가. 청구인은 2009.2.1. OOO 개업(2009.9.30. 폐업)하여 주유소업을 영위하던 중 주식회사 OOO(이하 “쟁점매입처”라 한다)으로부터 2009년 제2기 공급가액 합계 192,090,910원(이하 “쟁점금액"이라 한다)의 세금계산서 5매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 2009년 제2기 부가가치세 신고시관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 OOO지방국세청장이 쟁점매입처를 자료상으로 확정하고쟁점세금계산서는 가공거래라는과세자료를 통보해 옴에 따라, 쟁점금액을 가공매입으로 보아 이를 부인하고 2009년 제2기 부가가치세 25,027,400원 및 2009년 귀속 종합소득세 79,820,800원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2011.2.28. 이의신청을 거쳐 2011.5.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 주위적 청구

쟁점매입처로부터 유류를 매입한 후 3일 이내에 대금결제가 이루어졌음이 쟁점매입처의 매출처원장사본, 거래사실확인서, 거래명세서, OOO거래명세표 및 무통장입금증에 의하여 확인되고, 유류가 실제 입고되었음이 운행차량기사가 진술한 수송확인서를 통하여 입증되며, 쟁점매입처와의 거래를 가공거래로 보아 OOO지방국세청장이 쟁점매입처를 고발한 건에 대하여 OOO지방검찰청 검사장은 ‘혐의 없음’으로 불기소처분 하였음에도 쟁점세금계산서상의 거래를 가공거래로 보아 매입세액을 부인한 처분은 부당하다.

(2) 예비적 청구

쟁점금액을 가공매입거래금액으로 보아 동 금액을 차감하게 되면 유류의 매입이 없이 매출만 발생하는 상황이 되므로 매출에 대응되는 석유류의 필수적 매입비용에 해당하는 쟁점금액을 가공경비로 보아 종합소득세를 부과한 처분은 부당하며 쟁점금액을 매출에 대응되는 필요경비로 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 주위적 청구

쟁점매입처에 대한 OOO지방국세청장의 조사결과, 거래처별 실제운반내역이 4대 정유사의 출하내역 조회내용과 상이하여 청구인의 쟁점금액은 실제 거래없이 발행된 것으로 조사되어 처분청에 통보되었고, 청구인은 정유사 출하전표가 아닌 운송기사의 유류운송 확인서(2010년 12월 작성)와 쟁점매입처의 매출처원장, 거래사실확인서, 대금결제내역을 거래증빙으로 제시하였으나 이를 정상거래의 증빙으로 신뢰할 수 없으며, OOO지방검찰청 검사장의 무혐의 처분이 쟁점세금계산서를 정상거래로 인정한 것은 아니므로 당초 처분은 정당하다.

(2) 예비적 청구

청구인이 쟁점금액에 대하여 실제 매입처를 규명하거나 실제 출하전표를 제시하지 않는 이상 단순히 소득금액이 높게 산출된다는 결과만으로는 허위로 세금계산서를 수취한 쟁점금액에 대하여 실제 필요경비로 인정할 수는 없으므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 주위적 청구 : 청구인이 2009년 제2기에 OOO으로부터 수취한 쟁점세금계산서의 거래가 가공인지 여부

(2) 예비적 청구 : 쟁점금액을 필요경비 부인하여 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법

제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항

제17조【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1.제20조제1항및제2항에따라매입처별세금계산서합계표를제출하지아니한경우의매입세액또는제출한매입처별세금계산서합계표의기재사항중거래처별등록번호또는공급가액의전부또는일부가적히지아니하였거나사실과다르게적힌경우그기재사항이적히지아니한부분또는사실과다르게적힌부분의매입세액.다만,대통령령으로정하는경우의매입세액은제외한다.

2.제16조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항및제5항에따른세금계산서를발급받지아니한경우또는발급받은세금계산서에제16조제1항제1호부터제4호까지의규정에따른기재사항(이하"필요적기재사항"이라한다)의전부또는일부가적히지아니하였거나사실과다르게적힌경우의매입세액.다만,대통령령으로정하는경우의매입세액은제외한다.

