가. 청구법인은 2015.3.23. OOO 공동주택용 건축물 180,869㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 신축하고 2015.5.22. 취득세를 신고‧납부한 후, 2016.6.15. 수정신고를 통하여 학교용지부담금 일부와 외주공사비OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO(가산세를 포함)을 신고‧납부하였다.

나. 청구법인은 2019.8.16. 학교용지부담금을 취득세 과세표준에 포함한 것이 「지방세기본법」제20조 제3항의 소급과세금지 원칙에 위배하였다는 이유로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.10.4. 거부통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.11.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2015.3.23. 이 사건 부동산을 신축하였고, 그간 과세관행으로 유지되어 온 행정자치부 질의회신 사례(세정-429, 2005.1.26., 이하 “종전 질의회신”이라 한다)와 감사원 심사결정례(감심 2009-143, 2009.6.25.)에 근거할 때 학교용지부담금은 건축물 신축을 위한 비용으로 볼 수 없다는 내용에 따라 학교용지부담금을 취득세 과세표준에서 제외하여 2015.5.22. 이 사건 부동산에 대한 취득세를 신고‧납부하였다.

이 후 처분청에서 행정자치부가 2015.12.11. 종전 질의회신 내용과 상이하게 학교용지부담금을 취득세 과세표준에 포함한다는 유권해석(지방세운영과-3861, 이하 “이 건 질의회신”이라 한다)을 공표함에 따라 청구법인에게 수정신고를 요청하여 2016.6.15. 학교용지부담금 및 외주공사비 OOO원을 과세표준으로 신고하였으나, 처분청은 2016.12.20. 그 수정신고에 누락된 학교용지부담금 OOO원을 과세표준으로 하여 취득세를 부과하였는바, 이 건 질의회신의 유권해석이 공표되기 전에는 비과세관행이 유지되어 왔고, 새로운 유권해석 이전에 취득세 납세의무가 성립된 부분까지 소급하여 적용하는 것은 「지방세기본법」제20조에 따른 소급과세금지의 원칙에 위배되는 것이므로 처분청이 경정청구를 거부한 처분은 부당하여 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

「지방세기본법」제20조 제3항은 ‘이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위나 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니 한다’고 규정하고 있고, 대법원에서는 위 규정에 해당하기 위해서는 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이르러야 하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적인 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없으며, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 증명책임은 그 주장자인 납세자에게 있다(대법원 2013.12.26. 선고 2011두5940 판결, 같은 뜻임)고 판시하였다.

종전 질의회신에서는 학교용지부담금이 취득세 과세표준에서 제외된다고 하였으나, 2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정된 「지방세법 시행령」제18조 제1항 제3호(이하 “이 건 시행령 조문”이라 한다)에서 의무적으로 부담하는 부담금 등이 취득세 과세표준에 포함되는 것으로 명확히 개정되었는바, 이 건 질의회신은 2010.1.1. 개정된 이 건 시행령 조문 내용을 뒤늦게 반영한 것일 뿐이라 하겠고, 이 건 시행령 조문이 개정된 이후, 학교용지부담금을 과세표준에 포함시키는 과세관행이 반복적으로 일어난 것으로 보아 비과세 관행이 일반적으로 납세자에 받아들여져 있다고 보기 어려우며, 설령 그러한 관행이 있다고 믿었더라도 그 신뢰가 정당하다고 볼 수 없는 점 등을 종합해 볼 때, 경정청구 거부처분이 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

학교용지부담금을 취득세 과세표준에 포함한 것이 소급과세금지의 원칙에 위배되어 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세기본법

제20조【해석의 기준 등】① 이 법 또는 지방세관계법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 지방세를 납부할 의무(이 법 또는 지방세관계법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 지방세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무를 말한다. 이하 같다)가 성립된 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다.

(2) 지방세법

제10조【과세표준】① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.

3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

(3) 지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것)

제82조의3【취득가격의 범위】① 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급 등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

(4) 지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정된 것)

제18조【취득가격의 범위 등】① 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득대금을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

3. 「농지법」에 따른 농지보전부담금,「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용

(5) 학교용지 확보 등에 관한 특례법

제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. "학교용지부담금"이란 개발사업에 대하여 특별시장·광역시장·도지사 또는 특별자치도지사(이하 "시·도지사"라 한다)가 학교용지를 확보하거나, 학교용지를 확보할 수 없는 경우 가까운 곳에 있는 학교를 증축하기 위하여 개발사업을 시행하는 자에게 징수하는 경비(이하 "부담금"이라 한다)를 말한다.

제5조【부담금의 부과ㆍ징수】① 시ㆍ도지사는 개발사업지역에서 단독주택을 건축하기 위한 토지를 개발하여 분양하거나 공동주택을 분양하는 자에게 부담금을 부과ㆍ징수할 수 있다. (단서 생략)

③ 제1항에 따른 부담금 부과·징수의 방법·절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제5조의2【부담금의 산정기준】① 제5조 제1항에 따른 부담금은 공동주택인 경우에는 분양가격을 기준으로 부과하고, 단독주택을 건축하기 위한 토지인 경우에는 단독주택 용지의 분양가격을 기준으로 부과한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에서 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 청구법인은 2015.3.23. 이 사건 부동산을 신축·취득하여 2015.5.22. 취득세를 신고‧납부를 한 후, 2016.6.15. 수정신고를 통하여 학교용지부담금 등 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원(가산세를 포함)을 신고‧납부하였다.

(나) 처분청은 이 사건 부동산의 취득가격에 학교용지부담금 중 OOO원이 과소 신고된 것으로 보아 2016.12.20. 청구법인에게 취득세 등 합계 OOO을 부과·고지하였다.

(다) 청구법인은 2019.8.16. 학교용지부담금을 취득세 과세표준에 포함한 것이 소급과세금지 원칙에 위배하였다는 이유로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.10.4. 거부통지를 하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 종전 질의회신(2005.1.26.)에 따라 학교용지부담금을 취득세 과세표준에서 제외하여 오다가 이 건 질의회신(2015.12.11.)에 따른 새로운 행정해석을 통해 학교용지부담금을 취득세 과세표준에 포함하는 것은 「지방세기본법」제20조 제3항에 따른 소급과세 금지의 원칙 등에 위반되어 부당하다고 주장하나, 2010.1.1. 이 건 시행령 조문의 개정을 통해 학교용지부담금 등 관계법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용을 간접비용으로 보아 취득가격에 포함하도록 규정하였는바, 이 건 질의회신은 위의 개정된 사항을 유권해석으로 확인시킨 것에 불과하다고 볼 수 있고, 종전 질의회신은 위 개정 전의 규정에 대한 유권해석으로 보아야 하며, 이 건 시행령 개정 이후에 법령의 규정과 달리 잘못 과세한 경우가 있다 하더라도 이는 경정의 대상이 될 뿐이고 그러한 사정만으로 과세의 실무관행이 있었다고 보기 어렵다(조심 2018지398, 2018.5.2., 같은 뜻임) 하겠다.

따라서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.