가. 처분청은 청구법인이 2007.1.30. 증여를 원인으로 취득한 OOO(토지 655.9㎡, 건물 1,401.59㎡ 이하 “이 건부동산”이라 한다)에 대하여 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기위하여 취득하는 부동산으로 보아 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호 및 제127조 제1항의 규정에 따라 취득세 등을 비과세하였다.

나. 그 후처분청은 청구법인이 이 건 부동산의 증여계약을 합의해제하고 그 소유권을 2007.3.29.종전 소유자인 OOO(청구법인의 대표)에게 이전하였다는 사실을 확인하고, 청구법인이 이 건 부동산을정당한 사유없이 그 사업에2년 이상 직접 사용하지 아니하고 매각한 것으로 보아 이 건 부동산의시가표준액 2,152,676,205원을 과세표준으로하고 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제2호 후단에서 규정한비영리사업자에 대한 등록세율(1,000분의 8)을 적용하여 산출한 등록세 등 158,545,560원을 2009.9.10. 부과 고지하였다.

다. 한편 OOO은 처분청에 대한 지방세 지도점검에서 청구법인의 경우 그 목적사업의 영위 형태로 보아 지방세법 제127조 제1항에서 규정한비영리사업자에 해당하지 않을 뿐 아니라 이 건 부동산의 등기는 OOO내(대도시)에서 법인 설립 후 5년 이내에 한 부동산등기로 중과세 대상에 해당된다고 할 것임에도 1,000분의 8(비영리 사업자에 대한 표준세율)로산출한 등록세 등을 납부하였다고 보아 청구법인이 부족 납부한 등록세 등을 추징할 것을 처분청에 지시하였다.

처분청은 이 건 부동산의 시가표준액 2,152,676,205원을 과세표준으로 하고 지방세법 제131조 제1항 2호에서 규정한 1,000분의 15의 세율에 같은 법 제138조 제1항(대도시 내 법인의 등록세 3배 중과)규정을 적용한 1,000분의 45를 적용 세율로 하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 73,793,190원, 지방교육세 13,854,470원, 합계 87,647,660원(가산세 포함)을 2011.4.6. 청구법인에게 부과 고지하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 사회복지시설을 직접 운영하고 있지는 아니하나, 설립이후부터 현재까지 독거노인, 소년소녀가장 및 장애인들에 대한 지원사업을 시행하고 있고, 청구법인의 대표자인 OOO 명의로 2개의유치원을 운영하면서 임직원들도 그 유치원의 업무를 담당하고있으므로 청구법인은 사회복지시설을 운영하고 있는 비영리 사업자에해당한다고 할 것이고 따라서 이 건 부동산에 대한 등록세 부과는 취소 되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 사회복지사업법의 규정에 따라 설립된 사회복지법인이아니라 민법 제32조의 규정에 따라 설립된 법인으로서 양로원·보육원·모자원·한센병자치료보호시설 등을 직접 운영한 사실이 없으므로 청구법인은 지방세법 제127조에서 규정한 비영리사업자에 해당되지 아니하며 또한 이 건 부동산 등기는 청구법인이 서울특별시 내에서 설립한지 5년 이내에 한 부동산 등기에 해당되므로, 처분청이 이 건 부동산의 등록세율을 증여에 대한 표준세율인 1,000분의 15로 하고 여기에 대도시 내 법인의 등록세 중과(3배) 규정을 적용한 1,000분의 45를 세율로 하여 등록세를 부과한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

민법 제32조의 규정에 따라 설립된 법인으로서 사회복지시설에대한지원만 할 뿐 사회복지시설을 직접 운영하지 아니하는 청구법인을 지방세법상 등록세가 비과세되는 비영리사업자로볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법 (2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정되기 전의 것)

제127조【용도구분에 의한 비과세】① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

제131조【부동산등기의 세율】① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

2. 제1호 이외의 무상으로 인한 소유권의 취득 : 부동산가액의1,000분의 15. 다만, 제127조 제1항 제1호의 규정에 의한 비영리사업자가 소유권을 취득한 때에는 그 가액의 1,000분의 8로 한다.

