1. 청구인이 주식회사 OOO으로부터 지급받은 유보금 OOO원을 양도가액에서 차감하여 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 청구인이 이OOO에게 OOO 외 2필지 토지 2,718㎡에 대한 근저당권설정등기말소를 위하여 OOO원을 추가로 지급하였는지, OOO 등에게 위 토지상의 가스충전소 신축공사 비용으로 OOO원을 지급하였는지 각각 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하고,

3. 나머지 심판청구는 기각한다.

가. 청구인과 윤OOO는 2004.8.15. OOO 외 2필지 토지 2,718㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 액화석유가스충전소를 설치하기 위하여 청구인은 쟁점토지를 매입하고 윤OOO 명의로 허가를 받아 사업을 운영한다는 내용의 동업약정을 체결하였다.

나. 청구인은 2005.4.25. 최OOO 외 2인(등기상 명의자는 최OOO로 되어 있음)으로부터 쟁점토지를 취득하였으며, 윤OOO의 상속인 유OOO은 2007.2.1. OOO구청장으로부터 액화석유가스충전사업 허가를 받았다.

다. 유영숙은 2007.6.28. 쟁점토지상에 액화석유가스충전소 건물 480㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하고, 이를 2007.7.1. 청구인에게 양도하였다.

라. 청구인은 2007.7.1.부터 OOO동 충전소라는 상호로 액화충전가스 소매업을 영위하다가 2010.5.20. 쟁점토지 및 쟁점건물(액화석유가스충전사업 허가권 포함, 이하 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 ㈜OOO에 양도하고, 2010.7.31. 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원OOO, 취득가액을 OOO원OOO, 필요경비를 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고납부하였다.

마. 처분청은 2012.4.23.~2012.5.12. 기간동안 양도소득세 실지조사를 실시하여, 청구인이 윤OOO 명의로 액화석유가스충전사업 허가권을 취득하고, 유OOO 명의로 동 충전소를 신축한 것으로 보아 그 과정에서 소요된 비용을 청구인의 필요경비로 인정하는 한편, 취득가액과 필요경비가 과다공제된 것으로 보아 취득가액 OOO원 및 필요경비 OOO원을 부인하고, 2012.8.9. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정고지하였다.

바. 청구인은 당초 쟁점토지의 양도가액에 포함하여 신고한 유보금 OOO원은 양도가액에서 차감되어야 하고, 처분청이 부인한 금액 중 OOO원은 취득가액에 포함되어야 한다며 2012.10.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 정OOO은 2001.6.13. OOO 토지상에 액화석유가스충전소를 설치하고자 사업허가신청을 하였으나 반려되자, OOO구청장을 상대로 액화석유가스충전소불허가처분 취소의 소를 제기하였다. 청구인은 2009.11.4. 정OOO(원고)과 OOO구청장(피고) 간의 소에 피고측 보조참가인으로 참여하였으며, 정OOO이 패소함에 따라 쟁점부동산의 매수인인 ㈜OOO으로부터 약정에 따라 유보금 OOO원(정태억이 패소할 경우 지급하고, 정태억이 액화석유가스충전소 사업허가를 받을 경우 지급하지 아니하기로 유보한 금액, 이하 “쟁점유보금”이라 한다)을 지급받았다. 당초 쟁점유보금을 쟁점부동산의 양도가액에 포함하여 신고하였으나, 동 금액은 쟁점부동산의 매매대금과는 별개의 것이므로 양도소득에서 차감되어야 한다.

(2) 청구인은 2005.4.25. 최OOO 외 2인과 쟁점토지를 OOO원에 매매하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였으나, 잔금을 늦게 지급함에 따라 2006.4.20. 최OOO에게 OOO원을 추가로 지급하였고, 쟁점토지에 설정된 근저당권OOO을 해지하기 위하여 OOO원을 이OOO에게 추가로 지급하였으므로 OOO원은 쟁점토지의 취득가액에 포함되어야 한다.