3.사업과직접관련이없는지출에대한매입세액

제21조【결정 및 경정】① 사업장 관할 세무서장, 사업장 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 "사업장 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1.확정신고를하지아니한경우

2.확정신고한내용에오류또는탈루(脫漏)가있는경우

3.확정신고를할때매출처별세금계산서합계표또는매입처별세금계산서합계표를제출하지아니하거나제출한매출처별세금계산서합계표또는매입처별세금계산서합계표의기재사항의전부또는일부가적혀있지아니하거나사실과다르게적혀있는경우

(2) 부가가치세법 시행령 제53조【세금계산서】① 법 제16조 제1항 제5호에 따라 세금계산서에 기재할 사항은 다음 각 호와 같다.

1. 공급하는 자의 주소

2. 공급받는 자의 상호ㆍ성명ㆍ주소

2의 2. 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목

3. 공급품목

4. 단가와 수량

5. 공급연월일

6. 거래의 종류

(3) 소득세법

제27조【필요경비의 계산】① 부동산임대소득금액ㆍ사업소득금액 또는 기타소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 당해연도전의총수입금액에대응하는비용으로서당해연도에확정된것에대하여는당해연도전에필요경비로계상하지아니한것에한하여당해연도의필요경비로본다.

③ 필요경비의계산에있어서필요한사항은대통령령으로정한다.

제80조【결정과 경정】② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조ㆍ제71조 및 제74조의 규정에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제1호의2 및 제1호의3의 경우에는 제73조의 규정에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해연도의 과세표준과 세액을 경정한다.

1.신고내용에탈루또는오류가있는때

(4) 소득세법 시행령 제55조【부동산임대소득 등의 필요경비의 계산】① 부동산임대소득과 사업소득의 각 연도의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 다음 각 호의 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용 외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다.

1의 2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련한 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망에 의하여 확인되는 청구인의 2009년 부가가치세 및 종합소득세 신고내역, 사업자등록 이력은 아래와 같다.

(가) 부가가치세 신고내역(2009년 제1기～2009년 제2기 예정)

(나) 종합소득세(2009년) 신고내역

(다) 사업자등록 이력

(2) 처분청이 과세근거로 삼은 쟁점매입처에 대한 OOO지방국세청장의 자료상혐의조사(2009.4.9.～2009.6.18.) 보고서의 내용은 아래와 같으며, 쟁점매입처에서 발행한 쟁점세금계산서는 실제 거래없이 가공으로 발행된 것이므로 「부가가치세법」제17조의 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액 및 쟁점금액을 매입세액 공제 및 필요경비 부인하여 부가가치세와 종합소득세를 고지한 처분은 정당하다는 의견이다.

(가) 조사실적

(나) 쟁점매입처는 2003.5.1. OOO에서 석유도매업을 개업하였으며, 지점사업장이 소재하고 있는 OOO 자료상으로 판정된 주식회사 OOO를 비롯한 석유류 자료상 업체들이 밀집된 곳으로, 2008년까지는 섬유회사 등에 중유를 납품하는 정상적인 사업을 하였으나, 2009년부터 경질유를 취급하면서 1개 과세기간의 과세표준이 406억원으로 급등한 것으로 보아 2009년부터 자료상 행위를 한 것으로 판단하고 있다.

(다) 쟁점매입처 대표자 OOO 부장에 대한 조사결과, OOO는 경기도 양주에서 OOO라는 상호로 주유소업을 하였고, 쟁점매입처를 설립하여 중유공급업을 영위하였으나, 쟁점매입처의 지점법인을 설립한 후 OOO에게 총괄적으로 위임하여 지점사업의 구체적인 거래내용은 알지 못하며, OOO은 1997년부터 2년간 광명에너지2 주식회사 등을 영위하며 석유류 도매경력이 있고, 2009년 초에 쟁점매입처와 손잡고 자료상 거래행위를 주도한 것으로 판단하고 있다.

