2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1989. 1. 7. ○○시 ○○○구 ○동 ○○○ 답 1,814㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 취득하여 보유하다가 2005. 8. 9.경 정○○에게 270,000,000원에 매도하였다.

나. 원고는 위 양도에 따른 양도소득세 예정신고를 함에 있어, 이 사건 토지가 조세특례제한법 제69조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 소정의 자경농지에 해당하여 양도소득세의 100/100에 상당하는 세액이 감면되는 경우에 해당한다고 신고하였으나, 피고는 원고가 이 사건 토지를 8년 이상 직접 경작해 왔다고 볼 수 없다는 이유로 2006. 4. 1. 원고에게 2005년 귀속 양도소득세로 50,634,190원을 결정·고지하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정 근거] 갑 1, 2호증, 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 토지를 취득한 후 함께 거주하던 부친인 정○○의 도움을 받아 이 사건 토지를 직접 경작하는 등 8년 이상 이 사건 토지를 직접 경작하였고, 설사 원고가 이 사건 토지를 직접 경작하지 아니하였다 하더라도 원고의 책임과 계산하에 원고의 부친 등이 이 사건 토지를 경작하였으므로 이는 자경농지에 해당하여 양도소득세 감면 대상이 된다고 보아야 함에도 그와 달리 보아 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

이 사건 토지의 양도에 적용되는 조세특례제한법 제69조 제1항은 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 당해 농지를 8년 이상 '직접' 경작한 경우 그 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하였으므로, 이 사건 토지의 양도가 감면 대상에 해당한다고 하기 위해서는 원고가 이 사건 토지를 8년 이상 직접 경작하였음을 요한다 할 것이다.

살피건대, 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 함께 거주하던 부친 정○○의 도움을 받아 이 사건 토지를 직접 경작하는 등 8년 이상 이 사건 토지를 직접 경작하였다는 점에 부합하는 듯한 증거로는 갑 제3호증, 갑 제7호증의 1 내지 4, 갑 제8호증, 갑 제9호증의 1, 2, 갑 제10호증, 갑 제11호증의 1 내지 4의 각 기재, 증인 정○○의 증언이 있으나, 한편 갑 제6호증의 1, 2, 3, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2, 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 토지를 취득한 1989. 1. 7.부터 정○○이 사망한 2000. 7. 11.까지 사이에 원고와 정○○의 주민등록상 주소지가 같았던 기간은 1989. 1. 7.부터 1990. 12. 2.까지 및 1993. 3. 15.부터 1994. 4. 11.까지 3년 남짓에 불과하였던 사실, 원고가 이 사건 토지를 취득하기 전인 1988. 1. 1.부터 이 사건 토지를 양도할 무렵까지 ○○상회, ○○화학 등의 상호로 도매업, 제조업 등 사업을 영위해 왔던 사실, ○○○○공사 ○○지사에 보관된 조합비 납부관련 서류에 1994.경부터 1999.경까지 이 사건 토지와 관련한 조합비를 강○○이 납부한 것으로 정리되어 있는 사실, 이 사건 토지 매도 당시 이 사건 토지를 관리하던 사람이 따로 있어 원고가 정○○와 매매계약을 체결함에 있어 원고의 책임하에 관리자의 포기각서를 정○○에게 교부하겠다고 약정하였던 사실을 인정할 수 있는 바, 위와 같은 사정과 아울러 갑 제3호증(농지경작 사실확인서)에 사실상 경작자가 원고로 되어 있기는 하나 '재배작물', '경작기간'에 관하여는 아무런 구체적인 기재가 없는 점 등을 아울러 고려하여 보면, 앞서 본 증거만으로 원고가 이 사건 토지의 취득 후 양도시까지 사이에 이를 8년 이상 직접 경작하였음을 인정하기에는 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로 그 부분에 관한 원고의 주장은 이유 없다.

한편 원고는, 자신이 이 사건 토지를 직접 경작하지 아니하였다 하더라도 원고의 책임과 계산하에 원고의 부친 등이 이 사건 토지를 경작한 이상 원고가 이를 직접 경작한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 종전의 감면규정인 구 소득세법(1993. 12. 31. 법률 제4661호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조 제6호 (라)목이 '8년 이상 계속하여 자기가 경작한 토지'를 비과세대상으로 하였던 것에 비해 조세특례제한법 제69조 제1항은 '계속' 경작을 감면요건으로 하지 아니하면서도 '직접' 경작을 그 요건으로 규정한 점, 2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제66조 제12항이 '직접 경작'의 의미에 관하여 '거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다'고 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 당해 농지의 소유자가 농작물의 경작에 상시 종사하지 아니하고 자신이 노동력을 이용하지도 아니한 채 원고가 주장하는 바와 같이 단지 자신의 책임과 계산하에 타인을 통해 그 소유 농지를 경작하였다는 사정만으로 이를 들어 당해 농지를 '직접' 경작한 것으로 볼수는 없다 할 것이므로 원고의 위 주장 역시 이유 없다.

따라서 이 사건 토지의 양도가 양도소득세 감면 대상에 해당되지 아니함을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계 법령

○ 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[중략] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 이하 생략.

○ [구 조세특례제한법 시행령](2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자"라 함은 8년(｢농업기반공사 및 농지관리기금법｣에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 "농업기반공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 5년, 제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작한 기간을 계산함에 있어서는 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(｢지방자치법｣ 제3조제4항의 규정에 의하여 설치된 도·농복합형태의 시의 읍·면지역을 제외한다)에 있는 농지중 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣에 의한 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다.

가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역

나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지지정일부터 3년이 지난 농지

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 ｢소득세법 시행령｣ 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 이하 생략.

○ [조세특례제한법 시행령](2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정된 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

⑫ 법 제69조제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(다년성)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. <신설 2006.2.9>

부칙 <제19329호, 2006.2.9>

제10조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례) 제66조제11항 및 제12항의 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.

○ [구 소득세법](1993. 12. 31. 법률 제4661호로 개정되기 전의 것) 제5조(비과세소득) 다음 각호의 소득에 대하여는 소득세를 부과하지 아니한다.

6. 양도소득

(라) 양도할 때까지 8년이상 계속하여 자기가 경작한 토지로서 농지세의 과세대상(비과세·감면과 소액부징수의 경우를 포함한다)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득. 끝.