가. 청구법인은 인터넷 정보보안 솔루션 공급업체로서 서울지방국세청장은 청구법인에 대하여 법인제세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인의 전 대주주였던 OOOO 2004.6.18. 청구법인의 설립자이자 최대주주인 OOO O OOO OOO 소유의 주식을 양수하여 청구법인의 경영권을 확보한 뒤 청구법인의 자금 35억원(이하 “쟁점횡령금액”이라 한다)을 횡령한 것과 관련하여 쟁점횡령금액을 손금불산입하고 OOO에 대한 배당으로 소득처분하고 동시에 동 금액을 손금산입 유보처분하라는 과세자료를 통보함에 따라 처분청은 2010.2.4. 청구법인에게 OOO에 대한 2005년 귀속 배당소득 35억원의 소득금액변동통지 처분을 하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2010.3.8. 이의신청을 거쳐 2010.5.24.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) OOO은 2004.6.18. 주식 및 경영권 양도·양수계약(37억원)을 체결하고 대부업체에서 30억원을 대출받아 인수대금 30억원을 지급하고, 같은 날 회사자금 35억원을 청구법인 통장에서 인출하여 35억원 상당의무기명 할인식 양도성예금증서(이하 “쟁점CD"라 한다)를 매입한 다음 이를 30억원의 채무에 대한 담보로 대부업체에 제공함으로써 횡령하게 되었다.

(2) 청구법인이 OOOO OOOO 횡령혐의로 고발한 서울동부지방법원의 판결문(2006고합80, 2007.6.15)을 보면 OOOOO 피해자 회사(청구법인)의 경영권을 인수하는 과정에서 현재의 경영진을 신뢰할 수 없으므로 주주총회를 통하여 자신이 완전하게 경영권을 양수할 때까지 회사의 자금을 보관하고 있겠다는 명목으로 OOO으로부터 회사명의의 통장, 도장 및 비밀번호를 넘겨 받았던 것으로(생략)...” “OOO나 당시 피해자 회사의 대표이사인 OOO, 이사인 OOO 등이 피고인들이 피해자 회사의 예금으로 이 사건 예금증서를 매입하여 이를 담보로 이 사건 계약의 계약금 및 중도금을 마련하는 데 대하여 사전에 동의 내지 묵인하였다는 점을 인정할 만한 아무런 증거가 없다” 고 기재되어 있고 “OOO를 비롯한 피해자 회사의 대표이사 및 경영진들은 피고인들이 피해자 회사의 예금으로 이 사건 예금증서를 매입하고 이를 대부업체에 담보로 제공한다는 사실을 모르고 있었고, 오히려 피고인들이 OOO를 비롯한 피해자 회사의 경영진들에게 그와 같은 담보제공 사실을 고의로 숨겼다고 보는 것이 경험칙에 부합한다 할 것이다.”라고 기재되어 있는 바,횡령일(2004.6.18.)부터쟁점CD 분실신고일(2004.9.3.)전까지 당시 경영진은 OOO의 횡령행위에 동조하거나 추인한 사실이 없었고, 2004.9.3. 주주총회에서 새로 선출된 경영진(OOO측을 제외한 소액주주 등)이 예금증서가 분실된 사실을 알고 즉각 권리행사에 착수하였으므로 청구법인도 이 때 새 경영진과 함께 분실사실을 알았다할 것이므로 횡령일부터 분실신고전까지 민·형사상 법적조치를 취하지 않았다 하여 청구법인이 OOO의 횡령행위를 추인하였다고 할 수 없다.

