(2) 나머지 심판청구는 기각한다.

가. 청구법인은 면세사업인 여객운송용역과 과세사업인 임대 및 광고용역을 겸업하고 있는 사업자로, 2006년 제2기부터 2011년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 과세사업과 직접적으로 관련된 매입세액 및 사업과 관련이 없는 매입세액을 제외한 모든 매입세액을 공통매입세액으로 안분하여 부가가치세를 신고·납부하였다.

나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2011.7.25.부터 2011.9.4.까지 실시한 청구법인에 대한 세무조사 결과 청구법인이 공통매입세액으로 안분계산한 매입세액 중 선로설비 유지보수 등 관련 매입세액 합계 OOO원(상세내역 아래 <표1> 참조, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)이 면세사업과 직접 관련된 매입에 해당됨에도 매입세액으로 공제하여 신고한 것으로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제하여 이를 과세자료로 처분청에 통지하였다.

다. 처분청은 위 통보내용에 따라 아래 <표1>과 같이 쟁점매입세액에대하여 부가가치세 매입세액을 불공제하여 2011.10.13. 청구법인에게 2006년 제2기부터 2010년 제2기까지의 부가가치세 합계 OOO원(신고·납부불성실 가산세 포함, 상세내역 아래 <표1> 참조)을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.1.6. 심판청구를 제기하였다.

OOOOOOOOOO OOOO OOO OO

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 임대, 광고 등 부가가치세 과세사업과 여객운송용역(지하철 운송)인 면세사업을 겸영하는 사업자로, 과세사업에 직접 사용한 매입세액(건물 관련 감정평가수수료, 임대·광고 관련 직접비용 등)을 제외한 모든 매입세액에 대하여 여객운송용역과 관련된 매입세액으로 보아 법인설립 이후부터 매입세액 불공제로 처리하여 부가가치세를 신고·납부하였다가 「부가가치세법 시행령」 제61조의 규정에 비추어 청구법인의 역사시설 유지비용, 역사 건설비용, 전동차 유지비용 등 과세관련 직접비용을 제외한 매입세액에 대하여 공통매입세액 안분을 적용하여 환급이 가능하다고 판단하고 2001.3.6. 처분청에 부가가치세 환급을 위한 경정청구를 하였고, 이에 처분청은 2001.6.21. 실지방문조사 결과 통신관로 제공수익은 통신관로의 공간만 제공하고 받는 수익이며, 통신관로에 포설된 광케이블 및 그 부대시설의 유지보수는 통신회사에서 하고 있으므로 통신관로 제공수익은 공통매입세액과 관련이 없다고 보아 이를 총수입금액에서 제외한 후 환급결정을 하였고(상세내역 아래 <표2> 참조), 이후 청구법인은 이러한 처분청의 환급결정을 신뢰하여 2000년 제2기분부터 2011년 제1기분까지 과세관련 매입세액을 제외한 매입세액에 대해 공통매입세액을적용하여 부가가치세를 신고·납부하였는데도, 이후 조사청은 2011.7.25.세무조사 당시 청구법인의 과세사업과 관련하여 임대매장 및 광고물에 대한 시설설치, 유지보수, 관리 등 모든 비용은 거래처에서 부담하고 있어 청구법인이 별도로 부담하는 비용이 없고, 여객운송용역을 제공하기 위하여 필수적인 재화, 용역을 공급받고 교부받은 세금계산서는 면세관련 매입세액에 해당되므로 불공제 처리가 타당하다고 하였다가 청구법인이 심판결정례(국심 2005부177, 2005.9.26.)를 근거로 역사 청소용역과 전동차 청소용역은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 매입세액이라고 주장하자 이를 인정하여 청구법인의 본사 일반관리비와 역사·전동차 청소용역을 제외한 매입세액을 운수수익과 관련된 매입세액으로 보아 불공제 결정을 하였다.

OOOOOOOOOO OOOO

(2) 「부가가치세법」상 과세사업을 위하여 사용·소비되는 재화나 용역에 대한 매입세액은 공제되나, 면세사업을 위하여 사용·소비되는 재화나 용역에 대한 매입세액은 공제되지 아니하고, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 그 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 안분계산 과정을 거쳐 신고·납부를 하여야 하는데, 매입세액으로 공제받기 위해서는 「부가가치세법」 제17조 제1항 및 제2항에 따라 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역을 공급받을 때 거래징수당한 세액에 해당되어야 하며, 공제받지 못할 매입세액에 해당되지 않아야 할 것이다.

처분청은 역사시설물 건설, 유지보수, 전력료 등 역사 관련 모든 비용과 전동차 구입, 유지비용, 부품료, 전력료 등 전동차 관련 모든 비용이 면세사업인 운수수익과 관련이 있는 매입세액이므로 실지귀속이 분명하다고 보고 있지만, 역사 및 전동차 관련 비용 중 거의 모든 비용이 공통매입세액에 해당되며, 그 실지귀속도 불분명하므로 공통매입세액 안분 적용대상에 해당된다.

