가. 청구인은 2002.5.31. OOO 답 1,694㎡(2011.12.15. 같은 리 253-2에서 분할되었으며 이하 “쟁점농지”라 한다)를 취득한 후 2014.12.3. 주OOO 외 1인에게 양도하고, 2015.1.29. 아래 <표1>과 같이 「조세특례제한법」제69조에 따라 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 신고하였다.

OOO

나. 처분청은 청구인이 쟁점농지를 보유한 기간인 2002년부터2014년(이하 “쟁점보유기간”이라 한다)까지 총급여액의 합계액이 OOO원 이상으로 「조세특례제한법 시행령」제66조 제14항에 따라 쟁점보유기간을청구인의 경작기간에서 제외하여, 청구인이 쟁점보유기간 동안 8년이상자경하지 아니하였고 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 쟁점농지의 양도에대하여8년 이상자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인하고해당 장기보유특별공제를 배제하여 2016.6.16. 청구인에게 2014년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.8.2. 이의신청을 거쳐 2016.10.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인에게 근로소득이 발생하였다는 사실만으로 실제 자경을 하였는데도 「조세특례제한법」제69조에서 규정한 양도소득세 감면을 배제한 과세처분은 부당하다.

(가) 청구인은 쟁점농지의 쟁점보유기간 중 고려대학교 기술직 하위직급 직원으로 근무하였으나, 근무시간 외 주말 및 연차일수(25일) 동안을 합하여 연중 125일 정도 직접 농업에 종사하여 왔고, 농기구를 렌트하여 쟁점농지면적 약 500평을 직접 경작하는데 지장이 없었으며, 실제로 쟁점농지 경작 시 대부분 청구인의 노동력을 사용하였다.

(나) 청구인에게 있어 쟁점농지 약 500평은 농기계로 반나절이면 식재가 가능하였고, 청구인이 쟁점농지를 직접 경작한 사실은 경작사실확인서, 자재구입내역, 농지원부, 화도농약종묘사의 거래명세표, 농업용 창고의 건축물대장에 의하여 입증된다.

(다) 청구인이 쟁점농지 양도 직전 2014.2.21. 「조세특례제한법」이 개정되어 근로소득자의 경우 과세기간별 총급여액의 합계액이 OOO원 이상인 경우 직접 경작한 기간에서 제외하도록 규정하고 있는바, 이는 「국세기본법」제14조의 실질과세원칙과 같은 법 제18조의 세법해석의 기준 및 소급과세의 금지 규정에 위배된다.

(2) 청구인이 실제 자경하였으므로 쟁점농지는 사업용 토지에 해당하므로 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.

(가) 쟁점농지는 「소득세법」제104조의3, 같은 법 시행령 제168조의6 및 제168조의8, 「조세특례제한법 시행령」제66조에 따르면 사업용 토지에 해당하고, 이는 경작사실확인서, 농협으로부터의 자재구입내역, 농지원부, 거래명세서, 농업용 창고의 건축물관리대장 등에 의하여 입증된다.

(나) 쟁점농지 인근에는 농업용 창고와 거주지가 있고, 농업용 창고에는 농기구가 보관(사진 제시)되어 있으므로 쟁점농지를 비사업용 토지로 보는 것은 실질을 반영하지 아니하여 법리 및 사회통념상 부당하다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법 시행령」제66조 제14항과 관련된 부칙의 단서 조항에 의하면 2014.7.1. 이후 양도 분부터 사업소득금액과 총급여액의 합계액이 OOO원 이상인 경우 해당 과세기간은 자경기간에서 제외한다고 명시되어 있고, 판례(대법원 1993.5.14. 선고 93누5895 판결 참조)에 의하면 양도소득에 관한 입법이 그 시행 이후의 자산양도에만 적용되는 것인 이상 소급 입법으로 인한 위법이 아니라고 판시하고 있는바, 청구인은OOO 교직원으로 고액 연봉자이고, 직장과 쟁점농지의 거리가 약 28㎞ 원거리로 일반적인 상용근로자의 업무시간을 고려할 때, 쟁점농지를 자경했다는 주장은 사회통념에 비추어 신빙성이 없으며, 1,694㎡인 쟁점농지의 비교적 넓은 면적에서 생산된 농작물의 처분내역에 대한 자료가 미제출되어 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력을 투입하여 쟁점농지를 직접 경작한 사실이 객관적으로 입증된다고 보기 어려우므로 쟁점농지에 대한 양도소득세 감면 및 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점농지의 양도에 대하여자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 부인하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

② 쟁점농지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법

제14조[실질과세]① 과세의 대상이 되는 소득 수익 재산 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득 수익 재산 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

제18조[세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지]① 세법을 해석 적용할 때에는 과세의 형평(형평)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

(2) 소득세법

제104조의3[비사업용 토지의 범위]① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논ㆍ밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ특별자치시(특별자치시에 있는 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ특별자치도(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역( 「지방자치법」 제3조 제4항에 따른 도농 복합형태인 시의 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

(3) 소득세법 시행령

제168조의6[비사업용 토지의 기간기준]① 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만인 경우에는 가목을 적용하지 아니한다.

가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간

나. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

제168조의8[농지의 범위 등]① 법 제104조의3 제1항 제1호에서 "농지"라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(지소)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제104조의3 제1항 제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"라 함은 농지의 소재지와 동일한 시(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 있는 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 「농지법」 제2조 제5호의 규정에 따른 자경(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다.

