5,107,590원 및 동방위세 1,021,510원의 부과처분은 이를 취소

한다.

청구인은 서울특별시 성동구 OO동 OOOOOOO에 주소를 둔 사람으로 같은구 OO동 OOOOO소재 대지 38.92㎡와 건물 11.8평(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 ’90.4.16 청구외 OOO에게 양도한 바, 처분청은 대지만을 양도한 것으로 보아 기준시가에 의하여 90수시분 양도소득세 5,107,590원 및 동 방위세 1,021,510원을 ’91.5.16 청구인에게 결정고지하자 청구인은 이에 불복하여 ’91.7.12 심사청구를 거쳐 ’91.9.24 이건 심판청구를 제기하기에 이르렀다.

2. 청구인 주장

청구인은 쟁점주택에서 약 10년간 거주한 바 있으나, 동 주택이 소재한 OO동 일대에는 지적정리가 제대로 되지 아니하여 성동구 OO동 OOO외 13필지의 토지가 200인 이상 공유자로 지분별 등기되어 있는(사실 각자 점유토지가 각 개인의 토지임)바,

’72.10 쟁점주택의 신축 보존등기 당시에 사법서사의 등기착오로 14필지의 지상건물로 등기하지 않고 14필지중 제일 먼저 기재된 OOOOO의 지상건물로 소유권이전등기 하여(실지 쟁점주택은 OOOOOOO 지상에 있음) 쟁점주택 양도시 정정코자 하였으나 법적으로 불가능하여 쌍방합의, 매수자 명의로 대지만 소유권이전등기 하고 건물은 실제 대지지번(OOOOO)과 일치시켜서 소유권 이전하여 줄 것을 요구하여 우선 대지만 소유권 이전하게 된 것이며 건물등기를 할려고 하니 매매계약서가 기히 40,000,000원으로 토지 등기시 동 계약서가 국세청에 제시되었기에 건물등기를 위하여 편의상 건물가액을 3,500,000원의 매매계약서를 당초 계약체결일인 ’90.3.9로 소급 작성하여 ’90.4.16 신고한바 있으나 실제는 쟁점부동산은 토지·건물 포함하여 일괄 총 40,000,000원에 양도키로 하고 ’90.3.9 계약체결한 것으로 양도일 현재 17년이상 보유한 1세대 1주택의 양도이므로 비과세되어야 한다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

처분청은 양도소득세 과세자료전에 의거 토지만의 양도로 보아 이건 양도소득세를 과세하였고, 이에 대하여 청구인은 토지와 건물을 함께 양도하였으므로 1세대 1주택의 양도로 보아 비과세하여야 한다는 주장인 바,

청구인은 토지와 건물을 함께 양도하였다고 주장하면서 부동산 매매 계약서를 제시하고 있으나 동 매매계약서가 ’90.5.7 성동구청에서 검인한 매매계약서와 다르고(검인계약서상에는 토지만 양도한 것으로 되어 있음), 청구인이 실제 이건 토지와 함께 건물도 사실상 동시에 양도하였는지를 확인 할 수 있는 구체적인 다른 거증서류의 제시없으므로 토지와 건물을 함께 양도하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 보아, 이건 토지만 양도한 경우로 소득세법 제5조 6호(자)목 및 동법시행령 제15조 제1항 제2호의 규정에 의한 비과세되는 1세대1주택의 양도라고 볼 수 없으므로 처분청이 양도소득세를 과세한 당초 처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁점

이건 다툼은 쟁점부동산을 1세대1주택의 양도로 볼 수 있는지 여부를 가리는데 있다 하겠다.

5. 심리 및 판단

우선 이건의 관련법령을 보면 소득세법 제5조 제6호(비과세양도소득) 자목에서 “대통령이 정하는 1세대1주택과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득”을 규정하고 있고 동법시행령 제15조 제1항에는 “법 제5조 제6호 (자)에서 1세대1주택이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 3년이상 거주하는 것으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 거주기간의 제한을 받지 않는다”고 하고 그 제2호에서 “당해 주택의 보유기간이 5년이상으로서 거주자가 재무부령이 정하는 바에 의하여 1세대1주택임을 입증하는 경우”라고 규정하고, 같은법 시행규칙 제6조(1세대1주택의 범위) 제3항에서는 영 제15조 제1항 제2호의 규정에 의한 1세대1주택의 입증은 다음 각호에 의한다라고 규정하면서 제1호에서 등기부등본 또는 토지, 가옥대장 등본에 의하여 양도자가 5년이상 보유한 사실이 인정된 것(이하생략)이라고 규정하고 있다.

