가. 청구인 OOO과 배우자인 OOO(이하 “청구인들”이라 한다)는 2013.3.5. 주식회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다) 주식 OOO주(OOO OOO주·OOO OOO주, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 양도하고, 청구인 OOO은 2013.5.23. 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로, 청구인 OOO는 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하고, 쟁점주식의 양도를 비상장주식의 양도로 보아 OOO%의 세율을 적용하여 해당 양도소득세를 각 신고·납부하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구인들에 대해 2015.2.9∼2015.3.10. 기간 동안 양도소득세 세무조사를 실시하여, 쟁점주식의 양도가 「소득세법」제94조 제1항 제4호 다목 및 같은 법 시행령 제158조 제1항 제1호 가목에서 규정하는 주식(이하 “특정주식”이라 한다)에 해당한다고 보아 OOO%의 누진세율을 적용하여 2015.7.23. 청구인 OOO에게 2013년 귀속 양도소득세 OOO원을, 청구인 OOO에게 2013년 귀속 양도소득세 OOO원을 각 경정·고지하였다.

다. 청구인들은 이에 불복하여 2015.10.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

(1) 쟁점법인의 주식을 양도하게 된 경위

(가) 청구인 OOO은 2000년 2월 온라인 정보제공 및 인터넷을 통한 교육서비스업을 제공할 목적으로 쟁점법인을 설립하였고, 창업이후 쟁점법인의 성장과 경영에 중추적인 역할을 하였으며, 쟁점법인을 유아·아동 교육용 디지털 콘텐츠 제공 및 스마트 로봇용 콘텐츠를 연구·개발하여 제공하는 기업으로 성장(쟁점법인은 2001년 벤처기업 지정, 2003년 기업부설연구소 설립, 2006년 기술혁신형 중소기업으로 선정되었으며, 이후에도 벤처기업 지정 등이 지속적으로 연장되어 콘텐츠 전문기업으로 발전하였다)시켰다. 그러나 2010년 이후 스마트폰의 등장으로 인터넷을 기반으로 한 쟁점법인의 성장성이 하락하고 매출 또한 감소하자 스마트 로봇 중심의 신사업과 새로운 컨텐츠 개발을 위해 관계회사의 개발 기능을 모두 통합하여 시너지를 내고자 방법을 모색하던 중, 연구·개발 활동을 지원하는 연구소 용도로 활용하기 위하여 쟁점법인이 2012.12.5. OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOO원에 취득하였다.

(나) 청구인 OOO이 새로운 사업의 구상 및 기존 사업의 변화를 모색하던 시점에 코스닥 상장업체인 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)에서 주식 인수제안을 하였고, 회사의 성장에 도움이 될 것으로 판단하여 경영권 인수계약을 진행하게 되었으나, 쟁점부동산은 쟁점법인의 총 자산가액의(OOO원) OOO%를 차지하여(OOO원) 쟁점부동산을 포함하여 주식을 인수하게 되면 쟁점법인의 사업 활성화를 위해 현금이 필요한 OOO는 유동성 자금이 부족하게 되어, 쟁점부동산의 매각 조건부 주식 인수계약을 진행하였다.

(다) 청구인들은 2013.3.4. 쟁점법인의 주식 OOO주(이하 “대상주식”이라 한다) 및 경영권을 이전하는 계약을 OOO와 체결하였고, 주식양수인은 쟁점부동산이 사업상 필요가 없어 인수자산에서 제외하고, 매각할 부동산으로 분류하여 6개월 내에 청구인들이 처분하거나 인수할 책임이 있다는 것을 명시하는 쟁점법인의 주식 매매 및 경영권이전계약서 부속합의서를 작성하였다.

