부가가치세법 제17조 (납부세액)

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

"가. 원고는 제주시 ○○읍 ○○리 45에서 골프장을 운영하는 사업자로서,2003년 제2기부터 2006년 제1까지 법정기한 내에 부가가치세를 신고・납부하면서 골프장 조성 공사와 관련하여 지출한 비용에 대한 매입세액 합계 2,117,270,525원(= 2003년 제2기 562,360,901원 + 2004'년 제1기 753,694,235원 + 2004년 제2기 415,561,799원 + 2005 년 제l기 234,892,695원 + 2005년 제2기 87,765,995원 + 2006년도 제1기 40,062,380 원, 이하,'이 사건 매입세액'이라 한다)을 부가가치세법(이하'법'이라 한다) 제17조 제 2항 제4호(이하,'이 사건 조항'이라 한다) 후단, 부가가치세법 시행령 제60조 제6항(이하,'이 사건 시행령 조항'이라 한다)에서 정한 불공제 매입세액(토지관련 매입세액)으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니하였다.",나. 원고는 2007. l. 25. 피고에게 이 사건 매입세액이 공제가 가능함을 전제로 이 사건 매입세액의 환급을 구하는 내용의 경정청구를 하였으나, 피고는 2007. l. 29. 이 를 거부하는 처분(이하, '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다.

다. 원고는 2007. 4. 20. 이에 불복하여 국세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 국 세심판원은 2007. 1l. 7. 이를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 1 내지 4호증, 을 5호증의 l 내지 6의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 법률규정의 해석과 관련한 주장

골프장 사업은 과세사업으로서 이 사건 매입세액은 과세사업을 영위하기 위한 매입세액에 해당함에도 이를 공제하지 않는 것은 전단계 세액공제법을 취하고 있는 우리나라 부가가치세법의 기본원리에 반하는 것으로서, 이 사건 처분의 근거규정인 이 사건 조항 후단은 단순히 토지관련 매입세액을 불공제한다는 것이 아니라, 면세사업을 위한 매입세액을 대전제로 하는 것으로 해석하여야 할 것인데, 골프장사업이 과세사업임에도 만연히 토지관련 매입세액을 불공제한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 이 사건 조항 후단 및 시행령 조항이 조세법률주의에 반하여 위법하다는 주장

이 사건 조항 후단은 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액을 매입세액 불공제 한다고 규정하고, 이 사건 시행령 조항은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련 된 매입세액으로 ① 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, ② 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액, ③ 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액을 열거하고 있다. 그런데, ①의 경우 토지의 형질을 변경시키는 토목공사에 있어 토목공사 외에 토목설비 및 공작물(안벽・저수지・정원설비・포장도로・제방 등)에 관한 공사가 포괄하여 시행되고 도급가격도 일괄적으로 정해지므로 그 중 토지에 관한 자본적 지출만을 구별하여 가액을 특정할 방볍이 없고, ③의 경우 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 비용에 관한 구체적인 규정이 없다. 그 결과 매입세액 불공제 대상인 토지관련 매입세액에 해당하는지 여부에 판한 판단이 전적으로 과세관청의 재량에 맡겨지는바, 이는 과세요건명확주의에 위배되는 등 조세법률주의에 반하여 위법하다.

(3) 이 사건 조항 후단의 헌법 위반 주장

과세업자의 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항의 취지에 따라 공제되어야 한다. 그럼에도, 과세사업과 관련한 토지관련 매입세액을 불공제하는 이 사건 조항 후단은 사실상 자산의 취득에 대한 과세로서 소비형 부가가치세로서의 한계를 넘는 이중 과세이고 부가가치세의 근본원리상 용인할 수 없는 정도로 입법재량의 한계를 넘어선 규정으로 헌법상 보장된 평등권 벚 재산권을 침해하는 위헌적인 규정이므로 당연무효라고 할 것이어서, 이 사건 조향 후단에 근거한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련법령

부가가치세법 제12조 (면세)

부가가치세법 제17조 (납부세액)

부가가치세법 시행령 제60조 (매입세액의 범위)

다. 판단

(1) 법률규정(이 사건 조한 빚 시행령 조항)의 해석과 관련한 주장에 대한 판단

(가) 이 사건 조항 및 시행령 조항의 규정

이 사건 조항은 매입세액 불공제의 대상으로 ① 면세사업과 관련된 매입세액 및 ② 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액을 규정하고 있고, 이 사건 시행령 조항은"대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다고 규정하는바, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 토지관련 매입세액이면 면세사업과 관련된 것이든 과세사업과 관련된 것이든 불문하고 불공제의 대상임이 이 사건 조항 및 시행령 조항 문언상 분명하다.

