가.청구인은 2000.2.27. 부친이 사망함에 따라 OOO 토지 1,907㎡(2014.11.10. 분할로 인하여 348㎡가 같은 동 OOO으로, 557㎡가 같은 동 OOO로 각 변경되었음), 같은 동 OOO 토지 397㎡(2014.11.10. 분할로 인하여 70㎡가 같은 동 OOO로, 187㎡가 같은 동 OOO으로 각 변경되었고, 같은 동 OOO 토지와 합하여 이하 “쟁점토지①”이라 한다), 같은 동 OOO 토지 635㎡ 및 같은 동 OOO 토지 103㎡(합계 738㎡로 이하 “쟁점토지②”라 하고, 쟁점토지①과 합하여 이하 “쟁점토지”라 한다)를 상속으로 취득하였다.

청구인은 2005.6.3. OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다) 외 1개 법인(이하 “양수인”이라 한다)과 쟁점토지①의 매매계약(동 계약의 서면을 이하 “쟁점계약서①”이라 한다)을 체결하고 2006.9.20. 잔금을 수취하였으며, 2007.1.31. 양수인과 쟁점토지②의 매매계약(동 계약의 서면을 이하 “쟁점계약서②”라 하고, 쟁점계약서①과 합하여 이하 “쟁점계약서”라 한다)을 체결하고, 2007.2.22. 잔금을 수취하였다.

나.처분청은 2016년 8월 청구인이 쟁점토지②의 양도소득세를 무신고한 사실을 확인하여 이에 대한 해명을 요청하였고 청구인이 동 토지의 양도에 대해 2007.2.22. 잔금청산이 완료되었다고 소명함에 따라 부과제척기간이 경과한 것으로 결과통지를 하였다가, 이후 청구인이 쟁점토지①의 양도소득세를 무신고한 사실을 추가로 확인하여 OOO 유한회사(OOO의 자회사로 쟁점토지의 소유권을 이전받아 동 토지 일대 도시계획시설사업의 시행자가 되었고, 이하 OOO라 한다)로부터 쟁점토지에 대한 매매내용을 확인받았고 OOO시장(이하 “OOO시장”이라 한다)으로부터 쟁점토지가 2010.12.15. 토지거래허가구역에서 해제된 사실을 회신받음에 따라 쟁점토지의 양도소득세에 대한 부과제척기간이 미경과된 것으로 보아 2016.12.20. 청구인에게 양도소득세 2006년 귀속분 OOO원 및 2007년 귀속분 OOO원(합계 OOO원)을 각 결정․고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2017.3.10. 심판청구를 제기하였다.

2.청구인 주장 및 처분청 의견

가.청구인 주장

(1)쟁점토지는 2010년 토지거래허가구역에서 해제되었으나 청구인은 이러한 사실을 알 수 없었고, 양수인의 지속적인 사업 부진으로 개발사업이 계획대로 진행되지 아니하였으며, 쟁점계약서 제3조 제4항에서 “잔금지급 시까지 매수자가 소유권이전에 어려움이 있을 시 (토지거래허가를 득하지 못하는 등) 잔금 중 일부(총 계약금의 1% 이내)를 제외한 나머지 금액을 모두 지급 후 추후 소유권이전 시 나머지 잔금 지급을 한다”고 기재되어 있는바 잔금이 청산되지 않아 소유권이전등기가 이루어지지 않은 상황(양수인은 2016.2.26. 소유권이전등기 전인 2015.12.30. 소유권이전 지연에 따라 발생된 모든 비용을 포함하여 청구인에게 별도의 대금 OOO원을 지급함)에서 양도소득세 신고․납부의무를 이행할 수 없었다.

부동산의 양도시기는 단순히 대금의 대부분이 이전되었는지 여부로 볼 것이 아니라 경제적 실질의 관점에서 그 권리 및 의무에 대한 완전한 이전 여부와 양도물건의 관리․지배의 여부 등을 종합하여 판단하여야 할 것인바, 청구인은 양수인으로부터 2006년 및 2007년 쟁점토지의 매매대금 대부분을 수취하였으나 쟁점토지의 소유권이전등기가 이루어진 2016.2.26.까지 동 토지의 소유권은 청구인에게 귀속되어 있었던 점, 쟁점토지에 대한 재산세 등의 납세의무가 청구인 명의로 계속 이행된 점, 양수인이 개발사업을 진행함에 있어 토지사용 허가신청서, 토지사용 승낙서 등을 청구인 명의로 제출한 점, 청구인이 2015.12.30. 양수인으로부터 소유권이전 지연에 따른 비용(OOO원)을 정산받은 점 등으로 보아 쟁점토지의 양도일은 2015.12.30.로 봄이 타당하다.

