가. 청구인은 1990.3.20. 개업하여 ‘OO정공’이라는 상호(현재 상호는 ‘OO’임)로 ‘금형, 콘넥타 및 반도체기기 제조업’을 영위하고 있는 사업자로 OOOO은행에 대한 채무 상환을 위하여 2006.5.18. OOOO은행과 경영정상화계획의 이행을 위한 협약으로 기업 체인지업작업 추진협약과 이에 따른 여신거래특별약정(이하 “경영정상화협약”이라 한다)을 체결하고, 2006.11.8. 및 2006.11.15.자로 사업용으로 사용하던 OOO OOO OOO OOO 98-27번지외 5필지의 토지 3,306㎡와 동 지상건물 1,072.79㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 매매대금 16억원에 양도한 후, 동 양도대금 중 1,161,650,000원을 OOOO은행에 대한 금융채무 상환에 사용하고, 2007.5.31. 양도소득세 확정신고를 하면서 「조세특례제한법」 제34조의 규정에 의하여 동 채무상환금액에 대한 양도소득세의 50%인 67,786,853원을 감면세액으로 신고하였다.

나. 처분청은 청구인이 감면신청한 서류의 다른 사항에 대하여는 이견이 없으나, 청구인이 OOOO은행과 체결한 경영정상화협약에 채무면제액이 포함되어 있지 아니하여 청구인이 「조세특례제한법」제34조 제2항의 감면요건을 충족하지 못하였다고 보아 양도소득세 감면을 배제하고, 2008.7.5. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 74,619,760원을 추가로 경정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008.8.7. 이의신청을 거쳐 2008.11.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

OOOO의 금융부채 상환에 대한 과세특례를 규정하고 있는 「조세특례제한법」 제34조 제1항은 경영정상화협약에 ‘채무의 면제’라는 요건이 있는 경우에 그 채무면제액에 대하여 법인세의 과세특례를 적용하도록 한 규정이고, 제2항은 경영정상협약에 ‘사업용 부동산의 양도를 통한 채무상환계획’이 있는 경우에 그 채무상환액에 대하여 양도소득세의 과세특례를 적용하도록 한 규정으로 청구인은 「조세특례제한법」 제34조 제2항의 취지에 맞추어 사업용 자산을 양도하고, 그양도대금으로 금융채무를 상환하여 재무구조를 개선하였는데도 처분청은 청구인과 OOOO은행이 체결한 경영정상화협약에 ‘채무의 면제액’이 포함되어 있지 아니하여 청구인이 「조세특례제한법」 제34조 제2항의 양도소득세 감면요건을 충족하지 못하였다고 본 것이므로 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인이 감면신청한 서류의 다른 사항에 대해서는 이견이 없으나, 「조세특례제한법」 제34조 제2항에서 “제1항 각호의 요건을 모두 갖춘 경우에” 제2항의 과세특례를 적용하도록 하였고, 제1항 제1호에서 경영정상화계획의 이행을 위한 협약에 ‘채무의 면제액과 당해 사업에 직접 사용하던 사업용 부동산의 양도를 통한 채무상환계획이 포함되어 있을 것’이라는 요건이 규정되어 있는데, 청구인이 OOOO은행과 체결한 경영정상화협약에는 ‘채무의 면제액’이 나타나 있지 아니하므로 처분청이 국세청 과세쟁점자문위원회의 자문을 거쳐 청구인이 「조세특례제한법」 제34조 제2항의 양도소득세 감면요건을 충족하지 못하였다고 보아 양도소득세 감면을 배제한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인에게 「조세특례제한법」 제34조 제2항의 양도소득세 과세특례를 적용할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1)조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의것) 제34조 【OOOO의 금융채무상환 등에 대한 과세특례】 ① 5년 이상 계속하여 OOOO을 영위한 내국인이 그 내국인에 대한 채권을 보유하는 대통령령이 정하는 금융기관(이하 이 조 및 제41조에서 "채권금융기관"이라 한다)과 경영정상화계획의 이행을 위한 협약을 체결하고 채권금융기관으로부터 2007년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 채무를 면제받은 경우에는 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 그 면제받은 채무에 상당하는 금액(대통령령이 정하는 결손금을 초과하는 금액에 한한다)을 익금 또는 총수입금액에 산입하지 아니할 수 있다. 이 경우 당해 금액은 채무를 면제받은 날이 속하는 과세연도의 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 3개 과세연도의 기간동안 균등액 이상을 익금 또는 총수입금액에 산입하여야 한다.