(3) 청구법인은 아래 <표3>과 같이 면세사업 이외에도 임대, 광고 등 부가가치세 과세사업을 영위하고 있는데, 임대의 경우 점포임대(공덕, 왕십리 등)와 시설임대로 구분되고, 현재 총 671건의 임대차계약 중 점포임대 134건(개별상가 56개소, 종합매점 64개소, 장애인 사무실이나 지역홍보센터 14개소)을 제외한 나머지는 시설임대이며, 광고의 경우 종전에 각 호선별로 광고대행업체를 통해 하던 것을 광고의 전문화를 위해 2010년 3월 이후부터 ㈜OOO에 광고사업을 일임하였고, 이에 따라 ㈜OOO이 5호선～8호선 전 역사와 전동차에 LCD매체 설치 등을 포함한 IT시스템을 구축하여 광고계약 및 광고효과를 분석하고, 이용고객에게 열차운행정보를 제공하고 있다.

OOOOOOOOOO OOOOOOO OO

한편, 아래 <표4>는 위 수익사업 중 공통매입비용에 해당하는 임대사업과 광고사업에 대한 수익금액 구분에 관한 것이고, <표5>는 운수사업과 각 과세사업간의 공통매입세액을 적용한 경우 과세·면세비율 구분에 관한 것이며, <표6>은 역사·전동차 광고비율 구분에 관한 것이고, <표7>은 조사청 세무조사 당시 면세관련 매입세액을 재계산한 내역이다.

OOOOOOOOOO OOOO OO

(4) 청구법인의 운수수익은 역사와 전동차에서, 임대수익은 역사에서, 광고수익은 역사와 전동차에서 발생하므로, 조사청의 세무조사 당시 인정받지 못한 역사 건설비용, 시설교체비, 유지보수비, 전력비 등은 운수수익과 광고수익과의 공통매입세액에 해당되며, 그 실지귀속도 불분명하다 할 것인데, 이와 관련하여 지출된 비용과 내역을 구분하여 구체적으로 설명하면 다음과 같다.

(가) 역사시설 교체비(승강기, 편의시설 등의 설치 및 교체 등)와 유지 보수비(환기실, 스프링클러, 연기감지기 등 소방설비)의 경우 역사 시설은 임대매장의 물품을 구매하려는 고객들도 이용할 뿐만 아니라 모두 임대사업을 위하여 필수적으로 설치되어야 하는 것을 청구법인의 비용으로 설치하였으므로 공통비용에 해당된다 할 것인데, 이는 레이어 작업(평면도)에 안내표지판 및 상가건물 등을 구분 설계한 ‘5～8호선 및 6기지 시설물 유지 보수를 위한 역사도면 제작 설계서’에 의하여 알 수 있다(역사 신·증축비용에 운수수익 뿐만 아니라 임대 및 광고수익을 위한 비용도 공통으로 사용되고 있음).

또한, 역사내의 유휴 역무실과 사무실의 효율적 운영을 위하여 5678행복미소 안내센터를 설치하는 등 임대수익을 창출하기 위한 임대를 추진하고 있는데, 이는 역사 시설물이 임대시설로 대체가 가능하다는 것을 보여주는 것이고, 더구나 역사(공덕역, 왕십리역, 마들역 등) 신설시 그 공사비용에 임대공간에 임대 조성틀 설치비용이 포함되어 있으므로 이는 공통된 비용이다.

그리고, 제연설비 교체비, 환기실 보완공사, 스프링클러 설치공사 등 거의 모든 공사가 광고사업의 공통비용(화재발생시 스프링클러는 광고사업에도 혜택을 줌)과 관련이 있는데, 역사의 조명광고 시설물 철거시 전기배선을 재활용이 가능하도록 주의하라는 과업지시서에 의하여 역사내 광고수익과도 공통으로 사용되고 있음을 알 수 있다.

(나) 역사 전기료의 경우 공덕역 점포임대 등 19건의 임대차계약서에 점포 내 별도의 냉·난방시설은 없고 냉방은 역사 대합실 냉방조건과 동일하다고 기재되어 있어 역사내의 냉·난방시설을 공통으로 사용하고 있음을 알 수 있으며, 역사내 냉·난방시설이 없다면 임차인이 개별적으로 이를 설치하기 위한 비용을 지출할 수밖에 없으므로, 이를 위한 전력비용은 공통된 비용이라 하겠고, 또한 역사에 조명시설이 없다면 광고와 관련한 조명을 별도로 설치할 수밖에 없으므로 이 또한 간접적인 수혜를 입었다고 할 수 있어 광고수익과도 연관되어 있다 할 것이다.

(다) 역사 물품 구입비(역사내 집기 및 소모품 구입 등)의 경우 집기 및 소모품에 해당하는 화생방 장비는 화재발생시 임대업에 종사하는 사업자나 고객도 사용하는 것이고, 공기청정기는 임대매장수익과 광고수익에도 영향을 미치므로 그 비용은 당연히 공통비용이다.

(라) 역사 안내판 설치비(지하철 노선도, 역사 안내도 등)의 경우 역사 개통 안내표지판 정비 및 영업장 표시물 제작·설치공사의 물품명세서상 품명에 광역 전철 노선도 정비, 운임표 노선도 정비, 보조안내표지판 정비 이외 100여개 정도의 통합매점 영업장 표시물이 들어 있을 뿐더러 그 비용은 총공사비에 포함되어 있고, 점포 임대차계약서에 무단전대 등의 방지를 위해 필요시 안내문을 상가 등에 부착할 수있다고 기재되어 있으므로 해당 공사 용역비용은 공통매입비용이라 하겠고, 또한 일부 안내표지판은 역사의 특성에 따라 광고표지판으로도 대체 가능하므로 광고와 관련된 공통매입세액 적용이 가능하다.