처분청은 청구인이 2015.12.30. 수취한 금원이 합의금에 불과하여 양도가액에 포함되지 않는다는 의견이나, 위 금원은 합의금 성격이 아닌 등기 지연에 따른 지연이자 성격으로 보아야 하므로 매매대금에 포함되는 것으로 봄이 타당하다.

(2)가산세는 납세자가 최소한 납세의무를 인지할 수 있는 상황에서 법에 규정된 신고, 납세 등의 의무를 위반한 경우 부과되어야 할 것이나, 청구인은 토지거래허가구역 해제 당시 해제 여부에 대해 아무런 통보를 받지 못하였고, 해제 후 소유권이전등기도 이루어지지 않은 상황에서 전문가가 아닌 청구인이 양도소득세 신고의무(토지거래허가구역 내 토지의 양도에 대한 세법상 신고시기는 잔금청산일 또는 등기접수일이 아닌 토지거래허가구역 해제일을 기준으로 판단하여야 함)를 인지한다는 것은 매우 어려운 상황이었다.

청구인은 법령의 부지, 착오나 고의로 이 건 양도소득세 신고의무를 불이행한 것이 아니라 쟁점토지의 매매계약 체결 후 토지거래허가구역 해제에 3～4년 이상이 걸렸고, 동 해제에 대한 통지 등 어떠한 정보도 취득할 수 없는 특수한 상황과 양수인의 소유권이전등기 지연 등에 따라 불가피하게 양도소득세 신고의무를 이행할 수 없었던 것인바 청구인이 양도시기를 매매대금 대부분을 지급받은 2006년 및 2007년으로 보아 양도소득세를 신고․납부하는 것은 사실상 불가능하므로 가산세를 부과한 처분은 부당하다.

(3)쟁점토지①의 양도일을 2006.9.20.로 본다면, 동 토지는 투기지정지역 내에 소재하므로「소득세법」(2012.1.1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것) 제96조 제2항에 따라 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여야 하나「조세특례제한법」(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제85조는 투기지정지역 내의 공익사업용 부동산인 경우 기준시가로 양도차익을 산정하는 특례제도를 규정하고 있는바, 양수인은 도시개발사업의 사업시행자로「도시개발법」에 따라 쟁점토지①에 주택을 건설하므로 동 토지를 「조세특례제한법」제85조에 따른 공익사업용 부동산으로 봄이 타당하고, 처분청은 쟁점토지①의 양도 당시 양수인이 사업시행자의 지위에 있지 않았다는 의견이나 양수인이 당시 쟁점토지 일대에 대해 사실상 사업시행자의 지위에 있었음에도 행정절차상의 문제로 사업시행자의 지위를 공고하는 것이 지연된 것일 뿐이므로 양도차익을 기준시가로 계산함이 타당하다.

나.처분청 의견

(1)청구인은 쟁점계약서 제3조 제4항을 근거로 양도시기가 2015.12.30.이라고 주장하나, 양수인이 잔금에서 제외하여 지급한 금액이 없고, 쟁점토지①은 2006.9.20., 쟁점토지②는 2007.2.22. 이미 대금청산이 각 완료되었으므로 양도소득세의 납세의무는 이미 성립되었으며, 대금 청산시기에 토지거래허가구역으로 지정되어 있다가 2010.12.15. 해제되어 신고․납부시기가 연장된 것뿐이므로 청구주장은 이유 없다.

또한, 청구인이 2015.12.30. 잔금으로 수취하였다고 주장하는 OOO원은 소유권이전 지연에 따른 재산세 등 제세공과금 대납 금액으로 지급받은 합의금인바 이를 「소득세법」제21조에 따라 기타소득으로 구분하는 것은 별론으로 하더라도 쟁점토지의 매매대금과 별도로 지급받은 합의금에 불과하므로 쟁점토지의 양도시기는 매매대금이 청산된 2006.9.20. 및 2007.2.22.로 봄이 타당하다.

(2)청구인은 토지거래허가구역 내에 존재하는 토지의 경우 법률상 미완성의 법률행위로서 소유권 등 권리의 이전에 관한 계약의 효력이 전혀 발생하지 않게 되고 추후 허가를 받거나 토지거래허가구역에서 해제되는 경우 잔금청산일 또는 소유권이전등기일로 소급하여 양도의 효력이 발생하여 쟁점토지의 매매계약 및 토지거래허가구역이 해제되고 나서 소유권등기가 이루어지는 특수한 상황을 고려할 때 가산세를 부과하는 것은 과도하다고 주장하나, 「소득세법」제110조에 따라 토지거래허가구역 해제일로부터 신고․납부기한을 경과하여 양도소득세 무신고 시 무신고․납부불성실 가산세를 부과하는 것은 정당하고 토지거래허가구역 해제에 대한 통지를 받지 못한 점에 대해 입증되지 않으며 전문가가 아니라는 점은 주관적인 견해에 불과하므로, 청구인에게 신고․납부의무를 이행하지 않은 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

