가. 청구인은 주권상장법인인 주식회사 OO의 대주주로 1999.12.17. 동법인의 주식(이하 “쟁점주식”이라 한다) 15,000주를 양도하고, 2001.4.6.추가적으로 쟁점주식 6,600주를 양도하였다.

나. 이에 대하여 처분청은소득세법 시행령(1999.12.31. 대통령령 제16664호로 개정된 것) 부칙 제7조 제2항(이하 “쟁점규정”이라 한다)의 규정에 의거양도소득세 과세대상으로 보아 2004.2.2. 청구인에게 2001년 귀속 양도소득세 139,709,710원을 결정고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2004.4.13.심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

구 소득세법 제94조 제3호의 규정은 양도소득세 과세대상에 대하여 소득세법 시행령에 포괄적으로 위임하고 있어 포괄위임금지의 원칙에 반하여 위헌으로 이를 합헌적으로 해석 및 적용하려면 과세요건에 관하여 규정하고 있는 시행령 규정을 양도소득세 과세의 일반원칙에 부합되는 내용으로 해석 및 적용하여야 하는 바, 1999.12.31. 소득세법 시행령 제157조 제4항 개정시 양도비율의 요건이 폐지된 이상 양도소득세 납세의무는 양도시점에 존재하는 사실관계를 전제로 판단하여야 하고 양도시점 이후의 사정은 고려될 수 없음에도 시행령 개정전에 양도한 주식에 대하여 양도시점 이후에 발생한 사실에 따라 과세하도록 규정한 쟁점규정은 소급과세금지의 원칙에 위배되므로 이를 근거로 이 건 양도소득세 과세한 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

조세법령의 불소급의 원칙은 그 조세법령의 효력발생전에 완결된 과세요건에 대하여 당해 법령을 적용할 수 없다는 의미일 뿐 계속되는 과세요건이나 그 이후에 발생한 과세요건에 대한 법령의 적용까지 제한하는 것은 아니며, 소득세법 시행령 제157조 제4항이 1999.12.31. 개정됨으로써 양도비율에 상관없이 대주주의 주식은 1주라도 양도되면 과세되는 것인 바, 시행령 개정전에 대주주가 양도한 주식에 대하여는 소급하여 과세되지 않도록 쟁점규정을 두어 종전규정을 적용토록 한 것이므로 쟁점규정을 적용하여 과세한 처분이 소급과세금지의 원칙에 위배된다는 청구주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

소득세법 시행령(1999.12.31. 대통령령 제16664호로 개정된 것) 부칙 제7조 제2항의 규정을 적용하여 과세한 처분이 소급과세금지의 원칙에 위배되는지 여부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】①세법의 해석 적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

②국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득 수익 재산 행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

(2) 소득세법 제94조【양도소득의 범위】양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득

(3) 소득세법 시행령(1999.12.31. 대통령령 제16664호로 개정되기 전의 것) 제157조【토지등의 범위】④법 제94조 제3호에서 "한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 증권거래법 제2조 제12항의 규정에 의한 유가증권시장(이하 이 장에서 "유가증권시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인(이하 이 장에서 "주권상장법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 합계액 중 100분의 5이상에 해당하는 주식 등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 그와 국세기본법시행령 제20조의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)가 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 1이상(유가증권시장을 통하지 아니하고 양도하는 주식등을 포함한다)을 양도하는 경우의 당해주식등을 말한다. 이 경우 제158조 제1항 제1호·제4호 또는 제5호에 해당하는 주식등을 제외한다.

⑥제4항 및 제5항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 주주 1인 및 기타주주가 주식 등을 수회에 걸쳐 양도하는 때에는 그들 중 1인이 주식등을 양도하는 날부터 소급하여 3년내에 그들이 양도한 다음 각호의 주식 등을 합산한다. 이 경우 제4항 및 제5항 제2호의 규정에 해당하는지의 여부의 판정은 그들 중 1인이 주식 등을 양도하는 날 현재의 당해 법인의 주식 등의 합계액 및 주주 1인과 기타주주의 주식 등의 합계액(그 날 양도한 주식 등을 포함한다)을 기준으로 한다.

