가. 청구인은 2005.2.18. OOO호(이하 “쟁점외주택”이라 한다)를 OOO만원에 양도하고, 쟁점외주택의 양도 당시 공유지분을 가지고 있던 OOO(이하 “쟁점다가구주택”이라 한다)가 「조세특례제한법」 제97조에 따라 소유주택에 산입되지 않는 임대주택에 해당한다고 보아 쟁점외주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 고가주택에 따른 2005년 귀속 양도소득세 1,602,362원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 쟁점다가구주택이 「조세특례제한법」 제97조에 따른 임대주택에 해당하지 않는다고 보아 청구인의 소유주택에 산입하고 쟁점외주택의 양도에 대한 1세대 1주택 신고를 부인하여 2011.5.6. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 136,113,200원을 경정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.7.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「소득세법 시행령」 제155조 제15항에서 다가구주택을 가구별로 분양하지 아니하고 당해 다가구주택을 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 이를 단독주택으로 본다고 규정하고, 같은 법 시행령 제8조의2 제3항 제1호에서도 다가구주택은 1개의 주택으로 보되, 구분등기된 경우에는 각각을 1개의 주택으로 계산한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제154조의2에서 1주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우 이 영에 특별한 규정이 있는 것 외에는 주택 수를 계산할 때 공동소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 보도록 규정하고 있는바,

위 규정들에 의할 경우, 청구인은 쟁점다가구주택 6개동(총 30호)을 다른 11인과 공유하고 있으나, 단독주택으로서 각 공유자가 1주택을 소유한 것으로 보아 청구인도 공유자 중의 한 사람으로서 6개동의 주택을 공유하고 있다고 할 것인바, 「조세특례제한법」 제97조 제2항 및 같은 법 시행령 제97조 제1항에 따라 1세대 1주택 판정시 주택수에서 제외되는 임대주택 5호 이상 임대한 거주자에 해당한다.

또한, 「소득세법」 및 「조세특례제한법」의 입법취지로 보더라도, 「소득세법」상의 1세대 1주택 비과세 규정은 국민의 주거생활과 주택가격의 안정을 위하여 두고 있는 규정이며, 「조세특례제한법」 제97조 및 같은 법 시행령 제97조도 임대주택을 많이 건축하여 국민의 주거와 주택가격 안정을 기하기 위한 취지에서 세금을 부과하지 않거나 보유주택 수 계산에서 제외하는 규정이므로 청구인을 포함한 공유자 모두 이런 목적으로 다가구주택을 건축하여 10년 이상 임대하였고 서민 주거문화 개선을 위하여 임대주택을 직접 매수하여 운영한다는 정부방침에 협조하여 주택공사에 쟁점다가구주택을 양도하였다.

따라서, 청구인은 국가정책에 적극 호응하여 쟁점다가구주택을 건설하여 임대한 후 매각하였으므로, 쟁점다가구주택은 쟁점외주택의 양도시 보유주택으로 보지 않아야 한다.

(2) 설사 처분청 의견과 같이 공동사업자의 총 임대주택 수에 지분비율을 곱한 임대주택 수가 5호 이상이어야 한다고 보더라도, 청구인은 1991.6.18. 보존등기시 지분 8.33% 외에 2004.1.30. 추가로 지분 8.33%를 취득하여 지분이 16.667%(계산상 소수점 이하 지분율에 약간의 차이가 있으나 분수로는 6분의 1)인바, 30호에 지분율 16.667%(6분의 1)를 곱하면 임대주택 수가 5호가 되므로, 쟁점다가구주택은 1세대 1주택 판정시 주택 수 계산에서 제외되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점다가주주택 6개동(총 30호) 각각을 단독주택으로 보아서 임대주택 수가 6호라고 주장하나, 이 경우 쟁점다가구주택은 국민주택규모인 85㎡를 초과하게 되므로, 「조세특례제한법」 제97조에서 규정한 임대주택 요건 중 하나인 국민주택규모에 해당하지 않는다.

청구인은 「소득세법 시행령」 제154조의2에서 1주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우 이 영에 특별한 규정이 있는 것 외에는 주택 수를 계산할 때 공동소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 본다고 주장하나, 이는 「소득세법」상 1세대 1주택 비과세를 판단할 때 적용하는 것으로, 「조세특례제한법」 제97조의 장기임대 감면주택을 판단할 때 적용하는 것이 아니다.

「조세특례제한법」 제97조 제2항이 지분형태로 소유하는 공동사업자의 임대주택을 1세대 1주택 판정시 주택 수에 포함하지 아니하는 혜택을 부여하는 규정인 점, 지분의 다과에 관계없이 공동사업자의 총 임대주택 수를 각자의 임대주택 수로 보게 되면 감면의 범위가 지나치게 확대되는 점, 지분이 매우 적음에도 감면대상이 된다면 감면대상을 ‘5호 이상’으로 제한하는 동 규정의 취지에 부합하지 아니하는 점으로 볼 때, 공동사업자의 총 임대주택 수에 지분비율을 곱한 임대주택 수가 5호 이상이 되어야 「조세특례제한법」 제97조가 적용된다고 보는 것(구 재정경제부 재산-771, 2006.7.3. 참고)이 합리적이고, 이 질의회신은 쟁점다가구주택을 양도하였을 때에 직접 연관되었던 것으로서 그 회신내용에 따라 당초 쟁점다가구주택에 대하여 「조세특례제한법」 제97조를 적용하여 양도소득세 감면신고하였던 것을 ‘임대주택 5호 이상’의 요건 불충족으로 수정신고한 사실이 있다.