(3)청구인은 쟁점토지①에 대해 「조세특례제한법」제85조에 따라 공익사업용 부동산인 경우 기준시가로 과세하는 특례 적용대상에 해당한다고 주장하나,「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도했다는 객관적인 증빙자료가 없을 뿐만 아니라, 양수인이 쟁점토지 매매대금의 청산이 완료된 이후 도시계획시설 사업의 시행자로 지정된 사실(OOO시 고시 제2014-48호, 2014년 3월)이 확인되는바 쟁점토지①의 대금 청산일인 2006.9.20. 당시에는 양수인이 사업시행자의 지위가 있었다고 볼 수 없으므로 투기지정지역 내의 쟁점토지①의 양도차익을「소득세법」(2012.1.1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것) 제96조에 따라 실지거래가액으로 계산함이 타당하다.

3.심리 및 판단

가.쟁점

①쟁점토지의 양도일을 2006.9.20. 및 2007.2.22.로 할 것인지 아니면 2015.12.30.로 할 것인지 여부

②쟁점토지에 대한 양도소득세 신고․납부의무를 이행하지 아니한 것에 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

③쟁점토지①이 「조세특례제한법」제85조에 따른 투기지정지역 내 공익사업용 부동산에 해당하므로 기준시가로 양도차익을 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

나.관련 법령 : ＜별지＞ 기재

다.사실관계 및 판단

(1)청구인 및 처분청이 제출한 자료에 대하여 살펴본다.

(가)쟁점토지의 등기부등본에 따르면, 쟁점토지는 1959.1.24. 호주상속을 원인으로 1991.12.14. OOO(청구인의 부친)에게 소유권이전등기되었고, 2000.2.27. 협의분할에 의한 상속을 원인으로 2002.7.25. 청구인에게 소유권이전등기되었다가 2005.6.3.(쟁점토지①) 및 2007.1.31.(쟁점토지②) 매매를 원인으로 2016.2.26. OOO에게 소유권이전등기된 것으로 나타난다.

(나)청구인(양도인, 갑)과 OOO 외 1개 법인(양수인, 을)이 작성한 쟁점계약서①(2005.6.3.)의 주요내용은 다음 ＜표1＞과 같다.

(다)청구인(양도인, 갑)과 OOO 외 1개 법인(양수인, 을)이 작성한 쟁점계약서②(2007.1.31.)의 주요내용은 다음 ＜표2＞와 같다.

(라)OOO은행(현 OOO은행)의 입금증에 따르면, OOO의 계좌에서 2005.6.7. 및 2005.11.3. 각 OOO원(쟁점토지①의 계약금 및 중도금)이 청구인에게 지급된 것으로 나타나고, 청구인의 확인서 및 수표 사본에 따르면, 청구인은 2006.9.20. 쟁점토지①의 잔금 OOO원을 수취하였음을 확인하였다.

(마)OOO은행(현 OOO은행)의 입금증에 따르면, OOO가 2007.2.2. OOO원(쟁점토지②의 계약금)을, 2007.2.22. OOO원(잔금)을 청구인의 계좌로 각 송금한 것으로 나타난다.

(바)OOO시장이 2014.3.7. 고시한 쟁점토지가 포함된 ‘OOO 도시계획시설사업 실시계획인가 고시’(제2014-48호)에 따르면,「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제86조에 따라 OOO 도시계획시설사업의 시행자를 ‘OOO’(이후 ‘OOO’로 변경됨)로 지정한 것으로 나타난다.

(사)처분청의 토지거래허가 지정일 및 해제일 조회에 대한 OOO시장의 회신 공문(2016.11.11.)에 따르면, 쟁점토지의 토지거래허가구역 지정일은 2002.11.20., 해제일은 2010.12.15.로 각 나타난다.

(아)OOO가 2016년 11월 처분청에 송부한 회신문에 따르면, OOO는 OOO의 자회사로 쟁점토지①에 대해서는 2006.9.20., 쟁점토지②에 대해서는 2007.2.22. 잔금 전액을 각 지급하였고 쟁점토지가 2009.1.30. 토지거래허가구역에서 해제됨에 따라 소유권이전등기를 진행하려 하였으나 전반적인 부동산 경기 침체로 OOO이 기업회생을 신청하여 사업이 중단되었으며 2012년경부터 사업 정상화에 노력함에 따라 2016년에서야 비로소 쟁점토지에 대한 소유권이전등기를 완료하여 주택건설사업을 진행할 수 있었음을 확인하였다.

