2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고 회사는 1999. 4. 23.부터 서울 AA구 BB로3가 RR터미널 5-37호에서 컴퓨터 및 주변기기 도소매업을 운영하는 사업자이다.

나. 피고는 2007. 2. 1.부터 같은 해 5. 11.까지 원고 회사의 2003년 제1기부터 2006 년 제2기까지의 부가가치세에 대하여 특별조사를 실시하고, 원고 회사에게 "원고 회사가 위 기간의 소매 매출을 실제보다 적게 신고하는 대신 같은 업종의 도매업체인 CCC바이자 외 11개 업체에 공급가액 2,481,612,209원의 위장매출 세금계산서를 교부하여 거래상대방으로 하여금 제세를 탈루하게 하고, 2004. 1. 1.부터 2005. 3. 31.까지 주식회사 DDD(이하 'DDD')로부터 공급가액 952,646,367원의 위장매입 세금계산서를 수취하여 부당하게 제 세금을 탈루하였다"는 내용의 통고서를 보냈다.

다. 원고 회사는 2007. 5. 25. 피고의 위 통고 취지에 따라 위 각 기간에 대하여 부가가치세 수정신고를 하고, 이에 따라 다시 산정된 부가가치세 171,653,923원을 납부하였다. 원고 회사가 위와 같이 수정신고한 내용 중 DDD와 사이의 거래내역은 다음 표 기재와 같다(이하 '이 사건 DDD 거래').

"라. 원고 회사는 2007. 8. 17. 피고에게 "이 사건 DDD 거래에 관한 각 세금계산서 (이하 '이 사건 DDD 세금계산서')는 위장세금계산서가 아니라 DDD와 사이의 실거래에 의한 것이고, DDD가 명의위장을 하였다고 보더라도 원고 회사는 선의의 거래 당사자에 해당하므로, 원고 회사가 이 사건 DDD 거래에 관하여 수정신고하여 납부한 부가가치세 중 2004년 제1기부터 2005년 제1기까지의 부가가치세 합계 154,278,778원을 환급하여야 한다"는 취지로 경정청구를 하였으나 피고는 국세기본법 제45조의2 제3항에 정한 결정기한인 2007. 10. 16.까지 위 경정청구에 대한 결정을 하 지 아니하였다(이하이 사건 거부처분').",[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 4, 5호증, 갑 제6호증의 1 내지 4, 갑 제7호증, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

가. 원고 회사의 주장

1) 이 사건 DDD 거래와 관련하여 원고 회사와 사이에 실제로 세금계산서상 물품을 매입 및 매출한 상대방은 DDD이고, 거래대금도 DDD의 계좌로 입출금되었으며, 피고가 이 사건 거래의 실제 상대방이라고 주장하는 주식회사 GG밸리{이하 '(주)GG밸리'}는 실질적인 대표자인 이MM의 지시에 따라 원고 회사와 DDD 사이의 거래에 관하여 도관의 역할만을 해온 것이므로, 이 사건 DDD 거래의 실제 상대방이 DDD가 아니라 (주)GG밸리임을 전제로 하는 이 사건 거부처분은 위법하다.

2) 실제 물품 공급자가 DDD가 아니라 하더라도, 원고 회사는 DDD의 명의 위장 사실을 알지 못하였고, 알지 못한 것에 과실이 없었으므로, 이와 다른 전제에선 이 사건 거부처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 기초사실

1) 이MM은 1998. 4. 1. 부산 부산진구 HH동 156-2를 본점으로 하여 DDD를 설립하여 운영하던 중, 2001. 7. 23. 서울 AA구 BB로2가 JJ상가 21동 2층 183호를 사업장으로 하는 DDD AA지점을 설치ㆍ운영하다가 2002. 12. 31. 폐업하였다.

