가.청구인은2003.11.4.OOO OOO OOO OOO OOO대지 1,087㎡, 건물 140㎡(이하 “쟁점부동산”이라 함)를 증여를원인으로 취득하여2005.4.11. OOOOOO에 양도(수용)하고 조세특례제한법 제85조의 규정에 의한 지정지역내 공익사업용 부동산 양도에 대한 양도소득세 과세특례규정에 의거2005.6.30. 기준시가로 양도차익을 산정하여 2005년 귀속 양도소득세를 예정신고하였다.

나.처분청은 청구인이 쟁점부동산을OO 첨단산업단지(OOOO)의 사업인정고시일(2004.11.15.)로부터 소급하여 2년 이내인2003.11.4.취득하였다하여 조세특례제한법 제85조의 규정에 의한 지정지역내 공익사업용 부동산 양도에 대한 양도소득세 과세특례규정을 배제하고 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여2008.10.9. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 339,262천원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008.10.23. 이의신청을 거쳐 2008.12.10. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점부동산의수용협의가 있던 2004년 3월경부터 2004년 4월까지 및 양도시점인 2005년 4월부터 2005년 5월까지국세청상담센터에 이 건과관련하여 계속하여 질의한 결과, 투기지역 지정일 후에 조세특례제한법 제85조 제5호에 따라 부동산이 속한 사업지역에 대한예정지구·지역, 개발권역 지정, 보상계획공고 등 대통령이 정하는 날이 도래하는경우 투기지역 지정일이 기준시가 과세기준일이 되고, 기준시가 과세기준일인 투기지역 지정일 전에 쟁점부동산을 취득한 후 2006.12.31. 전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의하여 당해 사업시행자에게양도하는 경우 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다는 답변을수차례 듣고, 이를 근거로 양도가액 및 취득가액을 기준시가로 신고하였는 바, 국세청상담센터의 답변은 공적인 견해표시로 답변을 신뢰한 청구인이 쟁점부동산을 기준시가에 의해 신고·납부하였음에도 처분청이 이에 반하여 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 경정·고지하였다면 이는 신의성실에 반하는 것이며,

또한, 실지거래가액에 의해 양도소득세를 경정·고지한 것이 타당하다 하더라도가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위해 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고·납부의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 등 그 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 부과할 수 없는것이어서, 쟁점부동산이 수용될 당시 국세청 상담센터의답변에 따라 신고·납부하였고, 조세특례제한법 제85조는 2004.12.31. 신설된 조문으로 2005.4.30. 납세의무성립시점까지는 기준시가에 의하는지, 아니면 실지거래가액에 의하는지 명확하게 알기에는 무리가 있었다고 할 정당한 사유가 있었으므로 신고·납부불성실가산세는 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점부동산을 사업인정고시일(2004.11.15.)로부터 소급하여 2년 이전이 아닌 2003.11.4. 취득한 사실이 확인되고 있으므로 조세특례제한법 제85조의 규정에 의한 기준시가 적용대상이 아니어서 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 과세한 처분은 정당하며,청구인이 제출한 국세청상담센터로부터의 질의응답문은 서면질의에의한답변이아니라 인터넷상에서 상담을 한 경우로 법적효력을 갖는유권해석이아니므로 이 건 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점토지의 취득일은 지정지역지정일 이전이지만 사업인정고시일로부터 소급하여 2년이 되는 날 이전에 취득하지 않은 경우 양도차익을 기준시가에 의하여 산정할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

6의 2. 당해 지역의 부동산가격상승률이 전국소비자물가상승률보다 높은 지역으로서 전국부동산가격상승률 등을 감안하여 당해 지역의 부동산가격이 급등하였거나 급등할 우려가 있어 재정경제부장관이 대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역에 소재하는 부동산 중 대통령령이 정하는 부동산에 해당하는 경우

(2) 소득세법시행령 제162조의 3 【지정지역 기준 등】① 법 제96조 제1항 제6호의 2에서 “대통령령이 정하는 기준 및 방법에 따라 지정하는 지역”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 지역 중 건설교통부장관이 전국의 부동산가격동향 및 당해 지역특성 등을 감안하여 해당지역의 부동산가격상승이 지속될 가능성이 있거나 다른 지역으로 확산될 우려가 있다고 판단되어 지정요청(관계중앙행정기관의 장이 건설교통부장관을 경유하여 요청하는 경우를 포함한다)하는 경우로서 재정경제부장관이 제162조의 4의 규정에 의한 부동산가격안정심의위원회의 심의를 거쳐 지정하는 지역(이하 “지정지역”이라 한다)을 말한다. (이하생략)

(3) 조세특례제한법 제85조【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】거주자가 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 단서의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. (단서 생략)

5. 제1호 내지 제4호 외의 법률에 의하여 양도하는 부동산의 경우에는 당해 법률에 의하여 부동산이 속한 사업지역에 대한 예정지구·지역, 개발권역 지정，보상계획공고 그밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날

(4) 구 조세특레제한법시행령 제79조의 2 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】① 법 제85조 제5호에서 “그 밖에 이와 유사한 것으로서 대통령령이 정하는 날”이라 함은 별표 7의 기준시가 과세기준일을 말하며, 기준시가 과세기준일이 없는 경우에는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」의 규정에 의하여 보상계획을 공고한 날을 말한다.

