처분청은 청구인이 ㅇㅇ(주)와 함께 ㅇㅇ구역 제6지구 재개발사업을 시행한 자로서 1999.10.19. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 42필지 토지(이하“이건 토지”라 한다)상에 지하 7층, 지상 36층 건축물연면적 73,727.83㎡(이하 “이건 건물”이라 한다)를 건축한 후 청구인 소유의 지상건축물 및 그 부속토지에 대한 취득가액(124,205,635,194원)에 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 2,484,112,690원, 농어촌특별세 248,411,260원, 합계 2,732,523,950원을 1999.11.18. 신고납부한 후, ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ로 ㅇㅇ가 ㅇㅇ번지에 있던 본점을 1999.12.14.에 이건 건물로 이전하고, 본점의 사업용으로 사용하는 부분에 대하여 그 취득가액(93,786,722,679원)에 지방세법제112조제3항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 3,751,468,900원, 농어촌특별세 375,146,880원, 합계 4,126,615,780원을 2000.1.13. 신고납부하므로 이를 수납하여 징수 결정하였다가, 2000.3.14. 도로 등기부채납을 조건으로 취득한 토지에 대한 취득세 등을 직권 감액하고 취득세 5,867,900,230원, 농어촌특별세 586,790,010원, 합계 6,454,690,240원으로 2000.3.14. 경정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 첫째, 1988.11.22. ㅇㅇ산업(주)외 1인이 재개발사업시행인가(ㅇㅇ시 고시 제907호)를 받아 추진하던 재개발사업을 1998.7.20. 처분청으로부터 사업시행자 변경인가를 받아 1999.1.25. 사업시행지구내의 토지(이하 “종전 토지”라 한다)등을 일괄 취득하고 재개발사업을 추진하여 이건 건물을 신축하였고, 이건 사업시행인가 당시에 시행되던 ㅇㅇ시재개발구역토지및건축물에대한시세과세면제에관한조례(1988.5.7. 조례 제2323호, 이하 “구감면조례”라 한다) 제2조에서 도시재개발법에 의한 시행자가 재개발사업을 위하여 취득하는 토지 및 건축물에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정되어 있다가 1994.12.31. 조례개정시 폐지되었으나, 폐지조례 부칙에서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 조례를 적용하도록 하고 있는 경우에는 마땅히 종전 조례를 적용하도록 하여야 한다는 취지의 대법원 판결(1996.2.26. 95다 47787)에 비추어 재개발사업 종료일 현재는 구감면조례가 폐지되었다고 하더라도 취득세 등 면제대상이 되며,

둘째, 이건 재개발사업시행인가 당시에 시행된 구 지방세법 제109조제3항에서 취득세 등 면제대상자는 재개발사업시행인가일 현재 소유자로 국한되는 것이 아니고 재개발사업 완료일 이전에 토지와 건축물을 취득·소유한 자도 포함하여야 한다는 것이 대법원 판결(1994.4.26. 93누 9170)의 취지이므로, 청구인이 사업시행자 자격을 승계하였다 하더라도 이건 재개발사업을 완료하고 토지 및 건축물을 취득하였다고 하더라도 취득세는 면제되어야 하고,

셋째, 청구인은 1998.4.9.과 1999.1.25. 종전 토지를 취득할 당시 취득세를 이미 납부하고, 재개발사업시행이 완료된 후에 건물과 토지에 대한 취득세를 다시 납부하였으나, 재개발사업에 의해 대지를 조성한 경우 새로이 토지를 취득하였다고 볼 수 없으므로 이중과세에 해당된다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구의 다툼은 도심재개발사업시행으로 청구인이 취득한 토지 및 건축물이 감면조례 등에 의한 취득세 등 면제 또는 비과세대상이 되는지 여부에 있다.

먼저 관계법령을 보면, 1988.5.7.부터 1991.12.31.까지 시행된 구감면조례(조례 제2323호) 제2조에서 다음 각 호에 해당하는 자가 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역 내에서 재개발사업의 시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물(개량건축물 포함)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정한 다음, 그 제1호에서 도시재개발법의 규정에 의한 시행자(시행자로지정받은 자를 포함한다)라고 규정하고 있다가, 위조례 제2조를 1991.12.31. 개정하여 도시재개발법의 규정에 의하여 지정된 재개발구역의 경우 주택개량사업에 한하여 취득세 및 등록세의 면제대상으로 규정하고, 그 부칙 제2항에서 이조례 시행당시 종전의 규정에 의하여 과세면제하였거나 과세면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 규정에 의한다는 경과규정을 두었다가 1993.7.3. 조례를 개정하면서 부칙 제2항에 있던 경과규정을 삭제하였고, 지방세법 제109조제3항에서는 1993년까지는 도시재개발법에 의한 재개발사업의 시행으로 인하여 소유자가 환지받은 경우와 사업시행자가 체비지 또는 보류지를 취득하는 경우에는 취득세를 비과세하도록 규정하고 있다가 1994.1.1.부터는「사업시행인가 당시 소유자」에 한하여 비과세 하도록 개정하였다.