(3) 쟁점건물을 신축하는 과정에서 시공업자인 ㈜OOO종합건설이 하도급업자와 현장근로자에게 비용을 지급하지 아니하여 청구인과 유OOO이 시공업자를 대신하여 OOO원을 직접 지급하였으므로 동 금액은 쟁점건물의 취득가액에 포함되어야 한다.

(4) 윤OOO와 ㈜OOO는 2005년 11월 교통영향평가용역계약을 OOO원(공급가액)에 체결하였으나, 그 중 OOO원만을 지급하였으므로 미지급한 OOO원은 취득가액에 포함되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점유보금은 사회통념상 지급되고 있는 권리금 성격과 유사한 것으로써 인근토지에 액화석유가스충전소의 설치가 불허가됨에 따라 미래에 얻게 될 영업상 이익을 현재가치로 계상한 것에 불과하므로 명목 여하에 불구하고 쟁점부동산의 가치증가에 대한 대가에 해당한다. 쟁점부동산의 매매대금은 OOO원으로 되어 있고,영업권 구분 없이 토지ㆍ건물ㆍ허가권 일체를 거래한 것이므로 쟁점유보금을 영업권으로 보기 어렵고, 영업권으로 보더라도 고정자산과 함께 양도된 것이므로 청구인의 당초 신고는 정당하다.

(2) 청구인이 토지소유자에게 추가로 지급한 OOO원은 잔금을 지연지급함에 따라 발생한 연체이자 성격의 지연배상금이므로 취득가액에 포함되지 아니하는 것이고, 토지소유자의 거래사실확인서에 의하면, 청구인은 근저당설정금액 OOO원 중 OOO원을 승계한 것으로 확인되므로 상환의무가 없는 OOO원을 근저당권자에게 추가로 지급하였다는 주장은 신빙성이 없다.

(3) 양도소득세 경정시 시공업자인 ㈜OOO종합건설에게 지급한 것으로 확인된 공사대금을 필요경비(취득가액)로 인정하였는바, 쟁점건물을 신축하는 과정에서 청구인과 유OOO이 시공업자를 대신하여 하도급자와 현장근로자에게 비용을 지급하였다는 주장은 신빙성이 없다.

(4) 양도소득세 경정시 ㈜OOO에게 지급한 것으로 확인된 교통영향평가 용역비 OOO원을 필요경비로 인정하였는바, 나머지 OOO원은 용역이 완료된지 5년이 경과하도록 미지급된 것이므로 실제 용역금액으로 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점유보금을 쟁점부동산의 양도가액에 포함하여야 하는지, 양도가액에서 차감하여야 하는지

② 쟁점토지의 소유자인 최OOO 등에게 추가로 지급한 OOO원과 근저당권자인 이만우에게 추가로 지급하였다는 OOO원의 취득가액(토지) 포함여부

③ 쟁점건물 신축시 ㈜OOO종합건설의 하도급업자와 현장근로자에게 지급하였다는 OOO원의 취득가액(건물) 포함여부

④ 교통영향평가용역비 중 미지급하였다는 OOO원의 취득가액(건물) 포함여부

나. 사실관계 및 판단

(1)쟁점①에 대하여 본다.

(가) 청구인(양도인)과 ㈜OOO(양수인)은 2010.4.7. 쟁점토지를 OOO원에, 쟁점건물을 OOO원에 매매하기로 하는 내용의 계약을 각각 체결하였다. 쟁점토지에 대한 매매계약서에는 매매대금 OOO원 중 계약금은 OOO원, 중도금 및 잔금은 OOO원(허가권 지위 승계 및 소유권 이전일에 지급)으로 하되, 잔금 중 OOO원은 제세공과금 등을 보증하기 위하여 지급을 잔금 지급일로부터 3개월간 유보하고, OOO원(쟁점유보금)은 매매목적물의 전방에 위치한 OOO 소재 부지에 소송계류 중인 액화석유가스충전소불허가처분 취소의 소가 상고심에서 원고(정OOO) 패소로 확정된 후 지급하며, 만약 상기 부지가 액화석유가스충전사업허가를 득할 경우에는 지급하지 아니하는 것으로 되어 있고, 쟁점건물에 대한 매매계약서에는 매매대금이 OOO원(가스사업 허가권은 무상)으로 되어 있다.