(3) OOO를 비롯한 피해자인 청구법인의 대표이사 및 경영진은 OOO이 청구법인의 예금으로 쟁점CD를 매입하고 이를 대부업체에 담보로 제공한다는 사실을 모르고 있었다가, 2004.6.30.경 OOOO OOOOO 주식회사의 부사장인 OOO으로부터 쟁점CD가 사채시장에 유통되고 있다는 이야기를 전해 듣고 이를 OOO에게 보고하여 그때서야 OOOO OOOO 쟁점CD를 피고인 OOO이 보관하고 있지 않은 사실을 알게 되었고, 이에 OOO, OOO, OOOO 2004.7.5.경 OOO을 만나 쟁점CD를 빨리 회수하여 청구법인을 정상화시키고 경영권 인수문제도 해결할 것을 촉구하자, OOO은 자신이 직접 돈을 마련하여 경영을 정상화시키거나, 그렇지 못하더라도 회사의 경영권을 전매하는 등의 방법을 통해서 2004.7.9.까지 해결하겠다고 약속하였고, OOO은 2004.6.30. 청구법인의 주식 80만주 및 경영권을 대금 45억원에 OOO에게 양도하기로 하되, 매매대금 중 35억원을 2004.6.30.까지 청구법인의 계좌에 입금하기로 하고(회사에 반환을 의미함), 잔금은 임시 주주총회에서 OOO가 제시한 이사진이 선임된 후 지급하기로 하는 내용의 양해각서를 작성하였으나, OOO이 약정된 기한까지 위 주식을 타인에게 담보로 제공하여 OOO에게교부하지 못하였고, OOO 역시 청구법인에쟁점CD를반환하지 못하자, OOOO OOO 사이의 주식 양수도 계약 등은 이행되지 않게 되어 청구법인에 횡령액이 반환되지 않게 되자, 경영진은 2004.9.3. 주주총회를 열기로 하고, 2004.9.3. 주주총회에서 새로 선출된 경영진과 청구법인은 쟁점CD 분실사실을 발견하고 OOOOO OOOOOO 분실신고 및 법원에 공시최고신청을 한 후 관련내용을 공시하였으며, 2005.3.16. 그 당시 경영권을 인수한 OOO 및 관련자가 쟁점CD를 횡령하였다고 판단하여 OOO외 2인에 대하여 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령)죄로 고소하고, 관련내용을 공시하였으며,청구법인은 피해자로서 유죄로 확정된 횡령자 OOO 등을 상대로 2007.7.17. 손해배상청구소송을 제기하여 2008.1.31. 서울중앙지방법원 제37민사부로부터 원고승소판결을 받았다.

(4) 2004사업연도 결산확정시 쟁점횡령금액을 기타의 당좌자산으로 분류하였으며, 회수가 불확실하다고 판단되어 쟁점횡령액에 대하여 대손충당금을 설정하였는 바, 쟁점횡령금액 상당액이 횡령 당시 곧바로 사외로 유출되었다고 볼 수 없으므로 쟁점횡령금액을 배당으로 소득처분하여 청구법인에게 원천징수의무를 지우는 소득금액변동통지 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 2004.6.18. OOO이 전 대주주 OOO와 주식양수계약 후 대외적으로 청구법인의 경영권 인수나 대표이사 등으로 취임하지도 않은 상태에서 같은 일자에 청구법인이 OOO에게 자금 35억원이 입금되어 있는 법인통장, 도장 및 비밀번호를 인계하여 OOOO OOO지점으로부터쟁점CD를매입하여 대부업체에 사적 담보로 제공하도록 방치하였다.

(2) 청구법인의 회사내부 문건에 의하면, 2004.6.18.(금요일) OOOO에서 양도성예금증서 발급에 필요한 위임장 등 관련서류를 사전에 제출하지 않았고, 추후 2004.6.23.일경 청구법인의 당시 대표이사였던 OOO의 지시로 관련서류 등을 사후에 제출한 것으로 보아 청구법인의 묵인 내지 동조가 있었던 것으로 판단된다.

(3) 2004.6.18. 이후 OOOO쟁점CD를상당기간(약 77일간) 동안 청구법인에게 반환하지 않았음에도 불구하고, 쟁점CD를 반환받기 위한 어떠한 민·형사상 법적제반 조치도 취하지 않다가 2004.9.3.에 쟁점CD의 분실신고 및 OOOO OOO지점에 사고신고를 하였고, 다음해인 2005.3.16. OOO을 횡령혐의로 OOOOOOOOOO 고소하여 2007.6.15. OOO O OOOO 대해 횡령죄로 징역형이 선고되었으며, 2007.6.29. OOO을 상대로 손해배상청구소송을 제기하여 2008.1.31. 승소하였으나 실질적으로 OOO에 대한 채권확보내용이 없다.