(4) 조세특례제한법

제69조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면]① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(환지처분) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(5) 조세특례제한법 시행령

제66조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제15조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 군 구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시 군 구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

⑭ 제4항 제6항 제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자의 「소득세법」 제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업 임업에서 발생하는 소득, 「소득세법」 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

(6) 농지법

제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. “자경”이란 농업인이 그 소유 농지에서 농작물 경작 또는 다년생 식물 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력으로 경작 또는 재배하는 것과 농업법인이 그 소유 농지에서 농작물을 경작하거나 다년생식물을 재배하는 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료에 나타난 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 처분청 검토서류에는 청구인이 농지보유기간 동안 계속 OOO원 이상의 근로소득이 발생하였기에 8년 이상 양도소득세 감면을 부인한다고 기재되어 있고, 청구인이 제시한 서류 외에 현장을 확인하지 아니한 것으로 나타난다.

(나) 근로소득지급명세서 자료에 의하면 청구인이 쟁점농지를 보유한 기간 동안 수령한 근로소득내역은 아래 <표2>와 같다.

OOO

(2) 청구인이 제시한 주요 증빙은 다음과 같다.

(가) 농지원부를 보면, 농업인 성명란은 청구인으로, 농업외겸업란에는 회사원으로, 최초 작성일자는 2007.7.16.로, 농지경작현황란에는 자경 답 2,353㎡로, 농지소재지 및 지번란에는 OOO로, 공부지목란에는 창고용지로, 실제지목란에는 답으로, 주재배작물란에는 잡곡으로 경작구분란에는 자경으로 각각 기재되어 있다.

(나) 청구인의 재직증명서 및 경력증명서를 보면 1988.12.21.부터 OOO에서 재직하였고, 2014.8.1.부터 에너지 안전팀에서 근무하고 있으며 2013.5.1.부터 과장(당시 근무처는 시설부)의 직위를 가진 것으로 나타난다.

(다) OOO이 발행한 거래자별매출상세내역에 의하면, 2009년 중 2회에 걸쳐OOO원의 비료를, 2010.1.1.부터 2016.11.30.까지 79회에 걸쳐 OOO원(부가가치세 포함)의 비료, 텃밭열무, 비닐, 농약, 시설원예자재, 배합사료 등을 구매한 것으로 나타난다.

(라) 청구인에게 OOO가 발급한 거래명세서를 보면 2008.1.1.부터 2014.10.30.까지 비닐, 일반호미, 씨감자, 양파망, 서리태콩, 복합비료, 수박모종, 알라입제, 감자삽, 아칸토유제 등 다양한 원예자재, 모종, 농기구 등을 OOO원(실대금 지급액 기준)을 구매한 것으로 나타난다.

(마) 일반건축물대장(위반건축물)을 보면 OOO에 소재한 1층 창고시설(농산물창고시설) 112.5㎡는 2011.10.11. 사용승인되었고 소유자는 청구인으로 나타난다.

(바) 청구인은 쟁점농지 보유기간 동안 거주지와 농지 소재지 간 직선거리를 산정하여 아래 <표3>과 같이 제시하고 있다.

OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가)자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정의 체계와 내용에 비추어 자경농지에 대한 양도소득세 감면제도의 입법 목적은 육농정책의 일환으로 농지의 양도에 따른 조세부담을 경감시켜 주고, 외지인의 농지투기를 방지하며 8년 이상 자경한 농민의 조세부담을 덜어주어 농업·농촌을 활성화하기 위한 것으로서 이러한 입법목적은 농업의 보호와 지원을 규정한 「헌법」제123조 제1항 등에 비추어 볼 때 정당하다 하겠다(헌법재판소 2002.9.19. 2002헌바2 결정 등 참조).

그런데 이러한 조세감면의 우대조치는 조세평등주의에 반하고 국가나 지방자치단체의 재원의 포기이기도 하여 가급적 억제되어야 하고 그 범위를 확대하는 것은 결코 바람직하지 못하므로 특히 정책목표 달성이 필요한 경우에 그 면제혜택을 받는 자의 요건을 엄격히 하여 극히 한정된 범위 내에서 예외적으로 허용하여야 한다(헌법재판소 2002.9.19. 2002헌바2 결정, 헌법재판소 1996.6.26. 93헌바2 결정, 헌법재판소 2003.11.27. 선고 2003헌바2 결정 등 참조).

(나) 2014.2.21. 개정된 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제14항 등에서 소득금액의 합계액이 OOO원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 경작한 기간에서 제외하도록 규정하고 있고, 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제14항의 입법취지는 자경농민에 대한 지원취지에 맞도록 소득기준을 신설하여 감면요건 보완하였고, 이는 일정소득 이상의 소득자는 양도소득세 감면을 배제함으로서 현실적으로 자경가능 여부를 고려하고자 한 것으로 보이는 점(조심 2015중5673, 2016.3.14., 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 쟁점농지의 양도에 대해 8년 이상 자경요건을 충족하지 못한 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(4) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 「조세특례제한법」 제69조에서 규정하는 8년 이상 자경한 토지에 대하여 총급여액의 합계액이 3,700만원 미만인 과세기간의 양도소득세액을 감면하는 것과 달리 「소득세법」제104조의3에 따르면 재촌자경에 의한 사업용 토지의 해당여부에 의해 장기보유특별공제를 판단한다.

(나) 이 건의 경우청구인은 농지원부, 종묘사의 거래명세서, 농기구사진, 창고시설 건축물대장 등을 제시하며 쟁점농지를 자경하였으므로 쟁점농지는 사업용 토지에 해당한다는 주장이고, 심리자료 등에 의하면 처분청은 청구주장에 대하여 서류 검토 이외에 현장을 확인하지 아니한 것으로 나타난다. 청구인은 매년 모종, 비료, 농기구 등을 구매한 것으로 주장하며 거래명세표, 자재구입내역 등의 증빙을 제출하여 직접 경작하였다고 볼 여지가 있는바,청구인이 쟁점농지에서농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작하였는지를 재조사하여 그 결과에 따라 장기보유특별공제를 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.