2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고의 2006년 제2기 부가가치세 신고

(1) 사업 내용 : 서울 ★★★구 ☆☆동 39-1 일대 주상복합건물 신축ㆍ판매 등 ◎◎ 청과시장정비사업(이하 '이 사건 사업'이라 한다)

(2) 용역대금지급

① '금융상담 및 조력자문계약(이하 '이 사건 금융자문계약'이라 한다)'에 따라 이 사건 사업 수행에 필요한 자금 조달 및 금융 관련 자문 등 사업에 관한 자문 수행에 대한 대가로, 2006. 12. 28. ○○증권 주식회사에 6억 원, ●●●투자증권 주식회사에 12억 원, 합계 18억 원을 지급(이하 '제1거래'라 한다).

② ◎◎청과 주식회사 인수 관련 실사 등의 용역에 대한 대가로 세원합동회계사무소 외 4개 업체에 합계 36,363,637원 지급(이하 '제2거래'라 한다)

(3) 2007. 2. 27. 2006년 제2기 부가가치세 신고

제1거래 관련 매입세액 180,000,000원 중 이 사건 사업에 따라 신축 예정인 주상복합건물의 총 예정사용면적 중 과세예정사용면적 비율에 따라 안분 계산한 162,688,787원과 제2거래 관련 매입세액 3,636,363원, 합계 166,325,150원을 포함한 169,859,637원을 공제받을 매입세액 및 환급세액(매출세액 0원)으로 하되, 그 에서 신고불성실가산세 1,731,121원을 차감한 168,128,516원을 최종 환급세액으로 신고함.

나. 피고의2008. 2. 4.자부가가치세부과처분

(1) 처분내용 : 부가가치세 202,112,210원 부과(위 금액 중 제1, 2거래 관련 매입 세액 불공제로 인한 금액은 199,912,213원으로 이 부분에 한정하여 '이 사건 처분'이라 한다)

(2) 처분사유 : 제1, 2거래 관련 매입세액 합계 166,325,150원은 이 사건 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 것이거나 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는

사업에관련된매입세액으로보아매입세액불공제

[인정근거] 갑 1, 3, 4호증, 갑 7호증의 1, 갑 8, 9호증의 각 1, 2, 3, 갑 10, 11호증 의 각 1, 2, 갑 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의주장

이 사건 사업은 형식적으로는 원고와 ◎◎청과 주식회사가 공동으로 시행하는 방식을 취하였으나 실질적으로는 원고가 사업 주체이다. 이 사건 금융자문계약은 이 사건 사업의 수행에 필요한 일체의 초기단계 자금조달과 ABS발행 등의 금융관련 자문 등을 위한 것으로, 이 사건 사업을 시행하기 위해서 이 사건 사업구역 내 토지의 약 85%를 소유하고 있는 ◎◎청과 주식회사의 동의를 쉽게 얻기 위한 방편으로 ◎◎청과 주식회사의 주식을 취득할 수밖에 없었으므로, 그에 필요한 자금조달과 금융관련 자문을 위하여 지출한 금융자문수수료는 이 사건 사업과 직접 관련이 있는 지출로 보아야 한다. 제2거래도 이 사건 사업에 필수적인 ◎◎청과 주식회사의 인수와 관련하여 지출한 것으로 이 사건 사업과 직접 관련된 매입세액으로 보아야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

부가가치세법 제17조 제1항 제1호, 제2항 제2호, 제4호는 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 등의 매입세액을 공제한 금액으로 하되, 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액 및 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액, 토지관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않도록 규정하고 있다.

살피건대, 갑 8호증의 1, 갑 13, 17, 18, 31호증, 을 3호증의 1, 2, 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, ① 사업시행과 관련하여, 원고와 ◎◎청과 주식회사는 2006. 12. 29. 공동사업약정을 통해 이 사건 사업을 공동으로 시행하기로 약정한 사실(내부적으로 사업부지에 대한 토지 매매계약ㆍ사업관련 인허가업무ㆍ사업승인신청 전 제반 업무ㆍ자금 조달 등은 원고가 행하고, 자금 및 수익금 관리는 공동으로 행하며, 부득이한 사유로 인한 시공사 및 도급액 변경은 쌍방 합의로 하고, 사업 지분율은 사업 승인을 얻은 후 투자비율에 따라 정하기로 함), 원고와 ◎◎청과 주식회사는 ◎◎청과 주식회사를 사업시행자로 하는 이 사건 사업 추진계획 승인을 신청하였고, 그에 따라 서울특별시장은 2009. 2. 19. ◎◎청과 주식회사를 사업시행자로 하는 이 사건 ◎◎청과시장 사업추진계획 승인 및 지형도면을 고시한 사실, ② 이 사건 금융자문계약 및 제1, 2거래와 관련하여, 이 사건 금융자문계약상 업무범위는 이 사건 사업을 위한 자금 조달과 금융관련 자문업무 외에도 재무관련 자문업무, 사업일정 계획ㆍ조정 업무 등도 포함되어 있으나, 대가인 금융자문수수료는 조달금액만을 기준으로 그에 대한 일정 비율로 정한 사실, 원고는 이 사건 금융자문계약에 따라 계약당사자인 ○○증권 주식회사 및 ●●●투자증권 주식회사로부터 1,200억 원을 대출받아 그 중 145억여 원을 토지 취득 및 관련비용으로, 830억여 원을 통부청과 주식회사 주식 인수 및 관련비용으로, 나머지를 기타 용역비ㆍ금융비ㆍ사무실운영비 등으로 지출하거나 지출할 예정인 사실, 제1거래는 이 사건 금융자문계약에 따른 금융자문수수료로 지출된 것이고 제2거래는 ◎◎청과 주식회사 인수 관련 실사 등의 용역에 대한 대가로 지출된 금원인 사실, 위 주식인수에 따라 원고의 ◎◎청과 주식회사에 대한 주식보유 비율을 보면 2006. 12. 31. 기준 89.55%, 2007. 12. 31. 기준 95.52%인 사실, 이 사건 사업 정비구역 내 토지면적 중 ◎◎청과 주식회사가 소유하고 있는 토지면적의 비율은 약 75%정도인 사실을 각 인정할 수 있다.

이러한 관계법령 및 사실관계를 종합하여 보건대, 이 사건 사업 시행과 관련하여 원고가 초기단계 자금 조달 및 사업승인 신청 전 제반업무 등을 수행하고 있다 하더라도 이는 ◎◎청과 주식회사와의 사업공동시행약정에 따른 내부적인 관계라 할 것이고, ◎◎청과 주식회사가 이 사건 사업 정비구역 내 토지면적 중 약 75%를 소유하면서 대외적인 관계에서 사업시행자로서 서울특별시장으로부터 사업추진계약승인을 받은 사정에 비추어 오히려 ◎◎청과 주식회사를 이 사건 사업의 시행 주체로 볼 여지가 많고, 적어도 ◎◎청과 주식회사와 원고를 공동사업시행자로 보아야 할 것인 점, 설령 원고를 이 사건 사업의 시행 주체로 본다 하더라도 제1거래는 그 주된 목적이 1,200억 원의 자금조달을 위한 것으로 그 대부분이 ◎◎청과 주식회사 주식인수 및 토지취득 관련비용으로 지출되었는데, 원고가 이 사건 사업(주상복합건물 신축ㆍ판매 등)을 수행하는데 있어 ◎◎청과 주식회사의 주식을 인수하는 게 불가피하다고 할 수 없는 점 등 여러 사정을 고려해 볼 때, 제1, 2거래에 따른 지출은 이 사건 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 매입세액 공제대상이 아니라 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.