1. 경영정상화계획의 이행을 위한 협약에 채무의 면제액 및 당해 사업에 직접 사용하던 사업용부동산(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한하되, 제41조 제1항의 규정에 의하여 무상으로 받은 부동산의 경우에는 취득시기를 불문한다)의 양도를 통한 채무상환계획이 포함되어 있을 것

2. 채무상환계획에는 사업용부동산의 양도일부터 3월 이내에 채무를 상환한다는 내용이 포함되어 있을 것

3. OOOO과 채무를 면제한 채권금융기관이 「법인세법」 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자가 아닐 것

② 5년 이상 계속하여 OOOO을 영위한 내국인이 제1항 각호의 요건을 모두 갖추어 2007년 12월 31일까지 사업용부동산을 양도하고 그 양도대금으로 당해 채권금융기관에 대한 채무를 상환하는 경우 당해 사업용부동산을 양도함에 따라 발생하는 양도차익(양도가액 중 채무상환에 사용된 양도차익상당액을 말한다)에 대하여 법인의 경우에는 제1항 각 호 외의 부분의 규정을 준용하여 익금에 산입하지 아니할 수 있고, 거주자의 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

④ 제1항의 규정에 의하여 채무를 면제한 채권금융기관은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 그 면제한 채무에 상당하는 금액을 손금에 산입한다.

⑥제1항의 규정에 의한 경영정상화계획에 포함될 내용, 같은 항 제2호의 규정에 의한 채무상환기한의 판정, 경영정상화계획의 이행을 위한 협약 및 세액감면신청서의 제출 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. [본조신설 2005.12.31]

(2) 조세특례제한법 시행령(2006.12.30. 대통령령 제19811호로 개정되기 전의 것) 제31조 【OOOO의 금융채무상환 등에 대한 과세특례】 ③ 법 제34조 제1항 제1호의 규정에 따른 경영정상화계획의 이행을 위한 협약(주채권금융기관 또는 채권이 가장 많은 금융기관과 체결한 협약을 말한다)에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.

1. 금융기관별 부채총액 및 그 내역

2. 사업용 부동산의 보유명세 및 양도부동산의 명세와 양도예정가액

3. 채무상환계획

4. 금융기관의 채무조정내역

④ 법 제34조 제1항 제2호의 규정에 따른 채무의 상환은 다음 각 호에 규정하는 날부터 3월 이내에 이행하여야 한다.

1. 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제3호에서 규정하는 장기할부조건으로 양도하는 경우 : 각 회의 부불금(계약금은 첫 회의 부불금에 포함되는 것으로 한다)을 수입한 날

2. 제1호 외의 경우 : 「소득세법 시행령」 제162조 제1항(제3호 및 제4호를 제외한다)에서 규정하는 날 [본조신설 2006.2.9]

(3) 소득세법(2006.12.30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】 ② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1990.3.20. 개업하여 ‘금형, 콘넥타 및 반도체기기 제조업’을 영위하고 있으며, 2001.12.19. 쟁점부동산 중 토지를 취득하고, 2002.12.9. 지상건물을 신축하여 사업용 부동산으로 사용하여 오다가 금융기관 부채상환을 위하여 2006.5.18. 채권금융기관인 OOOO은행과 경영정상화협약을 체결하고, 2006.11.8. 및 2006.11.15.자로 쟁점부동산을 양도한 후, 2006.11.14. 사업장을 OOO OOO OOO 132-4번지로 이전하여 현재까지 사업을 영위하고 있다.

(2) OOOO은행장(OOO지점장)이 2006.5.18. 청구인에게 보낸 ‘기업 체인지업작업 추진업체 선정’이라는 제목의 문서에는 다음과 같은 내용이 기재되어 있다.