(나) 청구인은 당초 쟁점토지와 건물을 OOO원에 매매하기로 계약서를 작성하고, 유보금에 대한 별도의 합의서를 작성하였으나, 양수인측의 자금집행 과정에서 위 매매계약서로 재작성된 것이라며, 부동산중개업자 권OOO의 확인서(2013.4.25.)를 제출하였다. 동 확인서에는 2009년 10월 ㈜OOO 측에서 OOO동 충전소를 매입할 의사가 있어 청구인이 토지가격으로 OOO원, 건물가격(허가권 포함)으로 OOO원을 제시하였고, 2010년 3월 매매계약서를 작성할 때 입회하여 매매계약서의 내용을 검토하였다고 기재되어 있다.

(다) 법원의 판결서에 의하면, 정OOO(원고)은 2009.3.6. OOO장(피고)을 상대로 액화석유가스충전소불허가처분 취소의 소를 제기하였고, 서울고등법원은 2009.11.27. 정OOO의 청구를 기각하였으며(2009재누66), 당시 청구인은 피고측 보조참가인으로 소에 참가한 것으로 확인된다. 정OOO은 상고하였고, 대법원은 2010.3.25. 심리불속행 기각하였다(2010두580). 청구인은 대법원의 확정판결 결과를 2010년 5월경 알았다고 한다.

(라) 청구인은 2011.4.7. 계약금으로 OOO원을, 2010.5.20. 잔금으로 OOO원을, 2010.5.25. 쟁점유보금 중 OOO원 중 주유할인쿠폰 정산금을 차감한 금액)을 지급받았다며, 그 증빙자료로 수표사본, 입금전표, 청구인의 농협계좌(100100-56-105***) 거래내역, OOO장의 회신공문, 등기부등본을 제출하였다. 동 자료에 의하면, 청구인이 2011.4.7. OOO원, 2010.5.20. OOO원을 지급받은 다음, 2010.5.20. 쟁점부동산의 소유권을 ㈜OOO에 이전하였으며, 2010.5.25. 쟁점토지에 대한 개발부담금 OOO원을 납부하고 그 날 압류가 해지된 것으로 나타난다. 청구인은 2010.5.25. ㈜OOO으로부터 쟁점유보금을 지급받아 그것으로 개발부담금을 납부하였다고 한다.

(마) 살피건대, 처분청은 쟁점유보금을 쟁점부동산의 양도가액에 포함하여야 한다는 의견이나, 청구인과 ㈜OOO이 쟁점부동산에 대한 매매계약에 이르게 된 경위, 매매계약의 내용, 매매대금의 영수내역 등 제반사정을 종합하면, 쟁점유보금은 쟁점부동산 매매과정에서 수수되었으나 그 실질은 정OOO이 제기한 액화석유가스충전소불허가처분 취소의 소가 매수인 측이 원하는 대로 확정될 수 있도록 협조한 데에 대한 대가라 할 수 있으므로 이를 양도소득세 과세대상으로 보기는 어렵다고 판단된다[다만, 쟁점유보금이 소득세법상 기타소득(사례금) 등에 해당하여 소득세를 과세하는 것은 별론으로 한다].

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 최OOO의 거래사실확인서(2006.4.20.)에는 쟁점토지의 거래대금 OOO 중 1차 계약금으로 2005.4.25. OOO원을 지급받고, 2차 계약금으로 근저당설정금액 OOO원 중 OOO원을 승계하도록 하고, 3차 계약금으로 2006.1.18. OOO원을 지급받고, 잔금으로 OOO원을 지급받았으며, 잔금지연 대가로 OOO원을 추가로 지급받았다고 되어 있다.