다음으로 이건의 경우를 보면, 이건 토지 소재지역이 1973.9.6. 재개발지역으로 지정(건설부고시 제367호)되었고, 1988.11.22. ㅇㅇ산업(주)외 1인이 재개발사업시행인가(ㅇㅇ시고시 제907호)를 받아 1989.4.3. 건축허가를 받고, 1990.6.2. 재개발사업 관리처분계획인가(ㅇㅇ시재개발30321-58)를 받았으나, 자금사정으로 사업추진이 지연되던 중 1998.7.20. 청구인이 “ㅇㅇ(주)외1사”로 사업시행자 변경인가(ㅇㅇ 도정58422-1576호)를 받은 다음,1999.1.25. 동사업지구내 토지를 취득한 후 취득세 등을 1999.2.24.과 1999.3.24. 신고납부(기부채납을 조건으로 취득한 토지분 제외)하고, 1999.10.19. 이건 건물을 신축하여 사용승인을 받고 이건 건물과 부속토지 중 청구인 지분에 해당하는 취득세 등을 1999.11.18. 신고납부한 후 1999.12.14. 청구인의 본점을 이건 건물로 이전하고 본점으로 사용하는 부동산에 대한 취득세(중과세분) 등을 2000.1.13. 신고납부하였고, 처분청은 기부채납을 조건으로 취득한 부동산은 취득세 등 비과세대상이 된다고 보아 2000.3.14. 직권경정하였음을 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 먼저, 이건 재개발사업시행을 완료한 현재에는 구감면조례의 내용이 개정되어 도시재개발사업 시행으로 인하여 취득하는 부동산에 대한 취득세 등 감면규정이 삭제되었으나, 구감면조례 부칙에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과 규정을 두고 있으므로 구감면조례 시행 당시에 사업시행인가를 받은 ㅇㅇ산업(주)로부터 재개발사업시행자 명의변경인가를 받고 사업시행을 완료한 청구인도 취득세 등 면제대상이 된다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 청구인이 이건 재개발사업시행을 완료한 2000년 현재에는 재개발사업에 대한 취득세 등 감면조례의 규정이 삭제되어 면제근거가 없으므로 취득세 등을 과세하여야 할 것으로 보이지만, 이건 재개발사업시행 인가당시에 재개발사업시행을 위하여 취득하는 부동산은 취득세 등을 면제하는 규정이 있었고, 1991년말 구감면조례개정시 동규정을 삭제하였으나, 1993.7.2.까지 시행된 조례부칙에 “이법 시행당시 종전의 규정에 의하여 과세면제하였거나 과세면제하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다”는 경과규정을 두고 있었으며, 동 경과규정을 해석함에 있어서 대법원 판례(1996.8.23. 95다 44917등 다수)에서는 과세면제에 관한 조례가 불리하게 개정된 경우 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 경과규정을 두고 납세의무자에게 유리한 종전의 규정을 적용하도록 하는 경우에 그 납세의무는 각세법이 정한 과세요건이 완성된 당시의 법령을 적용한다는 일반원칙에도 불구하고, 그에 대한 예외조치로서 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 그대로 적용한다는 것이므로 조례가 개정된 후에 비로소 과세요건이 완성되는 경우 종전 규정 적용대상에 해당한다는 이유로 등록세 등 면제대상으로 판결하고 있는 점을 보면 청구인의 경우도 구감면조례 부칙 경과규정에 따라 구감면조례의 규정에 의한 감면적용 대상이 될 수 있는 것이라 하겠다.

그리고 구감면조례시행 당시에 사업시행인가를 받지 않고 전 소유자가 사업시행인가를 받은 것을 명의변경인가를 받은 청구인의 경우도 구감면조례에 의한 감면대상이 될 수 있는지에 관하여 보면, 전 소유자가 사업시행인가를 받을 당시부터 지금까지 시행되는 도시재개발법 제6조제2항에서 시행자의 변동이 있을 때에는 이법 또는 이법에 의한 명령이나 규약·정관 또는 시행규정이 정하는 바에 의하여 종전의 시행자가 행하거나 시행자와 권리자 사이에 대하여 행한 처분·절차 기타의 행위는 새로이 시행자로 된 자가 행하거나 새로이 시행자로 된 자에 대하여 행한 것으로 본다고 사업시행자 승계를 인정하고 있고, 청구인도 적법한 절차를 거쳐 사업시행자 명의변경인가를 받아 종전 사업시행자와 청구인간에 그 사업에 대한 동일성이 유지되는 이상, 비록 청구인이 구감면조례 시행당시에 사업시행인가를 받지 않고 종전 사업시행자로부터 사업을 승계하여 명의변경인가를 받은 사업시행자라 하더라도 도시재개발법 제6조제2항의 규정에 의거 사업시행자의 지위를 승계하였으므로 구감면조례에 의한 도심재개발사업 시행으로 인하여 취득하는 부동산에 대한 취득세와 등록세 면제에 관한 권리·의무도 승계한 것으로 봄이 타당하다고 하겠다(같은 내용의 행정자치부 심사결정 2000.7.25. 제2000-507호).

따라서 청구인의 주장은 상당한 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2000. 8. 29.

행 정 자 치 부 장 관