가. 청구인은 2005.2.7. OOO과 OOO에서 의약품 도매업을 영위하는 OOO(이하 “쟁점사업장”이라 하며, 폐업일은 2006.11.30.이다)을 설립하여 OOO의 명의로 사업자등록을 한 후 쟁점사업장의 공동 운영을 시작하였다.

처분청은 쟁점사업장이 2006년 4월 및 5월경 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)으로부터 수취한 의약품 OOO원 상당의 세금계산서 6장(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)을 가공세금계산서로 보아 해당 매입세액을 불공제하여 2012.7.2. 쟁점사업장의 사업자등록 명의자인 OOO에게 2006년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였으나,

OOO은 이에 불복하여 자신에 대한 위 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하였고, 2014.7.10. OOO으로부터 쟁점사업장의 2006.1.1. 이후 실사업자는 청구인이라는 내용의 판결(OOO 2014두4603 판결)을 받았다.

나. 처분청은 위 OOO 판결에 따라 쟁점사업장의 2006.1.1. 이후 실사업자를 청구인으로 확정하고, 청구인이 OOO으로부터 실물거래 없이 사실과 다른 세금계산서를 수취하였다 하여 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하고 해당 금액의 필요경비 불산입하여 2014.11.14.청구인에게 2006년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2006년 귀속 종합소득세 OOO원을 각 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2015.2.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

OOO은 자신에게 부과된 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 행정소송의 소장에서 2006.4.1. 쟁점사업장의 모든 업무를 청구인에게 양도하여 비로소 동업관계가 종료되었으므로 그 이후 쟁점사업장의 실사업자는 청구인이라고 주장하였고, 동업종료 시점과 관련한 청구인의 주장이 위증이라고 고소하였으나 청구인은 검찰에서 무혐의처분을 받았으므로, 청구인과 OOO은 적어도 2006.3.31.까지는 쟁점사업장을 동업(OOO 지분)으로 운영하고 있었다고 보아야 한다.

청구인과 OOO 간의 2006.4.1.자 사업양도·양수계약 이후에는 사실상 쟁점사업장의 매입·매출이 거의 없었으므로, 이 건 부가가치세 및 종합소득세는 2006년 3월까지 쟁점사업장의 매입·매출에 대한 것으로 보아야 할 것이어서, 청구인은 위 사업소득 중 동업지분에 따라 1/2에 대하여만 부가가치세 및 종합소득세 납세의무를 부담함이 타당하다.

또한, 가산세 부과처분과 관련하여, 쟁점세금계산서는 OOO이 동업자로서 내부적으로 분담해야 할 부가가치세액의 납부를 면하고자 청구인 몰래 세금계산서를 받아서 세무신고에 사용하였던 것으로서, 청구인은 이미 동업관계를 종료한 이후였으므로 그 세무신고절차에 전혀 관여하지 아니하였고, 전혀 알지 못하였던 일이므로 청구인에게 가산세를 부과하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

OOO 판결은 2006.1.1. 이후 쟁점사업장의 실사업자는 OOO이 아닌 청구인이라고 사실인정하여 OOO에 대한 부가가치세 부과처분을 취소하였고, 처분청은 위와 같은 법원의 판결 내용을 근거로 쟁점사업장의 대표자를 청구인으로 변경하고 청구인에게 이 건 부가가치세 및 종합소득세를 부과한 것이므로 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구인을 쟁점사업장의 실사업자로 보아 과세한 처분의 당부

② 가산세 부과처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

(2) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것)

제17조 (납부세액) ②다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(3) 소득세법 시행령

제55조 (부동산임대소득 등의 필요경비의 계산) ① 부동산임대소득과 사업소득의 각 연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 다음 각 호의 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용.(이하 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 제시된 심리자료에 의하면, 처분청이 쟁점사업장의 사업자등록 명의자인 OOO에게 한 부가가치세 과세처분에 불복하여 OOO은 행정소송을 제기하였고, OOO은 쟁점사업장의 2006.1.1. 이후 실사업자가 청구인이라는 취지의 판결(OOO 2014.7.10. 선고 2014두4603 판결)을 선고하여 확정된 것으로 나타난다.

(2) 청구인과 OOO의 동업계약 내용에 대하여 받은 인증서(2005.10.17.)의 내용은 다음과 같다.

(3) 청구인과 OOO 간 작성된 사업양수·양도 계약서(2006.4.1.)의 내용은 다음과 같다.

(4) OOO이 작성한 조사보고서(2012.9.26.)의 내용은 다음과 같다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 OOO과 적어도 2006.3.31.까지는 쟁점사업장을 동업으로 운영하였다고 주장하나, OOO의 부가가치세 과세처분에 대한 취소를 구하는 행정소송에서 OOO은 2006.1.1. 이후 쟁점사업장의 실사업자는 청구인이라고 확정한 점, 처분청은 그와 같은 OOO의 확정 판결에 따라 청구인에게 이 건 과세처분을 한 것인바, OOO의 사실인정을 뒤집고 2006.1.1. 이후에도 청구인이 OOO과 동업하였음을 인정할 수 있는 객관적·구체적 증빙이 확인되지 않는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(6) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 것(OOO 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결, 같은 뜻임)인바, 청구인을 쟁점사업장의 2006.1.1. 이후 실사업자로 보는 이상, 청구인이 동업관계를 청산하여 OOO의 쟁점세금계산서 수취 및 세무신고에 관여하지 않았다는 청구주장을 인정하기 어렵고 이를 입증할 수 있는 증빙도 확인되지 않으며, 그 밖에 가산세를 감면할 정당한 사유가 나타나지 않는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.