(가) 청구인에 대한 「기업 체인지업작업 추진업체 선정 및 채권재조정」 건이 선임심사협의회에서 가결 확정되었는 바, 그에 따른 업무처리방법을 통보합니다.

1) 체인지업작업 추진기간 : 2006.5.18.～2007.6.30.

2) 채권재조정 내용 : 대출금의 상환기간을 2007.6.30.까지 유예하고, 상환유예기간 중 기일이 도래되는 채권재조정 여신에 대하여는OOOO자금대출로 대환하되, 최종 만기일이 2007.6.30. 이전 또는 1년 이내에 도달하는 대출금은 대출만기일을 기간연장 또는 대환일로부터 1년 이내로 운용하고, 대출금의 금리는 연 8.06%를 적용하되, 적정금리산출표상 금리가 연 8.06% 이하일 경우에는 산출표상의 금리를 적용함<한도거래여신 제외>.

3) 특별약정 체결 : 재무구조개선을 위한 특별약정 체결

(나) 사후관리 : 심사부는 매월 영업 및 자금수지 등 회사의 경영변동상황을 점검하고, 영업점은 붙임 서식에 의해 여신거래특별약정을 체결하여 원본은 채권서류철에 보관하고, 사본은 심사부로 제출함.

(다) 여신운용 : 상기 선임심사협의회의 의결내용에 대한 여신운용은 별도의 본부 승인절차 없이 영업점장의 전결로 취급하며, 기타 사항은 「기업 체인지업작업 업무지침」에 의함.

(3) 위 공문에 첨부된 여신거래특별약정서(2006.5.18.)에는 청구인과 OOOO은행간에 체결된 『재무구조개선을 위한 특별약정』 내용이 아래와 같이 기재되어 있다.

(가) 제1조(재무구조 개선) 청구인은 재무구조개선을 위하여 2006.12.31.까지 OOO OOO OOO OOO 98-28번지에 소재하는 현 사업장을 매각하기로 한다.

(나) 제2조(은행의 창구에 대한 동의) 유상증자, 회사자산 매각, 관계회사 정리 등의 필요성이 인정되어 은행이 이를 청구할 경우에는 이에 응하기로 한다.

(다) 제3조(중요사항의 사전협의)에서 기업의 합병, 영업양도, 중요한 자산의 매각·임대 또는 담보제공, 연대보증, 신규사업의 진출, 부동산 취득 등 회사경영상 중요사항에 대하여는 은행과 사전에 협의하기로 한다.

(라) 제4조(자료제출) 결산재무제표, 차입금 변동상황 등 은행이 필요하여 요구하는 자료는 즉시 제출하며 장부, 공장, 사업장 등에 대한 은행의 조사에 적극 협조하기로 한다.

(마) 제5조(약정 불이행시 은행조치) ① 정당한 이유없이 제1조 내지 제4조의 특약사항을 이행하지 아니하는 경우에는 은행에서 대출금에 대한 기한의 이익을 상실시키거나 대출기일에 여신한도 감액, 전액 상환요구 등을 받아도 이의 없기로 한다. ② 양 당사자간 매각하기로 합의한 자산 중 장기 미처분 물건에 대하여는 은행에서 한국자산관리공사에 매각위임 등 임의처분을 의뢰하더라도 이의 없기로 한다.

(4) OOOO은행장이 발행한 금융거래확인서에 의하면, 2006.5.18. 현재 청구인의 OOOO은행에 대한 대출잔액은 15건 1,594,646,786원으로 나타나고, OOOO은행은 동 대출금에 대한 담보로 청구인의 OOO OOO OOO OOO 98-28번지 소재 부동산과 기계장치 등에 채권최고금액 17억원의 근저당을 설정하고 있었으며, 최근 3개월내에 10일 이상 연체된 사실이 있는 대출금은 2건 16,101,883원인 것으로 나타난다.

(5) 청구인은 위 대출금 상환을 위하여 2006.11.8. 및 2006.11.15.자로 쟁점부동산을 16억원에 매각하였고, 그 매각대금으로 2006.11.9.까지 OOOO은행에 대한 대출원리금 중 1,161,650,000원을 상환한 것으로 확인된다.