(마) 그 외 역사 관련비용에 있어 역사 화재보험 가입비용의 경우 임차인이 임대시설물에 대하여 일반 화재보험에 별도로 가입하고는 있지만, 청구법인이 가입하는 역사 화재보험의 목적에도 포함되어 보험료를 산정하므로 공통비용에 해당하고, 역사 방송용 이미지송 제작비용, 역사 공기질 측정 용역비용 또한 임대매장의 수익에 큰 영향을 미치므로 공통비용에 해당하며, 더구나 위 화재보험과 공기질 측정비용은 광고사업과도 관련된 공통비용이라 할 것이다.

또한, 공통매입세액 안분 계산시 과세공급가액에 포함되어 있지 않은 매출세금계산서를 발행한 영업외 수익 중 역사 연결통로 수익, 역사 이설관련 수탁공사수익, 행복장터수익, 지하철 연장건설 대행사업수익, 역사 공사시행을 위한 업무지원비 등과 기타사업수익에 해당하는 카드충전수수료 및 카드판매 대행수수료를 제외한 모든 수익은 지하철 역사의 건설, 유지·관리로 인한 과정이나 결과로 발생하는 수익이고, 국세청 예규(서삼46015-11127, 2002.7.5.)는 ‘공통매입세액을 「부가가치세법 시행령」 제61조 제1항의 산식에 따라 안분계산함에 있어 총공급가액 및 면세공급가액이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 총공급가액 및 면세공급가액을 말하는 것이다’라고 하고 있음에 비추어 볼 때, 역사와 관련된 건설비용, 시설교체비, 유지보수비 등 역사 관련 모든 비용이 임대와 광고에 관련되므로, 역사 관련 시설을 이용 또는 활용하여 발생한 영업외 수익은 위 국세청 예규에 따라 마땅히 공통매입세액과 관련된 과세수익에 해당된다.

(바) 이와 같이 역사 관련 모든 비용은 운수수익, 임대수익과 역사 광고수익에 사용된 공통비용에 해당되며 그 실지 귀속도 불분명하므로 아래 <표8>에 나타나는 금액(OOO원)만큼 공통매입세액으로 인정하여 환급되어야 할 것이다.

OOOOOOOOOO OO OOO OO OOO

(5) 청구법인의 광고수익은 지하철이 운행되어야만 발생하므로 전동차량 구입비용, 유지보수 등 정비관련 비용, 전기료, 부품구입비용, 차량관리소 유지비용 등 전동차량 관련 모든 비용은 운수수익과 광고수익과의 공통매입세액에 해당되며, 그 실지귀속도 불분명하다 할 것인데, 전동차량 구입 유지비용, 전력비, 관리소 유지비용 등 관련비용과 내역을 구분하여 구체적인 예를 들어 설명하면 다음과 같다.

(가) 전동차 전력비의 경우 전동차 광고는 전동차의 기존 전력을 사용하지 않는다면 광고업자가 추가적으로 전력비와 형광등, 소켓 등의 부대비용을 지출하였을 것이므로 공통비용으로 보아야 하겠고, 전동차 정비관련 및 차량관리소 비용의 경우 광고업자가 청소를 한다고 하지만 사실상 불가능하고 이동식 고압세척기를 이용하여 전동차를 세척하므로 이러한 장비의 구입 및 정비관련 비용은 공통비용이라 할 것이며, 전동차 부품구입비와 제작비, 유지보수비의 경우 전동차 광고를 위해서는 전동차 구입, 제작, 유지보수 등이 필수요건이므로 공통비용에 해당된다.

(나) 이와 같이 전동차 구매, 유지관리비 등 관련 모든 비용은 전동차 광고수익과 관련이 있는 공통비용에 해당하며, 그 실지귀속도 불분명하므로 아래 <표9>에 나타나는 금액(OOO원)만큼 환급되어야 할 것이다.

OOOOOOOOOO OOO OOO OO OOO

(6) 청구법인의 본사 전력요금의 경우 조사청 세무조사 당시 본사 관리비와 전력비는 공통매입세액으로 인정한다는 선결정례를 인용하여 본사 전력비를 제외한 후 공통매입세액을 안분하여 재계산하였는데, 2008년 8월까지 ○○팀에서 작성한 본사 전력비는 당초 차감하여 계산하였지만 조직개편으로 해당 업무를 담당하게 된 △△팀이 2008년 9월부터 역사, 전동차, 본사를 포함한 총전력비로 회계결의서를 작성함에 따라 이에 포함된 본사 전력비에 대하여 차감받지 못하였으므로, 이 부분에 대하여 아래 <표10>에 나타나는 금액(OOO원)만큼 공통매입세액으로 추가인정을 받아야 할 것이다.

OOOOOOOOOOO OO OOOO OO

(7) 청구법인은 역사내 임대수익과 관련하여 정상임대료를 산정하기 위하여 감정평가법인에 감정평가 산정을 의뢰하고 있고, 감정평가법인의 평가가액 산출근거 및 결정 의견서에 ‘그 산정의 방법, 조건 및 비교요인으로 역사내 위치, 용도, 접근조건, 통로의 폭, 층고, 해당 역사의 노후도, 접근성 등 주변 환경과 이용객 수, 기타 수익성에 영향을 미치는 제반요인을 고려하여 적정 임대료를 산정한다’고 되어 있는데, 감정평가법인의 산정서에 나타난 역사의 노후도, 위치, 접근 조건 등에 따라 임대료 산정에 영향을 받으므로, 역사관련 설치 및 제반 공사비용, 시설 유지보수비용, 기타 역사관련 모든 부대비용이 역사의 노후도와 연관된 비용이고, 이는 임대수익과 관련이 있으며, 그 실지귀속도 불분명하다.

