가. 청구인은 OOO이라는 상호로 부동산임대업을 영위하다가 폐업한 사업자로, OOO 외 13필지 토지 합계 67,098㎡ 및 공장건축물 13,142.62㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOO에게 임대한 후 2003년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세표준신고시 합계 372백만원을 임대수입금액으로 신고하고서 이에 대한 2003년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고는 하지 아니하였다.

나. 처분청은 신고누락한 임대수입금액(372백만원)과 근로소득금액(69,623,600원)을 합산한 금액을 총수입금액으로 하여 2009.4.14. 청구인에게 2003년 귀속 종합소득세 166,144,740원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.6.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점부동산의 등기부상 소유자는 청구인이지만 실제 소유자는 OOO이며, 명의신탁한 쟁점부동산에 대하여 청구인이 임대업을 하는 것으로 위장하였던 것인 만큼, 쟁점부동산의 임대에 대한 부가가치세 및 종합소득세 신고와 당해 부동산을 담보로 한 대출금과 이자의 지급 등은 모두 OOO 등이 처리하였다.

OOO의 경영사정이 어려워져 쟁점부동산의 임대에 대한 2004년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고를 하지 아니하자, OOO세무서장은 청구인에게 부가가치세를 부과하였고, 청구인은 OOO 등과 체결한 임대차계약은 허위이며, 쟁점부동산의 실제 소유자는 OOO 등이라는 이유로 소송을 제기한 결과 OOO에서 패소하였으나 OOO의 항소심에서 승소하였지만, 상고심에서 다시 패소(원심파기)판결하여 OOO에서 원고패소판결을 하였다.

그러나 고등법원과 대법원의 판결문 인정사실에서 OOO가 쟁점부동산에 관한 제세공과금을 납부하고 OOO 외 2개 법인이 청구인에게 지급할 임대료로 관련대출금에 대한 이자를 직접 지출한 사실을 적시하고 있으며, 명의신탁한 쟁점부동산의 임대와 관련하여 청구인에게 임대수입이 발생할 여지가 없으므로 청구인에게 임대수입에 대한 종합소득세를 부과한 처분은 실질과세의 원칙에 위배되어 위법·부당하며, 처분청은 부가가치세 소송에서 이러한 사정을 알고서도 청구인에게 종합소득세를 부과하지 아니하다가 상당한 기간이 경과하여 청구인에게 쟁점부동산의 임대수입이 발생한 것으로 보아 과세한 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다.

또한, OOO가 청구인 명의로 신고한 2002년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고서를 토대로 2003년 종합소득세 과세표준을 산정하면, 임대료 수입에서 제세공과금, 감가상각비, 대손상각비, 이자 등의 비용을 차감하는 경우 결손이 발생함에도, 처분청이 추계과세방법에 따라 종합소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점부동산의 임대에 대한 부가가치세 부과처분과 관련한 소송에서 청구인은 당해부동산을 본인 명의로 소유권이전등기하고, 사업자등록을 하며, 부가가치세 환급을 받고, 환급에 대한 조사시 부동산 매매계약서, 임대차계약서 등을 제시하는 등의 행위를 한 뒤, 처분청으로부터 부가가치세 부과처분을 받자 자신은 위장사업자이며 쟁점부동산의 실제 소유자는 OOO 등이므로 청구인에게 한 처분은 부당하다는 주장을 하는 것은 신의성실의 원칙에 위배된다는 이유로 패소확정판결을 받았다. 따라서, 이러한 패소판결에 따라 청구인에게 쟁점부동산의 임대수입에 대한 종합소득세를 부과한 처분은 결국 실질과세원칙이나 신의성실원칙에 위배된다 할 수 없다.

청구인은 2003년 소득금액이 결손이라고 주장하면서 결산서를 제시하나, 그 결산서는 청구인이 사업을 영위할 당시 작성한 것이 아니고 신고기한이 5년 이상 경과한 시점에 소급하여 작성한 것이므로 당시의 정확한 사실관계를 반영하고 있다고 볼 수 없고, 이 건은 임대수입에 대하여 조사하고 과세한 것이 아니라 부가가치세 임대수입 자료통보에 따라 결정한 것이므로 수입금액은 신고자료에 의하여 확인되나 부가가치세 신고시 매입금액이 전혀 없고 과세표준을 산정하기 위한 장부나 기타 증빙서류가 없어 필요경비를 산정할 수 없는 경우이므로 「소득세법」제80조 및 같은 법 시행령 제143조 제1항에 의하여 소득금액을 추계결정한 것이므로 그 것이 근거과세원칙에 위배된다는 청구인주장은 인정할 수 없고 따라서 이 건 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 임대소득에 대한 부가가치세 부과처분과 관련한 소송에서 임대차계약이 통정허위표시로서 무효로 확인되나 신의성실원칙에 위배되므로 당해 적법하다는 확정판결을 받은 경우 그에 따라 한 종합소득세 부과처분도 적법한 것인지 여부

② 장부 기타 증빙서류가 없다고 보아 추계조사방법에 의하여 소득금액을 산정하여 종합소득세를 부과한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법

제18조【부동산임대소득】① 부동산임대소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1.부동산 또는 부동산상의 권리의 대여로 인하여 발생하는 소득

② 부동산임대소득금액은 당해연도의 총수입금액에서 이에 소요된 필요경비를 공제한 금액으로 한다.

