2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 3. 13. 원고에게 한 2013. 3. 6.자 000,000,000원의 세액환급 감액경정청구에 대한 거부처분 중 000,000,000원의 세액환급 감액경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

가. 원고는 2008년 및 2009년에 국가 등으로부터 연구개발 국고보조금(이하 '국고보조금'이라 한다) 0,000,000,000원을 지급받아, 연구개발비로 2009년도에 0,000,000,000원, 2010년도에 0,000,000,000원, 2011년도에 000,000,000원(이 중 국고보조금으로 지출한 2010년도 연구개발비를 '이 사건 연구개발비'라 한다)을 지출하였다.

나. 원고는 2011. 3. 31. 2010 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서 이 사건 연구개발비와 자비(自費)로 투입한 연구개발비를 합한 합계 0,000,000,000원을 연구ㆍ인력개발비 세액공제액으로 신고하였다.

다. 피고는 원고에게 이 사건 연구개발비가 세액공제대상이 아니다는 이유로 수정신고 할 것을 안내하였고, 이에 따라 원고는 2012. 12. 31. 연구ㆍ인력개발비 세액공제액을 000,000,000원으로 하는 법인세 과세표준 및 세액 수정신고서를 제출하여, 위 금액을 세액공제액으로 환급받았다.

라. 이후 원고는 다시 이 사건 연구개발비를 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 9921호로부 개정된 것, 이하 '구 조세특례제한법'이라 한다) 소정의 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상으로 보아 2013. 3. 6. 피고에게 연구ㆍ인력개발비 세액공제액을 0,000,000,000원으로 하여 법인세 과세표준 및 세액의 경정청구서를 제출하고 000,000,000원(= 0,000,000,000원 − 이미 세액공제받은 000,000,000원)의 세액환급청구를 하였다.

마. 그러나 피고는 '이 사건 연구개발비는 국고보조금에서 투입된 것이므로 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상으로 볼 수 없다'는 이유로 2013. 3. 13. 원고의 위 경정청구에 대한 거부처분을 하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다)

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 4. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2013. 10. 22. 기각되었다.

사. 한편, 피고는 2013. 4.경 연구개발비 사용내역과 감면대상금액을 재계산하여 원고의 2010 사업연도 연구ㆍ인력개발비 세액공제에 관하여 감액경정결정으로000,000,000원을 추가로 세액공제하여 환급하였다.

아. 이에 원고는 2010 사업연도의 이 사건 연구개발비를 포함하여 스스로 계산한 세액공제액 0,000,000,000원에서 이미 세액공제로 환급받은 000,000,000(=000,000,000원+ 000,000,000원)을 제외한 000,000,000원 부분에 대한 세액 공제액 경정거부처분을 다투고 있다.

인정근거갑 제2호증 내지 갑 제8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

① 자비(自費)가 아닌 국고보조금으로 지출한 연구ㆍ인력개발비 부분의 세액공제를 배제하는 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정된 것, 이하 '구 조세특례제한법 시행령'이라 한다) 제9조 제8항(이하 '이 사건 신설규정'이라 한다)이 2010. 2. 18.에 신설되었음에도, 이를 2010. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도(즉, 2010 사업연도)부터 적용하도록 한 것은 과세연도 도중에 세법의 관련 법령이 개정되는 경우로 이른바 부진정소급입법에 해당하는바, 이 사건 신설규정으로 인하여 원고는 2008년, 2009년에 이미 지급받은 국고보조금을 2010년에 연구개발비 등으로 지출할 경우 이 부분에 대하여 세액공제를 받지 못하게 되어 재정적 손해가 극심한 반면, 그 공익적 목적은 단지 세액공제 혜택을 줄여 과세재원을 추가 확보한다는 것에 불과하다. 따라서 위 공익상의 요구보다 원고의 사익이 더 보호가치가 있다고 인정되므로 원고의 기존 법령에 대한 신뢰를 보호하여 이 사건 신설규정의 적용은 제한되어야 한다.