(라) 청구인들은 매매대금 총 OOO원(청구인 OOO OOO원, 배우자 OOO OOO원) 중 2013.3.4. 계약금 OOO원, 2013.3.5. 잔금 OOO원을 수령하였고, 잔금을 받은 2013.3.5. 쟁점부동산의 매각을 보증하기 위하여 주식양도대금 중 OOO원을 OOO가 정하는 은행에 예치하였으며, OOO는 동 계좌에 대해 질권을 설정하였으나, 쟁점부동산이 제3자에게 매각이 되지 않아 부득이 쟁점부동산의 소재지에 청구인들이 각 50%씩 출자한 2013.9.25. 설립한 OOO 주식회사(청구인 OOO이 대표이사로 등기됨, 이하 “OOO”이라 한다)가 쟁점부동산을 양수하였다.

(마) 청구인들은 쟁점부동산을 양수하기 위하여 2013.9.5. OOO백만원을 선지급하였고, 2013.9.30. 쟁점법인과 쟁점부동산을 OOO원에 양수하기로 부동산매매계약을 체결하고 잔금 OOO원을 지급하였다(2013.10.1. 쟁점부동산의 소유권이 OOO로 이전되었고, 쟁점부동산의 매각이 완료되자 OOO는 2013.10.24. OOO원에 대해 설정한 질권을 해제하였음).

(2) 청구주장

(가) 쟁점주식의 잔금청산일 현재 쟁점법인이 보유한 쟁점부동산의 실질은 확정된 채권 또는 현금화된 자산에 해당하므로, 쟁점법인의 실질 부동산비율은 OOO%로 기타자산 양도에 해당하는 부동산 비율 50%를 초과하지 않으므로 그 실질은 비상장주식의 거래이다.

1) 대상주식 양·수도계약은 OOO가 쟁점부동산을 인수대상 자산에서 제외하기로 한 조건부매매였다. 왜냐하면 쟁점부동산은 아파트형 공장으로 매매나 임대차의 업종제한이 있고, OOO는 OOO에 사무실이 있어 쟁점부동산을 사업장으로 활용할 의사가 없었으며, 청구인들은 쟁점부동산을 연구소 용도로 활용하고자 취득하였으나 OOO는 연구소 용도로 활용할 계획이 없었고, 당장 현금이 필요했기 때문에 쟁점부동산을 인수대상 자산에서 제외하기로 사전 합의(제3자 양도 또는 청구인들이 인수하는 조건)한 후 대상주식 양·수도 계약을 진행하였으므로, 이와 같은 사전합의가 없었다면 대상주식의 양·수도 계약 자체가 진행되지 않았다. 이에 청구인들과 OOO는 쟁점부동산을 제외하고 주식 양·수도 계약을 진행하기로 하였고, 이런 사전 합의내용을 명확하게 하기 위해서 경영권이전계약 부속합의서를 작성한 것이므로 “경영권이전계약서 부속합의서가 대상주식의 매도와 관련된 조건으로 볼 수 없다”는 처분청 의견은 사실 관계를 오인한 것이며, 주식매매계약과 경영권이전계약 부속합의서가 별개의 계약은 아니다.

2) 경영권이전계약서 부속합의서 제1조(쟁점부동산의 매매)에서 청구인들은 계약 체결 이후 OOO개월 내에 쟁점부동산의 매각을 위해 노력하며, 제5조에서 OOO개월 내에 매각이 되지 않으면, 청구인들이 쟁점부동산을 장부가액으로 인수하도록 약정하였고, 동 부속합의서 제4조(매매가격의 정산)에서 쟁점부동산을 장부가액 이상으로 양도하거나 장부가액 이하로 양도하는 경우에는 청구인들이 그 차액(처분손익)을 보존하도록 약정하였으므로, 주식 잔금청산일인 2013.3.5. 쟁점법인이 보유한 쟁점부동산은 형태가 부동산일지라도 그 실질은 OOO개월 내에 회수될 확정된 채권(또는 현금화된 자산)에 해당한다.