③ 제1항에서 “대여”라 함은 전세권 기타 권리를 설정하고 그 대가를 받는 것과 임대차계약 기타 방법에 의하여 물건 또는 권리를 사용 또는 수익하게 하고 그 대가를 받는 것을 말한다.

④ 부동산임대소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제80조【결정과 경정】① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제70조ㆍ제71조 및 제74조의 규정에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 당해연도의 과세표준과 세액을 결정한다.

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령

제142조【과세표준과 세액의 결정 및 경정】① 법 제80조의 규정에 의한 과세표준과 세액의 결정 또는 경정은 과세표준확정신고서 및 그 첨부서류에 의하거나 실지조사에 의함을 원칙으로 한다.

제143조【추계결정 및 경정】

① 법 제80조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

(3) 국세기본법

제14조【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

제15조【신의ㆍ성실】납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

제16조【근거과세】① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치ㆍ기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치ㆍ기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사ㆍ결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 쟁점부동산의 명세는 아래〈표〉와 같다.

〈표〉쟁점부동산 명세

OOO

(나) 쟁점부동산의 임대수입에 대한 부가가치세 부과처분과 관련한 소송에서 OOO은 2006.1.25. OOO)을 하였고, OOO은 2006.8.24. OOO을 하였으며, 대법원은 2009.4.23. OOO의 판결을 파기환송(OOO)하였고, OOO은 2009.8.20. 파기환송한 취지에 따라 청구인패소판결(OOO)을 하였으며, 청구인이 다시 상고하자 대법원은 2009.12.14. 상고를 기각하는 판결을 함으로써 청구인패소로 확정되었고, 확정판결의 주요내용을 보면쟁점부동산의 실제소유자는 OOO이고, 청구인과 체결한 임대차계약은 통정허위표시로서 무효인 것은 인정되지만, 청구인의 행위는 신의성실의 원칙에 위배되므로 부가가치세 과세처분이 적법하다는 것임이 확인된다.

(다) 청구인은 쟁점부동산의 임대가 무효이고 임대수입이 청구인에게 귀속되지 아니하였음이 확인되므로 그에 대하여 종합소득세를 과세한 처분은 실질과세원칙에 위배되며, 처분청이 이러한 사정을 알고도 장기간 종합소득세를 과세하지 아니하다가 이제야 부과한 것은 신의성실의 원칙에도 위배된다고 주장한다.

먼저, 이 건 소득세 부과처분이 실질과세의 원칙에 위배되므로 부당한 처분인지 여부를 보면, 부가가치세 부과처분에 대한 소송에서 법원은 청구인이임대사업자로 쟁점부동산을 임대하고 임차료를 지급받았음을 전제하여 부가가치세를 부과한 처분은 실질과세원칙에 위배되지만, 청구인의 모순된 언동과 그에 이르게 된경위 및 비난가능성 정도, 2004년 제2기 부가가치세 과세표준의 성격과 처분청의 신뢰에 대한 보호가치의 정도, 부가가치세와 같이 납세의무자가 과세표준과 세액을 신고하는 신고납세방식조세에 있어 과세관청의 조사권은 이차적·보충적인 점 등의 법리에 비추어사업자등록을 하고 부가가치세를 환급받는 등 적극적인 행위를 하고서, 부가가치세 부과처분이 있은 후에 청구인이 단지 명의수탁자에 불과하고 임대차계약도 통정허위표시로서 무효라고 주장하는 것은 신의성실의 원칙에 위배된다고 판결하고 있고, 당해 판결내용에서 적시한 부가가치세와 관련된 청구인의 모순된 언동, 처분청의 신뢰에 대한 보호가치의 정도 등은 종합소득세와 불가분의 관계를 갖고 있다 할 것으로서 결국 이 건 부과처분에 대하여 청구인이 실질과세의 원칙에 위배되므로 부당하다고 주장하는 것은 신의성실의 원칙에 위배된다고 보여진다.

그리고, 처분청이 청구인에게 장기간 종합소득세를 과세하지 아니한 것은 부가가치세와 관련한 소송이 진행 중이었기 때문으로 보이고, 종합소득세를 부과하지 아니한다는 공적인 의사표현을 하는 등의 특별한 사정이 없으므로 이 건 부과처분이 신의성실원칙에 위배된다는 청구인의 주장도 인정할 수 없다 하겠다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 청구인이 제시한 재무제표는 2003년에 사업을 영위하며 작성한 것이 아니라 청구인이 OOO의 재무제표 등을 근거로 추산한 것에 불과하므로 이를 과세근거로 인정하기는 어렵다.

(나) 따라서, 이 건은 과세표준의 산정에 필요한 장부와 증빙서류가 없으므로 처분청이 부가가치세 공급가액에서 부가가치세에 대한 판결에서 임대와 관련하여 지급한 것으로 인정한 이자를 필요경비로공제하여 직권으로 감액경정한 후 남은 소득금액을 산정하여 명의자인청구인에게 종합소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.