② 원고의 2010 사업연도의 법인세 세액 계산과 관련하여, 이 사건 신설규정으로 인하여 이 사건 연구개발비에 관한 세액공제가 배제됨에 따라 2010년 이전에 국고보조금을 지급받아 2010년 이전에 이미 연구개발비로 모두 지출하여 그에 대한 세액공제를 받은 다른 회사와 불합리하게 차별되는 결과를 가져오므로, 이에 근거한 이 사건 처분은 평등원칙에도 반한다.

③ 이 사건 신설규정을 해석함에 있어, 2010년 이전에 이미 지급받은 국고보조금을 2010년도에 연구개발비 등으로 지출하는 경우에까지 세액공제 대상에서 제외한다고 해석하는 것은 조세법률주의 원칙에 따른 조세법규의 해석에 반하고, 국세기본법제18조 제1항에서 명시하고 있는 납세자의 재산권을 부당하게 침해하는 것이다.

④ 이 사건 신설규정으로 인하여 이전의 법령에 의해 세액 공제되는 금액보다 세액 공제를 적게 받게 되어 더 많은 금액의 조세를 납부하게 되는 결과를 초래하므로, 이 사건 신설규정은 조세의 부과와 직접적인 연관이 있다. 따라서 조세법률주의 원칙상 국회의 입법에 의한 법률에 의하여 제정되어야 하고, 그러한 법률 없이 이 사건 신설규정을 대통령령으로 바로 규정하는 것은 조세법률주의 원칙 및 위임입법의 원칙에 반한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고의 첫 번째 주장에 대한 판단

행정처분은 그 근거 법령이 개정된 경우에도 경과규정에서 달리 정함이 없는 한 처분 당시 시행되는 개정법령과 그에 정한 기준에 의하는 것이 원칙이고, 그 개정 법령이 기존의 사실 또는 법률관계를 대상으로 하면서 국민의 재산권과 관련하여 종전보다 불리한 법률효과를 규정하고 있는 경우에도 그러한 사실 또는 법률관계가 개정법령이 시행되기 이전에 이미 완성 또는 종결된 것이 아니라면 이를 헌법상 금지되는 소급입법에 의한 재산권 침해라고 할 수는 없으며, 그러한 개정 법령의 적용과 관련하여서는 개정 전 법령의 존속에 대한 국민의 신뢰가 개정 법령의 적용에 관한 공익상의요구보다 더 보호가치가 있다고 인정되는 경우에는 그러한 국민의 신뢰를 보호하기 위하여 그 적용이 제한될 수 있는 여지가 있을 따름이다. 그리고 그러한 신뢰보호의 원칙은 위배 여부를 판단하기 위해서는 한편으로는 침해받은 이익의 보호가치, 침해의중한 정도, 신뢰가 손상된 정도, 신뢰침해의 방법 등과 다른 한편으로는 개정 법령을 통해 실현하고자 하는 공익적 목적을 종합적으로 비교ㆍ형량하여야 한다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2009두8918 판결 등 참조).

이러한 법리에 비추어 이 사건 신설규정을 살펴보면, 이 사건 신설규정은 2010. 2. 18.에 신설되었고, 그 시행시기에 대하여는 부칙 제2조에서 2010. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도부터 적용하는 것으로 규정하고 있는데, 이는 이미 완성되었거나 종결된 조세법률관계에 대하여 소급적용하는 것은 아니지만(법인세의 경우 과세기간 종료시인사업연도 종료시가 조세채무의 성립시 인바, 이 사건의 경우 2010. 12. 31. 법인세 조세채무의 성립시기가 된다고 할 것이다) 과세연도 도중에 세법의 관련법령이 개정되는것으로 일종의 부진정소급입법에 해당하고, 이로 인한 원고의 신뢰이익의 침해가 어느정도는 예상된다.

