청구법인은 88.12.31 서울특별시 강서구 OO동 OOOO 소재 청구법인의 공장(대지 3,536평 및 건물 144평)을 양도하고 조세감면규제법(89.12.30 개정전, 이하 “조세감면규제법”이라 한다) 제42조 및 같은법시행령 제36조의 규정에 의하여 위 공장의 양도로 인하여 발생한 소득에 대한 법인세 및 특별부가세의 감면을 받기 위하여 청구법인의 ’88사업년도의 법인세 과세표준신고시에 공장지방이전계획서 및 세액면제신청서를 제출하고, 법인세 855,888,470원과 특별부가세 714,950,870원을 감면받았으나,

처분청은 청구법인이 지방에서 신공장의 시공일로부터 2년이내에 동 공장을 준공하여 사업을 개시하지 아니하였다는 이유로 조세감면규제법 제42조 제3항의 규정에 의하여 93.2.16 위 면제받은 세액을 청구법인에게 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 93.4.13 이의신청 및 93.6.30 심사청구를 거쳐 93.9.22 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 청구법인은 처분청이 청구법인에게 위 면제된 세액의 추징과 관련하여 국세징수법 제9조의 규정에 의한 납세고지서를 발부한 사실이 없으므로 하자있는 행정처분이라고 주장한다.

(2) 청구법인은 세액을 면제받을 수 있는 요건인 조세감면규제법시행령 제36조 제5항의 “지방에서 공장을 신설하는 때에는 구공장의 양도일로부터 1년이내 시공하고 시공일로부터 2년이내에 준공하여 사업을 개시하여야한다”라는 규정은 그 조문의 해석상 “시공일로부터 2년이내”에 라는 것은 준공에만 한정되는 것이지, 사업개시까지 포괄하지는 아니하는 것이므로, 청구법인의 경우에 구공장의 양도일로부터 1년이내에 신공장의 건축공사를 시공하고 시공일로부터 2년이내에 동 공장을 준공하였으나 석면을 원료로 사용하는 공장이므로 엄격한 공해방지기준 및 원자재구입난, 기술난, 인력난, 대표자의 질병등으로 사업을 즉시 개시하지 못하였으나 앞으로 사업을 개시할 계획인데도 불구하고 당초에 감면된 세액을 추징한 부과처분은 부당하다고 주장한다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구주장(1)에 대하여는 심사청구를 하지 아니하여 심리를 한 사실이 없다.

(2) 조세감면규제법시행령 제36조 제5항의 해석은 신공장의 시공일로부터 2년이내에 준공할 뿐만 아니라 같은기간내에 사업을 개시하여야만 세액면제요건을 충족하는 것으로 해석하는 것이 타당하다고 할 것이므로(법인22601-3312, 88.11.15 참조) 청구주장은 이유없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

첫째, 처분청이 청구법인에게 위면제된 세액의 추징에 대한 납세고지서를 적법하게 교부하였는지를 가리는 데 있고,

둘째, 공장 지방이전으로 구공장을 먼저 양도하고 신공장을 신설하는 경우에 법인세 및 특별부가세의 감면을 받으려면 시공일로부터 2년이내에 공장의 준공은 물론 사업개시도 하여야 하는 것인지를 가리는 데 있다.

나. 관계법령

이 건 시행당시의 관계법령을 보면, 조세감면규제법 제42조 제1항 및 제2항에서는 대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해공장 대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 법인세 및 특별부가세를 면제한다고 규정하고 있고, 제3항에서는『제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세등을 면제받은 내국인이 대통령령이 정하는 바에 의하여 지방에서 공장을 취득하여 사업을 개시하지 아니하는 경우에는 그 면제받은 세액을 지체없이 징수한다』고 규정하고 있다.