(나) 토지관련 매입세액의 붙공제와 관련한 견해 대립 및 입법적 해결

한편, 1993. 12. 31. 법률 제4663호로 개정되기 전의 구 부가가치세법 제17조 제2항 제4호(이하'구법 조항'이라 한다)는 면세사업에 관련된 매입세액용 불공제 한다고만 규정하였을 뿐 토지관련 매입세액에 대한 불공제 규정은 두지 아니하였는데, 그에 관한 위임 규정이 없음에도 위 법 시행령 제60조 제6항(이하'구법 시행령 조항'이라 한다)은 구법 조항의 불공제 대상 매입세액에는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포합한다고 규정하였다. 그 때문에 면세사업에 관련된 토지 관련 매입세액만이 불공제되는 것인지 아니면 면세사업 관련성을 떠나 모든 토지관련 매입세액이 불공제되는 것인지 여부에 대한 해석을 두고 많은 조세분쟁이 발생하였고, 과세실무는 후자의 입장에서 모든 토지관련 매입세액을 불공제하는 것으로 운영되어 왔으나, 서울고등법원 1993. 12. 2. 선고 93구11915 판결은 면세사업에 관련된 토지 관련 매입세액만이 불공제 대상이라고 판시하였고, 대법원 1995. 12. 21. 선고 94누 1449 전원합의체 판결도 구법 조항이 적용되는 사건에 관하여 부가가치세 부과 원리 및 조세법률주의에 근거하여 면세사업에 관련된 도지관련 매입세액만이 불공제 대상이 고 과세사업을 위하여 사용될 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액 은 공제되어야 한다는 견해들 취하였다. 한편, 구법 조항 및 시행령 조항에 기한 토지 관련 매입세액 불공제에 불복하는 조세분쟁이 다수 제기되자, 구법 조항은 정부 발의 로 개정되어 1993. 12. 31.자로 이 사건 조항과 갈이 토지관련 매입세액 불공제에 관 한 근거규정 위임 규정을 두는 것으로 변경되었고, 위 개정법 시행 이후부터는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액에 해당하기만 하면 당해 지출의 목적이 부가가치세 과세사업의 영위에 있었는지 면세사업의 영위에 있었는지 여부와 관계없이 매출세액에서 공제될 수 없게 되었다. 이상의 경과를 살펴보면, 토지관련 매입세액의 공제 여부와 관련한 논의는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 토지관련 매입세액이변 면세사업과 관련된 것이든 과세사업과 관련된 것이든 불문하고 불공제의 대상이 되도록 함으로써 입법적으로 해결되었다고 볼 것이다.

(나) 따라서, 이 사건 조항 후단을 면세사업과 관련한 토지관련 매입세액만 불공제한다는 취지로 해석하여야 함을 전제로 하는 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 이 사건 조항 후단 및 시행령 조항이 명확성의 원칙 등 조세법률주의에 반하여 위법하다는 주장에 관하여

살피건대, 과세요건명확주의에 반하든지 여부는, 납세자의 입장에서 어떠한 행위가 과세요건인 당해 문구에 해당하여 과세의 대상이 되는 것으로 예견할 수 있을 것인가, 당해 문구의 불확정성이 행정관청의 입장에서 자의적이고 차별적으로 법률을 적용할 가능성을 부여하는가, 입법 기술적으로 보다 확정적인 문구를 선택할 것을 기대할 수 있을 것인가 하는 등을 검토하여 종합적으로 판단하여야 할 것이다.

이 사건 시행령 조항은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 매입세액 불공제 대상인 토지관련 매입세액으로 규정하고 있는바, 이 사건 시행령 조항의 1 내지 3호가 이를 구체화하고 있을 뿐만 아니라,"토지의 조성 등을 위한 자본적 지출"이라 함은 기업회계기준 빛 법인세법에서 사용되는 용어로서 기업회계기준 및 법인세법 관련 규정에 의하여 불공제 대상 매입세액의 범위를 예측할 수 있다고 보아야 할 것이다, 그런데 법인세법 시행령 제31조 제2항은 자본적 지출이라 함은 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비를 말한다고 규정하면서 이에 포함되는 것으로 구체적으로 본래의 용도를 변경하기 위한 개조(1호), 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치(2호) , 피난시설 등의 설치(3호) 재해 등으로 인해 멸실, 훼손된 건축물 등의 복구(4호), 기타 개량・확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제1호와 유사한 성질의 것(5호)을 규정한다. 또한 기업회계기준은 고정자산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시키는 지출은 자본적 지출로 하고, 당해 고정자산의 원상을 회복하거나 능률유지를 위한 지출은 수익적 지출로 한다고 정하고 있고, 기업회계실무는 구체적으로 고청자산의 원가를 구성하는 지출, 고정자산의 가치를 증대시키는 지출, 미래에 수익력과 생산성을 증대시키는 지출, 내용연수를 연장시키는 지출, 지출연도가 당해 연도에 그치지 않고 장래에 미치는 경우 등을 자본적 지출의 범위에 속하는 것으로 본다. 그리고 국세기본 법 제20조는 과세표준을 조사ㆍ결정함에 있어 당해 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기엽회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것을 존중하도록 규정하고 있다.

