로 기재되어 있는 점 등에 비추어 보면, 원고가 2003년도 법인세 신고시에 이 사건 매입세액을 손금에 산입하였읍을 추정할 수 있고, 한편, 갑 제1, 2호증, 을 제7호증의 1 내지 4의 각 기재에 의하면, 원고의 2003년도 부가가치세 신고시에 총 매입금액이 19,310,260,649원이고, 손익계산서상 당기상품총매입액이 19,087,499,754원으로 그 차액이 305,910,000원임을 인정할 수 있으나, 원고가 위 각 상품총매입액의 구체적인 비용항목을 밝히고 그 중에 이 사건 매입금액 항목이 제외되어 있다는 점을 주장입증하지 못하는 한 위 인정사실만으로는 위와 같은 추정을 번복하기 어렵고, 그 밖에 갑 제2 내지 4, 6호증의 각 기재만으로는 이를 뒤집기에 부족하다.

따라서, 당초 법인세 신고시에 이 사건 매입금액이 손금에 산입되었고 그것이 가공매입금액임을 이유로 손금불산입하여 행하여진 이 사건 각 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 각 처분이 위법함을 이유로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 이를 모두 기각한다.