가. 청구인은 2000.3.28. 아버지 김OOO 소유의 OOO 답 1,318㎡, 같은 동 2522-5 답 1㎡(2522-1과 함께 이하 “쟁점토지”라 한다), 2427-28 대 438㎡ 및 그 지상의 단독주택 106㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 협의분할에 의한 상속으로 취득하여 아래 <표1>과 같이 2012.9.24. 및 2012.12.31. 공익사업용으로 OOO에 협의매도(토지는 수용)하였다.

○○○

한편, 청구인은 2004.12.31. 취득한 OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 취득하여 2012.12.11. 양도하였다.

나. 청구인은 위 부동산과 관련하여 양도소득세를 무신고하였다가, 쟁점토지는 8년 이상 자경한 농지라 하여 감면을 신청하고, 상속받은 쟁점주택과 OOO 대 438㎡ 중 쟁점주택 부수토지 276.03㎡는 1세대 1주택으로서 비과세로 보아 나머지 면적인 161.97㎡에 대하여 양도소득세를 수정신고·납부하였다.

다. 처분청은 쟁점토지는 양도당시 농지로 사용하지 않고 건설자재 야적장으로 사용되어 양도소득세 감면대상이 아니고, 쟁점주택은 2012.9.24. 양도당시 청구인이 쟁점아파트를 보유하고 있어 1세대 1주택에 해당하지 아니한다고 보아 2014.4.7. 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2014.5.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지는 2011.10.19. 「도로법」에 따른 사업인정고시가 되어 도로확장공사가 예정된 토지로서 청구인은 위 사업인정고시 전에 쟁점토지를 인접토지 소유자인 김OOO에게 임대하였고, 위 공사예정으로 곧 수용이 예정되어 있어 반환을 요구하였으나 협조가 이루어지지 아니하였으며, 이에 청구인이 원래 농지상태로 원상회복하던 중 사업자OOO가 2012.12.31. 일방적으로 양도대금을 공탁하여 수용되었으나, 쟁점토지는 농지원부와 같이 양도당시 농지였고, 일시적으로 임차인의 비협조로 인해 그 일부가 야적장으로 사용되었다는 사유만으로 양도당시 농지가 아니라고 보는 것은 부당하다.

(2) 상속받은 쟁점주택은 무허가건물로서 상속당시 등기가 불가능한 상황이었고, 쟁점주택은 2012.8.21. 협의분할을 원인으로 상속하여 2012.8.22. 보존등기를 경료하고, 2012.9.24. 공공용지의 협의취득에 의해 수용되었으며, 쟁점주택의 부수토지인 쟁점토지는 2000.3.28. 상속받았으나 2012.12.31. 수용되었는바, 1세대 1주택 비과세 규정을 적용함에 있어 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의하여 주택 및 그 부수토지가 함께 수용된 경우 당해 주택 및 부수토지에 대한 보상액이 시차를 두고 지급된 경우 전체를 하나의 양도행위로 보아 1세대 1주택 비과세여부를 판정하여야 할 것이다.

즉, 쟁점주택과 그 부수토지는 양도시기를 부수토지가 수용된 2012.12.31.로 보아야 하고, 이에 따라 양도당시를 기준으로 쟁점주택은 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하므로 양도소득세 과세처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제69조의 감면대상 농지란 지적공부상의 지목에 관계 없이 실제 경작에 사용되는 토지로 원칙적으로 계절적인 사유 등 일시적인 휴경상태로 인한 것이 아닌 한 양도일 현재 실지로 경작에 사용되는 토지에 해당하여야 하나, 쟁점토지의 경우OOO에서 제공하는 로드뷰 및 2008년부터의 항공사진 등을 살펴보면 양도당시 농지가 아닌 야적장으로 사용된 사실이 명백하므로 청구주장은 이유 없다.

(2) 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 단서 및 같은 항 제2호의 규정에 의한 주택 및 그 부수토지의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우의 1세대 1주택 비과세의 판정은 양도일 현재를 기준으로 하는 것이나, 주택 및 그 부수토지를 수용하는 경우로서 토지가 시차를 두고 수용된 경우에는 주택이 수용된 당시를 기준으로 하는 것이고, 청구인은 당시 쟁점주택이 수용된 2012.9.24. 현재 쟁점아파트를 소유하고 있었던 사실이 확인된다.