또한, 같은법시행령 제36조 제5항에서는 구공장을 먼저 양도하고 공장을 이전하는 경우에 지방에서 공장을 신설하는 때에는『구공장의 양도일로부터 1년이내에 시공하고, 시공일로부터 2년이내에 준공하여 사업을 개시하여야 한다』고 규정하고 있고, 같은법시행령 제36조 제6항에서는 구공장을 먼저 양도하고 공장을 이전하는 경우에 있어서 같은법 제42조 제3항의 규정에 의한 면제세액의 추징은 다음에 의한다고 규정하고 있고, 그 제1호에서는『법 제42조의 규정에 의하여 법인세·특별부가세 또는 양도소득세를 면제받은 내국인이 제5항의 규정에 의하여 공장을 시공하지 아니하거나 이를 취득하여 사업을 개시하지 아니하는 때에는 그 면제받은 세액』이라고 규정하고 있다.

다. 처분청이 청구법인에게 당초에 면제된 세액의 추징에 대한 납세고지서를 적법하게 교부하였는지 여부

처분청은 청구법인에게 93.2.16 법인세 885,888,470원 및 특별부가세 714,950,870원을 결정하여 납세고지서를 발부하였고, 93.2.20 청구법인의 대표자인 OOO가 위 고지서를 처분청으로부터 수령한 사실이 처분청의 고지서 사본 및 위 OOO가 작성하고 서명한 수령증사본에 의하여 확인되므로 청구주장은 받아 들일 수 없다고 판단된다.

라. 구공장을 먼저 양도하고 지방에서 신공장을 신설하는 경우에 법인세 및 특별부가세의 면제를 받을려면 신공장의 시공일로부터 2년이내에 그 공장을 준공만 하면 되는 것인지, 아니면 2년이내에 준공 뿐만 아니라 사업을 개시하여야 되는지 여부

(1) 이 건 사실관계를 보면 청구법인은 88.12.31 청구법인의 소유인 강서구 OO동 OOOO 소재 공장을 양도하고 89.12.28 청구법인의 소유인 충청남도 홍성군 광천읍 OO리 OOOOO 외 3필지 대지 5,980㎡ 지상에 공장건물(700㎡)을 신축하기 위하여 건축허가를 받았고 90.1.10 공사착공신고서를 제출하였으며(준공검사필증 사본에는 공사착공일이 88.12.28 로 기재됨), 90.12.20 동 공장건물의 준공검사를 필한 사실이 준공검사필증사본 및 건축물대장사본등에 의하여 확인된다.

또한, 청구법인은 91.12.1 위 신설공장의 사업자등록증(OOOOOOOOOOOO)을 교부받았으나 처분청의 조사일(93.2.15)까지 사업을 개시하지 아니하였음이 처분청의 조사서에 의하여 확인되고, 또한 사업을 개시하지 아니한 사실에는 다툼이 없다.

(2) 위의 사실관계로 보아 청구법인은 신공장의 시공일로부터 2년 이내에 준공을 한 것은 사실이나, 신공장의 시공일로부터 2년이내에 사업을 개시하지 아니하였음을 알 수 있다.

청구법인은 조세감면규제법 제36조 제5항의 조문해석상 신공장의 시공일로부터 2년이내에 준공하면 되는 것이지 사업개시는 시공일로부터 2년이내에 하지 않아도 세액면제요건이 충족된다고 주장하고 있으나, 조세감면규제법 제42조의 감면은 이 조항의 취지상 대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 자가 그 공장을 지방으로 이전하는 경우에 감면을 해주도록 되어 있으므로 공장의 지방이전이라 함은 그 공장의 시설을 단순히 지방으로 이전하는 경우만을 의미한다고는 볼 수 없고, 지방으로 이전한 그 공장에서 사업활동을 하는 것을 전제로 하여 세액을 면제해 주는 것으로 해석함이 타당하다고 할 것이고, 따라서 같은법 시행령 제36조 제5항의 규정은 신공장의 시공일로부터 2년이내에 그 공장을 준공할 뿐만 아니라 같은 기간내에 그 공장에서 사업도 개시하여야만 감면요건을 충족시킨다고 보는 것이 정당하다고 판단된다(국세청 예규 법인26601-3312, 88.11.15 같은 뜻임).

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 모두 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.