1. 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 은 ‘납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우’( 제1호 )나 ‘납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우’( 제2호 ) 등을 제외하고는 원칙적으로 국세부과의 제척기간을 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간으로 규정하고 있다( 제3호 ). 그리고 구 국세기본법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17830호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호 , 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제110조 제1항 에 의하면, 양도소득세의 경우 해당 연도의 양도소득금액에 대한 과세표준과 세액의 확정신고기한은 다음 연도 5월 31일이므로, 그 부과제척기간은 다음 연도 6월 1일부터 기산된다.

2. 원심은, ① 원고가 2002. 8. 27. 소외인에게 이 사건 토지 등을 양도한 후 2002. 11. 6. 영등포 세무서장에게 이 사건 토지의 실지양도가액을 29,400,000원으로 하여 양도소득세 신고를 한 사실, 그런데 소외인이 이 사건 토지 등을 다시 제3자에게 양도한 후 2007. 6. 20. 피고에게 이 사건 토지의 실지취득가액을 67,203,000원으로 하여 양도소득세 신고를 하자, 피고는 2011. 6. 3. 원고가 신고한 실지양도가액을 부인하고 그 실지양도가액을 67,203,000원으로 보아 원고에게 2002년 귀속 양도소득세 35,287,490원을 부과하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하고, ② 그 판시와 같은 사정들에 의하면 원고가 신고한 이 사건 토지의 실지양도가액 29,400,000원은 사실에 부합하는 것으로 인정할 수 있으므로 이 사건 처분에는 그 양도가액을 잘못 인정한 하자가 있으나, 그 하자가 중대하고 객관적으로 명백하다고 보기 어렵다는 이유로 이 사건 처분을 무효로 볼 수는 없다고 판단하였다.

3. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 받아들이기 어렵다.

국세부과의 제척기간이 도과된 후에 이루어진 과세처분은 무효이다( 대법원 1999. 6. 22. 선고 99두3140 판결 , 대법원 2009. 5. 28. 선고 2007두24364 판결 참조).

앞서 본 사실관계에 의하면, 이 사건 처분은 그 부과제척기간의 기산일인 2003. 6. 1.부터 5년이 경과한 2011. 6. 3.에 이루어졌고, 원고가 신고한 이 사건 토지의 실지양도가액이 사실에 부합하는 것임을 알 수 있으며, 특별히 부과제척기간을 연장할 만한 사유도 없다. 따라서 원고의 이 사건 토지 양도에 관한 양도소득세의 부과제척기간은 5년으로 보아야 하므로, 이 사건 처분은 국세부과의 제척기간이 도과된 후에 이루어진 과세처분으로서 무효라고 보아야 할 것이다.

그런데도 원심은 이와 달리 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 처분을 무효로 볼 수 없다고 판단하였으니, 이러한 원심판단에는 국세부과의 제척기간에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다.

4. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.