(6) 청구인으로부터 양도소득세 감면신청을 받은 처분청은2008.7.16. 국세청장에게 ‘청구인에게 「조세특례제한법」 제34조 제2항의 과세특례를 적용할 수 있는지’ 여부에 대한 과세기준자문신청을 하였는 바, 국세청장은 2008.8.20. ‘ 「조세특례제한법」 제34조 제2항의 과세특례 규정은 5년 이상 계속하여 OOOO을 영위한 내국인이 동 조 제1항의 요건을 모두 갖추어 2007.12.31.까지 사업용 부동산을 양도하고 그 양도대금으로 채권 금융기관에 대한 채무를 상환하는 경우에 한하여 적용하는 것임’이라고 통보하였다(OOO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO)O

(7) 한편, 국세청장이 2006년 3월에 발행한 『개정세법 해설』책자에는 「조세특례제한법」 제34조 및 「조세특례제한법 시행령」 제31조의 신설 취지가 아래와 같이 기재되어 있다.

(가)2007.12.31.까지 5년 이상 사업을 영위한 OOOO이 채권금융기관과 경영정상화계획의 이행을 위한 협약을 체결한 경우로서 일정요건 충족시 세제지원

(나) 요건

1) 협약서에 채무면제, 부동산 처분에 따른 채무상환계획이 포함되어 있을 것

2) 금융기관과 특수관계가 없을 것

3) 금융채무의 범위

가) OOOO이 보유하고 있는 금융기관에 대한 채무

나) 사업과 관련하여 차입한 차입금(당좌차월 제외) 및 이자

다) 자금조달목적으로 발행한 회사채 또는 기업어음으로서 채권금융기관이 매입하거나 보증한 것

(8) 이상의 내용을 종합하여 살피건대,

(가) 2005년말에 신설된 「조세특례제한법」 제34조(2006년부터2007년까지 한시적으로 적용)는 5년 이상 계속하여 OOOO을 영위한내국인이 채권금융기관과 경영정상화협약을 체결하고, 그 경영정상화 협약에 따라 기업구조개선을 한 경우에 대한 세제지원 내용을 규정하고 있는데, 그 제1항과 제4항은 OOOO의 구조개선을 위하여 채권금융기관이 채무자인 OOOO의 부담을 완화해 준 부분에 대한 세제지원 내용을, 제2항은 OOOO이 스스로 자구노력을 한 부분에 대한세제지원 내용을, 제3항은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 세제지원을 받은 OOOO이 경영정상화협약에 따른 의무를 이행하지 않은 경우에 대한 제재내용을 각각 규정하고 있으며, 제1항, 제2항 및 제4항의 세제지원을 받을 수 있는 요건은 제1항 각호에서 규정하고 있다.

(나) 그 내용을 좀 더 상세히 살펴보면, 제1항은 OOOO이 경영정상화협약상의 채권·채무재조정계획에 따라 채권금융기관으로부터채무의 전부 또는 일부를 면제받은 경우에 그 채무면제액을 당해 사업연도 익금 또는 총수입금액에 산입하지 아니하고, 3년 거치 3년 분할의방법으로 익금 또는 총수입금액에 산입하여 그 채무면제액이 기업구조개선에 실질적으로 도움이 될 수 있도록 한 규정이고, 제4항은 제1항에 의한 채무면제액을 그 채무를 면제한 채권금융기관의 손금에 산입할 수 있도록 한 규정이며, 제2항은 OOOO이 사업용 부동산을 처분하여 채권금융기관에 대한 부채를 상환하는 경우에 당해 사업용 부동산을 양도함에 따라 발생하는 양도차익 중 채무상환에 사용된 양도차익 상당액에 대하여 법인에 대하여는 제1항을 준용하여 익금 등에 산입하지 아니할 수 있고, 개인의 경우에는 그 양도소득세의 50%를 감면하여 사업용 부동산의 양도대금이 기업구조개선에 실질적으로 도움이 될 수 있도록 한 규정임을 알 수 있다.

