2.소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1993. 11. 11.경 ○○ ○○구 ○○동 1050-23 302호(이하 '이 사건 주택' 이라 한다)를 매수하여 이를 취득하였고, 그 무렵부터 2008. 11.경까지 그 가족들과 함께 이 사건 주택에서 거주하였다.

나. 원고의 남편 AA완은 2003. 9. 30.경 ○○ △△구 △△동 126 △△연립주택 128동 제2층 제1호(이하 '재건축 이전 주택'이라 한다)를 매수하여 이를 취득하였다. 그 후 위 △△연립주택단지의 재건축사업이 진행되어 2006. 4. 7.경 사업시행인가가 고시 되고 2006. 10. 23. 도시 및 주거환경정비법(이하 '도정법'이라 한다)에 따라 관리처분 계획이 인가되었고, 이에 AA완은 그 재건축 아파트의 입주자로 선정된 지위(이하 '이 사건 조합원입주권'이라 한다)를 취득하였다.

다. 원고는 2008. 11. 28.경 BB기에게 이 사건 주택을 229,000,000원에 양도하고서, 2009. 1. 30.경 양도소득세액을 43,169,570원으로 산정하여 피고에게 양도소득과세표준 예정신고를 하고 이를 자진납부하였다.

라. 그 후 원고는 2009. 4. 7. 피고에게, 이 사건 주택의 양도는 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법'이라 한다) 제89조 제2항 단서 및 그 위임을 받은 소득세법 시행령(2008. 12. 31. 대통령령 제21215호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법 시행령'이라 한다) 제156조의2 제4항에 의하여 1세대 1주택의 양도소득세 비과세 특례가 적용된다고 주장하며 위와 같이 납부한 위 양도소득세 43,169,570원의 환급을 구하는 취지로 경정청구를 하였다.

마. 이에 대하여 피고는 2009. 6. 5. 원고에게, 이 사건과 같이 1세대가 2주택을 소유하다가 그 중 1주택이 조합원입주권으로 전환됨에 따라 1세대가 1주택과 1조합원입 주권을 소유하게 된 상태에서 그 주택을 양도한 경우에 있어서 그 조합원입주권은 구 소득세법 제89조 제2항 본문 규정에 의하여 주택으로 간주되고, 구 소득세법 제89조 제2항 단서 및 구 소득세법 시행령 제156조의2 제4항 소정의 1세대 1주택의 비과세 특례가 적용되지 않는다는 이유로 위 경정청구를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 갑 제2, 3호증의 각 1, 2, 갑 제5 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가.원고의주장

소득세법 시행령 제156조의2 제4항에 규정된 '국내에 1주택을 소유한 1세대'에 있어 서의 '1주택'에는 관리처분계획인가 전 재건축 대상 주택은 이에 포함되지 않는다고 보아야 하므로, 1세대를 구성하는 원고 부부가 이 사건 주택과 재건축 대상인 재건축 이전 주택 등 2주택을 소유한 상태에서 2006. 10. 23. 관리처분계획인가로 재건축 이전 주택이 조합원입주권으로 전환됨으로써 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 것은 구 소득세법 시행령 제156조의2 제4항에 규정된 '국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우'에 해당하고, 이 사건 조합원입주권 취득 후 2년이 경과한 후이면서 재건축 아파트가 완공 후 2년 이내에 원고가 이 사건 주택을 양도하였으며, 원고 세대원 전원이 재건축으로 신축되는 주택에 그 완공 후 2년 이내에 이사하여 1년 이상 거주할 것이므로, 이 사건 주택의 양도에는 구 소득세법 제89조 제2항 단서 및 구 소득세법 시행령 제156조의2 제4항에 규정된 1세대 1주택 비과세 특례가 적용되어야 한다. 따라서 피고가 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 소득세법이 2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되면서 신설된 제89조 제2항 본문에 의하면, 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도정 법의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 같은 조 제1항 소정의 1세대 1주택 비과세 특례를 적용 하지 않고, 위 소득세법 부칙 제12조 제1항의 규정에 의하여 위 제89조 제2항의 개정 규정이 2006년 1월 1일 이후 최초로 도정법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축 사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용되므로, 1세대가 주택과 도정법에 의한 조합원입주권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우 도정법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획 인가일이 2006. 1. 1. 이후라면 구 소득세법 제89조 제2항 본문, 위 부칙 제12조 제1항에 따라 원칙적으로 1세대 1주택 비과세 특례를 받을 수 없다(대법원 2009. 12. 24. 선고 2009두13702 판결 참조).

다만, 소득세법은 위와 같이 조합원입주권을 매개로 한 부동산 투기를 억제하는 한편, 실수요 목적으로 조합원입주권을 취득한 1세대 1주택자에 대하여 양도소득세를 비과세하고자 하는 취지에서 예외적으로 1세대가 1주택과 1조합원입주권을 소유한 경우 1세대 1주택 비과세특례를 규정하고 있다. 즉, 구 소득세법 제89조 제2항 단서는 '도정법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.'고 규정하고 있고, 그 수임규정 중의 하나인 구 소득세법 시행령 제156조의2 제4항은 '국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 조합원입주권을 취득한 날부터 2년이 지나 종전의 주택을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 때에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.'고 규정하고 있다.

1세대가 1주택과 1조합원입주권을 소유한 경우 1세대 1주택의 비과세 특례를 규정한 위와 같은 입법취지 및 구 소득세법 시행령 제156조의2 제4항의 규정 내용 등에 비추어 보면, 구 소득세법 시행령 제156조의2 제4항 소정의 '국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우'라 함은 1세대가 1주택만을 소유한 상태에서 도정법 상의 주택재건축 ・ 재개발의 시행기간 중 실수요 목적으로 조합원입주권을 보유함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우를 말한다고 할 것이다.

(2) 그러므로이사건주택의양도에있어서구소득세법시행령제156조의2 제4 항의비과세특례가적용될수있는지에관하여본다.

위에서 본 바에 의하면, 원고 부부 등 1세대가 이 사건 주택과 재건축 이전 주택 등 2주택을 소유하다가 그 중 재건축 이전 주택이 2006. 1. 1. 이후에 도정법상의 재건축사업에 따른 관리처분계획인가로 조합원입주권으로 전환됨으로써 1주택과 1조합원입 주권을 소유하게 되었고, 그로부터 2년이 경과한 후에 원고가 이 사건 주택을 양도하였다고 할 수 있다. 그러나 이 사건과 같이 1세대가 2주택을 소유하다가 그 중 1주택 이 도정법에 따른 주택재건축사업의 관리처분계획 인가로 조합원입주권으로 전환됨으로써 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우에는 1세대가 1주택만을 소유한 상태 에서 실수요 목적으로 조합원입주권을 보유함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주 권을 소유하게 된 경우라고 할 수 없고, 위에서 본 바와 같이 재건축 이전 주택이 2006. 1. 1. 이후에 도정법에 따른 주택재건축사업의 관리처분계획 인가로 조합원입주 권으로 전환된 이상, 이 사건 조합원입주권은 원칙적으로 구 소득세법 제89조 제2항 본문에 의하여 주택으로 간주되므로, 이 사건 주택의 양도에 있어서는 구 소득세법 제89조 제2항 단서 및 구 소득세법 시행령 제156조의2 제4항의 비과세 특례를 적용할 수 없다.

따라서피고가위와같은이유로이사건처분을한것은적법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.