2) 이MM은 DDD와는 별도로 2002. 12. 2. 위 JJ상가에서 공KK을 명의상 대표자로 하여 GG밸리를 개업한 후 2003. 12. 31. 폐업하였고, 2003. 7. 18. 위 JJ상가 21동 2층 73호에서 전LL을 명의상 대표자로 하여(이후 2004. 5. 21. 명의상 대표자가 김QQ으로 변경되었다) (주)GG밸리를 설립하여 2006. 7. 31.경까지 운영에 관여 하였다.

[인정근거] 갑 제1호증, 을 제4호증의 각 기재, 갑 제18, 19호증의 각 일부 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 첫 번째 주장에 관한 판단

부가가치세법 제17조 제1항, 제2항 제1호의2에 의하면, 법 제16조 제1항에 정한 공급하는 사업자의 명칭 등 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 경우는 이를 매입세액에서 공제하지 아니하는 것이고, 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청인 피고에게 있으나, 피고가 이에 관하여 직접증거 또는 제반정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관하여 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 입증을 한 경우라면, 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하는 원고 회사가 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자신의 주장에 부합하는 입증의 필요가 있다고 할 것이다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조).

을 제5, 7호증의 각 1, 을 제9호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 각 사정, 즉 ① 원고 회사의 대표이사 김NN는 이 사건 DDD 거래에 관한 세무조사 당시 이 사건 DDD 거래에 관하여 실제 거래는 (주)GG밸리와 하고 세금계산서만 DDD 명의로 발행하였음을 시인하고 그와 같은 내용의 확인서를 작성한 점, ② 이MM은 GG밸리의 폐업에 관한 사유서에서 GG밸리를 DDD AA점과 별개로 운영하였다고 진술한 점, ③ 이MM은 2003. 10. 25.경부터 2005. 6. 30.경까지 사이에 실물 거래 없이 DDD 명의로 3,163,265,031원 상당의 세금계산서를 교부하고, 2,787,667,546원 상당의 세금계산서를 교부받았다는 공소사실로 기소된 점, ④ (주)GG밸리는 상당한 규모로 GG북 도매업을 하던 업체였는바, 원고 회사와 사이에 1년 이상 자신의 물품을 직접 거래하지 않고 다른 업체의 물품을 대신 전달하여주는 역할만하였다는 것은 납득하기 어려운 점, ⑤ (주)GG밸리와 DDD의 실질적 사주는 이MM으로 통일하였으므로 이 사건 DDD 거래의 대금이 (주)GG밸리의 계좌가 아닌 DDD의 계좌로 입금되었다고 하더라도 이는 DDD의 매출액이나 매입액의 인위적인 조작이나 자금관리의 편의 등을 이유에 의한 것일 가능성을 배제할 수 없는 점 등에 비추어 보면, 원고 회사와 사이에 이 사건 DDD 거래를 한 실제 상대방은 (주)GG밸리 라고 봄이 상당하고, 이와 달리 이 사건 DDD 거래의 실제 상대방이 DDD라는 원고 회사의 주장에 부합하는 갑 제15, 16호증의 각 1, 2, 갑 제17호증의 6의 각 기재, 갑 제18호증의 일부 기재, 증인 이MM의 일부 증언은 믿기 어려우며 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 이 사건 DDD 세금계산서는 거래의 상대방에 관하여 허위로 작성되었다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고 회사의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 원고 회사의 두 번째 주장에 대한 판단

을 제14호증의 1 내지 14의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고 회사는 2002년 제1기부터 2003년 제2기까지 DDD와 사이에 거래한 내역이 없다가 2004년부터 (주)GG밸리와 거래를 시작한 사실이 인정되는바, 위와 같이 2년 이상의 기간 동안 DDD와 거래가 없는 상태에서 (주)GG밸리와의 거래를 시작하였다면 원고 회사로서는 거래 상대방이 (주)GG밸리임을 알았다고 봄이 상당하고, 설사 알지 못하였다고 하더라도 그에 관하여 과실이 없다고 할 수 없다.

따라서, 원고 회사의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3. 결론