(4) 또한 쟁점CD의 최종소유자인 주식회사 OOOOOO(OO OOOOO”이라 한다)이 만기일인 2004.9.17. 쟁점CD의 당초 발행은행인 OO은행에 지급제시 하였으나, OO은행은 2004.9.3.자 사고신고가 접수되었다는 이유로 예금지급을 거절하자 OO은행은 OO은행 및 청구법인을 상대로 2004.10.21. 예금반환청구소송을 제기하여 승소하였는 바, 판결내용을 보면 쟁점CD의 중간취득자인 OOOOOO 주식회사가 쟁점CD를 매수할 당시인 2004.8.13.에 쟁점CD와 관련된 사고신고가 접수되어 있지 않았던 점 등으로 보아 선의의 취득자로 판단되고 원고 승소한 것으로 확인되어 청구법인이 쟁점CD의 불법매입 및 유통사건의 발생 즉시 고소 및 민·형사상 법적 조치를 취하였더라면 쟁점횡령금액을 반환받았을 것이므로, 청구법인이 횡령사실을 인지한 시점인 2004.6.18. 경에 손해배상채권 확보를 위한 민형사상 법적조치 노력을 기울였다고 주장하기 어렵고 추가 증빙제시가 없는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인의 묵인 등이 있었다고 보는 것이 타당하다.

(5) 청구법인은 코스닥 상장법인으로서 절대적 지분을 소유한 소액주주 등이 존재하기 때문에 실질적 최대주주인 OOO의 의사와 청구법인의 의사를 동일시한다고 볼 수 없다고 주장하나, 실제 경제현실에 있어서는 코스닥 상장법인의 경우에도 비상장주식회사와 마찬가지로 대주주의 의사 및 경제적 이해관계가 회사의 의사와 동일시되거나 경제적 이해관계가 사실상 일치하고 있으며, 소액주주들은 실질적 의결권 행사가 곤란하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인의 대주주인 OOO이 횡령한 금액(35억원)을 OOO에 대한 배당으로소득처분하여 소득금액변동통지를 한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 법인세법

제34조【대손충당금 등의 손금산입】① 내국법인이 각 사업연도에외상매출금ㆍ대여금 기타 이에 준하는 채권의 대손에 충당하기 위하여 대손충당금을 손금으로 계상한 경우에는대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

②내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등대통령령이 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 이 조에서 “대손금”이라 한다)은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를손금에산입한다.

제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(2) 법인세법 시행령

제62조【대손금의 범위】①법 제34조 제2항에서 “대통령령이 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

8.채무자의 파산, 강제집행, 형의 집행, 사업의 폐지, 사망, 실종, 행방불명으로 인하여 회수할 수 없는 채권

③ 제1항 각호의 1에 해당하는 대손금은 다음 각호의 날이 속하는 사업연도의 손금으로 한다.

1. 제1항 제1호 내지 제7호에 해당하는 경우에는 당해 사유가 발생한 날

2. 기타의 경우에는 당해 사유가 발생하여 손금으로 계상한 날

제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자 총액의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 「조세특례제한법」제46조제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」제135조의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

(3) 소득세법

제17조【배당소득】① 배당소득은 당해 연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

4. 법인세법에 의하여 배당으로 처분된 금액

제127조【원천징수 의무】① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각호의 1의 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 자는 이 절의 규정에 의하여 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

2. 배당소득금액(제17조 제3항 단서의 규정에 의하여 총수입금액에 가산하는 배당소득금액을 제외한다)

제128조【원천징수세액의 납부】① 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 원천징수 관할세무서·한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. 다만, 상시고용인원수 및 업종 등을 참작하여 대통령령이 정하는 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 반기의 마지막 달의 다음달 10일까지 납부할 수 있다.

(4) 소득세법 시행령

제192조【소득처분에 의한 배당·상여 및 기타소득의 지급시기 의제】①「법인세법」에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 배당·상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 재정경제부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다. 다만, 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우 또는 당해 법인이 「국세징수법」제86조 제1항 제1호·제2호 및 제4호의 규정에 해당하는 경우에는 당해 주주 및 당해 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하여야 한다.

② 제1항의 경우에 당해 배당·상여 및 기타소득은 그 통지서를 받은 날에 지급하거나 회수한 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세관련 자료에 의하면 아래의 사실이 나타난다.

