가. 피고 삼성세무서장이 2008. 11. 10. 원고 1에 대하여 한, 피고 송파세무서장이 2008. 11. 14. 원고 2에 대하여 한 각 양도소득세경정거부처분 중 각 87,521,720원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

나. 원고들의 나머지 청구를 모두 기각한다.

2. 소송총비용은 이를 5분하여 그 중 2는 원고들이, 나머지는 피고들이 각 부담한다.

가. 원고 1

피고 삼성세무서장이 2008. 11. 10. 원고 1에 대하여 한 219,634,200원에 관한 양도소득세경정거부처분을 취소한다.

나. 원고 2

피고 송파세무서장이 2008. 11. 14. 원고 2에 대하여 한 219,634,200원에 관한 양도소득세경정거부처분을 취소한다.

2. 항소취지

가. 삼성세무서장

제1심 판결을 취소한다. 원고 1의 청구를 기각한다.

나. 송파세무서장

제1심 판결을 취소한다. 원고 2의 청구를 기각한다.

가. 원고들은 1999. 10. 29. 벤처기업인 주식회사 텔레칩스(이하 ‘소외 회사’라고 한다)를 투자하여 설립하고 각각 주식 15,440주를 취득(1주당 가격 5,000원)하였고, 이후 무상증자와 액면분할을 통하여 각각 소외 회사 주식 1,981,536주를 보유하게 되었는데, 2008. 3. 24. 각각 소외 회사의 주식 210,000주(유상증자분 136,600주, 무상증자분 73,400주, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 대금 2,520,000,000원(1주당 가격 12,000원)에 제3자에게 양도하였다(이하 ‘이 사건 양도’라고 한다). 이 같은 원고들의 소외 회사에 대한 출자, 주식취득 및 양도에 따른 주식의 변동 경위는 아래 표 기재와 같다.

주1) 73,400

나. 원고들은 2008. 5. 23. 피고들에게 이 사건 양도에 따른 양도소득세 각 219,634,200원을 자진신고납부하였다.

다. 이후 원고들은 2008. 9. 18. 이 사건 주식이 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식으로 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, ‘개정된 구 조세특례제한법’이라고 한다) 제14조 제1항 제4호 (이하 ‘이 사건 과세특례규정’이라고 한다)에 의해 소득세법상의 양도소득의 범위에 해당하지 않는다는 이유로 위와 같이 자진신고납부한 양도소득세 219,634,200원을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였다.

라. 피고들은, 원고들이 소외 회사의 설립 당시의 대표자 및 최대주주로 당해 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있어 구 법인세법 시행령(2011. 6. 3. 대통령령 제22951호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제87조 제1항 제1호 에서 정하는 소외 회사와 특수관계에 있는 자에 해당하므로, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제1항 제2호 에 의해 이 사건 과세특례규정이 적용되지 않는다는 이유로, 원고 1에 대하여는 2008. 11. 10., 원고 2에 대하여는 2008. 11. 14. 위 각 경정청구를 거부하는 이 사건 각 처분을 하였다.

마. 이에 원고들은 2009. 2. 4. 서울지방국세청에게 이의신청을 하였다가 2009. 3. 27. 기각결정을 받았고, 이에 다시 2009. 6. 23. 조세심판원에 조세심판을 청구하였으나 2010. 2. 4. 기각 결정을 받은 다음, 이 사건 소를 제기하였다.

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증의 각 1, 2, 갑 제7, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

⑴ 원고들은, 이 사건 주식 중 136,600주는 소외 회사 설립시에 취득한 것이고(설립시에 취득한 15,440주가 액면 분할된 것 포함), 73,400주는 무상증자에 의하여 취득한 것(2000. 3. 6. 무상증자로 취득한 157,488주 중 7,340주가 2004년 액면 분할된 것)인데, 원고들이 소외 회사를 설립하면서 출자할 무렵에는 소외 회사와 사이에 특수관계가 없었고, 무상증자로 취득한 주식은 원고들이 기존에 가지고 있던 주식과 동질성이 인정된다고 할 것이므로, 이 사건 양도에는 이 사건 과세특례규정이 적용되어야 한다고 주장한다.

