2. 항소비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1991. 3. 25. 설립된 법인으로서 서울 중구 신당동 (지번 1 생략)에 본사를 두고 주택신축판매업 등을 영위하다가 2001. 9. 4. 본사를 천안시 문화동 (지번 2 생략)로 이전하였다.

나. 원고는 2002사업연도부터 2004사업연도까지 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조특법’이라 한다) 제63조의2 에 의한 임시특별세액감면을 신청하여 2002사업연도 귀속분 20,352,877,819원, 2003사업연도 귀속분 28,086,960,637원, 2004사업연도 귀속분 15,309,762,552원의 법인세를 각 감면받았다.

다. 그런데 피고는 조특법 제63조의2 제2항 제2호 가목 , 구 조특법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 18176호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조특법 시행령’이라 한다) 제60조의2 제5항 에서 정한 ‘주택에 부수되는 토지’(이하 ‘주택부수토지’라 한다)의 면적을 산정함에 있어 ‘건물이 정착된 면적’(이하 ‘건물정착면적’이라 한다)을 ‘1층 바닥면적’으로 보아 1층 바닥면적의 5배를 초과하는 토지 부분에 대한 양도차익을 다시 계산하여 조특법 제63조의2 에 의한 임시특별감면세액을 다시 산정한 다음, 원고에 대하여 2006. 9. 14. 2002사업연도 귀속분 법인세로 735,755,960원을, 2003사업연도 귀속분 법인세로 183,457,510원을, 2004사업연도 귀속분 법인세로 15,727,980원을 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 각 과세처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 3, 갑 제3호증, 을 제1호증 내지 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 과세처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) ① 조특법 시행령 제60조의2 제5항 (이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)에서 정한 건물정착면적은 공동주택의 경우 단독주택과는 달리 각 세대의 주택면적의 합계, 즉 주택연면적으로 보아야 하므로, 주택연면적을 기준으로 주택부수토지의 면적을 산정하여야 하고, ② 가사 건물정착면적을 1층 바닥면적으로 본다 하더라도, 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정된 것, 이하 ‘개정후 법인세법 시행령’이라 하고, 위와 같이 개정되기 전의 법인세법 시행령을 ‘개정전 법인세법 시행령’이라 한다) 제92조의2 제4항 4호 는 주택부수토지의 면적을 산정함에 있어 주택연면적과 건물정착면적의 5배를 곱하여 산정한 면적 중 넓은 면적을 적용하는 것으로 규정하고 있고, 위와 같이 법인세법 시행령이 개정되자 과세당국은 종전의 주1) 해석 을 변경하여 개정전 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 가 주택부수토지 면적을 건물정착면적의 5배를 곱하여 산정하도록 하고 있음에도 개정전 법인세법 시행령이 적용되는 사안에 대하여도 주택부수토지의 면적을 산정함에 있어 주택연면적과 건물정착면적의 5배를 곱하여 산정한 면적 중 넓은 면적을 적용하는 것으로 유권해석(재재산-813, 2006. 7. 11.)하고 있는바, 개정전 법인세법 시행령의 해석과의 형평상 이 사건 조항에 대하여도 주택부수토지의 면적을 산정함에 있어 주택연면적과 건물정착면적의 5배를 곱하여 산정한 면적 중 넓은 면적을 적용해야 함에도, 이 사건 각 과세처분 중 2002사업연도 및 2003사업연도에 관해 건물정착면적을 공동주택의 1층 바닥면적을 뜻하는 것으로 보아 이를 기준으로 법인세를 부과한 것은 위법하다.

(2) 조특법 제63조의2 제2항 제2호 가목 의 규정에 의하여 법인세 감면대상에서 제외되는 토지 및 건물의 양도차익을 산정함에 있어 토지 및 건물을 처분함으로써 발생한 손실은 공제되어야 하며, 원고가 토지 등을 처분함으로써 입은 손실(이하 ‘용지처분손실’이라 한다)이 2003사업연도에는 115,284,848원, 2004사업연도에는 94,055,419원에 달하므로 위 각 용지처분손실이 토지 및 건물의 양도차익에서 공제되어야 함에도, 이 사건 각 과세처분 중 2003사업연도 및 2004사업연도에 관한 부분은 원고의 부동산 양도차익에서 위 각 용지처분손실이 공제되지 않은 채 과세되었으므로 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 주택부수토지의 면적 산정에 관한 주장에 대한 판단

(가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하다고 할 것이다.