3) 한편, 동 부속합의서 제6조에서 쟁점부동산이 권리가 쟁점법인에 있다고 명시한 것은 청구인들이 OOO에게 제1조에서 제5조에 근거하여 쟁점부동산에 대한 확정된 채무를 부담하고 있으므로, 이에 대한 양도담보채권의 형식으로 그 권리(소유권)를 쟁점법인이 보유하고 있는 것을 의미하며, 쟁점주식의 잔금청산일 당시 쟁점부동산의 소유권이 쟁점법인에 있다 하더라도 이는 확정된 채권(OOO개월 내 회수될 채권)에 대한 담보물을 가진 것에 불과한 것이며, 쟁점부동산의 실질소유권은 청구인들에게 있다는 것을 명시한 내용이다.

4) 이와 같은 내용을 종합해보면, 주식매매계약서와 별도로 부속합의에서 쟁점부동산매매에 관한 조건을 명시했더라도 이 또한 쟁점부동산 매매를 위한 대상주식 거래당사자 간의 약정일 뿐이므로 쟁점부동산 매매를 이유로 대상주식거래 성격 및 시기 등을 달리 해석할 이유가 없다는 처분청의 의견은 세법적용에 있어 우선적으로 거래 양 당사자 간의 계약에 따른 거래를 바탕으로 세법에서 정한 과세여부를 판단하여야 함에도 불구하고, 양 당사자 간의 약정을 인정하지 않고 계약자체를 무시한 판단이다. 또한, 처분청이 인용한 판결OOO은 청구인들의 경우와 다른 사례로 전문휴양업으로 등록되어 있지 않으나 그 등록 요건인 음식점 시설·편의시설 등을 갖추고 있어 사실상 전문휴양업을 영위하는 것으로 실질과세 원칙을 적용하여 판단하여 「소득세법 시행령」제158조 제1항 제5호에 따른 부동산과다보유법인의 주식양도로 보아 과세한 사례이다.

5) 한편, 2013.3.4. OOO의 공시내용 “주요사항보고서”(중요한 자산양수도 결정)에는 대상주식을 1주당 OOO원으로 평가하여 취득하였고, 1주당 단가 산정시 수익가치 평가방법(DCF)을 사용하였다고 공시하였다. DCF방법에 의한 평가시 쟁점부동산을 제외한 다른 부동산에 대해서는 미래 5년 간의 추정 임대수익의 현금흐름을 주당가치에 반영한 반면, 쟁점부동산의 경우 “비영업용자산 가치” 항목으로 장부가액만을 반영하였다. 이는 OOO 입장에서는 쟁점부동산이 평가시점에는 형태가 부동산일지라도 청구인들과의 조건부 매매계약에 따라 그 실질이 대상주식 양수일 이후 OOO개월 내에 회수될 채권이기 때문에 주당가치 평가시 확정된 채권가액(장부가액)만을 추정 현금흐름으로 반영하여 평가한 결과이다.

(나) 청구인들도 처분청과 같이 2013.3.5.을 거래시점으로 보았기 때문에 「소득세법」제105조에 따라 2013.5.31.까지 양도소득세 과세표준 예정신고와 납부를 하였다. 다만, 처분청 의견대로 양도소득세 과세표준 예정신고 시점에 기타자산에 해당되어 기타자산 양도로 신고하였다고 하더라도 계약조건이 성취되는 쟁점부동산의 매각시점인 2013. 9.30. 경정청구의 사유에 해당되므로 「국세기본법」제45조의2에따라 비상장주식으로 경정청구하였을 것이나, 청구인들은 2013.5.31. 비상장주식으로 보아 양도소득세 과세표준 예정신고를 하였기 때문에 경정청구의 실익이 없어 경정청구를 하지 않았을 뿐이다.

(다) 특정주식 중과세 취지로 볼 때, 쟁점주식의 양도는 비상장주식의 거래이다.

1) 「소득세법」상 특정주식에 대한 중과세 제도는 부동산을 과다하게 보유한 법인의 주식양도의 경우 그 실질이 부동산의 양도와 동일하거나 유사하므로 일반 주식양도의 세율을 적용한다면 개인이 법인을 통하여 부동산을 보유하여 양도할 때 부동산의 양도세율의 적용을 회피할 수 있기 때문에 조세부담의 공평을 기하기 위하여 그 형식이비록 주식의 양도라 하더라도 부동산의 양도세율을 적용하는 것이다.