⑵ 이에 대하여 피고들은, 원고들은 소외 회사의 설립 당시 대표자(원고 1) 또는 이사(원고 2) 및 최대주주(38%)로 당해 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있어 구 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호 에서 정하는 소외 회사와 특수관계에 있는 자에 해당하므로, 이 사건 과세특례규정이 적용되지 않는다고 주장한다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

⑴ 개정된 구 조세특례제한법 제13조 제2항 , 제14조 제1항 제4호 , 구 조세특례제한법 시행령 제12조 제1항 에 의하면, 이 사건 과세특례규정의 적용을 받으려면, ① 창업 후 3년 이내인 벤처기업 또는 벤처기업으로 전환한 지 3년 이내인 벤처기업으로서 출자자와 구 법인세법 시행령 제87조 에서 정하는 특수관계가 없는 벤처기업일 것, ② 주식은, 1999. 1. 1.부터 2000. 12. 31.까지 사이에 벤처기업에 출자함으로써 최초로 취득한 것이거나[ 구 조세특례제한법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전문 개정된 것, 이하 ‘개정전 구 조세특례제한법’이라고 한다) 제14조 제1항 제4호 , 다만 타인의 주식을 양수하는 방법으로 취득한 것은 제외], 2001. 1. 1.부터 설립시 자본금으로 납입하거나 당해 기업의 설립 후 7년 이내에 유상증자, 잉여금의 자본전입, 채무의 자본전환에 의하여 취득한 것일 것, ③ 주식은 출자일로부터 5년이 경과한 후에 양도하였을 것이라는 요건이 충족되어야 한다.

⑵ 이 사건 주식 중 1999. 10. 29. 출자로 취득한 13,600주의 양도에 관하여

㈎ 위 ①요건의 충족 여부

① 원고들이 소외 회사와 사이에 특수관계에 있는지에 관하여 살피건대, 위 인정사실에 의하면, 원고들이 소외 회사를 설립하면서 소외 회사의 주식 15,440주(38.6%)를 인수하고, 대표자(원고 1) 또는 이사(원고 2)로 취임함으로써 소외 회사와 사이에 구 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호 에서 정한 특수관계에 있게 된 사실은 인정된다.

