가. 청구법인은 2000.7.1. 플라스틱 컴파운드 제조업을 영위하는 중소기업으로 설립된 후, 2006.3.10.「기술개발촉진법」에 의하여 한국산업기술진흥협회장에게 기업부설연구소의 설립을 신고하였고,2006.1.1.～2006. 12.31.사업연도(이하 “2006사업연도”라 한다)에 대한 법인세 신고시 당해 연도에 발생한 연구 및 인력개발비 100,538,333원(이하 “쟁점개발비”라 한다)에 대하여 구「조세특례제한법」(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제10조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) 제1항 제2호의 규정에 따라 쟁점개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액15,080,749원을 법인세액에서 공제하였다가, 2009.12.15. 처분청에 같은 조항 제1호의 규정을 근거로 연평균발생액을 초과하여 발생한 연구 및 인력개발비의 100분의 50에 상당하는 50,269,166원을 세액공제액으로 재계산하여 기납부세액 중 35,188,410원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 청구법인의 쟁점개발비가 2006사업연도에 최초로 발생한 바, 연구 및 인력개발비가 최초로 발생한 사업연도는 2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 「조세특례제한법」제10조 제1항 제1호 가목에서 규정하는 연평균발생액 기준에 의한 세액공제방식을 적용받을 수 없다는 이유로 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.4.30. 이의신청을 거쳐 2010.8.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

중소기업인 청구법인이 2006사업연도에 발생한 쟁점개발비에 대한 법인세액 공제를 적용받기 위해서는 구「조세특례제한법」(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항 및 같은 법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제9조 제3항에 따라, 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과한 금액의 50%와 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비의 15% 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있는바,

위 시행령 제9조 제3항의 “최초 과세연도개시일”이라 함은「법인세법」의 사업연도 개시일의 규정[같은 법 시행령 제3조(사업연도의 개시일)]에 따라 실제 사업개시일을 의미하는 것으로서, 청구법인이2000.7.1. 사업을 개시하였고, 쟁점개발비는 2006사업연도에 발생한 바, 청구법인의 쟁점개발비와 관련하여서는 위 제3항 후단의 환산규정이 적용될 여지가 없는 점, 구「조세특례제한법」(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제10조의 입법취지가 연구 및 인력개발비 투자에 대하여 납세의무자에게 세액공제의 혜택을 주기 위한 것인 점, 같은 법 제10조 제1항 제1호 및 위 제3항에서 규정하는 바, 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 직전 4년간 지출되지 아니한 경우에는 연평균발생액을 “0”으로 보고, 당해 과세연도에 지출된 금액(쟁점개발비 100,538,333원)을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 금액으로 보아 법인세액에서 공제하여야 할 금액을 계산하는 것이 타당하므로, 당초 법인세 신고내용과는 달리 위 제10조 제1항 제1호의 규정에 따라 연평균발생액을 초과하여 발생한 연구 및 인력개발비의 100분의 50에 상당하는 50,269,166원을 2006사업연도 법인세액에서 공제하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 연구·인력개발비 세액공제를 적용함에 있어서 구 「조세특례제한법」제10조 제1항 제1호에 따라 4년간 발생한 동 개발비의 연평균발생액 계산시 발생금액이 없는 연도는 동 개발비를 “0”원으로 계산하는 것이 보편타당하다고 주장하나, 같은 조 제2항으로부터 위임된 같은 법 시행령 제9조 제3항에서 그 연평균발생액의 계산방식을 구체적으로 규정하고 있는 바, 청구법인과 같이 2006사업연도에 최초로 발생한 연구 및 인력개발비의 경우에는 초과발생액의 비교가 되는 연평균발생액 자체가 없어, 청구법인이 당초 같은 법 같은 조항 제2호에 따라 쟁점개발비의 100분의 15에 상당하는 15,080,749원을 법인세 공제액으로 하여 법인세를 신고한 것이 정당하므로 이 건 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

2006사업연도에 발생한 쟁점개발비가 「조세특례제한법」제10조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제9조 제3항의 연구 및 인력개발비에 대한 법인세액공제 대상인지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것)

제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인(소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.

1.당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의100분의 40(중소기업의 경우에는100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

2. 당해 과세연도에 발생한연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

② 제1항 제1호의 규정에 의한4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산에 관하여는 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 것)

제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

② 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액의 구분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 조세특례제한법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것)

제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】③ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 최초 과세연도개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다.

당해 과세연도개시일부터

소급하여 4년간 발생한 연구

및 인력개발비의 합계액 당해 과세연도의 월수

────────────── × ───────────

4 12

(4) 조세특례제한법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정된것)

제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】④ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다.

당해 과세연도개시일부터

소급하여 4년간 발생한 연구

및 인력개발비의 합계액 당해 과세연도의 월수

────────────── × ───────────

4 12

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2000.7.1. 플라스틱 컴파운드 제조업을 영위하는 중소기업으로 설립된 후, 2006.3.10.「기술개발촉진법」에 의하여 한국산업기술진흥협회장에게 기업부설연구소의 설립을 신고하였고, 2006사업연도에최초로 연구 및 인력개발비로 100,538,333원의 쟁점금액이 발생한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청이 이를 다투지 아니한다.