(4) 소득세법 시행령(1999.12.31. 대통령령 제16664호로 개정된 것) 제157조【토지등의 범위】④법 제94조 제3호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 증권거래법 제2조 제12항의 규정에 의한 유가증권시장(이하 이 장에서 "유가증권시장"이라 한다)에 상장된 주권을 발행한 법인(이하 이 장에서 "주권상장법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 "대주주등"이라 한다)가 양도하는 주식등을 말한다. 다만 제158조 제1항 제1호·제4호 또는 제5호에 해당하는 주식 등을 제외한다.

1. 주권상장법인의 주식 등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이장에서 "주주 1인"이라 한다) 및 그와 국세기본법시행령 제20조의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 이 장에서 "기타주주"라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 3이상을 소유한 경우의 당해 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재에는 100분의 3에 미달하였으나 그 후 주식 등을 취득함으로써 100분의 3이상을 소유하게 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

(5) 위 소득세법 시행령 부칙 제7조【양도소득에 관한 적용례】②주주 또는 출자자 1인 및 그와 국세기본법시행령 제20조의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자가 1999년 1월 1일부터 12월 31일까지 양도한 주식 또는 출자지분과 그 양도일부터 3년내에 그들이 양도한 주식 또는 출자지분의 합계액이 종전의 제157조 제4항 내지 제6항의 규정에 해당하게 되는 경우 1999년 1월 1일부터 12월 31까지 양도한 주식 또는 출자지분에 대한 양도소득세의 과세에 관하여는 종전의 규정을 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 1999.12.17. 쟁점주식 15,000주를 양도할 당시 청구인과 특수관계에 있는 자가 당해 법인이 발행한 주식총수의 5% 이상을 소유하고 있는 사실과 청구인이 위 주식 양도일부터 3년내에 당해 법인이 발행한 주식총수의 1% 이상을 양도한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 상장법인의 대주주에 대한 양도소득세 과세에 관한 법령의 개정추이를 보면, 1998.12.31. 신설된 소득세법 시행령 제157조에서는 양도일 현재 특수관계자의 보유주식을 포함하여 발행주식총수의 5% 이상 보유한 대주주가 3년간 양도한 주식 등의 합계액이 발행주식총수의 1% 이상 되는 날을 양도시기로 하여 양도소득세를 과세하도록 규정하고 있다가 1999.12.31. 동 규정을 개정하여 대주주의 범위를 지분율 3% 이상으로 축소하고, 1주의 양도에 대해서도 양도소득세를 과세하도록 과세범위를 확대하여 2000.1.1. 이후 최초로 양도하는 분부터 적용하도록 하고, 1999.1.1.부터 1999.12.31.까지의 기간중에 양도한 주식 등으로서 그 양도일부터 3년내에 양도하는 주식 등에 대한 양도소득세 과세는 종전의 규정을 적용하도록 하였다.

(3) 소급과세금지의 원칙은 조세법의 효력발생 전에 종결된 사실에 대하여 소급하여 이를 조세부과의 요건으로 삼지 못한다는 것을 의미하는 것으로서 이는 사유재산권의 존중·조세법률관계에 있어서 법적안정성 및 예측가능성의 보장과 신뢰이익의 보호에 있는 것이므로 조세법률주의의 내용을 이루고 있다 할 것이다.

(4) 위 사실내용과 관련법령을 종합하여 볼 때, 1999.12.31. 개정된 소득세법 시행령 부칙 제7조 제2항의 규정은 개정전에 양도한 주식에 대하여 양도당시 시행되던 법령을 계속해서 적용하도록 이를 명확히 한 것으로 새로운 납세의무를 지우는 것이 아니어서 국세기본법상의 소급과세금지의 원칙과는 관계가 없다 할 것이므로 처분청이 동 규정에 의거 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004 년 10 월 26 일

주심국세심판관 윤 영 선

배석국세심판관 채 수 열

박 만 수

서 희 열