따라서, 쟁점다가구주택 총 30호 중 청구인의 보유지분은 8.33%로서 2.5호만이 청구인 보유 임대주택에 해당하여 「조세특례제한법」 제97조에서 규정한 양도소득세 감면대상인 5호에 미달하고 쟁점외주택 양도시 소유주택 수에 포함되므로, 처분청이 쟁점외주택에 대하여 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하지 아니하고 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

(2) 청구인은 2004.1.30.에 추가로 취득한 8.33%를 합산한 쟁점다가구주택 지분비율 16.667%를 30호에 곱하여야 한다고 주장하나, 추가 취득한 지분 부분은 「조세특례제한법」 제97조에 정한 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 경우에 해당하지 아니하므로 합산할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

공유하고 있는 쟁점다가구주택(6개동 30호)이 1세대 1주택 판정시 주택수에서 제외되는 5호 이상의 임대주택에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제89조 【비과세양도소득】 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

(2) 조세특례제한법(2005.12.31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것) 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】① 대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임대주택법에 의한 건설임대주택중 5년 이상 임대한 임대주택과 동법에 의한 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

② 소득세법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 임대주택은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다

제97조의2【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면 특례】① 대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 이 조에서 “신축임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 면제한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 임대주택법에 의한 건설임대주택

가. 1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 신축된 주택

나. 1999년 8월 19일 이전에 신축된 공동주택으로서 1999년 8월 20일 현재 입주된 사실이 없는 주택

(3) 조세특례제한법 시행령(2005.2.19. 대통령령 제18704호로 개정되기 전의 것) 제97조【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제97조 제1항 각호외의 부분 본문에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다.

③ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 재정경제부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

제97조의2【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면특례】① 법 제97조의2 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 거주자”란 1호 이상의 신축임대주택(법 제97조의2 제1항의 규정에 의한 신축임대주택을 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 포함하여 2호 이상의 임대주택을 5년 이상 임대하는 거주자를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료 및 쟁점외주택의 부동산등기부등본 등에 의하면, 청구인은 1992.11.18. 쟁점외주택을 취득하여 2005.2.18. OOO만원에 양도하고, 1세대 1주택 고가주택 양도에 따른 양도소득세 OOO원을 납부한 사실이 나타난다.

(2) 처분청 심리자료 및 쟁점다가구주택의 부동산등기부등본 등에 의하면, 청구인은 1991.6.18. OOO 170-4, 170-26, 170-27, 170-28, 170-29 및 170-30 각 지상에 아래 <표>과 같이 쟁점다가구주택 6개동을 신축하여 송OOO 등 11명과 공유로 소유권보존등기를 하고 이를 임대하였으며, 2004.1.30. 공유자로서 청구인과 동일한 지분을 가진 송OOO의 지분을 추가로 취득하고, 2005.12. 28. 대한주택공사에 지분을 양도한 사실이 나타난다.

<표> 쟁점다가구주택 현황 및 청구인 지분

(단위 : ㎡)

(3) 장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면규정인 「조세특례제한법」 제97조 제1항은 대통령령이 정하는 거주자가 1986.1.1.부터 2000.12.31.까지의 기간 중 신축된 국민주택을 2000.12.31. 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 감면한다고 규정하고, 같은 조 제2항은 「소득세법」 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 임대주택은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다고 규정하고 있으며, 「조세특례제한법 시행령」 제97조 제1항은 「조세특례제한법」 제97조 제1항에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다고 규정하고 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 볼 때, 청구인은 쟁점다가구주택 6개동을 각각 공유하고 있으므로 임대주택을 5호 이상 임대하고 있다고 주장하나, 「조세특례제한법」 제97조 제2항이 지분형태로 소유하는 공동사업자의 임대주택을 1세대 1주택 판정시 주택 수에 포함하지 아니하는 혜택을 부여하는 규정인 점, 지분의 다과에 관계없이 공동사업자의 총 임대주택 수를 각자의 임대주택 수로 보게 되면 감면의 범위가 지나치게 확대되는 점, 지분이 매우 적음에도 감면대상이 된다면 감면대상을 ‘5호 이상’으로 제한하는 동 규정 취지에 부합하지 아니하는 점으로 볼 때, 공동사업자의 총 임대주택 수에 지분비율을 곱한 임대주택 수가 5호 이상이 되어야 「조세특례제한법」 제97조의 규정이 적용된다고 보는 것이 합리적이다(조심 2008중3319, 2009.8.21. 같은 뜻임).

또한, 청구인은 공동사업자의 총 임대주택 수에 지분비율을 곱하는 방법으로 임대주택 수를 산정하더라도, 2004.1.30. 공유자 중 1인인 송OOO으로부터 취득한 지분을 포함하면 청구인의 지분이 6분의 1이므로, 임대주택 수(30호)에 지분비율(6분의 1)을 곱한 임대주택 수는 5호 이상이라고 주장하나, 「조세특례제한법」 제97조 제1항은 2000. 12.31. 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대할 것을 요구하고 있으므로, 청구인이 2004.1.30. 취득하여 2005.12.28. 양도한 지분은 임대주택 호수를 산정함에 있어 제외된다고 할 것이다.

따라서, 쟁점다가구주택 수(30호)에 쟁점다가구주택 신축시 청구인의 지분(약 8.33%)을 곱한 청구인의 임대주택 수는 양도소득세 감면대상인 5호에 미달하여 쟁점외주택 양도시 주택 수에서 제외되지 아니하므로, 처분청이 쟁점외주택에 대하여 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하지 아니하고 양도소득세를 과세한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.