가. 청구인들은 2017.4.26. OOO(이하 “매수인들”이라 한다)에게 OOO주식회사의 발행주식 520만주(100% 지분, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO매도하는 주식매매계약을 체결한 후 2017.8.17. 각자의 지분에 따라 배분받은 양도가액을 기준으로 양도소득세 및 증권거래세를 신고․납부하였다.

이후 청구인 OOO2019.7.30. 매수인들의 대표자인 OOO과 협의하여 쟁점주식 매매대금을 당초 OOO(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 감액하는 내용의 ‘주식매매대금 조정합의서’를 작성하였고, 청구인들은 이를 근거로 2019.10.19. 증권거래세에 대한, 2019.12.10. 양도소득세에 대한 경정청구를 각각 제기하였다.

나. 처분청은 청구인들의 경정청구에 대하여 검토한 결과, 당초 주식매매계약서에 감액조항이 포함되어 있지 아니하므로 쟁점금액은 주식매매가액과는 별도의 채무이행에 따른 손실액에 해당하여 당초 주식매매가액 자체를 변경한 것으로 볼 수 없다 하여 2019.12.26. 청구인들의 경정청구를 거부하였는바, 이 건 경정청구 처리결과통지서의 송달내역 등은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 경정청구 처리결과통지서 송달내역 등

다. 청구인들은 이에 불복하여 2020.3.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구인들 주장

쟁점주식 매매대금에 대한 감액금액인 OOO당초 주식매매계약에 따라 매각예정부동산의 매각손실액을 반영한 것으로, 이를 고려하여 매수인들과 최종적인 주식매매가액을 합의하였으므로 처분청이 쟁점금액을 별도의 채무이행에 따른 손실액으로 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 부당하다.

(1) 처분청은 당초 주식매매계약서에 주식매매대금에 대한 감액조항이 없다는 의견이나, 당초 주식매매계약서에는 주식매매대금에 대한 감액조항이 명백하게 약정되어 있고, 이에 따라 조정된 감액금액이 쟁점금액이다.

당초 작성된 주식매매계약서 제3조 제3.3항에는 제8.8항(매각예정부동산의 매각)에 따른 손실액 이행을 위하여 주식매매대금의 “잔금” 중 일부에 대하여 그 지급을 “유보”OOO하도록 하는 내용이 있고, 제8.8항 다호에서 매수인들은 본 항 및 별첨 8.8-나(매각예정부동산 매각업무의 내용 및 조건) 소정의 내용 및 조건에 따라 매각예정부동산의 매각업무를 완료하지 못한 경우, 별첨 8.8-나에 정한 방법에 따라 산정된 손실액을 매수인에게 지급하여야 한다고 약정하고 있다.

따라서 본 매매계약서상 유보된 OOO명확히 매매대금의 “잔금”으로 표기되어 있어서 주식매매대금의 일부임을 명확히 밝히고 있고, 쟁점법인 소유 부동산의 매각에 따라 산정된 손실액은 회사의 가치 즉, 주식매매대금에 반영되어 “유보된 잔금”에서 매수인에게 반환되므로 주식매매대금의 “감액”임이 명백하게 확인된다.

(2) 처분청은 이 건 조정합의서에 의하여 감액한 쟁점금액을 주식매매대금과 별도의 채무이행에 따른 것으로 보고 있으나, 당초 주식매매계약서 제3조 제3.3항에 따라 유보된 OOO명확히 매매대금의 “잔금”으로 표기되어 있어서 주식매매대금의 일부임이 분명하고, 산정된 손실액은 “유보된 잔금”에서 매수인에게 반환되므로 주식매매대금에서의 “감액”임을 명백히 하고 있다. 여기서 손실액은 부동산매각에 따른 손실액을 나타내며 이러한 손실액을 반영하여 최종 주식매매대금을 산정하도록 계약서상 약정한 것이므로, 주식매매대금과 별도의 채무이행에 따른 것으로 볼 수 없다.

결국 계약 당시 쟁점법인 소유 부동산가액의 이견으로 회사가치, 즉 주식매매가액 산정이 어렵게 되자 부동산을 매각하여 확정된 부동산처분가액을 감안하여 회사가치 및 주식매매가액을 산정하도록 매매계약서에 근거 조항을 두었고, 이에 따라 제8조 합의사항, 제8.8항 매각예정부동산의 매각, 별첨 8.8-나 매각예정부동산의 매각업무의 내용 및 조건을 약정하였으며 이로 인하여 발생한 손익을 주식매매가격에서 조정하였고, 이러한 사실을 명확하게 할 목적으로 최종 합의서를 작성한 것이므로 쟁점금액은 명백히 주식매매대금과 관련된 것이다.