2) 당해 조항의 취지를 고려할 때 주식 양도차익을 부동산의 양도차익으로 보고 중과세하기 위해서는 부동산 보유비율뿐 아니라 보유하고 있는 부동산에서 평가차익이 있는지 여부를 고려하는 것이 과세의 형평과 당해 조항의 목적에 적합한 처분이 될 것이다.

3) 실제로 단순 부동산을 보유하고 있다는 사실은 부동산의 가치가 상승한 경우, 가치가 그대로인 경우, 가치가 하락하여 손실을 보고 있는 경우 모두 존재할 수 있음에도 불구하고 단순 부동산 보유비율 기준만으로 모든 주식 양도차익을 부동산 양도차익으로 간주하여 과세한다면 이는 부동산 평가차익과 관련이 없거나 미미한 모든 경우에 주식양도 차익을 부동산 양도 차익으로 보아 OOO%가 아닌 OOO%에 해당하는 세율을 적용하여 중과세하는 모순이 발생하고 또한 당해 조항의 취지에도 어긋난다고 판단된다.

4) 청구인들은 부동산 인수에 취득세 등 비용으로 OOO원을 추가로 지출하여 실질적으로 양도차익이 아니라 손실을 본 상태이다. 즉 청구인들의 주식양도는 부동산 양도세율 회피의 목적과 관계가 전혀 없는 주식 양수자의 교육용 콘텐츠 신규사업 진입과 투자 및 사업활성화를 위한 경영권 인수를 위한 계약이며 동시에 양도한 주식의 가치는 부동산 보유비율 및 부동산 시세차익과는 관련이 없는 창업후 누적된 잉여금과 회사의 사업가치에 기반하고 있다.

5) 처분청은 당해 주식거래를 단순 부동산 보유비율이라는 「소득세법 시행령」만을 기계적으로 적용하여 과세하였다. 이는 처분청이 경영활동으로 인한 회사의 가치 상승에 따른 주식 양도차익을 모두 부동산 양도차익으로 간주하여 OOO%가 아닌 OOO%의 세율을 적용하겠다는 것이고, 이러한 처분은 특정주식 중과세 제도의 취지를 고려하지 않은 처분이며 세법의 해석 적용은 과세의 형평과 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다고 규정하고 있는 「국세기본법」에도 어긋나는 처분이라 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 매각예정부동산일지라도 자산대비 부동산보유비율 판정시에는 부동산으로 분류하여야 한다.

(가) 청구인들은 대상주식 평가시 쟁점부동산을 매각예정부동산으로 분류하고 현금화 또는 채권상태로 평가한 조건부거래하고 주장하나, 쟁점법인의 2012.12.31. 실사기준 재무제표를 보면 “비유동자산-유형자산’으로 분류하여 재무제표를 작성한 것으로, 단지 명칭만 매각대상부동산이다. 그리고 쟁점부동산을 현금화된 상태 또는 채권상태로 평가한 것은 당사자 간의 평가에 관한 약정일 뿐이지, 약정으로 인하여 쟁점부동산이 현금 또는 채권으로 변형되는 것은 아니다. 「소득세법 시행령」제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 주식양도에 있어서 「소득세법」제104조 제1항 제1호의 세율을 적용하도록 하는 것은 주식 등을 발행한 법인의 ‘부동산의 보유현황’과 ‘사업의 종류’를 감안하려는 것일 뿐, 주식 등의 양도인이 실제로 경영권의 행사 등을 통하여 그 법인의 부동산의 보유현황과 사업의 종류에 영향을 주었는지 여부를 감안하려는 것은 아니라고 판결OOO한 것처럼, 쟁점법인의 부동산 보유비율 판정시 양도일 현재 부동산보유 현황만을 고려하여야 한다.

