가. 청구법인은 OOO에서 기계장비 도․소매업을 영위하는 법인으로, 2017사업연도 법인세 신고시「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제7조 제1항 제2호 가목에 따른 감면비율 10%를 적용하여 법인세를 감면받았다.

나. OOO지방국세청장은 2019.4.8.부터 2019.4.25.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구법인의 2017사업연도 매출액이 OOO으로 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전․후의 조특법 시행령(2016.2.5. 개정전 시행령을 이하 “종전 시행령”이라 하고, 개정후 시행령을 이하 “개정 시행령”이라 한다) 제6조 제5항에 따른 소기업에 해당하지 아니하여 감면대상이 아니라는 감사지적을 하였고, 처분청은 이에 따라 2019.9.9. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 OOO(일반과소신고가산세 OOO, 납부불성실가산세 OOO 포함)을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.12.3. 이의신청을 거쳐 2020.5.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 개정 시행령 부칙 제22조의 소기업 범위에 관한 경과조치에 따라 2017사업연도에 소기업에 해당한다.

(가) 수도권에서 도․소매업을 영위하는 중소기업이 소기업에 해당하는 경우에는 중소기업특별세액감면 10%를 적용받을 수 있고, 여기서 소기업에 대한 판단기준은 종전 시행령 규정에서는 ‘종업원 수 10명 미만’ 및 ‘매출액 OOO 미만’이었으나, 2016.2.5. 개정된 개정 시행령 규정에서는 「중소기업기본법 시행령」별표3에 해당하는 기업(도․소매업의 경우 매출액 OOO 이하)을 소기업으로 판단하고 있으며, 개정 시행령 부칙 제22조는 “법률 제13560호 조특법 일부 개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조특법 일부 개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다”고 규정하고 있는바, 개정 시행령 시행 당시인 2016.1.1.에 종전 시행령 제6조 제5항에 따라 소기업 기준을 충족하면 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지는 소기업에 해당한다 할 것이다.

(나) 2016.1.1. 시점의 종전 시행령에 따른 소기업의 판단기준은 매출액이 확정된 2015.12.31. 현황에 따라 판단하여야 하므로 2015.12.31.에 종전 시행령 규정에 따라 소기업에 해당하면 개정 시행령 부칙 제22조에 따라 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지는 소기업에 해당하는 것인바, 청구법인은 2015사업연도에 매출액 OOO, 근로자 수 6명으로 종전 시행령 제6조에 따른 소기업 요건(매출액 OOO 미만, 종업원 수 10명 미만)을 충족하였으므로 2017사업연도에 중소기업특별세액감면을 적용하여야 한다.

(다) 개정 시행령 부칙 제22조는 “∼이 법 시행 당시 ∼소기업에 해당되었던 기업∼”이라고 규정하고 있으므로 2016.1.1.에 소기업에 해당되었던 기업이라고 판단하는 것이 문언해석상 타당하고, 이를 2016.1.1.부터 2019.12.31.까지의 기간 동안 소기업인지 여부를 각각 판단하여 개정 시행령 부칙 제22조를 적용하는 것으로 해석하는 것은 유추․확장해석에 해당되며, 만약 그러한 해석이 입법목적 이었다면, 개정 시행령 부칙 제22조를 “이 법 시행 이후 종전 시행령 규정에 따라 소기업에 해당하는 경우에는 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지는 소기업으로 본다”고 정하였어야 할 것이다.

(라) 청구주장과 같은 취지로 조세심판원(조심 2017전4105, 2018.2.12.)은 “개정 시행령 부칙 제22조에서 경과조치 적용대상 소기업이 개정 시행령 시행 당시(2016.1.1.) 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이라고 하고 있어, 2016사업연도 매출액이나 종업원 수가 확정되지 아니한 2016.1.1. 당시에는 종전 규정에 의한 소기업 기준인 매출액과 종업원 수를 직전 사업연도인 2015년 말을 기준으로 하여 산정하고 이에 따라 소기업 해당 여부를 판단하는 것이 합리적”이라고 판단한바 있다.

(2) 청구법인이 신고 및 납세의무를 이행하지 못한 데에는 정당한 사유가 있으므로 가산세 부과처분을 취소하여야 한다.

(가) 「국세기본법」제48조 제1항은 “납세자가 의무를 이행하지 아니한데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 가산세를 부과하지 않는다”고 규정하고 있고, 대법원(1992.10.23. 선고 92누2936 판결)은 “본래 광범위하고 항상 변동하는 경제적 현상과 거래를 그 규제대상으로 하고 있는 세법은 기술적이어서 그 해석이 극히 어려우므로 단순한 법률상의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 생길 수 있고, 이 경우 납세의무자가 정부의 견해와 다른 견해를 취하였다 하여 가산세 부과요건에 해당하게 된다고 본다면 납세의무자에게 너무 가혹하다”는 입장이다.