(다) 한편, 위 제1항, 제2항 및 제4항의 세제지원을 받을 수 있는 요건은 제1항 각호에 규정되어 있는데, 제1항 제1호에서 경영정상화협약에 ‘채무의 면제액’ 및 ‘사업용 부동산의 양도를 통한 채무상환계획’이 포함되어 있을 것을 그 요건의 하나로 규정하였으므로제1항,제4항은 물론 제2항의 세제지원을 받기 위해서도 그 경영정상화협약에 ‘채무의 면제액’이 포함되어 있을 것을 요건으로 한다고 할 수 있다.

(라) 이 경우, 제1항 제1호에 규정된 ‘채무의 면제액’을 채무 원금의 면제만을 의미하는 개념으로 보아야 할지, 아니면 대환 대출·상환기간 연장·이자율 조정 등을 통하여 면제받은 채무를 포함하는 개념으로 보아야 할지 여부가 분명하게 규정되어 있지 아니하나, 「조세특례제한법 시행령」 제31조에서 제3항에서 경영정상화협약에 포함될 사항으로 ‘채무의 면제액’이라는 표현 대신에 ‘금융기관의 채무조정내역’이라는 용어를 사용하고 있는 점, 기업회계기준서 제13호(채권·채무재조정) 문단 6.에서도 “채권·채무재조정”이라 함은 채무자의 현재 또는 장래의 채무변제능력이 현저하게 저하된 경우에 채권자와 채무자간의 합의 또는 법원의 판결 등에 의하여 채무자의 부담완화를 공식화하는 것을 말하며, 채권자는 채무를 부담하고 있는 기업이 당장 청산되기 보다는 회생하는 것이 자기의 손실을 최소화하는 방법이라고 판단하는 경우에는 ‘원리금 감면·이자율 인하·만기연장 등의 방법으로 채무자의 부담의 전부 또는 일부를 완화해 주는데 합의하게 된다’고 규정하고 있는 점, 이자율 변경 등을 통한 채무면제익도 세무상 이자소득 내지는 이자비용으로 취급되는 점, 「조세특례제한법」 제34조의 취지가 OOOO의 구조개선을 실질적으로 지원하는데 있고, OOOO이 금융기관에 대한 부채상환을 위하여 사업용 부동산을 양도한 경우에도 채권금융기관이 당해 OOOO의 채무 원금을 면제한 사실이 없는 경우에는 양도소득세 과세특례를 적용하지 아니하겠다는 취지는 아니라고 보이는 점 등을 감안하면, 「조세특례제한법」 제34조 제1항 제1호에 규정된 ’채무의 면제액‘의 의미는 채무 원금의 전부 또는 일부를 직접적으로 면제해 주는 방식의 채무면제 뿐만 아니라 대환대출, 대출기간의 연장 및 이자율 변경 등의 방법으로 채무자의 부담을 완화해주는 방식의 채무면제를 포함한 채권·채무재조정을 의미하는 것이라고 해석함이 합리적이라고 할 것이다.

(마) 이와 같은 관점에서 이 건을 살펴보면, 청구인이 OOOO은행과 체결한 경영정상화협약상 채권·채무재조정계획에는 대환 대출, 대출기간의 연장 및 대출금리의 조정 등의 방법(위 다. (2) (가) 2) 채권재조정내역 참고)으로 OOOO은행이 청구인의 부담을 완화해 주는 내용의 채무면제계획이 포함되어 있고, 청구인이 OOOO은행과 체결한 경영정상화협약에 따라 사업용 부동산의 양도대금으로 OOOO은행에 대한 채무를 상환하여 실질적으로 기업구조개선을 한 사실이 확인되므로 대출금리의 변경 등의 방법으로 실질적으로 면제받은 이익에 대하여 기업회계기준에 따라 그 현재가치와 장부가액의 차이가 중대한 경우에 현재가치할인차금 상당액의 채무면제익에 대하여 「조세특례제한법」 제34조 제1항을 적용하는 것은 별론으로 하고, 청구인에게는 「조세특례제한법」 제34조 제2항의 양도소득세 과세특례를 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

5. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.