(가) 처분청은 청구법인의 전 대주주였던 OOO이 2004.6.18. 청구법인의 설립자이자 최대주주인 OOO O OOO OOO 소유의 주식을 양수하여 청구법인의 경영권을 확보한 뒤 쟁점횡령금액을 횡령한 것과 관련하여 손금불산입 배당처분하고 동시에 손금산입 유보처분하여 청구법인에게 쟁점횡령금액을 소득금액변동통지를 한 사실이 확인된다.

(나) 2004.6.13. OOOO OOO O OOOO 소유한 청구법인의 주식 각 60만주 및 20만주와 청구법인의 경영권을 37억원에 인수하기로 합의하였고, 2004.6.18. OOOO OOOO 주식 및 경영권 양수·도 계약을 체결한 후 대부업체에서 선 대출받은 인수대금 30억원 중 29억원을 계약금으로 OOO의 계좌에 송금하고 540,000주에 관한 주권을 교부받은 후 2004.6.21. OOOO OOOO OOO 소유의 주식 20만주를 매입하는 계약(총 매매대금 : 3억5천만원, 계약금 1억, 잔금 2억5천만원)을 체결한 후 2004.6.30. OOO의 대리인 OOO과 청구법인의 주식 80만주 및 경영권을 OOO에게 양도하는 내용의 각서를 작성(양도대금 45억원, 35억원 청구법인에게 입금, 잔금은 이사진 선임 후 지급)하였으며, 2004.7.15. 청구법인은 이사회를 개최하여 2004.9.3. 임시주주총회를 개최하기로 하면서 이사 및 감사 선임, 정관변경, 2004.6.18.자 최대주주 변경, 경영권 이전계약 등을 논의하는 것으로 의결하였고, 2004.8.19. 이사회를 개최하여 OOO이 계약을 이행하지 아니하자 새로운 경영진을 추천(신임이사 및 감사 : OOO, OOO, OOO, OOO, OOO) 하였으며, 2004.9.3. 임시주주 총회를 개최하여 OOO 사장 등 이사 선임안 통과와 쟁점CD 분실신고(OOOOO) 및 공시를 하는 것으로 의결한 후 2005.3.16. 청구법인은 OOO을 횡령죄로 고소하자 2007.6.15. 서울동부지방법원은 OOO을 횡령죄로 2년 6개월의 징역형을 선고하였고, 2007.6.29. 청구법인은 OOO을 상대로 손해배상청구 소송을 제기함에 따라 2008.1.31. 서울중앙지방법원은 원고 승소 판결(OOO은 원금 35억원 및 2007.7.17.부터 갚는 날까지 이자 연 20% 지급)을 한 사실이 심리자료 등에 의하여 확인된다.

(다) 쟁점횡령금액에 대하여 청구법인의 회계처리 및 처분청의 세무조정 내역은 아래 <표1>과 같다

OOOOOOOOOO OOOOO OOOO O OOOO OOOO OO

(라) 2003.12.31. 현재 청구법인의 자본금은 25억5천만원이고, 청구법인이 2003사업년도 법인세 신고시 제출한 주식 등 변동상황명세서에 의한 법인의 주주 및 지분의 구성내역은 아래 <표2>와 같다.

OOOOOOOOOO OO O OOO OOOO

(OO O O, O)

(마) 청구법인은2003.1.28. 타법인지분 취득결의 취소, 2003.11.11. 최대주주 등을 위한 담보제공 등 지연공시를 하여 OOOOO으로부터 불성실공시 지정을 받은 사실이 OOOOOO 전자공시시스템 등에 의하여 확인된다.