(8) 이러한 청구법인의 주장에 대하여 처분청은 청구법인의 주된 영업이 운수업이므로 역사, 전동차 관련 모든 비용은 운수수익과 관련되어 있다고 보고 있지만, 청구법인의 사업범위를 규정하고 있는 「서울특별시도시철도공사 설립 및 운영에 관한 조례」, 청구법인의 정관 등은 서울특별시 지하철 건설·운영, 지하철 건설·운영에 따른 도시계획사업 등을 열거하면서 ‘이에 부대하는 사업’을 포함하고 있고, 청구법인 설립 당시 사업자등록을 하면서 임대업도 등록하였을 뿐만 아니라 청구법인의 결산서상 손익계산서에 임대수익과 광고수익 외 통신관로 수익 등을 매출액으로 보고 있으므로, 역사 신설 이후부터 소요된 증·개축 및 유지관련 비용, 물품비용, 전동차 구입, 유지보수, 관리비용 모두 과세사업과 연관되어 있는 공통비용이며, 그 실지귀속도 불분명하다고 하겠다.

또한, 선결정례(국심 2007중2343, 2008.3.27.)는 ‘매입세액이 과세사업과 면세사업의 공통매입세액에 해당되기 위해서는 양 사업에 다 같이상당한 인과관계가 있어야 할 것인바, 운수관련 매입세액은 면세사업을위하여 필연적으로 발생한 것이지 광고사업을 영위하기 위하여 발생한 것으로 볼 수 없다’고 결정하고 있지만, 「부가가치세법 시행령」 제61조 제1항과 같은 법 시행규칙 제18조의2 제1항은 ‘사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 경우 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에대한 공급가액의 합계액인 총공급가액 중 면세사업에 대한 수익금액이차지하는 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 한다’고 규정하고 있고, 위선결정례(국심 2007중2343)와 관련하여법원(서울행정법원 2012.11.9. 2012구합24825 판결)은 “과세관청은 버스구입비, 유류비, 부품비 등 이 사건 매입세액이 여객운송업에 대한 매입세액으로 면세사업에 필연적인 것에 반해 광고 사업은 후발적으로 광고물을 버스 내·외부에 부착할 수 있도록 하는 권리를 제공하므로 여객운송업과 상당한 인과관계가 없다고 주장하나, 광고사업은 버스의 운행을 당연한 전제로 하는 것이고(원고가 버스를 운행하지 않으면 승객들은 광고물에 노출되지 않으므로 광고주는 원고에게 매체사용료를 지급하지 않을 것이다) 여객운송업과 버스의 운행이라는 요소를 공통으로 갖게 되어 두 사업 사이에 관련성이없다고 보기 어려우므로 과세관청의 주장은 받아들이지 않는다. 또한, 과세관청은 광고물의 제작, 설치, 유지관리, 철거 및 원상회복의 주체가 광고주이므로 버스회사는 광고물에 대응하는 추가비용이 발생할 수 없다고 주장하나, 광고사업의 내용은 광고주가 광고물을 부착하여 버스를 ‘운행’하는 것에 그 본질이 있고 버스회사가 광고물의 부착, 유지관리 등의 용역을 제공하는 것이 아니므로 과세관청의 이 주장역시 광고사업의 성격에 반하는 것이므로 받아들이지 않는다”라고 되어있는데, 이는 청구법인의 주장과 일맥상통하는 판례로, 역사 광고 및 전동차 광고 역시, 전동차의 운행을 전제로 발생한 사업으로 청구법인이 전동차 운행을 하지 않는다면 승객들은 역사와 전동차를 이용하지 않을 것이므로 광고주들은 역사 및 전동차에 비용을 들여 광고를 하지 않을 것이고, 임대사업 또한 마찬가지라 할 것이어서 역사 및 전동차와 관련되면서 실지 귀속이 불분명한 매입세액은 공통매입세액에 해당하여 공급가액 비율로 안분하여 공제되어야 함이 마땅하다.

(9) 현행 부가가치세 과세방법은 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위하여 납부세액 산출방식에 있어 자기생산 부가가치와 매입 부가가치를 합한 금액을 공급가액으로 하고, 이에 대하여 징수할 매출세액에서 매입 부가가치에 대하여 지출된 매입세액을 공제하도록 하는 기본적 구조를 채택하고 있고, 여기에서 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 할 것인바, 사업관련성은 개별적으로 판단해야하는 것이고 청구법인은 공기업으로 지하철 역사는 불특정 다수가 이용하는 시설물로 출입통로가 개방되어 지하로의 횡단보도 기능이 있고 역사 내 화장실 또한 일반 시민이 왕래하면서 이용하고 있는 실정이고, 또한 지하철 이용객뿐만 아니라 상가 이용객까지 역사를 아무런 제한없이 이용할 수 있으며, 청구법인이 승강편의시설(엘레베이터, 에스컬레이터 등) 설치 및 환기시설 가동 등 역사 관리에 대한 제반 활동은 모두 지하철 이용객뿐만 아니라 임대상가 이용객 수요까지 반영하여 설치·운영되므로 쟁점매입세액이 면세사업에만 국한하여 발생하였다고 보는 처분청의 적법성에 문제가 있다.

