2. 항소비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1989. 11. 20. 설립되어 토목건축업 등을 영위하는 회사인데, 공동대표이던 이BB이 2010. 12. 20. 퇴임하였다는 사유로 주주총회 결의에 의한 임원 퇴직금 규정(이하 '이 사건 퇴직금 규정'이라 한다)을 적용하여 2010. 12. 24. 이BB에게 퇴직금 OOOO원 및 특별공로금 OOOO원 합계 OOOO원(이하 퇴직금과 특별공로금 합쳐 '이 사건 퇴직금 등'이라 한다)을 지급하였고, 이를 2010 사업연도 법인세 신고 시 손금에 산입하여 법인세를 신고, 납부하였다.

나. 피고는 "이 사건 퇴직금 규정은 특정 임원만을 대상으로 한 규정으로서 법인세법 시행령 제44조의 위임에 따라 정관에서 정한 정당한 퇴직금 지급규정이라 할 수 없고, 또한 특별공로금은 객관적이고 구체적인 산정기준 없이 주주총회의 결의만으로 지급되어 법인세법에서 정한 퇴직금에 해당하지 않는바, 이 사건 퇴직금 등 지급행위는 법인세법 제52조에서 정한 부당행위계산에 해당한다."는 사유로, 퇴직금 OOOO원 중 법인세법 시행령 제44조 제4항 제2호에 의한 퇴직금 OOOO원을 초과하는 OOOO원 및 특별공로금 OOOO원을 손금불산입하여, 2013. 8. 8. 원고에게 2010 사업연도 법인세 219,655,220원을 경정•고지하였고, 소득자를 이BB으로 한 2010년도 상여소득금액 OOOO원의 소득금액변동통지를 하였다(이하 위 법인세 경정・고지 및 소득금액변동통지를 통칭하여 '이 사건 처분'이라 한다).

다. 원고는 이에 불복하여 2013. 10. 11. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2013. 12. 10. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장

원고는 정관 제34조에 따라 주주총회 결의로 정한 이 사건 퇴직금 규정에 의거 이 사건 퇴직금 등을 지급하였으므로, 이 사건 퇴직금 등은 법인세법 시행령 제44조에서 정한 손금산입의 대상이 된다. 또한, 이BB은 오랜 기간 대표이사의 직무를 수행해 오면서 원고의 성장과 이익창출에 크게 기여하였는데 단순히 퇴직금의 액수가 과다하다는 사정만으로 이를 부당행위계산으로 보아 법인세법상의 퇴직금을 초과하는 금액 상당을 손금불산입하는 것은 기업의 자율성과 사적자치의 원칙에 대한 부당한 간섭 내지 침해에 해당한다.

따라서 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 '관계 법령' 기재와 같다.

다. 판단

(1) 인정사실

(가) 원고의 주주 및 대표이사 현황 등

원고의 주주현황은 1993년부터 2010년까지 아래 <표1>과 같고, 법인등기부상 대표이사는 아래 <표2>와 같이 변동되었다. 한편, 이BB은 2010. 12. 20. 퇴임한 이후에도 2011. 3. 30.경까지 상근임원으로서 회사 경영에 참여하였고, 2011. 7. 1. 사내이사로 취임하였다.

<표1>

번호

성명

지분(%)

비고

1

이BB

40

2

이CC

10

이BB의 아들

3

김DD

40

4

이EE

10

김DD의 처남

재임기간

대표이사

1998. 4. 28. ~ 2004. 3. 3.

이BB, 김DD

2004. 3. 4. ~ 2009. 11. 5.

이BB

2009. 11. 5. ~ 2010. 12. 20.

이BB, 이CC

2010. 12. 20. ~ 현재

이CC

<표2>

(나) 원고의 정관 제34조는 "임원의 보수 또는 퇴직한 임원의 퇴직금은 주주총회의 결의로 정한다."고 정하고 있는데, 원고는 2010. 9. 9. 임시주주총회를 개최하여 주주 전원이 참석한 가운데, 정관 제34조에서 정한 임원의 퇴직금과 관련하여 이 사건 퇴직금 규정을 만장일치로 결의하였으며, 주요 내용은 아래와 같다.