(나) 청구인은 당초 근저당설정금액 OOO원 중 OOO원을 승계하기로 되어 있었으나 근저당권자(이OOO)가 설정금액 모두 지급하지 않으면 근저당권을 해지할 수 없다고 하여 2006.5.3. OOO원을 지급하였다며, 그 증빙자료로 OOO정유주식회사와 청구인 간 지원자금 대여계약서 및 지원자금 상환계획표, 수표사본, 등기부등본을 제출하였다.

위 자료에 의하면, OOO정유주식회사는 청구인에게 2006.4.20. OOO원을, 2006.5.3. OOO원을 지급한 것으로 나타나고, 2004.3.17. 쟁점토지에 설정된 근저당OOO은 2006.5.3. 해지된 것으로 확인된다. 청구인은 OOO정유주식회사 측에서 2006.5.3. 근저당권자인 이OOO에게 OOO원OOO을 직접 지급하였다고 한다.

(다) 살피건대, 「소득세법 시행령」제163조 제1항 제3호 단서에 의하면, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다고 규정되어 있는바, 청구주장 금액 중 OOO원은 잔금지급을 지체하여 지급한 것으로 확인되므로 취득가액에서 제외함이 타당하다 할 것이다. 반면, OOO원은 근저당권을 해지하기 위하여 추가로 지급하였다는 청구주장이 설득력 있어 보이므로 이에 대한 여부를 재조사할 필요성이 있는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점③에 대하여 본다.

(가) 유OOO(갑)과 ㈜OOO종합건설(을)은 2007.3.15. OOO동 가스충전소 신축공사에 대한 도급계약을 체결하였는바, 계약금액은 OOO원(부가세 별도)으로 되어 있고, 기성금은 공정에 따라 지급하는 것으로 되어 있다.

(나) 처분청은 OOO동 가스충전소 신축공사의 도급금액 OOO원 중 청구인이 ㈜OOO종합건설에게 지급한 것으로 확인되는 OOO원만을 인정하고 청구인이 시공업자를 대신하여 지급하였다는 OOO원(무통장입금)은 부인하였는바, 무통장입금증OOO을 보면, 청구인이 2007.3.27. OOO에게 OOO원, 2007.4.3. 황OOO에게 OOO에게 OOO원, 2007.7.9. 황OOO에게 OOO원, 제OOO에게 OOO원을 지급한 것으로 되어 있고, 유OOO이 2007.6.21. OOO에 OOO원을 지급한 것으로 나타난다.

(다) 살피건대, 처분청은 일반적으로 공사비용은 발주자가 시공업자에게 지급하고, 이를 시공업자가 하도급업자나 현장노무자에게 지급하므로 청구주장은 신빙성 없다는 의견이나, 청구인과 유OOO이 쟁점건물 신축공사 기간 중에 OOO 등에게 OOO원을 지급한 것으로 나타나고, 도급금액 OOO원 중 OOO원만 공사비용으로 인정된 사실에 비추어 청구주장이 일응 설득력 있어 보이므로 청구인이 쟁점건물 신축공사와 관련하여 위 금액을 지급하였는지 재조사할 필요성이 있는 것으로 판단된다.

(4)쟁점④에 대하여 본다.

(가) 윤OOO(갑)와 ㈜OOO(을)는 2005년 11월 OOO동 충전소 신축에 따른 교통영향평가 용역계약을 체결하였으며, ㈜OOO의 사업별대장에는 OOO동 충전소 신축에 따른 교통영향평가의 계약금액은 OOO원(부가가치세 별도)으로 되어 있고, 2007.9.4. OOO원을 수금한 것으로 기재되어 있다.

(나) 살피건대, 청구인은 계약금액 중 OOO원을 미지급하였으므로 동 금액은 취득가액에 포함되어야 한다고 주장하나, 윤OOO와 ㈜OOO가 쟁점건물의 신축에 따른 교통영향평가 용역계약을 체결한지 5년이 지난 시점까지 용역대금으로 OOO원만 수수한 것으로 나타나므로 위 용역의 실제 대가를 OOO원으로 인정하기는 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.