(10) 한편, 청구법인은 역사관련 비용과 전동차관련 비용에 대하여 설립당시부터 2000년 제1기 부가가치세 확정신고시까지 관련 매입세액에 대해 공제받지 못할 매입세액 규정에 열거된 조항 중 면세사업에 관련된 매입세액으로 보아 매입세액 불공제로 신고·납부를 이행하였고, 이후 공통매입세액 안분 적용을 위하여 경정청구를 하여 통신관로 수입만 제외하고 이를 인정한다는 서면환급결정 통지를 받아 이를 근거로 계속하여 공통매입세액 안분을 적용하여 신고하였는데, 만약 환급결정에 잘못이 있었다면 처분청은 2004년 정기 세무조사 당시 경정을 하였어야 함에도 그때는 전혀 언급을 하지 아니하고 있다가 2011년 7월 조사청의 정기 세무조사에 이르러 비로소 공통매입세액 안분 적용에 잘못이 있다고 하면서 약 OOO원의 신고·납부불성실 가산세를 가산하였다.

이렇듯 처분청은 청구법인에 대하여 부가가치세 환급조사나 그간 현지 세무조사 등을 실시한 적이 있음에도 불구하고 매입세액 공제에 대한 유효적절한 행정지도를 하지 아니한 채 별다른 이의제기 없이 20여 년간 청구법인의 부가가치세 환급이 정상적으로 이루어졌으므로 이는 처분청의 공적견해로 볼 수 있고, 설령 처분청의 환급결정이 공적인 견해에 해당하지 않는다 하더라도 ‘세무공무원의 안내에 따라 관련서류를 제출하고 비과세라는 말을 듣고 신고하지 않은 경우 차후 이에 반하는 본세 및 가산세를 부과한 처분은 납세의무자가 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유로 보아 부과 처분한 가산세는 부당하다’는 판례(대전고등법원 1996.4.19. 선고 95구892 판결) 등과 청구법인은 안전하고 신속한 대중교통수단을 제공하여 시민의 공공복리증진에 기여하기 위해 설립된 법인으로서 조세를 부당하게 감면받거나 조세를 회피할 목적이 있었던 것은 아니라는 점에 비추어 볼 때, 청구법인에게 부가가치세 신고·납부의무를 게을리 한 귀책사유를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것이다.

설령 부가가치세 신고·납부의무를 게을리 한 귀책사유가 청구법인에게 있다고 인정한다 하더라도처분청이 2011.10.13. 고지한 이 건 부가가치세 납세고지서에는 가산세의 산출근거가 전혀 기재되어 있지 않는 등 가산세 부과처분의 행정절차에 하자가 있으므로, 이 건 부가가치세 부과처분에 있어 신고·납부불성실 가산세는 마땅히 취소되어야한다(대법원 2012.10.18. 선고 2010두12347 판결, 대구지방법원 2012.9.5. 선고 2011구합3038판결 등).

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 제공받은 용역 내역은 아래 <표11>과 같은데, 청구법인은 임대 및 광고사업과 관련하여 직접 부담하는 비용은 적정 임대료 및 광고료를 산정하기 위한 감정평가비용 뿐이고, 모든 임대 및 광고시설의 설치, 유지보수, 철거관련 비용은 임차인 및 광고사업자가 직접 부담하고 있으며, 쟁점매입세액은 청구법인이 임대 및 광고사업을 영위하는지 여부에 따라 변동되는 것은 아니고, 여객운송업(지하철 운송)을 영위하기 위한 필수적인 비용으로 면세사업에 실지 귀속되는 세액이므로 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액에 해당된다.

다만, 청구법인에 대한 세무조사 당시 청소용역 등에 대하여 공통매입세액 대상으로 보아 과세대상에서 제외하였으나, 청구법인이 이 건 심판청구 당시 추가로 제시한 2008년도부터 2010년도까지의 본사 전력요금 OOO원에 대한 부분은 조사 당시 이의제기 및 관련 증빙을 제출하지 아니한 것이므로 청구법인의 주장이 사실로 확인되면 공통매입세액 대상으로 보는 것이 타당하다.

OOOOOOOOOOO OOOOO OOOO OO OO

(2) 한편, 청구법인은 2001년 6월 부가가치세 경정청구건에 대한 환급결정이 있었고, 2004년 정기 세무조사 당시 환급결정건에 대하여 경정고지가 없어 이러한 환급결정을 처분청의 공적인 견해표명으로 보아 이에 따라 부가가치세를 신고·납부하였으므로 가산세를 취소하여야 한다고 주장하나, 이를 과세관청의 공적인 견해표명으로 볼 수는 없다 하겠으므로 「부가가치세법」 제21조 제1항의 규정에 따라 부가가치세 확정신고 내용에 오류 탈루가 있는 경우 국세부과의 제척기간 이내에는 언제든지 경정할 수 있는 것이다.