위 각 관련 규정 및 회계실무를 종합하면, 부가가치세 납세의무자의 관점에서 이 사건 조항 후단 빚 시행령 조항에서 부가가치세 매입세액 불공제 대상으로 예정하고 있는 매입세액의 범위를 상당히 구체적으로 예측할 수 있다고 보아야 할 것이고 과세관청의 자의적 적용가능성도 크지 않아 보인다. 물론, 경우에 따라 자본적 지출과 수익적 지출을 엄격히 구분하기 어려운 경우가 있을 것이나 그 부분에 대해서는 실무관행 및 판례의 축적에 의하여 예측가능성이 더 확보될 수 있을 것이다. 그리고 거래실정상 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하는 부분이 특정되지 아니한 채 수익적 지출에 해당하는 부분과 포괄하여 거래가 이루어지는 경우가 있고 그 결과 자본적 지출에 해당하는 비용의 특정에 어려움이 있을 수 있다고 하더라도, 그러한 거래실정이 일반적・전면적이라고 단정할 수 없을 뿐만 아니라, 구체적인 비용 확정의 어려움은 과세실무상 일반적으로 존재하는 것으로 토지관련 매입세액에만 한정되는 문제는 아니고 기업회계원칙에 맞는 거래관행의 조성, 조세행정의 전문화, 합리적인 법적용 노력 등을 통해 해결되어야 할 문제이다. 끝으로, 입법 기술적으로 보아도 더 확정적인 문구의 선택이 쉽지 않아 보인다.

따라서, 이 사건 조항 후단 및 시행령 조항이 과세요건명확주의 원칙에 반한다고 볼 수 없다.

(3) 이 사건 조항 후단 및 시행령 조항이 이중과세로서 헌법상 보장된 평등권, 재산권을 침해하여 무효라는 주장에 관한 판단

(가) 부가가치세법 제17조 제1항이 사업 관련 매입세액을 원칙적으로 공제되는 매입세액으로 규정하고 있는 것은, 사업자가 자가의 사업과 관련하여 행하는 재화 또는 용역의 공급에 대해 매출세액이 발생하는 것을 전제로 한 것으로서, 사업자가 자기의 사업과 관련하여 행하는 재화 또는 용역의 공급이 면세됨으로써 그 매출세액이 면제되는 때에는 사업자가 자기의 시업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액은 매입세액으로 공제될 수 없다.

(나) 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 세무회계상 토지의 취득원가에 산입되어야 하는 것인데, 토지는 면세재화로서 사업자가 면세사업에 사용하다가 공급하는 때에는 물론 과세사업에 사용하다가 공급하는 때에도 부가가치세가 면제되므로, 그 취득 원가에 산입될 토지의 조생 등을 위한 자본적 지출에 대한 매출세액 역시 변제된다고 할 것이다. 따라서 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 대한 매출세액이 변제되는 이상, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이 과세사업을 영위하기 위한 것이라 하더라도 그에 관련된 매입세액은 매입세액으로 공제될 수 없다.

(다) 토지의 공급을 부가가치세 면세대상으로 할지 여부와 토지관련 매입세액을 매출세액에서 공제할지 여부는 원칙적으로 과세정책의 문제로서 입법재량의 영역에 속하는 것이고, 매입세액까지 공제하여 주는 (영세율제도와 달리 법 제12조에서 매출세액이 면제되는 결과 매입세액을 공제받을 수 없게 되는 면세제도를 두고 있는 이상, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 대한 매출세액이 변제됨을 이유로 영위하는 사업이 면세사업인지 과세사업인지를 불문하고 그에 관련된 매입세액을 공재하지 않는 것은 면세제도의 기본원리에 따른 것으로, 부가가치세의 기본원리인 전단계 세액공제법에 반한다고 불 수 없다.

(라) 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 당해 토지의 취득원가에 산입되었다가 당해 토지의 양도시 양도차익을 산정함에 있어서 취득가액에 산입하는 방법으로 회수 할 수 있고(소득세법 제97조 지11항 제2호, 같은 법 시행령 제163조 제3항 등 참조), 사업소득을 산정함에 있어서 필요경비 또는 손금에 산입하는 방법으로 회수된다(소득세 법 시행령 제55조 제1항 제2호, 법인세법 시행령 제19조 제2호) .

(마) 따라서, 토지관란 매입세액을 불공제하는 이 사건 조항 후단이 소비형 부가가치세로서의 한계를 넘는 이중과세로서 부가가치세의 근본원리상 용인할 수 있는 입법재량의 한계를 넘어 헌법상 보정된 평등권 및 재산권을 침해하는 위헌규정이라고 볼 수 없다.

(4) 소결

따라서, 원고가 골프장 토지 조성을 위하여 투입한 비용에 대한 매임세액이 토지의 형질변경 또는 토지의 가치를 증가시키는데 소요된 비용으로 토지에 대한 자본적 지출에 관련된 매입세액에 해당한다는 이유로 이 사건 조항 후단 및 이 사건 시행령 조항에 기해 매입세액이 불공제됨을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한 다.