(바) 청구법인이 OOO을 횡령혐의로 고소하여 서울동부지방법원장이 OOO에게 징역 2년 6개월, OOO에게 징역 1년 6개월을 선고한 판결문을 보면, OOO이 대부업체로부터 대출받은 30억원의 개인채무에 대한 담보조로쟁점CD를대부업체에 제공함으로써 이를 횡령하였다고 판결하면서청구법인, 대주주 및 대표이사 등의 동의하에 담보제공을 하였는지에 대해서는OOO이 이 사건 계약체결 직후 OOO으로부터 통장 및 도장을건네 받으면서 비밀번호까지 요구하였으나 OOO이 처음에는 거절한 점,OOO이 자신이 곧 대주주가 될 것인데 회사의 자금을 함부로 유출하면 자신이 가장 큰 손해를 볼 것이므로 그와 같은 일은 없을 것이라고 얘기하면서, 자신이 경영권을 완전히 인수할 때까지 현재의 경영진을 믿을 수 없다고 강력히 요구하여 OOO으로부터 “통장과 거래인감을 정히 인수하였고 인수일 이후에 발생되는 문제에 대해서는 인수자인 본인이 책임질 것을 확인한다”는 내용의 확인서를 교부받고, OOO과 동행하여 이 사건 계약의 계약금 및 중도금이 OOOO OOOO 계좌로 각 입금되는 것을 확인한 이후에야 비로소 OOO에게 비밀번호를 알려 준 점, 이 사건 계약 체결일 17 : 00경 OOO 등이 청구법인 예금으로 쟁점CD를 매입한 사실을 보고 받은 OOOO OOO에게 전화하여 이에 대하여 항의하자, 위 OOOO OOOO 독자적으로 한 일이라서 자신은 잘 모른다고 답변한 점,OOOO OOOO 듣고 있는 자리에서 OOO과 통화하면서대주주라도 통장의 돈은 회사의 자금인데 왜 빼내갔느냐며 항의한 점, 이에 OOO이 이 사건 계약체결 현장에 있었던 OOO, OOOO OOOO 사무실로 보내 쟁점CD를 회수해 올 것을 지시하였으나, 위 OOO이 원본을 은행금고에 보관하였는데, 당일이 금요일 저녁이어서 당장 확인시켜 줄 수는 없고 월요일에 돌려주겠다고 하면서 사본만을 확인시켜주자, OOO은 “쟁점CD의 분실, 매각, 훼손의 사유로 회사에 불이익이 발생할 시에는 아래 OOO이 공동으로 민·형사상의 책임을 질 것을 확인한다”는 내용의 확인서에 OOO O OOO, OOO 등의 서명을 받은 점, OOO의 위와 같은 설명에 따라 계약체결 다음 주 월요일인 2004.6.21. 쟁점CD의 원본을 반환받기 위하여 위 OOO의 사무실을 방문한 OOOOO OOOO OOO로부터 쟁점CD를 잠시 빌려 이를 자신이 소지하고 있음을 확인시켜 주면서 경영권을 완전히 인수할 때까지 자신이 쟁점CD를 보관하고 있겠다며 OOO을 그냥 돌려보낸 후, OOO에게 쟁점CD를 곧바로 반환한 점, OOO은 이 사건 계약체결 약 일주일전, OOO으로부터 주식인수대금을 마련해 달라는 부탁을 받고 평소 알고 지내던 대부업체의 직원인 OOO를 방문하여 청구법인의 주식인수대금으로 30억원을 대출해 주면, 청구법인 명의의 예금 35억원으로 쟁점CD를 매입하여 이를 담보로 제공하겠다고 제의한 점, 이에 이 사건 계약 체결 2일 전 쯤 OOOO OOOO 만나, 대부업체가 위 OOO에게 주식인수대금으로 30억원을 대출해 주면, 청구법인의 예금으로 쟁점CD를 매입하여 이를 담보로 제공하되, 3개월 후 차용금 및 이자 합계 33억5천만원과 쟁점CD를 교환하기로 약정한 점, 회사의 자금이 외부로 인출된 경우 다음 날 12:00까지 공시하여야 하고, 불성실 공시가 3회 이상이면 주식거래시장에서 퇴출되는데, 당시 청구법인은 이미 2회의 불성실 공시가 있었던 상황이고, 쟁점CD 매입사실이 확인된 시점이 금요일 저녁이어서 청구법인 측에서는 공시 시한까지 쟁점CD의 원본을 확인하고 이를 공시할 수도 없는 상황이었던 점, OOO을 비롯한 청구법인의 경영진들은 이후 OOO이 쟁점CD를 빠른 시일 내에 회수하여 불성실 공시가 문제되지 않도록 위 OOO에게 협조할 수 밖에 없었던 점, 피고인들(OOO 등) 스스로도 각 검찰에서 위와 같은 담보제공 사실에 관하여 청구법인의 대표이사인 OOO이나 청구법인의 운영진에게 말한 바 없다고 진술하고 있는 점, 특히 OOO은 제1회 경찰 피의자신문시 회사자금을 담보로 제공한다는 점에 관하여 OOOO OOO 등에게 이야기하지 않아 모르고 있었던 것으로 추측된다고 진술한 점,OOO이 경찰에서 OOO와 대질신문을 받을 당시, OOO가 위 OOOOO OOO를 비롯한 경영진들과쟁점CD매입 및 담보제공에 관하여 미리 합의하였다면, 이 사건 계약체결 당일쟁점CD매입에 관하여 항의하기 위하여 위 OOO의 사무실을 방문한 OOO 일행에게 미리 합의한 내용대로 담보로 제공하였을 뿐이라는 항변을 하지 않은 이유를 추궁하자, OOO 등이 위 일시에 자신의 사무실을 방문한 기억이 없다고 할 뿐 달리 그에 관한 설득력 있는 답변을 제시하고 있지 못한 점,OOO는 주가조작 및 청구법인의 자금을 횡령한 사건 등으로 2004.3.31. 청구법인의 대표이사직에서 사임한 이후 회사 경영에 전혀 관여하지 않아, 이 사건 계약 체결 당시 OOOOO OOO에게 청구법인의 통장 등을 OOO에게 교부하라고 할 만한 입장이 되지 못하였다고 진술하고 있는 점 등을 종합해 볼 때 OOO를 비롯한 청구법인의 대표이사 및 경영진들은 OOO 등이 청구법인의 예금으로 쟁점CD를 매입하고 이를 대부업체에 담보로 제공한다는 사실을 모르고 있었고, 오히려 OOO OO OOO를 비롯한 청구법인의 경영진들에게 그와 같은 담보제공 사실을 고의로 숨겼다고 보는 것이 경험칙에 부합한다 라고 기재되어 있다.