따라서, 청구인은 쟁점주택과 쟁점아파트를 소유하여 1세대 2주택 상태에서 쟁점주택을 양도하였으므로 1세대 1주택 비과세 적용을 부인하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점토지를 양도당시 농지로 볼 수 있는지 여부

② 쟁점주택이 1세대 1주택에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지가 양도당시 농지인지 여부와 관련하여, 청구인은 농지원부, 토지대장 등을 제시하면서 8년 이상 자경한 농지라고 주장하는 반면, 처분청은 양도당시 쟁점토지의 실제 현황이 농지가 아니라는 의견이다.

(2) 인터넷 지도OOO에서 제공하는 항공사진에 의하면 쟁점토지는 2008년부터 2011년까지 계속하여 그 지상에 물건이 적재되어 있는 것으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점ⓛ에 대하여 살피건대, 2008년부터 2011년까지 계속하여 쟁점토지 지상에 물건이 적재되어 있음이 항공사진에 나타나고 있는 점, 양도당시 농지였다는 청구주장을 입증할 수 있는 구체적이고 객관적인 증빙이 부족해 보이는 점 등에 비추어 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(4) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 쟁점주택 양도당시(2012.9.24.) 쟁점아파트를 보유하여 1세대 2주택이라는 의견이고, 청구인은 쟁점주택 소재 토지의 수용일(2012.12.31.)에 쟁점주택이 양도된 것으로 보아야 하므로 쟁점주택이 1세대 1주택에 해당한다고 주장한다.

(나) 쟁점주택은 2012.9.24. 공익사업용으로 협의매도OOO되었고, 보상금수령일 및 등기접수일 모두 2012.9.24.로 동일하다.

(다) 한편, 쟁점주택이 소재한 토지 438㎡(이 중 청구인이 부수토지로 주장하는 면적은 276.03㎡)는 OOO에 수용되었고, 보상금은 쟁점농지와 합하여 OOO원이며, 쟁점주택 소재 토지 438㎡의 보상금 공탁일은 2012.12.31.이고, 등기접수일은 2013.2.6.이다.

(라) 「소득세법」제89조 제1항, 같은 법 제98조, 같은 법 시행령 154조 제1항, 같은 법 시행령 제162조 제1항 등을 종합하여 살피건대, 「소득세법 시행령」 제162조 제1항은 자산의 일반적인 취득 및 양도시기를 규정하고 있는 것인 반면에 같은 법 시행령 제154조 제1항은 1세대 1주택 및 그 부수토지의 양도로 인하여 발생하는 소득세에 대한 양도소득세 비과세특례를 규정하고 있는 것이고, 주택에 부수되는 토지라 함은 당해 주택과 경제적 일체를 이루고 있는 토지로서 사회통념상 주거생활공간으로 인정되는 토지를 의미한다는 점과 1세대 1주택 양도에 따른 양도소득세 비과세제도는 국민의 주거생활의 안정과 거주·이전의 자유를 보장하기 위하여 인정되는 제도라는 점에 비추어 볼 때, 1세대 1주택 비과세특례 규정을 적용함에 있어 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의하여 주택 및 그 부수토지가 함께 수용된 경우로서, 당해 주택 및 부수토지에 대한 보상액이 시차를 두고 지급된 경우에는 전체를 하나의 양도행위로 보아 「소득세법 시행령」 제154조 제1항의 규정을 적용함이 타당하다 할 것(조심 2013중616, 2013.11.11. 합동회의 같은 뜻임)이며, 1세대 1주택 소유 여부의 판단시점은 1세대 1주택 비과세 제도가 주택의 양도에 대하여 양도소득세를 비과세하고 이에 따르는 부수토지에 대하여도 양도소득세를 비과세하는 제도이므로 주택의 양도시기를 기준으로 판단하여야 할 것(조심 2013중2919, 2014.1.20. 같은 뜻임)이다.

따라서, 이 건의 경우 쟁점주택과 그 부수토지의 양도행위를 하나의 양도행위로 보되, 1세대 1주택 소유 여부의 판단시점은 쟁점주택이 협의매도된 2012.9.24. 당시를 기준으로 할 것으로서, 당시 청구인은 쟁점아파트를 소유하고 있었으므로 1세대 1주택 비과세 요건을 갖추지 못하여 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상(괄호 생략) 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략)

(2) 소득세법

제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. (후단 생략)

(3) 소득세법 시행령

제154조【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(괄호 생략) 이상인 것을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간의 제한을 받지 아니한다.

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우

제155조【1세대 1주택의 특례】① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 당해 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 3년 이내에 양도하는 때에는 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일