1. 적용범위

본 규정은 원고의 임원으로 선임된 이사 및 감사에 대하여 선임 후 1년 이상 근속한 자가 현실적으로 퇴직한 때에 적용된다.

2. 목적

본 규정은 정관 제34조에 의거하여 이사 및 감사에게 지급할 퇴직금에 관한 기본적 내용을 정함을 목적으로 한다.

4. 퇴직금의 산출

직위

정율

근속 10년 미만

근속 10년 이상

대표이사

1.0

2.0

① 임원 퇴직금은 퇴직 당시의 연봉액(상여금 포함)에 대하여 근속연수를 승한 금액에 아래 표에서 정한 정률을 승한 금액으로 한다.

② 재임기간은 이사 또는 감사로 선임된 날로부터 기산하여 최종 근무한 날까지로 하되 근속연수가 1년 미만인 경우는 일할 계산한다.

5. ④ 임원이 회사 규정 또는 연봉계약서에 의거하여 이미 퇴직금을 지급받은 경우에는 본 규정을 적용하지 아니한다.

6. 특별공로금

① 퇴직하는 임원으로서 재임 중 회사에 특별한 공로가 있는 자에 대하여는 제4항에 의한 퇴직금 이외의 특별공로금을 지급할 수 있다.

(다) 원고는 2010. 12. 20. 임시주주총회를 개최하여 주주 전원이 참석한 가운데 이 사건 퇴직금 규정에 따라 이BB에게 이 사건 퇴직금 등 OOOO원{= 퇴직금 OOOO(= 퇴직 당시 연봉 OOOO원 x 근속연수 22년 x 정률 2.0) + 특별공로금 OOOO원}을 지급하기로 만장일치로 결의하였고, 2010. 12. 24. 위 결의에 따라 이BB에게 이 사건 퇴직금 등을 지급하였다.

(라) 한편, 원고는 대표이사인 이CC 및 상무이사 김FF에게 중간정산 퇴직금으로 2010년 각 OOOO원, 2011년 각 OOOO원을 지급하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 4, 5호증, 을 제1 내지 8호증의 각 기재, 제1심 증인 한GG의 증언, 변론 전체의 취지

(2) 판단

(가) 특별공로금 OOOO원 부분에 관하여

살피건대, 법인세법 시행령 제44조 제4항이 일반 사용인에게 퇴직금을 지급의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회 통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결 등 참조).

" 또한, 법인세법 제26조는다음 각 호의 손비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다'고 규정하면서 제1호로 '인건비'를 들고 있고, 그 위임에 따른 법인세법 시행령 제43조는 상여금 등의 손금불산입과 관련하여 제2항에서 '법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 정관・주주총회・사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다'고 규정하고 있으며, 제3항에서 '법인이 지배주주 등(특수관계에 있는 자를 포함한다, 이하 같다)인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유 없이 동일직위에 있는 지배주주 등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다'고 규정하고 있고, 제4항에서 '상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 법 제52조에 해당하는 경우를 제외하고 이를 손금에 산입한다'고 규정하고 있다.", 위 관련 규정의 문언 및 체계, 입법 취지와 아울러 앞서 살핀 부당행위계산부인의 내용과 그 취지 등에 따른 다음과 같은 사정들, 즉 ① 법인이 임직원에게 지급하는 인건비(보수, 급료 및 수당, 상여금, 연금 또는 퇴직금 기타 이와 유사한 성질의 급여)라고 하여 모두 발생한 사업연도의 손금에 해당한다고 볼 수 없고 인건비에 관하여 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 손금불산입 하도록 하고 있는 점, ② 법인세법 시행령 제43조 제4항은 상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수라고 하더라도 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인의 대상에 해당하는 경우에는 이를 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있는 점, ③ 법인의 임원에게 퇴직금을 지급할 경우 당해 법인과 퇴직금을 지급받는 임원은 법인세법상 특수관계자이고, 임원에게 지급하는 퇴직금이 일정기준을 초과하여 부당하게 고액을 지급하면 그로 인해 당해 법인의 소득금액이 낮아지고 법인세가 부당하게 감소하는 결과가 발생하는 점 등을 고려하면, 법인이 특수관계자인 특정 임원 등에게 지급한 보수나 상여금, 퇴직금 등이 정당한 이유 없이 동일직위에 있는 임원 등에게 지급하는 금액을 현저히 초과하는 등 건전한 사회 통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 경우라면 특정 임원 등에게 이익을 분여하여 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 행위로서 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호의 '그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우'에 해당된다고 보아 이를 부인할 수 있다고 봄이 타당하다. 따라서 원고가 특수관계자인 임원 이BB에게 지급한 퇴직금도 법인세법 제52조의 부당행위계산부인의 적용대상이 될 수 있다고 할 것이다.