한편 조정합의서의 OOO감액은 기존 매매계약서 조항에 따라 발생하여 감액한 OOO일치하므로 이 건 조정합의서는 기존계약서를 확인하는 합의서로 봄이 타당하다.

(3) 처분청은 손실액의 지급을 담보하기 위하여 금 OOO유보한다고 기재되어 있을 뿐 당초 주식매매계약서는 청구인이 주장하는 주식매매대금을 감액․변경할 수 있다는 조항이 전혀 없다는 의견이나, 손실액의 지급반환을 담보하기 위한 금액은 총 OOO이다. 즉, 매각예정부동산의 매각에 따른 손실이 OOO초과할 경우 그 초과액은 추가 OOO에서 반환되도록 규정되어 있어서 매각에 따른 유보액은 사실상 OOO이다. 또한, 이미 계약서 조항은 부동산매각에 따른 손실과 일반손실 발생시 유보된 “잔금” OOO“반환”할 수 있도록 작성되어 있었다. 계약서에 “감액”이란 용어가 없다고 하더라도 사실상 “손실에 따른 지급” 또는 “손실에 따른 반환”이란 문구가 “감액”을 의미하므로, 사용한 용어가 다르다 하여 실질적으로 발생한 사실을 없다고 보는 것은 불합리하다.

한편 처분청은 “매도인들과 매수인들은 본 계약 체결 이후, 조정합의서에서 주식매매대금을 조정하기로 합의한다”고 하여 추후에 변경한 것으로 보고 있으나, 조정합의서가 작성되지 아니하였다 하더라도 기존 계약서 조항에 따라 주식매매대금은 조정․반환될 수밖에 없었다. 즉, 조정합의서를 작성하지 아니하였다 하더라도 매수인들은 기존 매매계약서에 따라 OOO반환을 주장하였을 것이며, 청구인들은 이에 따를 수밖에 없었을 것이다. 따라서 조정합의서는 향후 발생할 수 있는 추가적 문제를 방지하기 위하여 작성한 문서일 뿐 청구인들은 기존 계약에 따라 주식매매대금을 감액․반환한 것이다.

나. 처분청 의견

쟁점금액은 당초 주식매매계약서의 약정에 따라 매각예정부동산의 매각손실액을 반영한 금액이므로, 처분청이 쟁점금액을 별도의 채무이행에 따른 손실액으로 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

(1) 청구인들은 당초 작성된 주식매매계약서의 제3조 제3.3항(주식매매대금 일부에 대한 지급 유보)에서 제8.8항(매각예정부동산의 매각)에 따른 손실액 이행을 위하여 주식매매대금의 잔금 중 일부에 대하여 그 지급을 유보OOO하도록 하는 내용이 있고 이는 주식매매대금에서의 감액임을 나타낸다고 주장하나, 동 매매계약서 제3.2항(주식의 매매와 주식매매대금)에서 주식매매대금 총액은 금 OOO이라고 약정하고 있고, 제3.3항(주식매매대금 일부에 대한 지급 유보)에는 손해배상의 원활하고 안정적인 지급 또는 이행을 위하여 매도인들에게 귀속되는 주식매매대금의 잔금 중 일부에 대하여 그 지급을 유보하며 제8.8항(매각예정부동산의 매각) 다목에서는 손실액의 지급을 담보하기 위해 금 OOO유보한다고 되어 있을 뿐 주식매매계약서는 청구인들이 주장하는 주식매매대금을 감액․변경할 수 있다는 내용이 전혀 기재되어 있지 아니하다.

또한 청구인들이 매수인들과 2019.7.30. 작성한 ‘주식매매대금 조정 합의서’에는 “매도인들과 매수인들은 본 계약 체결 이후, 회사 보유 부동산의 매각 진행상황의 부진, 회사 영업환경의 변화 등을 종합적으로 감안하여 본 계약 제3.2조에서 정한 주식매매대금을 조정하기로 합의한다”고 기재되어 있는 점을 감안하면 쟁점주식 양도가액은 추후에 변경되었음을 알 수 있다. 따라서 청구인들이 제출한 주식매매계약서 제3조에서 주식매매대금 총액을 금 OOO약정하고 있는데 반하여 주식매매대금을 감액하는 별도의 약정을 두고 있지 아니한 것으로 확인된다.