그러나 ① 조세특례제한법은 조세의 감면 특례뿐만 조세의 중과 등 조세특례와 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 과세의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행함으로써 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적을 하고 있는 점, ② 감면에 대한 기대와 신뢰는 본래부터 영구적인 것이 아니라 법령의 개정에 따라 신축적ㆍ잠정적ㆍ일시적인 것에 불과한 점, ③ 원고 스스로도 2010 사업연도의 법인세 조세채무의 성립시점은 2010. 12. 31.임은 알고 있었다 할 것이고, 또한 조세법령의 특성상 경제적 상황 등에 따른 관련법령의 개정도 어느 정도 예상할 수 있었던 것으로 보이는 점, ④ 국고보조금을 재원으로 한 연구개발비를 세액공제에서 제외하고자 하는 이 사건 신설규정의 취지가직접 기업의 자비(自費)로 연구개발비에 지출한 경우와 달리 국고보조금으로 연구개발비에 지출한 경우 중 세액 공제의 대상에서 제외시켜 조세재원을 확보하고 그로 인한 조세재원을 다른 새로운 업체의 국고보조금 등으로 사용하거나 다른 국가정책의 재원으로 사용하는 등의 조세정책의 효율성을 기하기 위한 것으로 공익적 성격이 짙은 점 등에 비추어 보면, 설령 원고가 이 사건 연구개발비를 지급받은 시점 내지 지급받은 국고보조금을 연구개발비로 일부 사용하던 시점(2012. 1.경) 당시 시행되던 구 조세특례제한법 및 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것)에 따라 이 사건 연구개발비를 연구ㆍ인력개발비 세액공제의 대상이 된다고 신뢰하였다고 하더라도, 원고의 그와 같은 신뢰가 이 사건 신설규정의 적용에 따른 공익상의 요구와 비교ㆍ형량하여 더 보호가치 있는 신뢰에 해당하지도 않는다 할 것이어서, 이 사건 신설규정의 적용이 제한되어야 한다고 볼 수 없다.

따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 원고의 두 번째 주장에 대한 판단

헌법 제11조 제1항의 평등의 원칙이 세법 영역에서 구현된 것이 조세평등주의로서, 이는 조세의 부과와 징수는 납세자의 담세능력에 상응하여 공정하고 평등하게 이루어져야 하고 합리적인 이유 없이는 특정의 납세의무자를 불리하게 차별하거나 우대하는 것은 허용되지 아니한다는 원칙이다. 다만 합리적인 이유가 있는 경우에는 납세자 간의 차별취급도 예외적으로 허용된다고 할 것인데, 세법의 내용을 어떻게 정할 것인가에 관하여는 입법자에게 광범위한 형성의 자유가 인정되고, 오늘날 조세입법자는 재정수입의 확보라는 목적 이외에 국민경제적, 재정정책적, 사회정책적 목적달성을 위하여 여러 가지 관점을 고려할 수 있기 때문이다.

이 사건으로 돌아와 보건대, 이 사건 신설규정으로 인하여, 2009년에 국가로부터 보조금을 지급받은 회사가 2009년 한해에 국고보조금을 연구개발비를 모두 사용하였을 경우와 2009년에 연구개발비를 다 사용하지 못하고 2010년에 잔여 보조금을 연구개발비로 사용한 경우 양자 사이에 세액 공제의 차이가 나는 결과가 발생한 것은 사실이다.

그러나, 입법자는 당시의 경제적 상황에 따라 조세 재원을 확보하기 위하여 세액 공제의 범위에 관하여 광범위한 재량권을 가지고 조세정책을 추진할 수 있다 할 것이고 그 시행시기에 관하여도 형성의 자유를 가진다 할 것이며, 이에 따라서 이 사건 신설규정 역시 연구개발비에 대한 기존의 세액 공제 혜택을 일부 배제하여 조세 재원을 확보함으로써 보다 효율적으로 국가 정책을 추진하기 위한 공익적 목적 하에 입법되었다 할 것이다. 결국 개정법령의 시행으로 인하여 위와 같이 세액공제의 차이가 나는 것을 가지고 합리적 근거 없는 차별이라고 보기 어렵다(만약 이러한 경우를 평등원칙에 위반한다고 본다면, 개정 법령의 시행은 원천적으로 제한적일 수밖에 없게 된다).

따라서 평등원칙을 위반을 전제로 하는 원고의 위 주장 역시 이유 없다.