(2)「조세특례제한법」(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항은 내국인(소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다) 중 중소기업의 경우 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액(제1호) 또는 당해 과세연도에 지출한 연구 및 인력개발비의 100분의 15(제2호)에 상당하는 금액을 선택하여 당해 과세연도의 법인세액공제를 적용받을 수 있도록 규정하고 있으며, 같은 조 제2항은 제1항 제1호의 규정에 의한 연평균발생액의 계산에 관하여 같은 법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제9조 제3항에 위임하였고, 동 시행령 제9조 제3항은 연평균발생액을 계산하는 산식을 규정하면서, 같은 항 후단에 “당해 내국인의 최초 과세연도개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다”고 규정하고 있으며, 위 제9조 제3항의 “최초 과세연도개시일”은「법인세법」의 사업연도의 개시일의 규정을 준용하는 바, 같은 법 시행령 제3조(사업연도의 개시일) 제1항 제1호는 내국법인의 최초 사업연도 개시일을 내국법인의 경우에는 설립등기일로 규정하고 있다.

(3) 청구법인은 2006사업연도에 최초로 발생한 연구 및 인력개발비, 즉 쟁점개발비가 당해 과세연도 법인세액에서 공제되는 금액인지 여부에 대하여 당초 법인세 신고시 구 「조세특례제한법」제10조 제1항 제2호에 따라 쟁점개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 15,080,749원을 당해 과세연도의 법인세액에서 공제하는 것으로 하여 신고하였다가, 위 제10조 제1항 제1호에 따라 공제금액을 쟁점개발비의 100분의 50에 상당하는 50,269,166원으로 재계산하여 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

(4) 처분청은 심판청구에 대한 답변서 및 심판사건분석표에서 이 건 처분근거로 2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정된 「조세특례제한법 시행령」제9조 제4항을 들고, 연평균발생액을 계산함에 있어서 연구 및 인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비가 없는 경우에는 연평균발생액을 기준으로 한 세액공제를 받을 수 없으므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분이 정당하다는 의견인 바, 동 조항의 후단은 개정전 규정(당해 내국인의 최초 과세연도개시일부터)과는 달리 동 조항 중 ‘48월’의 개시일을 “당해 내국인의 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터”라고 규정하고 있어, 연구 및 인력개발비의 연평균발생의 계산시점이 “최초 과세연도개시일”에서 “연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일”로 개정되었으며, 동 개정 시행령의 시행일에 대해서는 개정 부칙(2007.2.28. 대통령령 제19888호) 제1조에서 “공포한 날부터 시행한다”고 규정하는 것 외에 별도의 소급적용의 근거를 두지는 아니하였으나, 이 건은 2006사업연도에 최초로 발생한 분에 대한 다툼인 바, 2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전 동 시행령의 규정을 적용받는다.

(5)「조세특례제한법」및 같은 법 시행령에서 규정하는 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제제도의 취지는내국인이 각 과세연도에 연구 및 인력개발비가 발생한 경우 일정액을 세액공제함으로써 기업의 연구 및 인력개발을 촉진하여 기업이 기술을 축적하고 우수한 인력의 확보를 용이하게 함으로써 기업의 대외경쟁력을 향상시키고 성장잠재력을 확충하기 위함에 있으며, 대부분의 세액공제가 일정조건에 대한 설비투자액에 대한 공제제도인 데 비하여 이는 비용에 대한 세액공제로서 기술개발비용 발생액에 대한 위험부담을 특별히 경감시켜 주고자 하는 데 있다고 할 것이다.

(6) 살피건대, 쟁점개발비가 발생한 사업연도는 2006년도이고 당시 「조세특례제한법」제10조 제1항(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것)과 같은 법 시행령 제9조 제3항(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것)이 연구 및 인력개발비가 최초로 발생한 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 직전 4년간 연구 및 인력개발비가 지출되지 아니한 경우를 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용대상에서 배제하지 않고 있는 점과 연구 및 인력개발비 세액공제 제도의 취지 등에 비추어, 쟁점개발비가 발생한 2006사업연도의 직전 4년간 연구 및 인력개발비가 전혀 발생하지 아니한 이 건의 경우는 같은 시행령 제9조 제3항 전단에 따라 동 항에서 규정하는 산식을 그대로 적용하여 연평균발생액을 계산하여야 하는 바, 그 결과 연평균발생액은 “0원”이 되므로 같은 법 제10조 제1항 제1호에 따라 2006사업연도에 최초로 발생한 청구법인의 쟁점개발비 전부를 연평균발생액(“0원”)을 초과하는 금액으로 인정하는것이 타당하다 할 것이어서, 처분청이 청구법인이 한 경정청구를 거부한 처분은잘못이 있는 것으로 판단된다OOO.

4. 결론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의에서 심리한 결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.