더구나 관련 예규(국세청 부가46015-4358, 1999.10.27., 기획재정부 부가가치세과-835, 2007.12.3., 부가가치세과-1367, 2010.10.14.)는 ‘부가가치세가 면제되는 여객운송용역과 과세되는 부동산 임대용역 및 광고용역을 공급하는 사업자가 부가가치세가 면제되는 여객운송용역의 제공을 위하여 필수적인 재화나 용역을 공급받고 교부받은 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것’이라고 명백히 밝히고 있고, 이 건 부가가치세 부과처분은 ‘부가가치세가 면제되는 여객운송용역의 제공을 위하여 필수적인 재화나 용역을 공급받고 교부받은 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다’는 「부가가치세법」 제17조 제2항 제6호의 규정에 따른 것이므로, 청구법인의 부가가치세 신고·납부행위에 「국세기본법」 제48조 제1항의 가산세 감면사유인 ‘납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유’가 있다고 인정하기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 역사시설 교체비, 역사시설 유지보수비, 역사 전기료 등의 쟁점매입세액을 공통매입세액에 해당되는 것으로 볼 수 있는지 여부

(2) 부가가치세 신고·납부불성실 가산세 부과처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 면세사업인 여객운송용역과 과세사업인 임대 및 광고용역을 겸업하고 있는 사업자로, 2006년 제2기부터 2011년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 과세사업과 직접적으로 관련된 매입세액 및 사업과 관련이 없는 매입세액을 제외한 모든 매입세액을 공통매입세액으로 안분하여 부가가치세를 신고하였는데, 2011년 9월 조사청의 세무조사 당시 작성된 청구법인의 확인서에는 “당해 법인은 2006년 제2기 예정 ～ 2011년 제1기 확정 부가가치세 신고시 매입세액 중 전동차량 및 역사 등과 관련한 매입세액 합계 OOO원(상세내역 아래 <표12> 참조)을 「부가가치세법 시행령」 제61조에 의거 공통매입세액으로 안분계산하여 공제받았음”이라고 되어 있다.

OOOOOOOOOOO OOOO OOOO

한편, 청구법인은 2001년 6월경 처분청에 역사시설 교체비, 역사시설 유지보수비, 역사 전기료 등의 매입세액에 대하여 공통매입세액으로 보아 부가가치세를 환급하야 달라는 경정청구를 하였는데, 이와 관련하여2001년 7월 작성된 처분청의 보고서에는 “ 「부가가치세법」 제17조 제2항 제4호 및 동법 시행령 제61조 제1항, 제3항에서 규정한 공통매입세액 안분계산을 재계산하여 2000년 제2기 OOO원 및 2001년 제1기 예정 OOO원을 환급해 달라는 취지의 경정청구 신고를 접수함. 공통매입세액 안분계산식에 의하여 회사(청구법인)가 계산한 면세사업관련 매입세액산정 내용에 대하여 검토한바, 당해 과세기간의 총공급가액이란 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하는데 회사는 2001년 제1기 예정 총공급가액 OOO원 및 2000년 제2기 OOO원으로 계상하였으나 과세공급가액의 일부인 에스케이텔레콤 외 4개 회사에 통신관로를 제공하고 받은 통신관로제공수입2001년 제1기 예정 OOO원 및 2000년 제2기 OOO원은단지 통신관로의 공간만 제공하고 받는 수입으로 통신관로에 포설된 광케이블 및 그 부대설비의 유지 보수는 비용자인 통신회사에서 하고 있으므로 통신관로제공수입은 공통매입세액과 관련이 없다고 판단되며 따라서 통신관로제공수입은 총수입금액에서 제외되어야 함. 상기 조사내용과 같이 면세사업관련 매입세액을 2000년 제2기 OOO원 및 2001년 제1기 예정 OOO원으로 계상하여 당초 부가가치세 신고세액과의 과다납부 차액 2000년 제2기 OOO원 및 2001년 제1기 예정 OOO원, 합계 OOO원을 환급결정코자 함”으로 기재되어 있다.

(2) 청구법인이 제시하고 있는 2006사업연도 및 2011사업연도 손익계산서를 보면, 2006사업연도의 기타사업수익은 OOO원이고, 2011사업연도의 영업외 수익 중 임대료와 잡이익은 각각 OOO원과 OOO원인데, 임대료 수입에는 OOO역 등 주차장 수입 등이, 잡이익에는 OOO 등 광고연체료 등이 포함되어 있으며, 청구법인이 제시하고 있는 각 연도별 매출액과 각 연도별 전력요금 현황 및 5～8호선 전력비 지출 구분(2006년 제2기 ～ 2011년 제1기)은 각각 아래 <표13>, <표14>, <표15>와 같다.

OOOOOOOOOOO O OOO OOO

(3) 청구법인은 이외 ㈜OOO감정평가법인의 감정평가서(2009.7.17.)와 2008.1.8.자 광고계약서, 2007.11.12.자 6호선 역구내 조명 및 차내광고 대행계약서, 2004년도 5～8호선 및 6기지 역사 도면(CAD) 제작 설계 용역관련 설계서, 2011년 하반기 역사시설물 개량공사(설비분야) 설계설명서, 역사 조도 개선공사 설계설명서(2011년), 역사 제연설비 성능개선 설계용역 과업지시서(2004년), OOO역 1호점포 임대차 등 19건 사업설명서(2007년 11월), 건설 폐기물 처리 용역 과업지시서, 역사 화재보험 과업지시서, 임대차계약서, 5·6호선 조명시설물 철거 과업지시서, 일반물품규격서, 고압세척기(이동식) 구매 규격서(2011년 3월), 물품명세서, 2011년 지하역사 및 전동차 실내공기질 측정용역 관련 용역설명서 등을 제시하고 있는데, 이에 기제된 내용은 청구법인이 앞서 언급한 바와 같다.