(나) 한편, 청구인들은 쟁점법인이 주식양도 거래일의 3개월 전에 신규사업을 위한 경영상의 목적으로 쟁점부동산을 매입하여 부동산 보유비율이 50%를 초과하였다고 주장하나, 쟁점법인은 계속하여 부동산 보유비율이 50%를 초과하고 있어 주식의 가치가 반드시 창업 후 누적된 잉여금과 회사의 사업가치에 기반하고 있다고도 볼 수 없다. 따라서 쟁점법인이 아무런 법적 근거없이 임의로 분류한 회계상 내용은 인정할 수 없고, 쟁점부동산은 세법상 쟁점법인의 부동산에 해당하므로 부동산보율비율 판정에 고려되어야 한다.

(2) 쟁점주식 양도일은 조건성취일이 아닌 주식양도대금 청산일이다.

(가) 대상주식 양도 계약시 주식양수인은 「주식매매 및 경영권이전계약서」외「주식매매 및 경영권이전계약서 부속합의서」를 청구인 OOO과 작성하였는바, 그 내용인 즉, 쟁점부동산의 처분에 대한 의무를 청구인 OOO으로 지정(제1조)하고, 그 채무이행의 성실을 담보하고자 청구인 OOO의 예금통장에 OOO원의 질권을 설정(제3조)하며, 쟁점부동산 처분손실의 귀속은 청구인 OOO으로 한다(제4조)는 내용이며, OOO개월 이내 제3자에게 매각이 되지 않을 경우 청구인 OOO이 인수한다(제5조)는 조건이다.

(나) 위의 약정은 대상주식 매도 관련 조건으로 볼 수 없고,「주식매매 및 경영권이전계약서」상에 어디에도 쟁점부동산에 대한 특약사항이 없으므로 동 합의사항은 주식매도계약과 동시에 체결된 별개의 계약일 뿐, 청구인들의 주장과는 달리 조건부계약이 아니며, 특히 쟁점부동산의 소유권은「주식매매 및 경영권이전계약서 부속합의서」에 명시된 바와 같이 제6조[대상부동산의 권리] 대상 부동산은(쟁점부동산)은 쟁점법인(주식양수인)의 소유 자산으로 부동산과 관련한 모든 권리는 완전하게 쟁점법인에 보유하고 행사한다고 하였으므로, 주식양도일에 쟁점부동산도 포함하여 쟁점주식이 양도되었음을 확인할 수 있다.

(다) 또한, 청구인들은 조심 OOO, 대법원 2013.12.26. 선고 OOO 판결을 제시하면서 후발적 사유로 인하여 양도시기는 조건성취일인 2013.9.30.이라고 주장하나, 2건 모두 양도가액의 불확실성을 이유로 조건부계약 등을 하였으나, 후발적 사유로 양도가액이 변경되었기에 당초 소득에서 차감하여야 한다고 설시한 것으로, 이 건 대금청산일에 주식양수인은 쟁점부동산 등을 포함한 쟁점주식에 대한 소유권을 가지고 있는 점, 쟁점주식 처분에 대한 양도대금이 모두 청구인들에게 귀속된 점, 조건미성취임에도 쟁점주식 양도대금이 확정적인 점, 쟁점부동산을 주식양수인으로부터 다시 재취득하는 별도 계약서를 작성하여 당초 쟁점부동산 양도인(쟁점법인)과 재취득한 양수인(주식회사 OOO)의 인격이 다른 점을 고려하면, 쟁점부동산을 포함한 쟁점주식의 양도시기는 권리‧의무확정일인 대금청산일(2013.3.5.)이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식이 「소득세법」상 기타자산(특정주식)에 해당한다고 보아 일반세율을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정된 것)

제55조[세율] ① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "종합소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다.