3) 원고의 세 번째 주장에 대한 판단

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

위와 같은 법리에 비추어 이 사건을 살펴보면, ① 이 사건 신설규정인 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제8항은 '법 제10조의2에 따른 연구개발출연금 등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액은 법 제10조 제1항에 따른 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비 및 일반연구ㆍ인력개발비를 산정할 때 제외한다'고 규정하고 있고, 부칙 제2조 제1항은 '2010. 1. 1. 이후 개시되는 과세연도부터 적용한다'고 정하고 있으며,구 조세특례제한법 제10조 제1항은 원칙적으로 연구개발비 지출시점을 그 연구개발비 세액공제의 과세연도로 정하고 있는 점, ② 2010년 이전에 지급받은 국고보조금을 2010. 1. 1. 이후에 연구개발비로 지출한 경우 이를 세액공제대상으로 한다는 별도의 규정이 없는 점, ③ 앞서 본 바와 같이 이 사건 신설규정의 취지가 국고보조금으로 연구개발비에 지출한 경우 세액공제의 대상에서 제외시켜 조세재원을 확보하려는 조세정책의 효율성을 기하기 위한 공익적 성격이 짙은 점 등을 종합해 볼 때, 조세법률주의 원칙에 따른 조세법규의 해석상 원고와 같이 2009년도에 지급받은 국고보조금을 2010년도에 지출한 경우에도 이 사건 신설규정 등의 법문대로 세액공제의 대상으로 볼 수 없다고 해석함이 상당하고, 이와 달리 해석할 합리적 이유나 특별한 사정을 찾아 볼 수 없다.

따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

4) 원고의 네 번째 주장에 대한 판단

헌법 제38조와 제59조가 규정하고 있는 조세법률주의는 과세요건 법정주의와 과세요건 명확주의를 핵심내용으로 하는 것으로 과세요건을 법률로 명확하게 규정함으로써 국민의 재산권을 보장하고 동시에 국민의 경제생활에 법적 안정성과 예측 가능성을 보장하는 것을 그 이념으로 하고 있다. 그러나 조세법률주의를 지키면서도 경제현실의 변화나 전문적 기술의 발달 등에 즉응하여야 하는 세부적인 사항에 관하여는 국회가 제정한 형식적 법률보다 탄력성이 있는 행정입법에 이를 위임할 필요가 있다.

이 사건으로 돌아와 보건대, ① 구 조세특례제한법 제10조 제1항은 기업에서 연구ㆍ인력개발에 투자하는 것을 장려하기 위하여 이 부분에 관하여 일정 부분 세액 공제의 혜택을 부여하고 있는데, 모든 연구ㆍ인력개발비에 대해서 일률적으로 세액공제를 하기 보다는 연구ㆍ인력개발비의 종류를 분류하고, 경제상황의 변천, 조세정책의 방향, 관련 법규 등에 대응하여 그 공제 대상이 되는 범위를 탄력적ㆍ유동적으로 규율할 필요가 있는 점 ② 국회가 제정하는 법률에서 위와 같은 사항을 열거하여 망라하기는 부적절할 뿐만 아니라 그 세액공제의 대상이 되는 연구ㆍ인력개발비의 구체적인 범위를 선정하는 작업 역시 전문적ㆍ기술적ㆍ가변적이므로 하위법령에 위임할 필요성이 있는 점, ③ 또한 구 조세특례제한법 제10조 제1항의 규정의 형식 및 내용에 비추어 보면, 국민들 역시 충분히 대통령령에 세액공제의 대상에서 배제되는 연구ㆍ인력 개발비가 존재함은 예측가능하다고 보이는 점, ④ 구 조세특례제한법 제10조 제1항 역시 위와 같은 점을 고려하여 연구ㆍ인력개발비 중 세액 공제의 대상이 되는 범위를 대통령령에 일정 부분 위임한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 신설규정이 조세법률주의 및 위임입법의 한계(혹은 포괄위임금지의 원칙)에 위배된다고 볼 수 없다.

따라서 원고의 위 주장 또한 이유 없다.

5) 결국, 이 사건 연구개발비를 연구ㆍ인력 개발비 세액 공제의 대상에서 제외하여 원고의 세액환급 감액경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.