2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2006. 7. 1.부터 ○○시 ○○동 1784-1에서 ○○나라 주유소라는 상호로 유류 판매업을 운영하는 사업자이다.

나. 원고는 주식회사 △△에너지(이하 '△△에너지'라 한다)로부터 발행일자 2006. 12. 31., 품목 경유 40,000ℓ, 공급가액 38,236,364원(세액 3,823,636원)의 세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제하여 2006년 제2기 부가가치세를 신고하였고, 주식회사 □□에너지(이하 '□□에너지'라 한다)로부터 발행일자 2008. 3. 31., 품목 경유 20,000 ℓ , 공급가액 24,954,546원(세액 2,495,454원)의 세금계산서(이하 △△에너지 명의의 세금 계산서와 함께 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 교부받아 매입세액을 공제하여 2008년 제1기 부가가치세를 신고하였다.

다. 중부지방국세청장은 △△에너지 및 □□에너지에 대한 자료상 조사를 실시하여 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 세금계산서만 수취한 것으로 판단하여 피고에게 이러한 사실을 통보하였고 이에 피고는 2009. 4. 1. 이 사건 세금계산서의 매입세액을 불공제하여 원고에게 2006년 제2기 부가가치세 5.159.920원 및 2008년 제1기 부가가 치세 3,705,970원을 경정・고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2009. 6. 3. 국세청장에게 심사청구를 하였으나 국세청장 은 2009. 12. 30. 심사청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 1, 2, 을 제1, 2호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

△△에너지 및 □□에너지로부터 실제 유류를 공급받은 후 △△에너지 및 □□에너지로부터 이 사건 세금계산서를 교부받았으므로 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 2006. 12. △△에너지의 영업담당 전무라는 김AA로부터 △△에너지의 사업자 등록증 사본 및 통장 사본을 교부받았고, 또한 2008. 3. 김AA을 통하여 □□에너지의 사업자 등록증 사본 및 통장 사본을 교부받았다.

(2) 원고가 △△에너지 및 □□에너지로부터 유류를 공급받고 교부받았다는 출하전표에는 다음과 같이 기재되어 있다.

(3) 원고는 △△에너지 계좌로 2006. 12. 15.경 20,908,300원을, 같은 달 21.경 21,080,300원을 송금하였고, □□에너지 계좌로 2008. 3. 5.경 13,900,300원, 같은 달 15.경 13,550,300원을 송금하였다.

(4) 원고의 계량증명서에는 △△에너지 및 □□에너지로부터 공급받았다는 유류가 계측되어 있고, △△에너지로부터 공급받았다는 유류는 저장탱크별로 입출고내역이 전산으로 관리되는 POS 시스템에 등록되어 있으나 □□에너지로부터 공급받았다는 유류는 POS 시스템에 등록되어 있지 않다.

(5) △△에너지는 2006. 10. 19.경부터 고양시에서 석유판매업을 하다가 2007. 3. 31. 직권폐업이 되었고, 유류 수송 장비, 유류저장소를 보유하거나 임차한 사실이 없으며, 2006년 제2기 및 2007년 제1기 부가가치세 과세기간의 매입세금계산서의 99.5%, 매출세금계산서의 99.92%가 실물거래 없는 가공의 세금계산서로 확인이 되었다.

(6) □□에너지는 2007. 7. 1.경부터 △△광역시에서 석유판매업을 하다가 2008. 3. 31. 직권폐업이 되었고, 평택포승 유류저장탱크에 □□에너지의 유류가 입출고된 사실 이 없으며, 2007년 제2기 및 2008년 제1기 부가가치세 과세기간의 매입세금계산서의 99.8%, 매출세금계산서의 100%가 실물거래 없는 가공의 세금계산서로 확인이 되었다.

(7) 조세심판원은 2010. 12. 27. 원고가 이 사건 세금계산서 상의 유류를 실제 매입 한 것으로 판단하여 원고에게 부과된 2006년 사업연도 법인세 10,115,370원, 2008년 사업연도 법인세 34.930원 및 69.510.000원의 소득금액변동통지를 취소하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4호증의 1 내지 8 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6호 증의 1 내지 6, 갑 제13호증의 1, 2, 을 제2호증의 1, 2, 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득 ・ 수익 ・ 계산 ・ 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래 계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다.

앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 세금계산서에 기재된 유류를 실제로 공급받았고 원고가 이에 대한 유류대금을 지급한 점은 인정된다.

그러나, 위 인정사실 및 변론전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, △△에너지 출하전표 상의 회사명은 △△에너지가 아닌 서울석유 주식회사이고, 도착지는 차세대주유소, 하나에너지로 이 사건 세금계산서와 일치하지 않는 점, □□에너지 는 출하전표를 허위로 작성하여 원고에게 교부한 점 △△에너지와 □□에너지는 유류 수송 장비나 유류저장시설을 가지고 있지 않았고, □□에너지의 유류가 평택포승 유류 저장탱크에 입출고되지 않았으며, □□에너지의 출하전표 상의 △△ 0000호 차량은 미등록 차량인 점, △△에너지와 □□에너지는 대부분 자료상으로 가공거래를 하였고, 각 99.92%와 100%의 매출세금계산서가 허위인 점 원고가 정유회사보다 ℓ당 30-40원 정도 싸게 유류를 공급받은 점 등을 종합하여 보면 원고는 이 사건 세금계산서 상 기재된 유류를 △△에너지나 □□에너지가 아닌 제3자로부터 공급받고, 다만 △△에너지나 □□에너지는 원고와 제3자 사이에 이루어진 실물거래에 관하여 세금계산서 등 필요한 자료를 구비하여 준 것으로 보인다. 따라서 이 사건 세금계산서는 제3자가 유류를 공급하였음에도 공급자를 △△에너지나 □□에너지로 허위 기재한 세금계산서로 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호 소정의 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당한다.

또한 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정 이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 하여야 하는데(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결 등 참조), 앞서 든 사정 등에 비추어 보면, 원고로서는 실제 공급자가 누구인지, 세금계산서의 명의상 공급자가 자료상은 아닌지에 관하여 의심을 가질 만한 충분한 사정이 있었음에도 △△에너지나 □□에너지의 사업장 소재지나 사업시설 등을 실제로 확인하지 않고 김AA로부터 △△에너지 및 □□에너지의 사업자등록증 사본, 통장 사본만을 교부받아 이를 확인한 것만으로는 실제 공급자의 명의위장사실을 알지 못한 데 과실이 없다고 보기 어렵다.

따라서 이 사건 세금계산서의 매입세액을 불공제하여 원고에게 부가가치세를 경정・ 고지한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.