② 그러나 다른 한편으로, 원고들이 소외 회사에 대한 출자를 통해 최초로 주식을 취득한 1999. 10. 29. 무렵 시행 중이던 개정전 구 조세특례제한법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전문 개정된 것) 제14조 제1항 제4호 는 양도소득의 과세특례의 대상으로 “벤처기업에 출자함으로써 최초로 취득한 주식”이라고 규정하고 있을 뿐, 특별히 설립시 자본금으로 납입하는 방법에 의하여 취득한 주식을 배제하지 않고 있을 뿐만 아니라, 이 사건 양도로 인한 양도소득세 납세의무 성립 당시에 시행 중이던 이 사건 과세특례규정도 양도소득세 비과세의 대상으로 ‘설립시의 자본금 납입’을 통하여 취득한 주식을 규정하고 있는 점, 또한 이 사건 과세특례규정이 양도소득에 대한 비과세를 위하여 적용을 배제하고 있는 구 소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 제3호 [개정전 구 조세특례제한법은 구 소득세법(1998. 12. 28. 법률 제5580호로 개정된 것) 제94조 제3호 , 제4호 의 적용을 배제하고 있다]는 대주주의 주식 양도소득에 대한 과세를 규정하고 있으므로, 결국 이 사건 과세특례규정은 주식 양도에 대한 비과세의 대상으로 대주주의 주식 양도소득을 배제하고 있지는 않다고 할 것이어서 법령의 문언 해석상, 이 사건 과세특례규정은 벤처기업의 설립시 대주주가 최초로 취득한 주식의 양도에 대한 비과세를 예정하고 있었다고 봄이 상당한 점, 또한, 이 사건 과세특례규정의 전신인 개정전 구 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호 의 입법취지가 ‘개인의 벤처기업에 대한 직접 투자의 경우, 그 출자주식 및 지분 양도시 양도세를 비과세함으로써 벤처기업에 대한 세제지원 효과를 배가’하려는 데에 있고, 이 사건 과세특례규정은 그 비과세의 대상이 되는 주식취득 방법으로 “설립시” 자본금 납입과 “7년 이내”의 유상증자, 잉여금의 자본전입 또는 채무의 자본전환에 의한 취득으로 규정한 취지에 비추어 보면, 이 사건 과세특례규정은 이미 설립된 벤처기업의 주식을 취득한 경우는 물론이고, 새로운 벤처기업의 설립시 취득한 주식에 대하여도 비과세의 특례를 인정할 수 있음을 분명히 하고 있다고 할 것인 점, 구 조세특례제한법 시행령 제12조 제1항 제2호 는 ‘개인이 「특수관계가 없는 벤처기업에 대하여」 행한 출자’로 비과세대상을 규정하고 있는데, 위 조항의 문언상 의미는, 개인의 출자 당시에 개인 투자자와 벤처기업 사이에 특수관계에 있지 않아야 한다는 것이지, 출자 후 또는 출자로 인하여 주식을 취득 후에도 특수관계에 있지 않아야 한다는 것으로는 볼 수 없는 점, 피고들은 구 조세특례제한법 시행령 제12조 제1항 제2호 의 특수관계를 위와 같이 해석한다면, 벤처기업 설립시 투자한 최대주주에 대하여는 모두 양도소득세 비과세의 혜택을 부여하게 되어 위 조항이 사문화된다고 주장하나, 피고들의 이 같은 주장은 앞서 본 문언 해석에 반하고, 설령 구 조세특례제한법 시행령 제12조 제1항 제2호 가 위와 같은 경우에 적용되지 않는다고 하여 곧바로 위 규정이 사문화된다고 할 수도 없는 점 등에 비추어보면, 위 제①의 요건, 즉 원고들이 소외 회사와 특수관계자의 지위에 있지 않음을 판단함에 있어서는 원고들의 출자시 또는 출자로 인한 주식취득시를 기준으로 하여야 한다고 봄이 상당하다.

③ 이 같은 법리에 위 인정사실을 비추어 살펴보면, 원고들이 1999. 10. 26. 소외 회사를 설립하면서 출자를 통해 “최초로” 주식을 취득할 당시에는 원고들과 소외 회사 사이에 특수관계가 없었고, 출자의 결과 소외 회사의 대표자(원고 1) 또는 이사(원고 2) 및 최대주주로 소외 회사의 경영에 사실상 영향력을 행사하게 된 것에 불과하다고 할 것이어서, 원고들이 소외 회사를 설립하면서 “최초로” 취득한 주식 중 13,660주의 양도에 관하여는 이 사건 과세특례규정이 적용된다고 할 것이다.

④ 이에 대하여 피고들은, 원고들이 소외 회사의 설립 이전부터 소외 회사의 경영에 사실상 영향력을 행사한 자들로서 구 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호 에 따라 소외 회사와 특수관계에 있다고 주장하나, 을 제4, 5호증의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고 달리 증거가 없다.

㈏ 위 ②, ③요건의 충족 여부

위 인정사실에 의하면, 이 사건 주식 중 위 13,660주는 원고들이 1999. 10. 26. 소외 회사를 설립하면서 “최초로” 취득한 것이고, 출자일로부터 5년이 경과한 2008. 3. 24. 이를 양도하였으므로 위 ②, ③의 요건을 충족한다.