(나) 먼저 이 사건 조항의 건물정착면적을 주택연면적으로 보아야 하는지에 관하여 보건대, 조특법 및 조특법 시행령에서 건물이 정착된 면적이라는 용어와 별도로 건물연면적이라는 용어를 구별하여 사용하고 있는 데다가( 조특법 제97조 , 제97조의2 , 제99조 , 제99조의3 , 조특법 시행령 제57조 , 제59조 , 제94조 ) 건물이 정착된 면적은 건물이 토지에 정착된 부분, 즉 1층의 바닥면적이라고 해석하는 것이 문언에도 부합하고, 부가가치세법 시행령, 소득세법 시행령, 개정후 법인세법 시행령 모두 건물정착면적과 건물연면적을 구별하고 있으므로, 이 사건 조항의 건물정착면적을 주택연면적으로 해석할 수 없고, 그 문언에 따라 1층 바닥면적으로 봄이 타당하다.

(다) 다음으로 주택부수토지의 면적을 산정함에 있어 주택연면적과 건물정착면적의 5배를 곱하여 산정한 면적 중 넓은 면적을 적용해야 하는지에 관하여 본다.

살피건대, 법인세법 제55조의2 제4항 , 개정전 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 는 일정한 경우 법인의 토지 등 부동산 양도소득에 대하여 추가법인세를 납부하되 주택신축판매법인이 주택 및 주택부수토지를 양도하는 경우에는 위 추가법인세를 비과세하도록 규정하였는바, 비과세되는 주택부수토지의 면적에 관하여 개정전 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 가 건물정착면적에 5배(도시계획구역 외의 토지의 경우에는 10배)를 곱하여 위 면적을 산정하도록 규정하였다가 개정후 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 는 주택연면적과 건물정착면적의 5배를 곱하여 산정한 면적 중 넓은 면적을 적용하는 것으로 변경되었고, 이에 따라 과세관청이 개정전 법인세법 시행령이 적용되는 사안에 대하여도 개정후 법인세법 시행령에 따른 해석을 하고 있음은 원고의 주장과 같다. 그러나, 법인세법 제55조의2 제4항 , 개정후 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 는 주택신축판매법인에 대해 부동산 양도소득에 대한 추가법인세 납부 의무를 경감하는 과세특례를 규정한 것으로서 조특법 제63조의2 및 이 사건 조항 소정의 법인의 수도권생활지역외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액 감면과는 그 목적과 감면대상을 달리하므로 개정전,후 법인세법 시행령에 대한 과세관청의 해석 기준이 이 사건 조항에 그대로 적용될 수 없는데다가, 개정후 법인세법 시행령 부칙 제25조가 개정후 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제4호 는 그 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있는 점에 비추어 보면, 건물정착면적을 기준으로 주택부수토지의 면적을 산정하도록 규정하고 있는 이 사건 조항의 문언에 반하여 주택연면적과 건물정착면적의 5배를 곱하여 산정한 면적 중 넓은 면적을 적용하여 주택부수토지의 면적을 산정할 수는 없다고 할 것이다.

(2) 용지처분손실을 양도차익에서 공제하여야 한다는 주장에 대한 판단

을 제2호증 내지 을 제5호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 원고는 2003사업연도 손익계산서 작성시 용지처분손실 115,284,848원을, 2004사업연도 손익계산서 작성시 용지처분손실 94,055,419원을 각 영업외비용으로 계상하였고, 그 결과 위 각 사업연도 법인소득금액 산정시 위 각 용지처분손실을 공제한 사실, 피고는 위 각 용지처분손실이 공제된 후의 법인소득금액을 기초로 하여 이 사건 각 과세처분을 한 사실이 인정되는바, 이와 같이 2003년도 및 2004년도의 법인소득금액 산정시 원고 주장의 용지처분손실이 모두 공제된 이상, 위 각 용지처분손실을 이 사건 양도차익에서 다시 차감하는 것은 중복공제로서 허용될 수 없다 할 것이다.

(3) 따라서, 원고의 주장은 모두 이유 없고, 이 사건 각 과세처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 이와 결론을 같이하는 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

주1) 재경부 재산 46014-104, 1998. 5. 21. 주택부수토지 면적 계산시 “건물이 정착된 면적”이란 건물이 정착된 바닥면적으로서 수평투영면적보다 적은 경우에는 수평투영면적을 말함.