다음 이 건 과세경위 및 청구주장을 보면,

처분청은 청구인이 ’90.5.7 쟁점부동산을 양도하고 ’90.5.7 성동구청장에게 신고한 검인계약서에 의하면 매매목적물이 토지 38.92㎡에 매매가액 40,000,000원으로 하여 ’90.3.9 매매계약을 체결한 바 있다는 이유로 청구인이 나대지 만을 양도한 것으로 보아 1세대1주택 비과세규정의 적용을 배제하고, 기준시가에 의하여 이건 과세한 사실을 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 쟁점부동산은 토지와 주택으로 그 보유기간이 10년이상이며 거주기간도 9년 8개월로 1세대1주택의 양도에 해당되므로 이건 비과세되어야 한다는 주장인 바, 쟁점부동산양도시 주택이 존재하고 있는지와 그 주택이 1세대1주택의 양도에 해당하는지를 보면,

첫째, 쟁점부동산중 토지는 서울 성동구 OO동 OOOOO외 13필지이며 이 중 청구인 지분이 38.92㎡(29,706㎡ ×18.11/13,821 = 38.92㎡)로 위 토지는 청구인이 ’79.3.15 청구외 OOO으로부터 취득하여 양도일 현재(’90.4.16)까지 그 보유기간이 10년 이상인 것이 등기부등본에 의해서 확인되고 있다.

둘째, 쟁점부동산중 주택에 대하여 살피건대

1) 쟁점주택이 소유권 보존등기된 소재지는 OO동 OOOOO이나 성동구청장이 ’91.8.16 확인한 가옥대장 무한증명원에 의하면 위의 OO동 OOOOO에서는 주택이 존재하지 아니하는 것으로 확인되고, 공부상에는 주택이 없는 OOOOOOO에 청구인 세대의 주민등록이 (70.6.10～90.7.12거주함)등재되어 있는 것으로 보아 주택의 공부상 표시가 사실과 다르게 기재되어 있다는 것을 알 수 있으며

2) 쟁점토지는 ’90.5.8에, 동주택은 ’91.8.17에 각각 매수자 OOO명의로 소유권이전 등기된 사실이 등기부등본에 의하여 확인되고 있으나, 청구인이 제시하고 있는 매매계약서에 의하면 대지, 건물을 ’90.3.9 동시에 청구외 OOO에게 매매대금 40,000,000원에 양도키로 되어있으며, 양수인 OOO도 토지, 건물(주택)을 동시에 일괄 매수한 사실을 인감 첨부 확인하고 있고

3) 청구인이 양도한 토지 38.92㎡를 포함하여 위 14필지의 토지 29,706㎡는 당초 일본인 OOOO소유의 토지로 해방후 55.9.15 적산재산으로서 국유재산에 귀속되었다가 당시 그 일대 점유자(약200인)가 공동으로 국가로부터 소유권을 획득하여 위 14필지에 사실상 당시 각자 자기가 점유한 토지면적 비율로 각각 지분등기 한 것으로 보이며 청구인의 경우, 실제 쟁점주택이 소재하고 있는 OO동 OOOOOOO에 38.92㎡를 소유하고 있었으나 등기상으로는 14필지를 일괄하여 지분(29.706㎡ 중 13,821분지 18.11인 38.92㎡) 등기한 것으로 확인된다.

따라서, 이건 쟁점부동산중 건물은 청구인이 약10년간 거주하고 17년이상 보유한 주택임이 확인되고 동 주택의 보유기간중 다른 주택을 보유하고 있었던 사실이 전산자료등에 의하여 발견되지 아니하고, 부수토지 또한 사실상의 점유토지인 OOOOOOO의 토지 38.92㎡를 건물과 동시에 양도한 것이므로 실질과세의 원칙에 의하여 1세대1주택의 양도로 보아 이 건 전시법규정에 의하여 비과세함이 타당한 것으로 판단된다.

6. 결론

이건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.