가가치세 15,125,600원 및 93년 제2기분 부가가치세

47,630,000원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구법인은 대전광역시 유성구 OO동 OOO 소재 부설연구소 신축에 따른 조경공사를 청구외 (주)OO환경과 도급계약에 의하여 하고 아래 내역의 세금계산서 4매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여, 동 매입에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제하여 각 과세기간의 부가가치세 신고(환급신청)를 하였다.

처분청은 쟁점세금계산서에 의한 매입이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당되는 매입으로서 동 매입에 따른 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이라 하여 94.10.31 청구법인에게 93년 제1기분 부가가치세 15,125,600원 및 93년 제2기분 부가가치세 47,630,000원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 94.11.30 심사청구를 거쳐 95.2.27 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

토지의 조성을 위한 자본적 지출이란 토지의 평탄작업과 이를 위한 부대공사라 할 것인데 청구법인의 경우 OO연구단지 내에 청구외 OOOO개발공사가 이미 조성한 토지를 구입하여 대전광역시 건축조례와 도시공간녹화지침에 의한 조경공사만 하였을 뿐이므로 동 조경공사는 토지의 조성공사와 관련이 없고, 이 건 조경공사비는 구축물계정에 기장되어 있으므로 토지조성에 따른 자본적지출과는 상관없으며, 식재된 입목은 토지의 가치를 증가시키는 것이 아니라 별도로 평가되어야 하는 점 등을 볼 때 이 건 조경공사는 토지조성을 위한 자본적 지출이 아니기 때문에 그 매입세액은 공제되어야 하므로 이 건 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 국세청장 의견

토지에 관련된 매입에 따른 매입세액은 이를 공제하지 아니하고 취득원가에 계상되어야 하는 것인 바, 이 건 조경공사는 OOO, OOO등의 식재 및 조경공사와 관련된 사실이 확인되므로 동 공사는 토지조성에 따른 공사로 토지의 가치를 증가시키는 토지의 자본적 지출에 해당되어 그 공사에 따른 매입세액을 불공제 함은 정당하다.

3. 심리 및 판단

이 건 심판청구는 쟁점세금계산서에 의한 매입을 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입으로 보고 동 매입세액을 불공제하여 과세한 처분의 당부에 다툼이 있다.

부가가치세법 제12조 제1항에서 『다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다』고 규정하고 그 제12호에서 『토지』를 열거하고 있고 있으며, 같은 법 제17조 제1항에서 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있다.

한편, 같은법 제17조 제2항 제4호(93.12.31 개정이전의 것)에서는 『제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)』은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고, 같은법 시행령 제60조 제6항(93.12.31 개정이전의 것)에서 『법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다』고 규정하고 있다.

사실관계를 보면, 첫째 청구법인이 연구소용 부지를 매입하기 위하여 청구외 OOOO개발공사와 맺은 “OO연구단지 내 부지공급협약서”에 의하면 부지조성공사란, 청구외 OOOO개발공사가 시공하는 부지정지를 위한 토공사, 기본시설(표면배수처리시설, 간선배수로, 법면공사 등)의 시설공사를 말하고, 청구외 OOOO개발공사는 당해 계약에 따라 용지매수, 부지조성공사, 이주단지조성사업 기타 건설부장관이 승인하는 실시계획상의 사업을 수행해서 조성한 OO연구단지 내 부지를 청구법인 등 입주기관별로 위치·규모 등을 결정하여 분양한다고 약정하고 있는 점으로 보아 청구법인이 매입한 연구소용 토지는 청구외 OOOO개발공사에 의하여 토공사, 표면배수시설·간선배수시설·법면조성 등 기본시설공사가 완료되어 이미 조성된 토지이므로 별도의 부지조성을 위한 비용지출이 필요없는 것으로 보이며,

둘째, 조경공사 시공자인 청구외 (주)OO환경이 작성한 기성공사청구서(동 청구서의 진실성에 대하여는 다툼이 없다)상의 공사대금 550,000,000원의 내역을 보면, 입목 413,879,000원(상록교목 217,400,000원, 낙엽교목 123,769,000원, 상록관목 12,600,000원, 낙엽관목 35,OOO,000원, 기타 24,750,000원), OOO 9,000,000원, 노무비·공과잡비 및 이윤 127,121,000원으로 구성되어 있어 연구소의 조경식재를 위한 비용만 있을 뿐 절토·성토·토지의 평탄 및 정지작업 등 토지조성에 관련된 공사비용이 계상되어 있지 아니하며,

셋째, 청구법인은 조경공사비에 해당하는 금액을 구축물계정에 기장하여 토지 및 건물과는 다른 별도의 자산가액으로 계상한 사실이 청구법인의 장부 등에 의하여 확인된다.

위 관련법령과 사실관계를 종합하여 볼 때, 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 건설공사에 대한 부가가치세 매입세액은 토지에 대한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 매출세액에서 공제하지 않는 것이지만 법인세법 시행규칙 『별표1』의 고정자산 내용년수표상 감가상각 대상자산인 구축물에 관련된 공사는 토지조성과 관련없는 공사로서 구축물관련 공사비에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것으로 보아야 할 것인 바(국심 94부4077, 94.9.30 등 다수 같은 뜻), 이 건의 경우 쟁점세금계산서에 의한 매입은 법인세법 시행규칙 별표1중 3. (5)의 정원에 해당하는 구축물조성을 위한 용역의 공급으로 보아야지 토지조성을 위한 자본적 지출에 해당된다고 볼 수는 없다 할 것이므로 이에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제함이 타당하다 할 것이다.

따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.