나) 한편, 법인세법 시행령 제44조 제4항은 '법인이 임원에게 지급한 퇴직급여 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다'고 규정하면서 제1호로 '정관에 퇴직급여(퇴직위로금 등을 포함한다)로 지급할 금액이 정하여진 경우에는 정관에 정하여진 금액'을, 제2호로 '제1호 외의 경우에는 그 임원이 퇴직하는 날부터 소급하여 1년 동안 해당 임원에게 지급한 총급여액[「소득세법」제20조 제1항 제1호 가목 및 나목에 따른 금액(같은 법 제12조에 따른 비과세소득은 제외한다)으로 하되, 제43조에 따라 손금에 산입하지 아니하는 금액은 제외한다]의 10분의 1에 상당하는 금액에 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 계산한 근속연수를 곱한 금액. 이 경우 해당 임원이 사용인에서 임원으로 된 때에 퇴직금을 지급하지 아니한 경우에는 사용인으로 근무한 기간을 근속연수에 합산할 수 있다'고 규정하고 있고, 같은 조 제5항은 '제4항 제1호는 정관에 임원의 퇴직급여를 계산할 수 있는 기준이 기재된 경우를 포함하며, 정관에서 위임된 퇴직급여 지급규정이 따로 있는 경우에는 해당 규정에 의한 금액에 의한다'고 규정하고 있다.

위 관련 규정의 내용 및 취지 등과 함께, ① 법인세법이 정관에 명시한 임원퇴직금 지급규정을 손금산입에 대한 기준으로 인정한 이유는 정관이란 법인의 운영에 관한 근본규칙으로서 퇴직금을 증가시키기 위해서는 상법 제433조 이하에서 정한 엄격한 정관변경절차를 거쳐야 하므로, 임원이라도 임의로 임원퇴직금을 과다하게 지급하는 것이 비교적 어려워 법인의 소득을 부당히 감소시킬 위험이 적기 때문인 점, ② 앞서 본 바와 같이 법인이 특수관계자인 특정 임원 등에게 지급한 보수나 상여금, 퇴직금 등이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 경우 특정 임원 등에게 이익을 분여하여 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 행위로서 법인세법 제52조에 따라 부당행위계산 부인의 대상이 되는 점 등을 고려해 보면, 법인세법 시행령 제44조 제4항 제1호 또는 제5항에 따른 '정관에 의한 임원퇴직금 지급규정'이란, 상법상 의결절차와 의결내용이 정당할 뿐 아니라, 임원의 퇴직 시마다 퇴직금(퇴직위로금 포함)을 임의로 지급할 수 없도록 정한 일반적이고 구체적인 기준으로서 당해 법인이 계속적이고 반복적으로 적용하여 온 규정이라고 봄이 타당하다. 따라서 만일 임원퇴직금 지급규정을 신설하거나 개정한 직후 곧바로 대표이사가 퇴직을 한 경우와 같이 특정 임원에게 임의로 퇴직금을 지급하기 위한 방편으로 지배주주 등의 지배력에 의해 정관이 급조되었다거나, 정관에서 특정 임원에게만 정당한 이유 없이 퇴직금액을 고액으로 정하거나 지급배율을 차별적으로 높게 정하였다는 등의 특별한 사정이 있다면, 위와 같은 정관은 특정 임원에게 임의로 고액의 퇴직금을 지급하기 위한 수단일 뿐 당해 법인이 계속적 ・ 반복적으로 적용하여 온 일반적이고 구체적인 규정이라고 볼 수 없으므로, 법인세법 시행령 제44조 제4항 제1호 또는 제5항에 따른 '정관에 의한 임원퇴직금 지급규정'이라고 볼 수 없다.