(2) 청구인들은 당초 주식매매계약서 제3.3항에 따라 유보된 OOO은 명확히 매매대금의 잔금으로 표기되어 있고, 손실액은 부동산매각에 따른 손실액을 나타내며 이러한 손실액을 반영하여 최종 주식매매대금을 산정하도록 계약서상 약정하였다고 주장하나, 주식매매계약서 제3.3항에는 제3.2항에도 불구하고 ‘8.8항에 따른 손실액 및/또는 제13조에 따른 손해배상의 원활하고 안정적인 지급 및/또는 이행을 위해, 매도인들에게 귀속되는 주식매매대금의 잔금 중 일부에 대해 그 지급을 유보한다’고 되어 있으며, 제8.8항(매각예정부동산의 매각)에는 ‘매도인들이 본 항 및/또는 별첨 8.8-나 소정의 내용 및/또는 조건에 따라 매각예정 부동산의 매각업무를 완료하지 못한 경우, 별첨 8.8-나에 정한 방법에 따라 산정된 손실액을 매수인들에게 지급하여야 한다’고 기재되어 있어서 청구인들이 의무불이행에 따른 손실액을 지급하였음을 알 수 있다. 따라서 조정합의서에 의하여 감액한 쟁점금액은 당초 주식매매대금과는 별도의 채무이행에 따른 손실액으로 봄이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인들이 쟁점주식을 양도하면서 계약금을 수령하고 그 양도가액으로 양도소득세를 신고한 후 조정합의에 따라 당초 양도가액을 감액한 경우 변경된 양도가액에 따라 과다납부한 양도소득세 등을 환급할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법

제96조[양도가액] ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 따른다.

제98조[양도 또는 취득의 시기] 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(2) 국세기본법

제45조의2[경정 등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

(3) 소득세법 시행령

제162조[양도 또는 취득의 시기] ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

(4) 국세기본법 시행령

제25조의2[후발적 사유] 법 제45조의2 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들은 2017.4.26. 쟁점주식을 매도하고 각자의 지분에 따라 배분받은 양도가액에 대하여 양도소득세 및 증권거래세를 신고․납부하였다가 청구인 OOO2019.7.30. 매수인들의 대표자인 OOO쟁점금액에 상당하는 쟁점주식의 양도가액을 감액하는 내용의 ‘주식매매대금 조정합의서’를 작성한 후 이를 근거로 아래 ＜표2＞와 같이 과다납부한 증권거래세 및 양도소득세의 환급을 요구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 당초 주식매매계약서에 매매대금에 대한 감액조항이 없으므로 쟁점금액을 별도의 채무이행에 따른 손실액에 해당하는 것으로 보아 청구인들의 경정청구를 거부하였다.

＜표2＞ 청구인들의 경정청구 내역

(단위 : 원)

(2) 청구인들 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) 청구인들은 2017.4.26. 매수인들에게 쟁점주식을 OOO양도하는 내용의 주식매매계약을 체결하였는바, 동 계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

(나) 청구인들이 쟁점주식 매매계약에 따라 매수인들과 체결한 OOO주요 내용은 다음과 같다.

(다) 청구인들의 쟁점주식 보유 및 이 건 매매계약으로 인한 당초 주식매매대금 분배내역은 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 쟁점주식 보유 및 매매대금 분배내역

(단위 : 주, %, 원)

(라) 청구인 OOO2019.7.30. OOO(지분율 76.47%)과 ‘주식매매대금 조정 합의서’를 작성하여 당초 주식매매계약시 약정한 주식매매대금 OOO으로 조정한 것으로 나타나는바, 동 합의서의 주요 내용은 다음과 같다.

(마) 청구인들이 제시한 금융자료에 의하면, 쟁점주식 매매대금 OOO아래 ＜표4＞와 같이 당초 주식매매계약 체결시 매수인들로부터 청구인 OOO각각 입금되었다가 조정합의 이후 OOO계좌에 예치되어 있던 OOO에게 반환된 사실이 확인된다.