(4) 처분청은 2011.10.13. 청구법인에게 이 건 부가가치세 부과처분을 하였는데, 당해 납세고지서상에는 과세표준, 세율, 산출세액 및 가산세는 기재되어 있지만, 구체적인 산출내역은 기재되어 있지 아니하고, 그 이전인 2011.9.6. 조사청은 청구법인에게 세무조사 결과 통지를 하였는데, 이에 신고 과세표준과 결정 과세표준, 산출세액, 예상 고지세액과 수입금액·과세표준 및 세액의 산출내역서가 첨부되어 있지만 구체적인 산출근거와 관련 법령 등은 기재되어 있지 아니한 것으로 나타나고 있다.

(5) 「부가가치세법」 제12조 제1항 본문 및 제7호는 여객운송 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제하되, 다만 항공기, 고속버스, 전세버스, 택시, 특수자동차,특종선박(特種船舶) 또는 고속철도에 의한 여객운송 용역으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 제1항에 따라 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다고 규정하고 있으며, 같은 법 제17조 제1항 본문 및 제1호·제2호는 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액과 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액을 공제한 금액으로 하되, 다만 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항 본문 및 제6호는 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.

(6) 「부가가치세법 시행령」 제61조 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업(비과세사업을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다고 하면서, 다만 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항 본문 및 제1호부터 제3호까지는 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 100분의 5미만인 경우의 공통매입세액(다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다)과 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액 및제48조의2 제3항 제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액은 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다고 규정하고 있다.

(7) 「부가가치세법 시행규칙」 제18조의2 제1항은 영 제61조 제1항 및 제3항에서 “총공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, “면세공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다고 규정하고 있다.

(8) 「국세기본법」 제15조는 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다고 하면서, 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다고 규정하고 있고, 같은 법제48조 제1항은 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.

(9) 「국세징수법」 제9조 제1항은 세무서장은 국세를 징수하려면 납세자에게 그 국세의 과세기간, 세목, 세액 및 그 산출 근거, 납부기한과 납부장소를 적은 납세고지서를 발급하여야 한다.

(10) 「서울특별시도시철도공사 설립 및 운영에 관한 조례」 제21조 제1항 본문 및 제1호부터 제10호까지는 공사는 지하철 제5호선·제6호선·제7호선 및 제8호선과 관련된 서울특별시 지하철 건설·운영, 지하철 건설·운영에 따른 도시계획사업, 역세권 및 차량기지 개발에 따른 업무시설·판매시설·환승시설·주택시설·생활편익시설·복리시설 등의 건설·공급 및 관리, 제1호부터 제3호까지와 관련한 「택지개발촉진법」 제7조에 따른 택지개발사업, 제1호부터 제3호까지와 관련한 「도시개발법」 제11조에 따른 도시개발사업, 지하철 관련 국내·외 기관의 지하철시스템구축 및 지하철 운영 관련사업 및 감리사업, 지하철과 다른 교통수단의 연계수송을 위한 각종 시설의 건설·운영 및 기존 버스운송사업자의 노선과 중복되지 않는 버스운송사업(단, 마을버스운송사업 기준에 의함), 전동차·신호설비·전기설비·궤도토목 및 철도장비용품의 부품제작·조립, 그 밖에 시장이 인정하는 사업, 제1호부터 제9호까지에 부대하는 사업을 수행한다고 규정하고 있다.

(11) 먼저, 역사시설 교체비, 역사시설 유지보수비, 역사 전기료 등 쟁점매입세액을 공통매입세액으로 볼 수 있는지 여부에 대하여 본다(쟁점①).

「부가가치세법」 제17조 제1항 및 제2항 제6호, 제6항, 같은 법 시행령 제61조 제1항, 제3항 제1호의 문언내용과 입법취지를 종합하여보면, 사업자가 수종의 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 있어서는 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하여 계산하여야 하고, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 이를 안분계산함에 있어서 그 공통매입세액과 관련된 과세사업과 면세사업 부분만의 당해 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 방법에 의하여야 할 것이다.

청구법인의 경우, 위 <표12>에 나타난 것과 같이 처분청이 매입세액 불공제 대상으로 확정한 쟁점매입세액을 보면, 선로설비 유지보수 등 여객운송과 관련한 시설물의 설치 및 유지보수 관련 매입세액, 승차권 관련 매입세액과 역사시설 건설(교체)·유지보수·물품 관련 매입세액 및 전동차량 구입·유지보수·각종 부품구입 및 전력료 등 전동차 관련 매입세액 등으로, 이는 면세사업인 여객운송용역을 위하여 필연적으로 발생한 것이지 과세사업(임대 및 광고)을 영위하기 위하여 발생한 것으로 볼 수 없으므로 청구법인이 주장하는 위 쟁점매입세액은 공통매입세액에 해당한다고 보기보다는 면세사업에만 귀속된다고 봄이 합리적이다(국심 2007부2343, 2008.3.27., 국심 2005부177, 2005.9.26. 등, 참조).

다만, 쟁점매입세액 중 본사 전력요금은 면세사업인 여객운송용역 관련 매입세액이라기 보다는 본사 관리비에 속하는 것으로 공통매입세액으로 보아 안분 적용함이 타당하나, 이와 관련하여 청구법인이 제시하고 있는 자료는 청구법인의 일방적인 자료이므로 처분청이 이에 대한 사실관계를 재조사하여 그 결과에 따라 경정함이 타당할 것으로 판단된다(이에 대하여 청구법인은 2008년 9월분 전력요금부터 미반영되었다고 주장하므로 이 건 부과처분 중 2008년 제2기 부가가치세부터 적용되어야 할 것으로 보인다).