제138조【대도시 지역내 법인등기등의 중과】① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입 후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

(2) 지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 전문 개정되기 전의 것)

제79조【비영리사업자의 범위】① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

3.「사회복지사업법」의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인

4. 양로원 · 보육원 · 모자원 · 한센병자치료보호시설 등 사회복지사업을 목적으로 하는 단체 및 한국한센복지협회

제94조【비영리사업자의 범위 등】① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

(3) 사회복지사업법

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “사회복지사업”이라 함은 다음 각목의 법률에 의한 보호·선도 또는 복지에 관한 사업과 사회복지상담·부랑인 및 노숙인보호·직업보도·무료숙박·지역사회복지·의료복지·재가복지·사회복지관운영 · 정신질환자 및 한센병력자 사회복귀에 관한 사업 등각종 복지사업과 이와 관련된 자원봉사활동 및 복지시설의 운영또는 지원을 목적으로 하는 사업을 말한다.

2.“사회복지법인”이라 함은 사회복지사업을 행할 목적으로 설립된법인을 말한다.

3. “사회복지시설”이라 함은 사회복지사업을 행할 목적으로 설치된시설을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계에 대하여 살펴본다.

청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

가) 청구법인의 정관 등을 보면, 청구법인은지역 사회의 복지향상에 기여하고자 민법 제32조와「보건복지부 및 그 소속 청소년 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」제4조에 의거 OOO를 주사무소로 하고, 독거노인, 소년소녀가장,장애인에 대한 지원 사업 등을 목적사업으로 하여 2006.7.13. 설립되었다.

나) 청구법인은 2007.1.30. 이 건 부동산을 종전 소유자인 OOO로부터 증여를 원인으로 취득하고 처분청으로부터 취득세 등을 비과세 받았으나, 2007.3.29. OOO와 증여계약을 합의해제하고 그 소유권을 OOO에게 이전하였다.

다) 청구법인은 2001년도 및 2005년도에 OOO이 지정하는 공익성 기부금 대상단체로 공고된 바 있으며 2003년부터 2007년6월까지 재해복구 지원, 청소년 지원 등의 사업에 총 9,300,655,000원의예산을 집행하였으나, 양로원 · 보육원 등 사회복지시설을 직접 설치운영한 사실은 없으며, 다만 청구법인의 대표자인 OOO가 2개의 영유아보육시설(어린이집)을 자신의 명의로 운영하고 있다.

(2) 쟁점에 대하여 살펴본다.

가) 지방세법 시행령 제79조 제1항 제3호 및 제4호는 등록세 등이 비과세 되는 비영리사업자를 사회복지사업법의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인과 양로원·보육원·모자원·한센병자치료보호시설 등 사회복지사업을 목적으로 하는 단체로 규정하고 있는바,위 규정에서 등록세등이 비과세되는 비영리사업자라 함은 사회복지사업법상의 사회복지법인과 사회복지사업법 제2조 제3호에서 규정한양로원 등의 사회복지시설을 직접 운영하는 단체로 한정하여 보는 것이조세감면의 특혜를주어 공익사업을 장려하면서도 그 구체적 대상을 명확히 하여 무분별한면세 혜택에 따른 세원 감축을방지하고 일반 납세자와의 조세 공평또한 유지하려는 입법목적에 부합할 뿐 아니라 취득세 등의 비과세대상이 되는 부동산의 범위가 지나치게 확대되는 것을 방지할 수 있기때문이다(대법원 2009.9.24.선고, 2009두8892 판결 같은 뜻).

나) 청구법인은 청구법인의 대표이사인 OOO가 2개의 영유아 보육시설을 운영하고 있으며, 청구법인의 임직원들도 영유아보육시설의업무를 맡아서 운영하고 있으므로 비영리사업자에 해당된다고 주장하고있으나,

청구법인의 경우청구법인의 회원 등으로부터 기부금품을 모집하여 양로원 등 사회복지시설에 기부하거나 이들을 간접적으로 지원하는 역할을 하고 있다고 하더라도 양로원 등 사회복지시설을 갖추어 직접 운영하는 것이 아닌 이상, 청구법인은 지방세법 제127조 제1항 및 같은 법 시행령 제79조 제1항에서 규정한 비영리사업자에 해당된다고 보기는 어렵다고 판단된다.

(다)청구법인의 임직원 중 일부가 청구법인의 대표자인 OOO가운영하는 어린이집의업무를 담당하고 있다고 하더라도 OOO가 운영하는 어린이집을 청구법인이 운영한다고 볼 수는 없는 것이며, 설령 청구법인이 직접 운영하는 것으로 볼 수 있다고 하더라도 어린이집은 영유아보육시설로서 사회복지사업법 제2조에서 규정한 사회복지시설에해당되지 아니하므로어린이집을 운영하기 때문에 비영리사업자에해당된다는 청구법인의 주장 또한 이를 받아들이기 어렵다.

마) 따라서 처분청이 이 건 부동산에 대하여 등록세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.