＜표4＞ 주식매매대금 입금 및 반환내역

(단위 : 백만원)

(바) 청구인들은 당초 주식매매계약 제8조 제8.8항 및 별첨 8.8-나에 따라 OOO주식회사 소유의 매각예정부동산 3건에 대한 매각업무를 당해 계약의 거래종결일로부터 2년이 되는 날까지 완료하고 이 때 목표매각금액을 총 OOO이상으로 하는 것으로 약정하였으나, 매각업무 완료기간까지 매각예정부동산 중 인천 가좌공장만 OOO매각하여 목표매각금액OOO이르지 못한 것으로 나타난다.

(사) 그 밖에 쟁점주식 매수인들 중 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」에 의한 외부감사 대상인 OOO주식회사는 쟁점주식 취득가액을 당초 매매대금에서 조정합의에 따라 변경된 가액으로 변경하여 공시하지 아니한 것으로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점금액을 당초 주식매매계약서의 약정에 따라 매각예정부동산의 매각손실액을 반영한 별도의 채무이행에 따른 손실액으로 보아 청구인들의 경정청구를 거부하였으나, 「소득세법」상 소득의 귀속시기를 정하는 원칙인 권리확정주의는 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세소득이 실현된 때가 아닌 권리가 확정적으로 발생한 때를 기준으로 하여 그때 소득이 있는 것으로 보고 당해 과세연도의 소득을 계산하는 방식으로, 납세자의 자의에 의하여 과세연도의 소득이 좌우되는 것을 방지함으로써 과세의 공평을 기함과 함께 징세기술상 소득을 획일적으로 파악하려는 데 그 취지가 있을 뿐, 소득이 종국적으로 실현되지 아니한 경우에도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 적이 있기만 하면 무조건 납세의무를 지우겠다는 취지에서 도입된 것이 아니며(대법원 2014.1.29. 선고 2013두18810 판결 참조), 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위하여는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙․확정되어야 하고, 따라서 그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계로서는 소득의 발생이 있다고 할 수 없다 할 것이다(대법원 2003.12.26. 선고 2001두7176 판결 참조).

이 건의 경우 청구인들과 매수인들이 당초 작성된 주식매매계약서 제3조 제3.3항에서 제8.8항(매각예정부동산의 매각)에 따른 손실액 이행을 위하여 주식매매대금의 “잔금” 중 일부에 대하여 그 지급을 “유보”OOO하도록 하는 내용을 약정하고 있고, 제8.8항 다호에 매수인들은 본 항 및 별첨 8.8-나(매각예정부동산 매각업무의 내용 및 조건) 소정의 내용 및 조건에 따라 매각예정부동산의 매각업무를 완료하지 못한 경우, 별첨 8.8-나에 정한 방법에 따라 산정된 손실액을 매수인에게 지급하여야 한다는 내용이 포함되어 있으며, 청구인들은 위 당초 주식매매계약 제8조 제8.8항 및 별첨 8.8-나에 따라 OOO주식회사 소유의 매각예정부동산 3건에 대한 매각업무를 당해 계약의 거래종결일로부터 2년이 되는 날까지 완료하고 이 때 목표매각금액을 총 OOO이상으로 하는 것으로 약정하였음에도 매각업무 완료기간까지 매각예정부동산 중 인천 가좌공장만 OOO매각함에 따라 위 소정의 조건을 충족하지 못한 것으로 나타나는 점,

청구인들이 제시한 금융자료에 의하면, 당초 주식매매계약 체결시 약정한 쟁점주식 매매대금 OOO각각 나누어 입금되었다가 2019.7.30. 매수인들의 대표자인 OOO과의 이 건 조정합의시 OOO계좌에 예치되어 있던 유보금 OOO 명의의 금융계좌에 반환된 사실이 객관적으로 확인되는 점,

이 건 변경계약이 해제로 인한 반환의 절차를 거치지 아니하여 당초 확정된 양도가액의 효력이 상실된 것으로 볼 수 없다 하더라도, 양도대금채권은 그 회수가 불가능하게 된 경우 사업소득이나 부동산임대소득 등과 같이 대손금으로 처리하여 달리 손금에 산입할 방법도 없으므로, 일정한 사유의 발생으로 말미암아 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정됨으로써 당초 성립하였던 납세의무가 그 전제를 잃게 되었다면, 실제 발생한 양도소득의 범위에서 과세하는 것이 실질과세의 원칙에 부합하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점금액은 쟁점주식 양도가액에서 차감하여야 할 금액으로 봄이 타당하다 할 것이다.

따라서 처분청이 쟁점금액을 쟁점주식 양도가액과는 별도의 채무이행에 따른 손실액으로 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지＞ 청구인들 인적사항