⑶ 이 사건 주식 중 무상증자로 취득한 주식의 양도에 관하여

㈎ 개정전 구 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호 는 과세특례규정의 적용대상이 되는 주식을 “출자함으로써 최초로 취득”한 주식으로 규정하고 있다가 2001. 1. 1.부터 시행된 개정된 구 조세특례제한법의 이 사건 과세특례규정은 그 적용 대상이 되는 주식의 취득방법을 설립시 자본금으로 납입하거나 당해 기업의 설립 후 7년 이내에 유상증자, 잉여금의 자본전입(무상증자), 채무의 자본전환에 의하여 취득한 것일 것으로 규정하고 있는데, 위 법률 부칙 제6조는 ‘ 제14조 의 개정 규정은 이 법 시행 후 최초로 주식 또는 출자지분을 취득하는 분부터 적용한다’고 규정하고 있다.

㈏ 위 관련 규정에 앞서 본 인정사실을 비추어 살펴보면, 원고들이 2000. 3. 6. 무상증자로 취득한 주식 중 73,400주(원고들은 양도소득세 자진신고시에 이 부분 양도 주식의 취득일자를 2000. 3. 6.로 기재하였다)를 2008. 3. 24. 양도하였으므로, 이 부분 양도 주식은 개정된 구 조세특례제한법이 시행되기 전에 무상증자의 방법으로 취득한 주식이고, 개정전 구 조세특례제한법에서 정한 “출자함으로써 최초로 취득한 주식”에도 해당하지 않으므로, 이 부분 주식 양도에 대하여는 이 사건 과세특례규정이 적용되지 않는다고 할 것이다.

㈐ 이에 대하여 원고들은, 상법 제461조 에 의한 무상증자는 준비금이 자본에 전입되어 자본이 증가하는 경우 주주에 대하여 그가 가진 주식의 수에 따라 발행되는 것으로서 회사재산의 증가 없이 주식의 수만 증가하게 되므로 주주가 보유하는 주식의 경제적 가치에 변화가 없어 무상증자로 취득한 주식은 주주가 기존에 가지고 있던 주식과 동질성이 인정된다고 할 것이므로 무상증자분의 비과세 요건 충족 여부는 그와 동일성을 유지하는 설립시 출자분과 동일하게 판단되어야 한다고 주장한다.

살피건대, 개정전 구 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호 는 ‘벤처기업에 출자함으로써 최초로 취득한 주식(타인의 주식을 양수하는 방법은 제외)’에 대하여만 과세특례를 인정하고 있을 뿐인데, 이는 벤처기업에 출자함으로써 “처음”으로 취득한 주식을 의미하는 것인 점(원고들은 위 규정에서의 “최초로 취득한 주식”이란 승계취득이 아닌 원시취득에 의한 방법으로 취득한 주식을 의미하는 것일 뿐이라고 주장하나, 위 규정은 각 호를 규정하기에 앞서 이미 단서 조항에서 ‘타인의 주식을 양수하는 방법으로 출자하여 양도하는 경우’를 제외하고 있으므로, 각 호에서 다시 같은 의미의 규정을 두었을 리 만무하다), 그 후 이 사건 과세특례규정은 그 적용 대상이 되는 주식의 취득방법을 세분하여 규정하면서 설립시의 주식 취득과 별도로 잉여금의 자본전입(무상증자)에 의한 주식 취득을 별도로 규정하고 있는 점, 주식의 양도차익에 대한 비과세 여부는 입법정책상의 문제로서, 무상증자로 취득한 주식이 주주가 기존에 가지고 있던 주식과 의결권에 있어 동질성이 인정된다는 것과는 별개의 문제인 점 등에 비추어보면, 이 사건 과세특례규정을 적용함에 있어 무상증자로 취득한 주식을 원고들이 설립시에 출자함으로써 취득한 주식과 동일한 주식으로 볼 수는 없다.

따라서, 원고들이 2000. 3. 6. 무상증자로 취득한 주식은 개정전 구 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호 에서 정한 바와 같은 “출자함으로써 최초로 취득한 주식”에 해당하지 않을 뿐만 아니라 개정된 구 조세특례제한법의 시행 전에 취득한 주식이어서 개정된 구 조세특례제한법이 적용될 여지도 없으므로, 이 부분 주식의 양도에는 과세특례규정이 적용되지 않는다고 할 것이다.

