나. 소득세법 제23조 제2항 제2호 에 의한 장기보유특별공제는 납세의무자의 공제주장이 없어도 법률상 당연히 공제되어야 할 것인지 여부(적극)

나. 소득세법 제23조 제2항 제2호 에 의한 장기보유특별공제는 특별히 납세의무자의 공제주장이 없다 하더라도 법률상 당연히 공제되어야 한다.

원심판결 이유를 기록과 관계법령에 대조하여 살펴본바, 원심이 이 사건 토지의 양도시기를 당해 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일인 1989.6.27.로 보고, 그 양도가액과 취득가액의 기준시가를 결정함에 있어서 위 양도일이 이 사건 토지의 소재지가 특정지역으로 지정고시된 1989.6.24. 이후라는 이유로 특정지역에 있어서의 기준시가 평가방법을 적용한 조치는 정당한 것으로 수긍이 되고, 거기에 특정지역에 대한 기준시가의 적용시기에 관한 법리를 오해한 위법이 있다 할 수 없다.

소론이 들고 있는 판례는 이 사건과 사안을 달리하는 것으로서 선례로 삼을 수 없는 것이다. 논지는 이유 없다.

2. 상고이유 제2점을 본다.

가. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 피고가 이 사건 토지의 취득 및 양도가액을 기준시가에 의하여 결정하여 그 양도차익을 금 37,900,846원으로 산정하고, 여기서 양도소득특별공제와 양도소득공제를 한 금액을 과세표준으로 하여 세액을 산출하여 원고에 대하여 이 사건 양도소득세 등을 부과처분한 것이 적법하다고 판단하였다.

나. 그러나 소득세법 제23조 제2항 , 제4항 및 제45조 제1항 의 각 규정에 따라 기준시가에 의하여 양도차익을 결정함에 있어서 양도가액에서 취득가액 등 필요경비를 공제하여 산정한 양도차익이 실지양도가액을 넘는 경우에는 실질과세의 원칙상 실지양도가액을 그 한도로 하여야 한다는 것이 당원의 확립된 견해인바 ( 당원 1991.5.28. 선고 91누360 판결 ; 1987.12.22. 선고 87누483,484 판결 등 참조), 이 사건에서 원고는 이 사건 토지의 실지양도가액이 금18,900,000원 또는 17,000,000원에 불과하다고 주장하고 있는 터이므로, 원심으로서는 마땅히 그 실지양도가액을 심리확정하고 기준시가에 의한 양도차익이 위 실지양도가액을 넘는지의 여부를 살펴보았어야 할 것임에도 불구하고, 이에 이르지 아니하였음은 소득세법상의 양도차익 산정에 관한 법리를 오해하고 심리를 다하지 아니한 위법을 저질렀다고 아니할 수 없다. 이 점 논지는 이유 있다.

다. 또한 소득세법 제23조 제2항 제2호 에 의하면, 자산의 취득일로부터 양도일까지의 보유기간에 따라 5년 이상 10년 미만인 경우에는 양도차익의 100분의 10, 10년 이상인 경우에는 양도차익의 100분의 30에 해당하는 금액을 장기보유특별공제액으로서 양도차익에서 공제하도록 규정되어 있는바, 위 장기보유특별공제는 특별히 납세의무자의 공제주장이 없다 하더라도 법률상 당연히 공제되어야 할 것임은 물론이다 ( 당원 1992.2.28. 선고 91누6597 판결 참조).

이 사건의 경우, 피고는 위와 같이 이 사건 양도소득세 과세표준을 계산함에 있어 양도소득특별공제액과 양도소득공제액만을 공제하고 위 장기보유특별공제액은 이를 공제함이 없이 과세표준을 산정하여 이 사건 부과처분을 하였으나, 기록에 의하면 원고는 이 사건 토지를 그 취득일로부터 적어도 5년 이상 보유하다가 양도하였음이 명백하므로, 원심으로서는 원고의 주장을 기다릴 필요 없이 위와 같이 확정한 보유기간에 따라 위 법 소정의 장기보유특별공제를 하여 정당한 세액을 산출하였어야 할 것이다.

그럼에도 불구하고 원심이 이를 간과한 채 이 사건 부과처분이 적법하다고 하여 원고의 청구를 기각하였으니 이는 소득세법상의 장기보유특별공제 및 행정소송의 직권심리사항에 관한 법리를 오해한 잘못이 있다고 할 것이다. 이 점을 지적하는 논지도 이유 있다.

3. 그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.