(사) 2011.4.14. 우리 원 조세심판관회의에 청구법인의 대표이사인 OOO이 출석하여 청구법인은 쟁점CD 분실신고를 늦게 한 이유에 대해서는 2004.6.18. OOO이 쟁점CD를 매입하였다는 사실을 보고받은 OOOO OOOOO OOO O OOO,OOOO OOO에게 보내 쟁점CD를 회수할 것을 지시하여 OOO OO OOOO 만나서 쟁점CD를 반환할 것을 요구하자, OOO은 은행금고에 보관 중이라고 하면서 쟁점CD 사본만을 보여 주면서 경영권을 완전히 인수할 때까지 자신이 보관하겠다고 하였고, 회사자금이 외부로 인출된 다음 날 (2004.6.19.) 12:00까지 공시하여야 하며, 불성실공시가 3회 이상이면 주식거래시장에서 퇴출되는 데 당시 회사는 2회의 불성실공시가 있었던 상황이었고, OOO 등 경영진은 이후 OOO이 CD를 빠른 시일 내에 회수하여 불성실 공시가 문제되지 않도록 OOO에게 협조할 수밖에 없었으며, 대표이사 및 경영진은 OOO이 쟁점CD를 대부업체에 담보로 제공한다는 사실을 모르고 있었다가, 2004.6.30.경 쟁점CD가 사채사장에 유통되고 있다는 사실을 알게 되어 2004.7.5. OOO,OOO,OOOO OOOO 만나 쟁점CD를 빨리 회수하여 회사를 정상화시키고 경영권 인수문제도 해결할 것을 촉구하자, OOO은 자신이 직접 돈을 마련하여 경영을 정상화시키거나, 회사 경영권을 전매하는 방법으로 2004.7.9.까지 해결하겠다고 약속하였고, OOOO 2004.6.30. OOO에게 경영권을 양도하기로 하는 양해각서를 작성하면서 매매대금 중 35억원을 회사계좌에 입금하기로 하였으나, 약정된 기한까지 주식을 OOO에게 교부하지 못하였고, OOO도 회사에 35억원을 입금하지 아니하자 2004.7.15. OOO,OOO,OOOO 이사회를 개최하여 임시주주총회일, 이사·감사 선임, 정관변경 등을 결의하였으며, 2004.8.19. 경영진은 OOO이 쟁점CD를 회사에 반환하지 않자 새로운 경영진을 추천하게 되었고, 2004.9.3. 주주총회를 통해 OOO 등 새로운 경영진을 선출한 후, 분실사실을 OOOOOO 신고하게 되었고, 횡령일로부터 분실신고일까지 77일간 청구법인이 충분한 회수조치를 취하지 못한 이유에 대해서는 횡령당시 청구법인은 2번(2003.1.28. 타법인지분 취득, 2003.11.11 최대주주 등을 위한 담보제공 등 지연공시)의 불성실공시가 있어서 횡령사실을 추가로 불성실공시할 경우 코스닥상장법인에서 퇴출되는 상황이었고, 청구법인은 35억원을 회수하는 것이 목적이라 OOO을 회유·압박하여 OOO의 회사 경영권 전매, 부동산 담보제공, 주식매각 등을 통해 횡령액을 변제하겠다는 약속을 믿는 관계로 시일이 지체되었으며, OOO에게 청구법인의 예금통장과 비밀번호 및 도장 등을 넘겨 준 이유에 대해서는OOO은 회사의 경영권을 인수하는 과정에서 현재의 경영진을 신뢰할 수 없으므로 주주총회를 통하여 자신이 완전하게 경영권을 양수할 때까지 회사의 자금을 보관하고 있겠다고 하여 이사인 OOO이 회사명의의 통장, 도장 및 비밀번호를 넘겨 주게 된 것이라고 의견진술을 하였다.