제94조 [양도소득의 범위] ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

나. 지상권

다. 전세권과 등기된 부동산임차권

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것

나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 "기타자산"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

다. 주식등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성, 부동산의 보유 현황 또는 사업의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 자산

제98조[양도 또는 취득의 시기] 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

제104조[양도소득세의 세율] ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산

제55조 제1항에 따른 세율

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등

양도소득 과세표준의 100분의 30

나. 중소기업의 주식등

양도소득 과세표준의 100분의 10

다. 그 밖의 주식등

양도소득 과세표준의 100분의 20

(2) 소득세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24356호로 개정된 것)

제158조 [기타 자산의 범위] ① 법 제94조 제1항 제4호 다목에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 가목 및 나목에 해당하는 법인의 주주 1인 및 기타 주주가 그 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50 이상을 주주 1인 및 기타 주주 외의 자에게 양도하는 경우의 당해 주식등

가. 당해 법인의 자산총액중 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인

나. 당해 법인의 주식등의 합계액중 주주 1인과 기타 주주가 소유하고 있는 주식등의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50이상인 법인

③ 제1항 제1호 가목 및 같은 항 제5호 가목에 따른 자산총액 및 자산가액은 해당 법인의 장부가액( 「소득세법」 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 해당 자산의 기준시가가 장부가액보다 큰 경우에는 기준시가)에 의한다. 이 경우 다음 각 호의 금액은 자산총액에 포함하지 아니한다.

1. 「법인세법 시행령」 제24조 제1항 제2호 바목 내지 사목의 규정에 의한 무형고정자산의 금액

2. 양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 기간 중에 차입금 또는 증자등에 의하여 증가한 현금·금융재산( 「상속세 및 증여세법」 제22조의 규정에 의한 금융재산을 말한다) 및 대여금의 합계액

제162조[양도 또는 취득의 시기] ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

(3) 국세기본법

제14조[실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점법인은 OOO에 위치한 교육/서비스업을 영위하는 비상장 중소기업으로 아래 <표1>과 같이 장부상 2012사업연도 자산총액은 OOO원, 부동산 가액은 OOO원으로 부동산 보유비율이 OOO%로 50%를 초과하고 있고,

<표1> 쟁점법인의 2012사업연도말 부동산 보유내역

(단위 : 백만원)

○○○

쟁점법인은 2013.1.1.부터 주식양도일인 2013.3.5.까지 부동산을 취득‧양도한 사실은 없고, 양도일 현재 자산총액 OOO원, 토지·건물 총액 OOO원으로 부동산 보유비율이 OOO%로 50%를 초과하고 있으며, 쟁점법인의 연도말 재무상태표를 보면 아래 <표2>와 같이 2008사업연도부터 계속하여 부동산비율이 50%를 초과하고 있다.

<표2> 쟁점법인 연도말 부동산 보유비율

(단위 : 백만원, %)

○○○

(2) 청구인 OOO·OOO는 보유하고 있던 쟁점법인 주식 OOO주(OOO%) 전부를 2013.3.5. OOO 등에게 양도하고 OOO원을 수령한바, 아래 <표3>과 같이 주주 1인 및 기타주주가 양도한 주식이 주식발행법인의 지분비율 50%를 초과하였다.

<표3> 쟁점법인 주주현황(2013.3.5. 기준)

(단위 : 주, %)

○○○

(3) 청구인들이 제시한 증빙은 다음과 같다.

(가) 매도인 청구인 OOO, OOO와 매수인 OOO사이에 2013.3.4. 체결된 주식매매 및 경영권이전계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

○○○

(나) 매도인 청구인 OOO은 대상주식 외에 쟁점법인 주식 OOO주를 매수인 OOO, 주식회사 OOO, OOO, 주식회사 OOO, OOO, 주식회사 OOO에게 OOO원에 매도하기로 2013.3.4. 계약체결하였다.

(다) 매도인 청구인 OOO과 매수인 OOO 사이에 2013.3.4. 체결된 주식매매 및 경영권이전계약서 부속합의서에는 경영권이전계약에 따른 부속합의서로서 쟁점법인의 부동산 매매와 관련하여 추가할 사항을 정하기 위해 다음 사항을 합의한 것으로 나타난다.

○○○

(라) 매도인 쟁점법인과 매수인 OOO 사이에 2013.9.30. 작성된 쟁점부동산 매매계약서에는 매도인이 쟁점부동산을 OOO원에 매수인에게 매도하기로 계약한 것으로 나타나고, 쟁점부동산 등기부에는 쟁점법인이 2012.12.5. 쟁점부동산(아파트형공장)을 취득하였다가 2013.10.11. OOO에게 소유권이전등기된 것으로 나타난다.