(12) 다음으로 쟁점매입세액은 공통매입세액에 해당된다는 처분청의 공적인 견해표명이 있었으므로 이 건 부가가치세를 부과하면서 신고·납부불성실 가산세를 부과한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부에 대하여 본다(쟁점②).

일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 이러한 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요하는 것인데, 이러한 신의성실의 원칙 또한 합법성을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의, 형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것이고, 이를 적용함에 있어서도 과세상 잘못을 시정하는 것까지 금지하는 것은 아니라 하겠다.

이 건의 경우, 처분청은 과세표준과 세율을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 5년의 부과제척기간이 만료되기 전까지는 언제든지 경정할 수 있는 것이므로 처분청이 일정 과세기간에 대한 청구법인의 경정청구를 받아들인 적이 있다는 사유만으로 재경정처분을 하지 아니하겠다는 처분청의 공적인 견해표명이 있었다고 보기는 어려운 점, 당시 국세청 예규(국세청 부가46015-4358, 1999.10.27.)도 ‘부가가치세가 면제되는 여객운송용역과 과세되는 부동산 임대용역 및 광고용역을 공급하는 사업자가 부가가치세가 면제되는 여객운송용역의 제공을 위하여 필수적인 재화나 용역을 공급받고 교부받은 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것’이라고 명백히 밝히고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 2001년 7월 청구법인의 경정청구에 대한 처분청의 부가가치세 환급결정이 쟁점매입세액에 대한 공적인 견해표명이라고 인정하기는 어렵다.

또한, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 부과할 수 없는 것이나(대법원 2003.1.10. 선고, 2001두7886 판결), 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인의 경정청구 이전에 면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우 면세사업 관련 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다는 국세청 예규가 있었고, 이러한 예규가 계속하여 유지되고 있음에 미루어 보면, 처분청이 법률관계 또는 사실관계를 오인하여 청구법인의 경정청구를 받아들인 잘못이 있다 하더라도 이를 이유로 청구법인이 부가가치세 신고·납부의무를 제대로 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 인정할 수도 없다.

다만, 납세고지에 관한 「국세징수법」등 개별 세법의 규정 취지는 가산세의 납세고지에도 그대로 관철되어야 하고, 본세의 부과처분과 가산세의 부과처분은 각 별개의 과세처분인 것처럼, 같은 세목에 관하여 여러 종류의 가산세가 부과되면 그 각 가산세 부과처분도 종류별로 각각 별개의 과세처분이라고 보아야 하는바, 하나의 납세고지서에 의하여 본세와 가산세를 함께 부과할 때에는 납세고지서에 본세와 가산세 각각의 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재해야 하는 것이고, 또 여러 종류의 가산세를 함께 부과하는 경우에는 그 가산세 상호 간에도 종류별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재함으로써 납세의무자가 납세고지서 자체로 각 과세처분의 내용을 알 수 있도록 하는 것이 당연하다고 할 것이다(대법원 2012.10.18. 선고 2010두12347 전원합의체 판결 참조).

따라서 납세고지서를 받는 납세의무자가 따로 법률 규정을 확인하거나 과세관청에 문의해 보지 않고도 무슨 가산세가 부과되었고 세액이 그렇게 된 산출근거가 무엇인지 알 수 있도록 본세와 마찬가지 수준으로 그 형식과 내용을 갖추어 세액의 산출근거 등을 밝혀서 고지하여야 할 것이며, 가산세 부과처분이라고 하여 그 종류와 세액의 산출근거 등을 전혀 밝히지 않고 가산세의 합계액만을 기재한 경우에는 그 부과처분은 위법함을 면할 수 없다 할 것이다(다만, 납세의무자에게 보낸 과세예고통지서 등에 의하여 납세의무자가 불복신청 등에 전혀 지장을 받지 않았음이 명백하다면 그러한 납세고지서의 흠결이 보완되거나 하자가 치유되었다고 볼 수는 있다).

이 건의 경우, 처분청이 청구법인에게 송달한 이 건 부가가치세 납세고지서에는 가산세에 있어 해당 세액만 기재되어 있을 뿐(예를 들어 2008년 제2기 부가가치세 납세고지서는 “가산세 OOO원을 더하고”라고 기재되어 있음) 어떤 가산세가 어떻게 산출되어 부과되었는지는 나타나고 있지 아니하므로 가산세 부분에 있어서 관계 법령에서 요구하는 기재사항을 누락한 하자가 있다 하겠고, 또한 이 건 납세고지서 교부 이전에 청구법인에게 한 조사청의 세무조사 결과 통지서에도 과세기간별 매출·매입과세표준과 전체 산출세액 및 예상고지세액이 기재되어 있을 뿐 가산세 산출내역은 따로 기재되어 있지 아니하여 처분청이 청구법인에게 가산세 산출근거 및 내역을 알 수 있는 자료를 별도로 통보하였다고 볼 수는 없으므로, 이 건 부가가치세납세고지서의 흠결이 보완되거나 하자가 치유되었다고 볼 수도 없다.

따라서 처분청이 가산세 산출근거 및 내역 등을 기재하여 다시 과세하는 것은 별론으로 하더라도 가산세 부분에 있어서 그 부과처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2012서5115, 2013.4.26. 같은 뜻).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.