(2) 처분청이 청구법인의 대주주인 OOO이 횡령한 쟁점횡령금액을 배당으로 소득처분하여 소득금액변동통지를 한 처분이 정당한지이에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 OOO이 전 대주주 OOO와 주식양수계약 후 대외적으로 청구법인의 경영권 인수나 대표이사 등으로 취임하지도 않은 상태에서 청구법인이 OOO에게 자금 35억원이 입금되어 있는 법인통장·도장 및 비밀번호를 인계하여 OOOO OOO지점으로부터쟁점CD를매입하여 대부업체에 사적으로 담보로 제공하도록 방치하였던 점, OO은행에서 양도성예금증서 발급에 필요한 위임장 등 관련서류를 사전에 제출하지 않았으며, 추후에 청구법인의 당시 대표이사였던 OOO의 지시로 관련서류 등을 사후에 제출한 점, 쟁점CD가 상당기간(약 77일간) 동안 청구법인에게 반환되지 않았음에도 불구하고 반환받기 위한 어떠한 민·형사상 법적제반 조치도 취하지 않다가 2004.9.3.에 쟁점CD의 분실신고 및 OOOO OOO지점에 사고신고를 하였고, 다음해인 2005.3.16. OOO을 횡령혐의로 OOOOOOOOOO 고소하고 서울중앙지방법원에 손해배상청구소송을 제기하여 승소하였으나 실질적으로 OOO에 대한 채권확보내용이 없는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인의 묵인 내지 동조가 있었던 것으로 판단된다는 의견이다.

(나) 그러나, 법인의 실질적 경영자인 대표이사 등이 법인의 자금을 유용하는 행위는 특별한 사정이 없는 한 당초부터 회수를 전제로 하여 이루어진 것이 아니어서 그 금액에 대한 지출 자체로서 이미 사외유출에 해당한다고 할 것이고(대법원 2001.9.14. 선고 99두3324 판결 외 다수), 여기서 그 유용 당시부터 회수를 전제하지 않은 것으로 볼 수 없는 특별한 사정에 대하여는 횡령의 주체인 대표이사 등이 법인 내에서의 실질적인 지위 및 법인에 대한 지배 정도, 횡령행위에 이르게 된 경위 및 횡령 이후의 법인의 조치 등을 통하여 그 대표이사 등의 의사를 법인의 의사와 동일시하거나 대표이사 등과 법인의 경제적 이해관계가 사실상 일치하는 것으로 보기 어려운 경우인지 여부 등 제반 사정을 종합하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 하며, 이러한 특별한 사정은 이를 주장하는 법인이 입증하여야 하는 것이며, 횡령의 주체인 대표이사 등이 사실상 경영자에 해당하여도 주권상장법인이나 코스닥등록법인의 경우처럼 다수의 소액주주가 있는 경우에는 자금을 횡령한 대표이사 등의 의사를 법인의 의사와 동일시하거나 서로 간의 경제적 이해관계가 일치하는 것으로 보기 어렵고, 횡령사실을 인지한 후에 관련자를 형사고소하고 민사상 손해배상을 청구하는 등 법인이 횡령 등의 불법행위를 묵인 또는 추인하지 아니하였으며, 법인이 그 횡령사실을 알게 된 직후부터 권리 행사에 착수하여 횡령으로 인한 손해배상채권 등을 확보하는 경우에는, 법인이 횡령 등의 불법행위로 인한 손해배상채권을 보유하고 있다고 봄이 상당하고 횡령 당시 곧바로 횡령금 상당액의 자산이 사외유출 되었다고 보기는 어렵다고 할 것인 바(2008.11.13. 선고 대법원 2007두23323 및 2008.11.13. 선고 대법원 2008두1009 참조),