② 법 제85조의 규정을 적용함에 있어서 거주자가 부동산을 상속받은 경우에는 피상속인이 취득한 날을 거주자가 취득한 날로 본다. (위 제79조의 2 조항은 2007.2.28. 삭제됨)

(5) 소득세법 제115조【양도소득세에 대한 가산세】① 거주자가 확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 때에는 그 신고를 하지 아니한 당해 소득금액 또는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 “신고불성실가산세액”이라 한다)을 산출세액에 가산한다.

② 거주자가 제111조의 규정에 의한 양도소득세액을 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 미달한 세액에 대하여 금융기관의 연체대출이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율을 적용하여 계산한 금액(이하 “납부불성실가산세액”이라 한다)을 산출세액에 가산한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세경위를 보면, 청구인은쟁점부동산을 증여를원인으로 취득하여OO지방공사에 양도(수용)하고 조세특례제한법 제85조의 규정에 의한 지정지역내 공익사업용 부동산 양도에 대한 양도소득세 과세특례규정에 의거기준시가로 양도차익을 산정하여 양도소득세를 예정신고하였으나,처분청은 청구인이 쟁점부동산을OO 첨단산업단지(OOOO)의 사업인정고시일로부터 소급하여 2년 이내에 취득하였다 하여 조세특례제한법 제85조의 규정에 의한 지정지역내 공익사업용 부동산 양도에 대한 양도소득세 과세특례규정을 배제하고 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 이건 과세처분한사실이 심리자료에 나타난다.

(2)청구인은쟁점부동산의 양도소득세 신고와관련하여 국세청상담센터에 질의한 결과,양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다는 답변을수차례 회신받아 이를 근거로 쟁점부동산의 양도차익을 기준시가에 의해 신고·납부하였음에도 처분청이 이에 반하여 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 경정·고지하였다면 이는 신의성실에 반하는 것이며, 조세특례제한법 제85조는 2004.12.31. 신설된 조문으로 2005.4.30. 납세의무성립시점까지는 기준시가에 의하는지, 아니면 실지거래가액에 의하는지 명확하게 알기에는 무리가 있었다고 할 정당한 사유가 있었으므로 신고·납부불성실가산세는 취소되어야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(가) 쟁점부동산은 청구인이 2003.11.4. 취득한 후인 2004.8.25. 동 지역이 투기지역으로 지정되어 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2 규정에 의한 지정지역내 부동산에 해당한다는 사실과 2004.11.15. OO 첨단산업단지로 지정되고 같은 날 사업인정고시된 사실 및 청구인은 2006.12.31. 이전인 2005.4.12. OO지방공사에 수용을 원인으로 양도하였다는 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

(나) 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2 및 소득세법시행령 제162조의 3 제1항의 규정에 의하면, 투기지역으로 지정된 지역의 토지의 양도가액은 실지거래가액에 의한다고 규정하고 있고, 조세특례제한법 제85조(2004.12.31. 법률 7322호로 개정된 것)의 규정에 의하면, 투기(지정)지역내 부동산의 경우라도 공익사업 관련 법률에 의한 예정지구지정일(사업예정지역을 지정고시한 날 또는 그 고시한 날이 사업인정고시일로부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일로부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 투기지역 지정후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날) 전에 취득하여 2006.12.31. 이전에 수용된 부동산은 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2 규정에 불구하고 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있도록 규정하고 있다.

(다) 조세특례제한법 제85조의 규정을 적용함에 있어서 “동조 각호의 1에서 규정하고 있는 날 전에 취득”이라 함은 예정지구 등을 고시한 날 전, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날 전, 그 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의한 지정지역 지정후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날 전에 각각 취득하는 것을 뜻한다고 할 것이고, 그렇다면 예정지구 등을 고시한 날이 소득세법 제96조 제1항 제6호의 2의 규정에 의한 지정지역으로 지정후 도래하는 경우로서 동 지정지역으로 지정된 날이 사업인정고시일로부터 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날 전에 취득하는 것을 의미한다고 할 것이다.

(라) 종합하건대,청구인은 쟁점부동산을 토지투기지역으로 지정(2004.8.25.)되기 전에 취득(2003.11.4.)하였으나, 쟁점부동산이 속한 지역에 대한 사업인정고시일(2004.11.15)부터 소급하여 2년이 되는 날(2002.11.15) 이후에 취득하여 조세특례제한법 제85조의 규정에 의한 기준시가 과세요건을 충족하지 못하였고,청구인이 제시한 국세종합상담센터 질의응답문 사본에 의하면, “답변은 법적효력을 갖는 유권해석(결정, 판단)이 아니므로 각종 신고, 불복청구 등의증거자료로서의 효력은 없을 수 있다”는 내용이 명시되어 있어, 이는처분청의 공식적인 의견으로볼 수 없으므로 신의·성실에 반한다고 보기는 어렵다고 보이므로 처분청이 쟁점토지의 양도차익을 실지거래가액으로 산정한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

또한, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있는 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이나, 청구인의 경우, 조세특례제한법 제85조의 규정을 해석함에 있어 쟁점부동산의 양도가 기준시가 적용대상인 것으로 오해하여 양도소득세를 신고ㆍ납부한 것은 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 볼 수 없으므로 처분청이 소득세법 제115조의 규정에 의거 청구인에게 신고·납부불성실가산세를 가산하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.