(마) 청구인 OOO이 OOO OOO지점장에게 2013.3.5. 요청한 질권(담보권)청구서에는 청구인 OOO의 계좌(현재 잔액 OOO원)에 OOO 대표이사 OOO을 질담보권자로 하여 질권신청한 것으로 나타나고, 청구인 OOO이 OOO OOO지점장에게 2013.10.24. 요청한 질권(담보권)청구서에는 청구인 OOO의 계좌(현재 잔액 OOO원)에 OOO 대표이사 OOO을 질담보권자로 하여 질권말소신청한 것으로 나타난다.

(바) 쟁점법인의 2012.12.31. 실사기준 재무제표에 의하면 쟁점부동산이 매각부동산으로 비유동자산으로 기재되어 있고, 장부가액은 OOO원으로 나타나고 있다.

(사) OOO가 회사의 주식양수 거래와 관련하여 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제161조 및 같은 법 시행령 제171조에 따라 2013.3.4. 금융위원회에 제출한 주요사항보고서에는 OOO가 DCF법을 적용하여 평가한 평기기준일 현재 대상주식 1주당 주식가치는 최소 OOO원에 최대 OOO원으로 평가하였고, 대상주식 가치는 영구성장률 및 할인율에 따라 최소 OOO원으로 평가하였는데, 쟁점부동산은 비영업용 자산의 가치로 OOO원으로 평가된 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 「소득세법」제104조 제1항에 의하면 같은 법 제94조 제1항 제3호 나목의 주식에 대하여는 10%의 세율로 양도소득세를 과세하도록 하였고, 같은 법 제94조 제1항 제4호의 자산에 대하여는 9～36%의 누진세율에 의하여 양도소득세를 과세하도록 하였으며, 같은 법 시행령 제158조 제1항에 의하면 같은 법 제94조 제1항 제4호 다목의 자산이 같은 법 시행령 제158조 제1항의 특정주식이 되기 위해서는 그 주식을 발행한 법인의 자산총액 중 부동산(토지 및 건물)과 부동산에 관한 권리의 자산가액이 차지하는 비율이 50/% 이상 이어야 하고, 당해 법인의 주식 등의 합계액 중 주주 1인과 기타주주가 소유하고 있는 주식 등의 소유비율이 50% 이상이어야 하며, 주주 1인과 기타주주가 당해 법인의 주식등의 합계액 중 50% 이상을 주주 1인과 기타주주 이외의 자에게 양도하여야 하는 요건을 갖추도록 규정하고 있다.

(나) 위와 같이 특정주식에 해당하는지 여부는 주식양도 시점에 당해 법인의 총 자산가액 중 토지 건물 부동산에 대한 권리가액의 합계액이 50%를 초과하는지 여부에 따라 판정하는 것으로 규정되어 있을 뿐 달리 거래의사나 실질에 따른 예외를 규정하고 있지 아니하다.

(다) 이 건의 경우 쟁점주식 거래 당시 쟁점법인의 부동산 보유비율이 50%를 초과하고 있고, 쟁점부속합의서 제6조에서 쟁점부동산은 쟁점법인의 소유 자산으로서 부동산과 관련한 모든 권리는 완전하게 쟁점법인에서 보유하고 행사한다고 명시하고, OOO는 쟁점부동산 장부가액을 반영하여 쟁점주식의 양수대가를 산정하여 쟁점주식 거래시 쟁점부동산을 인수대상 자산에서 제외하거나 쟁점주식가액에서 쟁점부동산가액을 차감하지 아니한 것으로 나타나 쟁점주식 거래에 수반하여 쟁점부동산도 이전된 것으로 볼 수밖에 없고, 쟁점주식 거래 당시 쟁점법인의 부동산 보유비율 산정시 쟁점부동산을 쟁점법인이 보유한 부동산가액에서 제외할 근거가 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점주식을「소득세법」상 특정주식으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.