청구인은 91.6.15 일반과세자로 사업자등록을 하고 부동산임대 및 주차장업(서울특별시 성북구 OOO동 OOOOOO소재, 대지 3,712㎡, 건물 526.94㎡)을 영위하면서 91년 제1기분 공급가액을 710,397원으로 하여 해당 부가가치세를 신고·납부하였으며, 92년 제2기분 부가가치세 신고시에는 위 당초 임대건물을 멸실시키고 새로운 건물을 신축(건물연면적 4,422.89㎡, 이하 “쟁점건물” 이라 한다)하면서 수취한 세금계산서상의 매입세액 43,000,000원을 공제받은 사실이 있다.

처분청은 청구인의 91년 제1기분 공급가액이 710,397원으로서 이를 연간 공급대가로 환산한 금액이 9,377,240원에 불과하여 3,600만원에 미달하므로 92년 제1기분부터 청구인이 일반과세자에서 과세특례자로 전환된 것으로 보아 쟁점건물과 관련한 재고납부세액을 계산하여 93.6.16 청구인에게 92년 제2기분 부가가치세 39,170,940원을 과세하였다.

청구인은 이에 불복하여 93.7.30 심사청구를 거쳐 93.10.26 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

처분청이 일반과세자를 과세특례자로 전환시키는 경우에는 부가가치세법 시행령 제74조의2 제2항에 의하여 과세기간개시 20일 전까지 납세의무자에게 통지하여야 하는데도 이 건 경우 처분청은 이러한 사전통지없이 일방적으로 과세유형을 전환시켜 과세하였으므로 당초 처분은 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

청구인은 당초 일반과세자로 사업자등록을 하였으나 부가가치세법 제25조의 규정에 의한 과세특례자의 기준에 해당되는 경우, 일반과세자로 계속 적용받기를 원하는 때에는 부가가치세법 제30조 제2항 및 동 시행령 제78조 제1항에 의하여 과세특례포기신고서를 세무서장에게 제출하여야 하며, 포기신고서를 제출하지 아니한 경우에는 동 시행령 제74조의2 제1항에서 규정한 시기에 당연히 과세유형이 과세특례의 적용을 받는 사업자로 전환되는 것이므로 처분청이 위 규정에 의거 과세특례자로 유형전환 시키고 이 건 부가가치세를 경정 고지한 것은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

① 이 건은 일반과세자인 청구인이 과세특례자로 전환된 것으로 인정하여 종전에 일반과세자로서 공제 환급받은 쟁점건물신축에 관련된 재고납부세액을 계산한 당초 처분의 당부를 가리는 데 다툼이 있다.

② 이 건 관련법령인 부가가치세법 제25조(과세특례) 제1항 제2항, 제30조(과세특례의 포기) 제1항 제2항과 동법시행령 제74조(과세특례의 범위) 제1항 제1호, 제74조의2(과세특례 및 일반과세의 적용시기) 제1항 제3항 및 제78조(과세특례의 포기) 제1항의 규정을 종합하여 보면, 신규로 사업을 개시한 개인사업자가 그 사업개시일부터 그 과세기간 종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액이 3,600만원에 미달하는 때에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 과세특례가 적용되나, 일반과세자로 계속하여 적용을 받기 위해서는 그 적용받고자 하는 과세기간 개시 10일전에 과세특례포기신고를 하여야 하며, 이 때 소관세무서장이 과세특례 전환통지를 하지 아니한 경우에도 그 통지에 관계없이 위에서 본 시기에 과세특례로 전환되는 것인 바(대법원 89누1469, 89.8.8 동지), 이와 같이 일반과세자에서 과세특례자로 전환되는 경우에는 동법시행령 제63조(납부세액 또는 환급세액의 재계산) 제2항 및 제74조의3(과세특례자의 과세표준 및 세액의 계산)과 동법시행규칙 제23조의3(과세특례전환시의 세액계산특례) 제1항 제4호, 제2항, 제3항 제3호의 규정에 의하여 일반과세자에서 과세특례자로 전환되는 날 현재의 감가상각자산에 대한 매입세액에 당해 감가상각자산을 취득한 날로부터 일반과세자로 변경되는 날까지의 기간경과에 따른 감가율을 적용하는 등의 소정의 산식에 의하여 계산한 재고납부세액을 납부하여야 하는 것임을 알 수 있다.

③ 이 건의 경우, 청구인이 부동산임대 및 주차장업을 영위하기 위하여 일반과세자로 사업자등록을 하여 건물신축에 관련된 매입세액을 공제받은 사실이 있고, 최초의 과세기간(91.1.1～91.6.30)인 91년 제1기분 공급가액이 710,397원으로서 이를 연간 공급대가로 환산하면 3,600만원에 미달함에도 신규사업자인 청구인이 92년 제1기 과세기간 개시 10일전까지 처분청에 과세특례 포기신고를 한 사실이 없어 청구인은 92년 제1기 과세기간부터 일반과세자에서 과세특례자로 전환된다 할 것이므로 쟁점건물신축에 관련된 재고납부세액을 계산하여 과세한 당초처분은 잘못이 없다고 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.