(나) 개정 시행령 부칙 제22조에 따른 소기업의 판단기준에 대해서 조세심판원(조심 2017전4105 결정)은 2016.1.1. 시점을 기준으로 판단해야 한다고 2018.2.12. 결정하였는바, 동 결정례는 개별 사건에 한해 기속되나, 청구법인과 사실관계 및 적용법령이 동일하고 2017사업연도 법인세 신고기한이 2018.3.1.∼2018.3.31.인 점을 고려할 때, 청구법인이 2018.2.12. 결정된 위 조세심판원 선결정례를 신뢰하여 중소기업특별세액 감면을 적용받는 것으로 신고한 것은 「국세기본법」제48조 제1항 제1호의 “납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유”가 있는 경우에 해당한다.

(다) 또한, 개정 시행령 부칙 제22조의 “이 법 시행 당시 ∼ 소기업에 해당되었던 기업∼”은 2016.1.1.에 소기업에 해당되었던 기업이라고 해석하는 것이 문언해석상 타당하므로 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2017사업연도에 종전 시행령과 개정 시행령의 소기업 기준을 모두 충족하지 아니하여 개정 시행령 부칙 제22조의 경과조치 대상이 아니므로 조특법상 소기업에 대한 중소기업특별세액 감면대상에 해당하지 아니한다.

(가) 법령상 경과조치는 구 법질서 하에서 유지되던 지위․이익의 급격한 변화를 막고, 법령 개정에 따른 예상치 못한 불이익을 방지하기 위함이다.

(나) 청구법인의 경우 2017사업연도 매출액이 OOO을 초과하여 종전 시행령 제6조의 소기업 요건(매출액OOO 미만, 종업원 수 10명 미만)을 충족하지 아니하고, 개정 시행령 제6조의 소기업 요건(매출액 OOO 이하)에 해당하지도 아니하므로 법령 개정의 불이익이 발생한 경우에 해당하지 아니하여 개정 시행령 부칙 제22조의 경과조치 적용대상에 해당한다고 보기 어렵다.

(다) 청구법인은 2015.12.31. 기준으로 소기업에 해당하므로 개정 시행령 부칙 제22조의 적용대상이라고 주장하나, 동 경과조치의 취지는 종전 시행령에 따라 소기업으로 인정되던 기업이 매출액 기준이 변경되어 중기업이 된 경우 이에 대한 불이익을 일정기간 유예하기 위한 것으로, 예를 들어 매출액이 OOO의 도․소매업체가 근로자 수 요건을 충족하여 종전 시행령 규정에 따라 소기업에 해당되어 감면을 적용받다가 법령 개정에 따라 예기치 않게 매출액 기준이 OOO 이하로 변경되어 세법상 불이익을 받게 되는 경우 이를 일정기간 유예하기 위해 경과조치를 둔 것이다.

(라) 그러나 청구법인은 종전 시행령 규정이 개정되지 않았더라도 2017사업연도 매출액이 OOO을 초과하여 소기업에 해당되지 않으므로 법령 개정에 따른 불이익이 발생하였다고 보기 어렵다. 청구법인의 주장대로라면 2015사업연도에 소기업이던 모든 기업은 매출액 증가로 규모가 확대되더라도 2019.1.1.이 속하는 사업연도까지 무조건 소기업으로 간주된다는 결론에 이르는바, 이는 소기업의 범위에 관해 경과조치를 둔 입법취지에 반한다.

(2) 청구법인은 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인이 제시한 조세심판원 선결정례(조심 2017전4105, 2018.2.12.)는 한 건에 불과하여 일반적인 해석으로 보기 어렵고, 오히려 조세심판원도 처분청의 의견과 같은 취지로 동일 쟁점에 대하여 과세가 정당하다고 결정한 사례(조심 2019부1702, 2019.8.9. 외)가 다수 있으며, 청구법인이 자의적으로 법령을 해석한 귀책사유가 있으므로 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 「조세특례제한법」상 소기업에 대한 중소기업특별세액 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

② 청구법인에게 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것)

제7조[중소기업에 대한 특별세액감면] ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

1. 감면 업종

아. 도매 및 소매업

2. 감면 비율

가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 "도매업등"이라 한다)을 경영하는 사업장 : 100분의 10

(2) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것)

제6조[중소기업에 대한 특별세액감면] ⑤ 법 제7조 제1항 제2호가목에서 "대통령령으로 정하는 소기업"이란 중소기업 중 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 3을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말한다. 이 경우 "평균매출액등"은 "매출액"으로 본다.

부칙 ＜제26959호, 2016.2.5.＞

제1조[시행일] 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의3의 개정규정은 2016년 4월 1일부터 시행한다.

제2조[일반적 적용례] ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

제22조[소기업의 범위에 관한 경과조치] 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다.

(3) 중소기업기본법 시행령(2015.6.30. 대통령령 제26356호로 개정된 것)

[별표 3]

주된 업종별 평균매출액등의 소기업 규모 기준(제8조 제1항 관련)