(2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 2015.12.30. 쟁점토지의 잔금 일부를 수취하였으므로 그 날을 양도일로 보아야 한다고 주장하나, 금융기관의 입금증 및 청구인의 확인서 등에 따르면 청구인이 쟁점토지①은 2006.9.20., 쟁점토지②는 2007.2.22. 잔금을 각 수취함으로써 쟁점계약서에 따른 매매대금의 지급이 완료된 점, OOO는 2006.9.20. 및 2007.2.22. 쟁점토지의 잔금을 전액 지급하였고 2009.1.30. 동 토지의 토지거래허가구역 해제로 소유권이전등기를 진행하려 하였으나 사업중단 등으로 인해 지연되었다고 답변한 점, 청구인이 2015.12.30. 수취한 금원(OOO원)은 쟁점토지의 매매대금(OOO원)에 비해 미미하고 소유권이전의 지연에 따른 재산세 등 제세공과금 대납 금액 등에 해당하여 잔금으로 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점토지의 양도일을 2006.9.20. 및 2007.2.22.로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(3)다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지에 대한 양도소득세 신고․납부의무를 이행하지 아니한 것에 정당한 사유가 있다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세 등의 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지․착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하는 것이 아닌바 청구인이 쟁점토지의 양도시기를 인지하지 못하여 양도소득세를 무신고한 것은 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유로 보기 어려우므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(4)다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지①의 양도일을 2006.9.20.로 보는 경우 동 토지가 「조세특례제한법」제85조에 따른 투기지정지역 내 공익사업용 부동산에 해당하므로 기준시가로 양도차익을 산정하여야 한다고 주장하나, OOO시 고시(제2014-48호)에 따르면 양수인이 쟁점토지 일대의 도시계획시설 사업시행자로 지정된 것은 2014년 3월인바, 쟁점토지①의 대금 청산일인 2006.9.20. 당시에는 양수인이 사업시행자의 지위가 있었다고 볼 수 없으므로 청구주장을 받아들일 수 없다고 판단된다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 관련 법령

【쟁점①】

소득세법

제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

제105조(양도소득과세표준 예정신고) ① 제94조 제1항 각 호(같은 조 같은 항 제5호는 제외한다)에서 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항에 따라 계산한 양도소득과세표준을 다음 각 호의 구분에 따른 기간에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월. 다만,「부동산 거래신고 등에 관한 법률」제10조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 양도할 때 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월로 한다.

제110조(양도소득과세표준 확정신고) ① 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서에 해당하는 경우에는 토지거래계약에 관한 허가일이 속하는 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

【쟁점②】

국세기본법

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

【쟁점③】

(1)소득세법(2012.1.1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것)

제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 그 자산의 양도 당시의 기준시가에 따른다.

7. 제104조의2 제2항에 따른 지정지역에 있는 부동산인 경우

제104조의2(지정지역의 운영) ① 기획재정부장관은 해당 지역의 부동산 가격 상승률이 전국 소비자물가 상승률보다 높은 지역으로서 전국 부동산 가격 상승률 등을 고려할 때 그 지역의 부동산 가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있는 경우에는 대통령령으로 정하는 기준 및 방법에 따라 그 지역을 지정지역으로 지정할 수 있다.

② 제96조 제2항 제7호 및 제104조 제4항 제1호부터 제3호까지의 규정에서 "지정지역에 있는 부동산"이란 제1항에 따른 지정지역에 있는 부동산 중 대통령령으로 정하는 부동산을 말한다.

(2)조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것)

제85조(지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례) 거주자가 「소득세법」제104조의2 제1항의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각 호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 「소득세법」제104조의2 제1항의 규정에 의한 지정지역 지정후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 「소득세법」제104조의2 제1항 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 「소득세법」제96조 제2항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구를 지정한 날

2. 산업입지및개발에관한법률 제7조의3의 규정에 의하여 산업단지 등을 지정한 날

3. 지역균형개발및지방중소기업육성에관한법률 제4조의 규정에 의하여 광역개발권역을 지정한 날

4. 주한미군(대한민국과미합중국간의상호방위조약에 의하여 대한민국에 주둔하는 미합중국 군대를 말한다)의 기지이전과 관련하여 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제15조의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날

5. 제1호 내지 제4호외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날

(3)조세특례제한법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것)

제79조의2(지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례) ① 법 제85조 제5호에서 "그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날"이라 함은 별표 7의 기준시가 과세기준일을 말하며, 기준시가 과세기준일이 없는 경우에는「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 말한다.

② 법 제85조의 규정을 적용함에 있어서 거주자가 부동산을 상속받은 경우에는 피상속인이 취득한 날을 거주자가 취득한 날로 본다.