2) 위 법리 등에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 보태어 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이BB은 1993년 이래 원고의 주식 40%를 보유한 대주주(아들인 이CC가 보유한 주식을 합하면 50%에 이른다)이고, 1998년경부터 사임 시점인 2010. 12. 20.까지 계속하여 원고의 대표이사로 재직하였으며, 이BB이 대표이사직에서 사임한 이후 현재 이BB의 아들인 이CC가 단독 대표이사로 재직 중인 상태로서, 이BB은 대표이사 사임 이후에도 2011. 3. 30.까지 상근임원으로서 회사 경영에 참여하였을 뿐 아니라 2011. 7. 1.에는 사내이사로 취임한 점 등에 비추어, 이BB은 원고의 대주주로서 지배력을 행사하면서 원고를 실질적으로 경영해 온 것으로 보이는 점, ② 이 사건 퇴직금 규정은 이BB이 퇴직하기 불과 3개월 전인 2010. 9. 9. 개최된 주주총회에서 공동대표이사 이BB과 이CC가 주주로 참석한 가운데(나머지 주주들은 이BB 또는 이CC에게 자신들이 보유한 주식에 대한 의결권의 행사를 위임한 것으로 보인다) 신설된 것으로서, 지배주주인 이BB의 지배력에 의해 이BB의 대표이사직 사임을 염두에 두고 급조되었다고 볼 여지가 충분한 점, ③ 이 사건 퇴직금 규정 제5항(지급제한)에서는 '임원이 회사 규정 또는 연봉계약서에 의거하여 이미 퇴직금을 지급받은 경우에는 본 규정을 적용하지 아니한다'고 규정하고 있고, 한편, 원고는 이 사건 퇴직금 규정을 신설한 이후에도 퇴직금 중간 정산을 목적으로 각 연도 말 3개월의 평균 급여 및 평균 상여금을 기준으로 대표이사인 이CC 및 상무이사 김FF에게 중간정산 퇴직금으로 2010년 각 OOOO원, 2011년 각 OOOO원을 각 지급하였는데, 이와 같이 원고의 임원들 중 이BB을 제외한 나머지 임원들은 위와 같이 퇴직금을 미리 지급받음으로써 이 사건 퇴직금 규정의 적용이 배제되거나 적어도 이 사건 퇴직금 규정의 정률표상 근속연수가 낮아지게 되어, 이BB의 경우와 같이 높은 액수의 퇴직금을 지급받는 것이 원칙적으로 봉쇄되었는바, 이는 합리적 이유 없이 이BB과 다른 임원들을 차별하는 것인 점 등을 종합해 보면, 이 사건 퇴직금 규정 중 퇴직금 지급에 관한 부분은 특정 임원에게 임의로 고액의 퇴직금을 지급하기 위한 수단일 뿐 원고가 계속적 ・ 반복적으로 적용하여 온 일반적으로 구체적인 규정이라고 볼 수 없으므로, 법인세법 시행령 제44조 제4항 제1호의 '정관에 퇴직급여로 지급할 금액이 정하여진 경우' 또는 제5항의 '정관에서 위임된 퇴직급여 지급규정이 따로 있는 경우'에 해당한다고 볼 수 없다.

(3) 소결

따라서 이 사건 퇴직금 규정은 모두 법인세법 시행령 제44조 제4항 제1호의 '정관에 퇴직급여로 지급할 금액이 정하여진 경우' 또는 제5항의 '정관에서 위임된 퇴직급여 지급규정이 따로 있는 경우'에 해당한다고 볼 수 없으므로, 피고가 이러한 전제에서 이BB의 퇴직금 OOOO원 중 법인세법 시행령 제44조 제4항 제2호에 의한 퇴직금 OOOO원을 초과하는 OOOO원 및 특별공로금 OOOO원을 손금불산입한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.