(라) 쟁점매입처가 제출한 ‘거래처별 차량리스트(차량별·일자별·거래처별 운반내역)’상의 차량에 대하여 정유회사에 석유류 출하여부를 조회하였고, 정유사로부터 ‘차량별 출하내역’을 제출받아 실제로 세금계산서 발행 거래처에 출하여부를 확인한 바, 2008년 제2기 724백만원, 2009년 제1기 1,785백만원, 2009년 제2기(예정) 1,043백만원을 제외한 나머지 거래는 실물거래없이 세금계산서만 교부한 것으로 가공거래 확정하였다.

(3) 이에 대하여 청구인은 쟁점매입처와 최초 거래시 전부터 알고지내던 쟁점매입처의 영업상무 최진규〔명함 및 계좌번호 확인, 처분청은 OOO(영업상무)으로 기재하고 있음〕를 통하여 실제 거래를 하였다며, 아래와 같이 거래명세표상 거래내역, 거래사실확인서(OOO 작성), 유류운송확인서(OOO 외 2), 금융증빙내역 등의 자료를 제출하고 있다.

OOO

(나) 거래사실 확인서상의 거래 내역(2010.11.30. OOO 작성)

(다) 운송사실 확인서상의 운송 내역(작성자 : OOO)

(라) 금융증빙 내역

ㅇ 무통장입금 거래내역(OOO)

ㅇ 계좌이체 거래내역

(4) 또한, OOO지방국세청장이 쟁점매입처를 조세범처벌법위반으로 고발한 피의사건에 관하여 OOO지방검찰청 검사장은 “혐의없음(증거불충분)” 처분이 내려졌음에도 이는 처벌할 수 있는 증거가 불충분한 것이지 쟁점세금계산서를 정상거래로 인정한 것은 아니라며 쟁점세금계산서는 청구인과 실제거래 없이 발행되었고 실제거래가 규명되지 아니한 가공세금계산서로 보아 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

(5) 예비적 청구와 관련하여, 처분청은 단순히 소득금액이 높게 산출된다는 결과만으로는 허위로 세금계산서를 수취한 쟁점금액에 대하여 실제 필요경비로 인정할 수 없다는 반면, 청구인은 주유소의 2009년 제2기의 신용카드 매출액 1,578,725천원, 세금계산서 매출 63,050천원, 합계 1,643,765천원이며, 매입액은 1,605,989천원이므로 쟁점매입세금계산서상 금액 192,090천원을 가공으로 본다면 이에 상응하는 매출은 없는 것이고, 매출의 96%가 신용카드에 의한 매출이므로 종합소득세 계산시쟁점금액을 매출에 대응되는 필수경비로 인정하여야 한다고 주장하고 있다.

(4) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, 청구인은 매출처원장사본·거래사실확인서·금융증빙내역 등에 의하여 쟁점매입처와의 거래가 사실임이 확인됨에도 쟁점세금계산서상 거래를 가공거래로 보아 관련 매입세액을 부인한 처분은 부당하다고 주장하나, 쟁점매입처에 대한 OOO지방국세청장의 조사결과 자료상으로 확정·고발된 업체로 2009년 제2기 매출·매입의 가공비율이 각각 97.8%와 97.3%로 나타나는 점, 쟁점매입처가 제출한 유류운반차량 내역에 대하여 정유회사에 석유류 출하여부를 조회한 바, 청구인과 관련없는 다른 업체로 공급된 것으로 확인된 점, 시세보다 저가의 유류의 경우 비정상적인 유통구조에 기인함에도 이를 구입하고 쟁점세금계산서를 수취함에 있어 청구인이 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하였다고 보기도 어려우며, 쟁점세금계산서가 실물거래없이 발행된 것이라면 쟁점금액을 제외하면 소득금액이 높다는 이유만으로 쟁점금액 상당의 유류를 실지 매입하였다고 보기 어려우므로 이를 필요경비로 인정하기도 어렵다 하겠다.

따라서, 처분청이 2009년 제2기 쟁점금액을 매출세액에서 공제하지 아니하고, 이를 필요경비로 인정하지 아니하여 부가가치세와 종합소득세를 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.