⑷ 2004. 5. 28. 액면분할로 취득한 주식의 양도에 관하여

㈎ 상법 제329조의2 에 의한 주식분할은 자본의 증가 없이 주식의 액면금만을 낮춤으로써 발행주식 총수를 증가시키는 것으로, 이에 의하여 회사의 자본 또는 자산이나 주주의 지위에 실질적인 변화가 없고, 기존 주식에 대하여 이미 출자되어 있는 자본을 재원으로 하는 것이어서 회사의 잉여금을 자본금으로 전입하는 무상증자와 차이가 있는 점, 이처럼 무상증자는 회사의 잉여금을 재원으로 하여 새로운 주식을 발행하여 기존의 주주들에게 그 주식의 비율에 따라 주식을 배분하는 것이어서 결국 회사의 잉여금이 주식의 형태로 종전의 주주들에게 이전되는 효과가 있으나, 주식분할은 이러한 자산의 이전 없이 주주들이 기존 주식을 인수하면서 출자한 자본을 재원으로 하여 액면금만을 낮추어 새로운 주식을 발행하는 것이어서 주주들의 종전 주식의 실질가치는 분할된 비율에 따라 감소하게 되므로 위 ⑶항에서 본 바와 같이 무상증자로 취득한 주식을 종전의 주식과 동일하게 보게 될 경우 주주들이 무제한의 과세특례를 누리게 되는 위험이 없는 점 등에 비추어보면, 주식분할로 취득한 주식은 종전의 주식과 액면금만을 달리할 뿐 완전히 동일한 주식이라고 할 것이어서, 이 사건 과세특례규정을 적용함에 있어서도 원고들이 종전에 보유하고 있던 주식과 동일한 것으로 봄이 상당하다.

㈏ 위 법리에 앞서 본 인정사실을 비추어 살펴보면, ① 원고들이 1999. 10. 29. 출자시 취득한 15,440주 중 양도와 출연 후 남은 13,660주가 분할됨으로써 취득하게 된 122,940주는 원고들이 이미 출자한 자본에 터잡은 주식이므로, 이 부분 주식의 양도는 종전 주식 13,660주와 마찬가지로 과세특례규정이 적용된다고 할 것이나, ② 원고들이 2000. 3. 6. 무상증자로 취득한 157,468주 중 양도와 출연 후 남은 151,468주가 분할됨으로써 취득하게 된 1,363,212주는 종전 주식 157,468주와 마찬가지로 과세특례규정이 적용되지 않는다고 할 것이다.

⑸ 소결론

이 사건 주식 중 원고들의 각 136,600주(최초 출자로 취득한 주식 중 13,660주 + 액면분할로 취득한 주식 122,940주)에 대하여는 이 사건 과세특례규정이 적용되고, 원고들의 나머지 각 73,400주(210,000주 - 136,600주)는 개정된 구 조세특례제한법이 적용되기 전의 무상증자로 취득한 주식이어서 이 사건 과세특례규정이 적용되지 않음은 앞서 본 바와 같으므로, 원고들로서는 아래 [별표] 기재와 같이 이 사건 주식 중 각 73,400주의 양도로 인한 양도소득세 각 87,521,720원만 납부하면 되는 것인바, 위 인정사실에 의하면, 원고들은 이미 이 사건 양도로 인한 양도소득세 219,634,200원을 각 자진신고납부하였으므로, 결국 원고들이 신고납부한 양도소득세액 219,634,200원 중 위 정당 세액 87,521,720원을 초과하는 부분에 관한 원고들의 각 감액경정청구는 정당하다.

따라서 피고들의 이 사건 각 처분 중 87,521,720원을 초과하는 부분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고들의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 피고들의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[별지 관련 법령 생략]

주1) 원고들은 양도소득세 자진신고를 하면서 이 부분 양도주식의 취득일을 2000. 3. 6.로 신고하였다.