이 건의 경우, OOO이2004.6.18.부터 2004.9.3.까지 청구법인의 대주주이기는 하나 청구법인은 코스닥 상장법인으로 소액주주 비율이 57%로 확인되고,법인의 중요사항은 이사회규정에 의한 이사회 의결을 거쳐 결정되고 있는 점 등으로보아 OOO이 청구법인을 지배하는 위치에 있다거나 OOO의 의사를청구법인의 의사와 동일하게서로 간의 경제적 이해관계가 일치하는 것으로 보기는 어려운 점, OOO이 청구법인의 대표이사로 등기부등본에 등재되어 있지 않았을 뿐만 아니라 실질적으로 경영권을 행사한 사실이 확인되지 않는 점, 서울동부지방법원 판결문(2006고합80, 2007.6.15)을 보면 OOO이예금을 인출하여 쟁점CD를 매입하고 이를 자신의 개인 채무에 대한 담보로 제공한 행위에 대하여는 횡령죄에 해당하고 OOO를 비롯한 청구법인의 대표이사 및 경영진들은 OOO 등이 청구법인의 예금으로 쟁점CD를 매입하고 이를 대부업체에 담보로 제공한다는 사실을 모르고 있었으며, 오히려 OOO OO OOOO 비롯한 청구법인의 경영진들에게 그와 같은 담보제공 사실을 고의로 숨겼다고 보는 것이 경험칙에 부합한다고 판결한 점,횡령일(2004.6.18.)부터쟁점CD분실신고일(2004.9.3.)전까지 당시 청구법인의 경영진이 OOO의 횡령행위에 동조하거나 추인한 사실이 확인되지 아니하는 점, 2004.9.3. 주주총회에서새로 선출된 경영진과 청구법인은 예금증서 분실사실을 발견하고 OOOOO OOOOOO 분실신고를 하고 법원에 공시최고 신청을 한 후 관련내용을 공시한 점, 2005.3.16. 경영권을 인수한 OOO 외 2인에 대하여횡령죄로 고소하고 관련내용을 공시하였으며,유죄로 확정된 OOO 등을 상대로 손해배상청구소송을 제기하여 서울중앙지방법원으로부터 승소판결을 받았고2004사업연도 결산확정시 쟁점횡령금액을 기타의 당좌자산으로 분류하면서 대손충당금을 설정한 점, 횡령당시 청구법인은 2번의 불성실공시가 있어서 횡령사실을 추가로 불성실공시할 경우 코스닥상장법인에서 퇴출되는 상황이었던 점, 당시 경영진으로서는 동 금액 회수가 최우선이었던 점,OOO은 회사의 경영권을 인수하는 과정에서 현재의 경영진을 신뢰할 수 없으므로 주주총회를 통하여 자신이 완전하게 경영권을 양수할 때까지 회사의 자금을 보관하고 있겠다고 하여 이사인 OOO이 회사명의의 통장, 도장 및 비밀번호를 넘겨 주게 된 것이라고 의견진술한 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 횡령일 이후 다소 지체가 있었다고 보여지나, OOO의 불법적인 횡령행위를 묵인하거나 추인한 것으로는 보이지 아니하므로 청구법인이 횡령 등의 불법행위로 인한 손해배상채권을 보유하고 있다고 봄이 상당하고 횡령 당시 곧바로 횡령금 상당액의자산이 사외유출되었다고 보기는 어렵다고 할 것이다(2008.11.13.선고 대법원 2007두23323 및 2008.11.13. 선고 대법원 2008두1009 참조).

따라서 위에서 살펴 본 바와 같이 특별한 사정이 인정되는 이 건의 경우, 쟁점횡령금액이 사외유출된 것으로 보기는 어렵다 할 것이므로 OOO에 대한 손해배상채권으로서 사내유보되어 있는 것으로 소득처분하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.